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萝卜ERF11基因克隆与序列分析: 2024年; 采用RT-PCR技术克隆了心里美萝卜ERF11基因CDS序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明,RsERF11基因开放阅读框全长507 bp,无内含子,编码168个氨基酸,相对分子量约为41 513 u,理论等电点为5.18,属于亲水性蛋白质,亚细胞定位预测其主要定位于细胞核。RsERF11含有1个AP2保守结构域,不含跨膜结构域和信号肽。系统进化分析表明,该蛋白质与甘蓝型油菜(Brassica napus)、甘蓝(Brassica oleracea)和白菜(Brassica rapa)等十字花科物种的同源性较高。; 徐铭婕张文静李紫薇霍燕琦刘同金; 关键词：基因克隆生物信息学分析

霍山石斛两个碳糖基转移酶基因的克隆及序列分析: 2024年; 本研究以霍山石斛(Dendrobium houshanense)叶片为研究材料,利用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)获得两个UDP-葡萄糖:2-羟基黄烷酮C-糖基转移酶(2-hydroxyflavanone C-glucosyltransferase, UFCGT)全长基因,并对这两个基因编码的蛋白质进行分析和功能预测。结果表明,UFCGT1和UFCGT2基因序列长度分别为1 022和1 187 bp,开放阅读框(open reading frame, ORF)长度分别为966和933 bp,编码蛋白均为酸性、疏水性、非跨膜蛋白,与兰科(Orchidaceae)植物铁皮石斛(Dendrobium catenatum)、桃红蝴蝶兰(Phalaenopsis equestris)聚为一支,均无信号肽和跨膜域的存在。UFCGT1有27个潜在磷酸化位点和1个N-糖基化位点,定位于线粒体。UFCGT2有15个潜在的磷酸化位点而无糖基化位点,定位于细胞膜外。本研究为阐明黄酮碳苷类化合物生物合成途径提供一定的参考。; 陈畅蒲天珍李永华杨晓利张秀桥余坤龚玲; 关键词：霍山石斛基因克隆

鸡IL-15基因的克隆及序列分析: 2024年; 目的利用基因工程的方法,将鸡白细胞介素15(ChIL-15)基因在原核表达系统中进行表达,为ChIL-15的应用提供科学依据。方法根据美国国家生物信息中心(NCBI)GenBank中已发表的ChIL-15基因,设计引物,用PCR方法扩增目的基因片段。结果成功从鸡的脾脏中扩增出含编码区的ChIL-15基因,ChIL-15基因为581bp,通过测序进行比对,表明ChIL-15基因克隆成功。提取的质粒经酶切鉴定、PCR鉴定、测序比对以及编码成氨基酸进行比对均与GenBank中登录号AF139097.1基本符合,核苷酸的同源性为99.82%。结论通过使用PCR方法成功扩增出来的ChIL-15基因片段,具有较高的同源性,并与已发表的基因序列相符。这为进一步研究ChIL-15基因的功能和应用提供了科学依据。; 张凤田艳花牛四坤台晶杰刘文娟; 关键词：克隆

4株滑液囊支原体分离株P80脂蛋白的基因克隆及序列分析: 2024年; 为研究滑液囊支原体(Mycoplasma synoviae,MS)P80家族脂蛋白的功能及其异同,通过PCR方法从4株滑液囊支原体分离株中分别扩增P80-1,P80-2,P80-3蛋白的基因序列并进行测序,通过生物信息学方法对P80家族脂蛋白的蛋白序列进行分析,寻找保守结构域、抗原表位,并预测功能.结果表明,P80家族脂蛋白均为碱性亲水性稳定蛋白,在N端具有较强疏水性,只有P80-2蛋白具有跨膜螺旋区;P80家族脂蛋白信号肽的位置与疏水区结果相一致;3条P80蛋白具有12个相同的保守结构域及2~4个不同的结构域;有31~32个抗原表位;二级结构均以α-螺旋和无规则卷曲为主;三级结构预测显示,P80-1蛋白具有ABC转运蛋白的功能,P80-2蛋白为周质结合蛋白Ⅱ型,P80-3蛋白具有细胞黏附功能.研究结果可为MS P80家族脂蛋白功能的深入研究以及MS致病机制、病原诊断和疫苗研制提供参考.; 田兴苗郭磊王健霖戴莎莎司朵朵龚振兴李继东; 关键词：滑液囊支原体基因克隆

