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基于位置权重矩阵的长非编码RNA预测方法研究: 人类基因组测序计划的研究表明，在人类基因组中，仅有不到全部基因组序列2%的基因具有编码蛋白质的功能，其余是缺乏蛋白质编码能力的，这在早期曾被认为是“垃圾基因”，直到2004年才有研究学者发现所谓“垃圾基因”序列中可能暗藏...; 马立; 关键词：位置权重矩阵支持向量机特征提取

基于位置权重矩阵的核小体识别及功能分析被引量：1: 2016年; 为研究高通量的人类CD4+T细胞的核小体定位模式,使用迭代算法对核小体定位模式进行分类,并利用位置权重矩阵方法分别构建稳定核小体定位序列、动态核小体定位序列和连接区序列模型,通过十倍交叉验证评估模型性能,并与Segal方法与弯曲度方法进行比较,发现位置权重矩阵方法在敏感性、精度和准确性方面都具有一定优越性。同时采用滑窗法在全基因组选取候选序列进行核小体识别,挖掘核小体定位相关基因,并进行基因生物学进程功能富集分析,发现稳定与动态核小体、真实与潜在核小体对应的基因所参与调控的生物学过程各有不同,但也有一些生物学过程为不同类别核小体所共有,例如对细胞内大分子的调控功能。; 岁品品邢旭东王宏崔颖; 关键词：核小体定位位置权重矩阵

基于位置权重矩阵的TAL效应物靶标挖掘算法的研究与评估: TAL效应物(Transcription activator-like effectors)是黄单胞菌属植物病原菌分泌的一种特殊的三型效应物,在病原菌与寄主相互作用过程中起着重要的作用。TAL效应物的靶标直接反映了病原菌...; 李可力; 关键词：位置权重矩阵打分函数; 文献传递

基于碱基关联二联体位置权重矩阵预测酵母转录因子结合位点被引量：4: 2008年; 基于已知的酵母转录因子结合位点数据资料,构建转录因子结合位点碱基关联二联体位置权重矩阵,整合碱基关联二联体位置权重矩阵和碱基保守性参量M2i,提出一种新的预测转录因子结合位点的方法(PWMSA).利用self-consistency和cross-validation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率,结果表明9种转录因子结合位点的总体预测成功率超过81%,明显高于单碱基位置权重矩阵,同时与已有预测转录因子结合位点的软件进行比较,核苷酸水平上的关联系数和结合位点水平上的关联系数分别达到0.42和0.52,优于现有预测方法.; 杨科利许强

基于位点保守性参量和位置权重矩阵预测酵母转录因子结合位点被引量：5: 2007年; 目的:改进转录因子结合位点的理论预测方法。方法:构建转录因子结合位点位置权重矩阵,以转录因子结合位点每一位置的碱基保守性指数Mi为参量,利用位置权重打分函数算法(PWMSA)对酵母五种转录因子结合位点进行预测。结果:利用self-consistency和cross-validation两种方法对此算法进行检验,均获得了较高的预测成功率,结果表明5种转录因子结合位点的预测成功率均超过80%。结论:与已有的三种预测转录因子结合位点的软件进行比较,PWMSA算法明显优于其他三种算法,核苷酸水平上的关联系数和结合位点水平上的关联系数分别提高了0.25和0.22。; 杨科利李前忠林昊

基于位置权重矩阵计算酵母核小体定位的体外实验研究: 核小体定位对真核生物基因表达调控发挥着重要作用。本课题组前期基于核小体核心及连接区域的k-mer频次分布偏好性,构建了位置权重矩阵算法,并在酿酒酵母基因组内较好的预测了核小体占据率。本研究利用该理论模型,以1bp碱基为步...; 王成爱赵宏宇邢永强蔡禄; 关键词：位置权重矩阵酿酒酵母核小体定位体外组装; 文献传递

猪德尔塔冠状病毒3C样蛋白酶切割位点的预测分析与生物学验证: 猪德尔塔冠状病毒（porcine deltacoronavirus,PDCoV）是一种新发猪肠道病毒,可导致新生和早期断奶仔猪出现水样腹泻等典型的胃肠道症状,具有人畜共患潜力,致死率高达30%-40%。目前,PDCoV已...; 孙辛夷; 关键词：位置权重矩阵宿主蛋白

基于综合DNA序列特征的支持向量机方法识别核小体定位被引量：3: 2020年; 本文基于Z曲线(z-curve)理论和位置权重矩阵(PWM)提出一种构建核小体DNA序列的模型。该模型将核小体DNA序列集转换成三维空间坐标,通过计算该序列集的位置权重矩阵获得相似性权重得分,将两者整合得到综合序列特征模型(CSeqFM),并分别计算候选核小体序列和连接序列到模型CSeqFM的欧氏距离作为特征集,投入到支持向量机(SVM)中训练和检验,通过十折交叉验证进行性能评估。结果显示,酵母核小体定位的敏感性、特异性、准确率和Matthews相关系数(MCC)分别为97.1%、96.9%、94.2%和0.89,受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积(area under curve,AUC)达到0.980 1。与其他相关Z曲线方法比较,CSeqFM方法在各项评估指标中均表现出优势,具有更好的识别效果。同时,将CSeqFM方法推广到线虫、人类和果蝇的核小体定位识别中,AUC均高于0.90,与iNuc-STNC和iNuc-PseKNC方法比较,CSeqFM方法也表现出较好的稳定性和有效性,进一步表明该方法具有较好的可靠性和识别效能。; 崔颖崔颖李建中; 关键词：支持向量机核小体 Z曲线位置权重矩阵欧氏距离

微孢子虫PolyA位点的预测: 2017年; 多聚腺苷酸化是真核细胞内形成成熟mRNA的一个重要步骤,其位点的预测对基因组序列中编码基因的发掘具有重要的参考价值.本研究以缺乏有效基因预测方法的微孢子虫基因组为对象,根据该物种的基因表达偏好设计了一个算法,对其PolyA位点进行预测分析.首先,采用k阶核苷酸频率形式和位置权重矩阵形成初始的特征,然后用PCA降低特征空间的维数,得到的数据用机器学习方法进行分析,产生一个较好的分类结果.其中基于支持向量机的实验得到的敏感度(Sp)和ACC分别达到了87.33%和85.14%,这在微孢子虫的PolyA位点预测上取得了较为理想的效果,并为以后机器学习算法在微孢子虫基因预测领域做了很好的尝试.; 孙康杨明马立李田赵玉芳; 关键词：微孢子虫位置权重矩阵

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