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高产IAA抗旱菌株SZF7的培养条件优化及功能基因挖掘: 2025年; 作为一种非生物胁迫,干旱导致经济作物产量和质量下降,从而严重影响其经济效益,因此,一些能够替代化学抗旱制剂且对植物具有促生作用的功能微生物亟待发掘。本研究以武夷山茶园土壤细菌为研究对象,筛选获得高分泌吲哚乙酸(indole-3-aceticacid,IAA)能力的强抗旱菌株,并对其进行最佳培养条件优化和全基因组测序分析。结果表明:获得1株具有高分泌IAA能力的强抗旱菌株SZF7,其抗旱能力强于其他同批次筛选的菌株,经鉴定SZF7为蜡状芽孢杆菌(Bacilluscereus);SZF7分泌IAA的最佳培养条件为pH5.0、温度37℃和培养时间24h,且pH和温度对其IAA分泌量具有显著影响;SZF7基因组的COG和KEGG代谢途径中,参与生物代谢大类的基因数量分别占总功能基因的47.96%和68.52%,且其基因组包含IAA、铁载体、非核糖体肽合成酶(nonribosomal peptide synthetase,NRPS)、脂肽类化合物和嗜铁素等植物促生相关基因;SZF7的IAA合成途径分别为由吲哚-3-丙酮酸脱羧酶催化的吲哚-3-丙酮酸途径和吲哚-3-甘油磷酸合成酶催化的色胺酸途径。本研究结果为抗旱促生菌剂在茶叶等经济作物生产上的应用提供科学依据。; 林宏黄玉莲黄卫红李若雨薛喜枚张英娇张秋芳; 关键词：促生菌吲哚乙酸培养条件优化全基因组分析

蚕豆对除草剂灭草松耐药基因挖掘: 2025年; 为鉴定蚕豆对除草剂灭草松代谢过程中可能涉及到的重要基因,明确蚕豆对灭草松的代谢解毒机制。本研究以灭草松处理0 d和3 d的耐药蚕豆品种‘VF4’及敏感蚕豆品种‘小红蚕豆’的叶片为材料,利用RNA-Seq技术进行分析。测序结果表明,共获得46892242~52525260条Raw Reads,其中Clean Reads有46025006~51412088条。韦恩图结果表明,各组间共同差异表达基因有512个。KEGG富集分析结果表明,这512个差异表达基因主要参与了异黄酮生物合成、过氧化物酶体、二萜生物合成等代谢途径。进一步分析表明,灭草松处理上调了耐药蚕豆中CYP71D9、CYP81E8、MC5MAT1、MC5MAT2、IF3H、CXE12、CXE6、PODDCR、KAO2、CYP82G1、GA201-D、GST23、GSTs和GSTsF9基因的表达。上述基因可能与蚕豆耐灭草松有关。实时荧光定量(qRT-PCR)相对表达量和转录组测序结果变化趋势基本一致,证明转录组测序结果可靠。本研究明确了蚕豆对灭草松代谢过程中可能涉及到的重要基因,为灭草松耐性机理研究提供蚕豆数据,为耐除草剂蚕豆品种的遗传育种研究提供潜在的基因资源。; 蔡青翁华; 关键词：蚕豆灭草松转录组差异表达基因耐药基因

基于转录组测序的红肉火龙果淀粉降解相关基因挖掘及表达分析: 2025年; 【目的】挖掘红肉火龙果淀粉降解相关基因并分析其在果实不同发育时期的表达模式,为阐明红肉火龙果果实成熟过程中的淀粉降解途径提供理论依据。【方法】供试红肉火龙果品种为软枝大红,选取4个不同发育时期(花后19 d、花后22 d、花后25 d和花后28 d)果实进行转录组测序,以差异倍数(Fold Change)≥2且错误发现率(FDR)<0.01为标准,筛选不同发育时期果实间的差异表达基因(DEGs),进行GO功能注释和KEGG信号通路富集分析,通过实时荧光定量PCR验证转录组测序数据的可靠性并分析候选基因的表达模式。【结果】经转录组测序共获得22.84 Gb有效数据(Clean data),共获得76618317条有效序列(Clean reads),GC含量为44.78%~46.83%,Q20为98.89%~99.74%,Q30为96.73%~98.53%。与花后19 d相比,花后28 d共有4194个DEGs,其中1728个上调表达,2466个下调表达。GO功能注释分析结果表明,花后28 d与花后19 d比较组的DEGs注释到生物学过程、细胞成分和分子功能3个类别,在生物学过程中,涉及细胞过程的DEGs数量最多,其次是代谢过程。KEGG信号通路富集分析结果表明,花后28 d与花后19 d比较组的DEGs在淀粉和蔗糖代谢通路显著富集。筛选出红肉火龙果淀粉降解途径的10个相关基因,分别为葡聚糖水激酶(GWD)基因(HU02G00177)、磷酸葡聚糖水激酶(PWD)基因(HU09G02021)、磷酸葡聚糖磷酸酶(SEX)基因(HU07G01227)、β-淀粉酶(BAM)基因(HU10G00833、HU10G00777)、α-淀粉酶(AMY)基因(HU05G01323、HU02G00293、HU02G01323)、异淀粉酶(ISA)基因(HU11G01417)、歧化酶(DPE)基因(HU09G01260)。实时荧光定量PCR检测结果表明,10个淀粉降解基因的表达趋势与转录组测序数据一致。HU02G00177、HU07G01227、HU10G00833、HU10G00777、HU02G00293和HU11G01417基因相对表达量在果实发育后期均高于果实发育前期。【结论】红肉火龙果淀粉降解相关基因在果实不同发育时期的表达模式具有差异,其�; 魏治远晏霜解璞郑乾明; 关键词：红肉火龙果淀粉降解差异表达基因转录组