不同大麦品种B-醇溶蛋白基因的克隆和序列分析: 2024年; 大麦醇溶蛋白是影响大麦食品加工、麦芽制备和饲用价值的主要因素之一。B-醇溶蛋白占总醇溶蛋白的70%~80%,对品质的贡献相对较大。本研究对来自不同国家和地区的18份大麦材料的B-醇溶蛋白基因进行了克隆和鉴定,共得到27个完整的基因序列,包括22个编码基因和5个假基因。经与GenBank注册的序列进行比对,它们之间的碱基相似度为79.6%~99.5%,说明这27个基因序列全部是新基因或等位变异。22个基因的推断氨基酸序列表明,其中18个基因含有8个保守的半胱氨酸残基,2个基因含有7个半胱氨酸,其余2个则含有9个半胱氨酸,这在大麦中是首次发现,其可能属于编码优质蛋白亚基的基因。研究结果将为进一步研究大麦醇溶基因的特征特性以及培育优质大麦品种提供理论参考。; 赵永英赵献林相志国张丹杨红珊张玉杨王美芳; 关键词：大麦基因克隆

绵羊清道夫受体A基因启动子克隆及序列分析被引量：1: 2024年; 为了分析绵羊清道夫受体A(scavenger receptor A,SRA)基因的启动子序列特征,试验根据UCSC数据库和NCBI数据库预测的绵羊SRA基因启动子序列设计特异性引物,以绵羊肺组织基因组DNA为模板进行SRA基因启动子序列PCR扩增、测序,然后对序列进行生物信息学分析,包括预测启动子活性区域、转录因子结合位点、TATA box及CpG岛。结果表明:利用根据UCSC数据库预测的SRA基因启动子序列设计的引物未扩增出目的片段,利用NCBI数据库预测的SRA基因启动子序列设计的引物扩增得到了绵羊SRA基因启动子序列,大小约为1200 bp,与NCBI预测序列的相似性为99%,其中第577位碱基发生了突变(G→A);含有1个潜在活性区域(aaaaatgagctcacattcattttttttttcttaactggc);存在干扰素调节因子(interferon regulatory factor,IRF)1、IRF2、c-Jun、CCAAT增强子结合蛋白(CCAAT enhancer binding protein,C/EBP)、活化蛋白1(activator protein 1,AP-1)、核因子κB(nuclear factor kappa-B,NF-κB)转录因子结合位点,其中IRF1和c-Jun的结合位点出现频率较高;不存在TATA box和CpG岛,只存在3个CpG位点。说明SRA基因的表达可能受IRF1和c-Jun等相关转录因子的调控,不受甲基化的影响。; 曹鑫艳魏立翔高之煜刘良波张辉闫卫疆肖非孙雪梅盛金良孙延鸣张彦兵; 关键词：清道夫受体A 启动子生物信息学分析 CPG岛

瘤背石磺NR1基因的克隆和序列分析以及低频声音刺激对其表达的影响: 2024年; 长期栖息于潮间带的瘤背石磺能感知潮汐来临时产生的低频声音,本研究模拟潮汐的低频声音刺激瘤背石磺,探讨NR1型受体基因在瘤背石磺感应低频声音的行为中发挥的作用。首先通过c DNA末端扩增法(RACE)得到瘤背石磺NR1基因(OrNR1) cDNA全长,进行生物信息学分析,并通过实时荧光定量PCR (qRT-PCR)检测OrNR1基因在各组织以及不同低频声波刺激下神经节中的表达。结果显示,OrNR1基因全长2 434 bp,其中5'非编码区(UTR)长357 bp, 3'UTR长184 bp,1 893 bp开放阅读框共编码630氨基酸。瘤背石磺OrNR1蛋白分子质量约为70.29 ku,等电点为5.93,分子式为C3 153H4 911N833O924S32。OrNR1基因含有信号肽,一个预测的甘氨酸和谷氨酸结合位点,一个跨膜域,多序列比对结果表明各物种间NR1具有较高的保守性。系统进化树结果显示,瘤背石磺OrNR1基因与加州海兔亲缘关系最高,符合传统形态学分类。qRT-PCR结果显示,OrNR1在瘤背石磺不同组织均有表达,在神经节中相对表达量最高,其次是肝胰腺、腹足,而在口器和背部皮肤中表达量较低OrNR1在频率为200、160 Hz的低频声音刺激下表达量在不同时间组均显著高于对照组,40 Hz的低频声音刺激下2 h后表达量显著高于对照组;在120 Hz时OrNR1基因表达量受到抑制,不同组的表达量有显著差异。推测该基因在瘤背石磺低频声音感知中起到了重要作用。; 钱畅肖海明陈锡林张小明张小明沈和定; 关键词：瘤背石磺基因克隆

大恒799肉鸡Myoz1基因CDs区克隆、序列分析及其组织表达研究: 2024年; 为研究钙调神经磷酸酶肌小结结合蛋白1(Myoz1)的氨基酸序列特征及其在不同组织器官中的mRNA表达水平,试验通过PCR克隆Myoz1 CDs序列,分别利用ExPASYProt⁃param、ProtScale、Target P、DNAStar Protean、SWISS-MODEL、SignalP 4.1 Server、NetPhos2.0Serv⁃er和STRTNG软件,进行Myoz1蛋白理化特性、亲/疏水性、亚细胞结构、蛋白二级结构、三级结构、信号肽、磷酸化位点和蛋白互作分析,并通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测Myoz1基因表达量。结果显示:大恒799肉鸡Myoz1基因CDs序列全长为881 bp,可编码293个氨基酸;大恒799肉鸡Myoz1基因氨基酸序列与雉鸡、岩雷鸟位于一个分支,同源性最高,均高于96%,亲缘关系最近;Myoz1蛋白为水溶性蛋白且大多分布于细胞核内,分子式为C1442H_(2)244N400O430S10,分子质量约为32384.70 ku,理论等电点为9.12;Myoz1蛋白不存在信号肽,为分泌蛋白,共存在37个潜在的磷酸化位点、1个N-糖基化潜在位点;Myoz1蛋白二级结构主要由α-螺旋、β-转角和无规则卷曲组成,三级结构预测结果与其一致;Myoz1蛋白与ACTN2、LDB3、LMOD3等Z盘蛋白(PDZ-LIM结构域蛋白,ZASP)以及肌肉生长发育相关蛋白有相互作用的关系;Myoz1在1日龄大恒799肉鸡胸肌和腿肌的表达量显著高于其他组织,且在胸肌中的表达量高于腿肌(P<0.05)。研究表明Myoz1基因可能在肌肉生长发育过程中发挥调控作用。; 朱师良余春林邱莫寒张增荣熊霞胡陈明杨礼杨礼陈家磊彭涵夏波刘思洋宋小燕夏波李晴云蒋小松; 关键词：克隆生物信息学分析

山羊睾丸细胞LGALS1基因的克隆及序列分析: 2024年; 为了解山羊LGALS1基因的遗传进化情况,根据NCBI中山羊LGALS1基因序列(登录号:XM_018048739.1)设计1对特异引物,采用RT-PCR技术从山羊睾丸细胞中扩增LGALS1基因,并将其克隆至pMD-19T载体,构建pMD-19T-LGALS1质粒,通过质粒PCR、双酶切和序列测序进行验证,对其核苷酸序列进行比对分析并绘制系统进化树。结果:山羊睾丸细胞LGALS1基因长度为408 bp,编码135个氨基酸。该基因与GenBank中登录的山羊LGALS1编码区序列相似性达100%;与绵羊、羚羊、水牛、牛、人、马、猪、猩猩、虎鲸、猫、驴、大熊猫、家鼠、斑马鱼的核苷酸一致性分别为99.3%、99.0%、97.1%、96.8%、87.3%、87.0%、88.5%、88.5%、90.9%、88.7%、87.0%、86.3%、84.3%、54.6%。系统进化树表明,山羊睾丸细胞LGALS1基因与绵羊、羚羊亲缘关系最近,与斑马鱼亲缘关系最远。结论:试验成功克隆了山羊睾丸细胞的LGALS1基因,不同物种内LGALS1基因高度保守。; 张煜杭郑维豪姬格金葛佳仪鲜思美; 关键词：山羊睾丸细胞克隆

宁都黄鸡马立克氏病的诊断及其病毒meq基因克隆及序列分析: 2024年; 【目的】为诊断江西宁都某鸡场黄鸡发病原因。【方法】通过病理剖检、PCR检测确诊该鸡场黄鸡患马立克氏病,并对该病毒meq基因全序列进行PCR扩增、克隆、测序和序列分析。【结果】病鸡表现“劈叉”神经症状,剖检结果发现病鸡的心脏、肝脏和脾脏等器官表面均出现大小不一的灰白色结节,腺胃糜烂、出血。PCR鉴定结果为马立克氏病病毒(marek’s disease virus,MDV)阳性,随后对MDV的meq基因进行了扩增、克隆和测序,MDV meq基因全长为1020bp。与参考毒株相比,核苷酸和氨基酸同源性分别为98.8%~99.8%和97.1%~99.7%,存在9个氨基酸突变位点,其中有3段4-脯氨酸(PPPP)重复序列,2段发生(PPPP-PR/APP)氨基酸突变。【结论】该毒株与近年国内强毒株或超强毒株在同一分支上,且氨基酸突变基本相同,推测该分离毒株毒力至少为强毒株。研究为临床马立克氏病诊断提供理论依据,为分析MDV变异提供重要参考。; 吴虹瑾黄曼孜胡煜吴欢生高晓娜郭小权谢华丽; 关键词：马立克氏病病毒 MEQ基因遗传进化

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