功能序列和结构模拟相结合的基因挖掘方法、NADH偏好型草铵膦脱氢酶突变体及应用: 本发明公开了一种功能序列和结构模拟相结合的基因挖掘方法、NADH偏好型草铵膦脱氢酶突变体及应用。所述基因挖掘方法包括：(1)分析NADH型谷氨酸脱氢酶应具备的特性序列；(2)根据特征序列搜索基因库；(3)对搜索获得的基因...; 薛亚平程峰张嘉敏邹树平徐建妙郑裕国

甜瓜CmLEA基因家族鉴定及抗非生物胁迫基因挖掘: 2025年; 【目的】鉴定甜瓜胚胎发育晚期丰富蛋白(LEA)基因家族成员并挖掘抗非生物胁迫基因,为探究CmLEA基因家族在甜瓜非生物胁迫中的作用机制及培育优良抗性甜瓜品种提供理论参考。【方法】以耐冷型甜瓜L5283幼苗为试验材料,在幼苗3叶1心期进行盐胁迫[300 mmol/L氯化钠(NaCl)]处理、干旱[15%聚乙二醇(PEG)6000]处理、低温(昼夜15℃/6℃,12 h/12 h)处理和脱落酸(ABA)(浓度为100μmol/L)处理。基于甜瓜低温处理后的转录组测序数据挖掘CmLEA候选基因,采用生物信息学方法对CmLEA基因家族成员的染色体位置、基因结构、亚细胞定位、蛋白二级结构、蛋白三级结构、系统进化关系、蛋白互作及启动子顺式作用元件等进行预测,并通过实时荧光定量PCR检测CmLEA家族基因在不同非生物胁迫下的表达模式。【结果】共鉴定到5个CmLEA候选基因,命名为CmLEA1~CmLEA5;5个CmLEA家族基因不均匀分布在甜瓜4条染色体上,5个CmLEA家族基因编码158~315个氨基酸残基;理论等电点(pI)为4.47~9.70,分子量为16.90~32.71 kD,除CmLEA2为疏水性蛋白外,其他均为亲水性蛋白。5个CmLEA家族蛋白的结构以无规卷曲占比较高,延伸链和α-螺旋次之,β-折叠占比最低。CmLEA家族蛋白成员间保守基序差异较大,CmLEA1和CmLEA2基因均有1个外显子,无内含子;CmLEA3和CmLEA5基因分别含有4和2个外显子。系统发育进化分析结果显示,CmLEA基因家族成员与黄瓜亲缘关系较近,相似性最高可达100%。CmLEA家族基因的启动子顺式作用元件被分为6类,包括光响应元件、激素响应元件、厌氧诱导元件、低温响应元件、防御与胁迫响应元件及MYB结合元件。CmLEA5蛋白在蛋白互作网络中较为关键,推测其参与雄蕊的发育过程。实时荧光定量PCR检测结果显示,CmLEA1和CmLEA2均受低温和ABA诱导相对表达量显著增加(P<0.05,下同);当甜瓜幼苗受到干旱胁迫和盐胁迫时,与处理0 h相; 杨帆邹昌利张利超杜清洁李娟起汪虎王吉庆肖怀娟李猛; 关键词：甜瓜非生物胁迫

基于转录组测序的枣胚败育关键基因挖掘: 2025年; 胚败育给枣的杂交育种造成了极大的困难。基于转录组测序技术寻找控制胚败育的关键基因,试图从基因层面解析胚败育问题。通过解剖观察确定变异金丝小枣和嘎嘣脆枣胚败育时期,对败育期前、中、后的样品进行转录组测序并分析其差异表达基因(DEGs);通过转录测序变异金丝小枣和嘎嘣脆枣共计18个样品,共获得125.75 Gb Clean Data,其中,JS1-vs-JS2、JS2-vs-JS3中分别有1010、109个DEGs上调,843、39个DEGs下调;GBC1-vs-GBC2、GBC2-vs-GBC3中分别有2308、468个DEGs上调,2244、30个DEGs下调;在败育期(花后30 d),JS30d-vs-GBC30d中共有3799个差异基因,GO富集到3个大类、32个小类中,同时93个转录因子主要集中在MYB、bHLH、AP2/ERF-ERF、C2H2、FAR1、NAC、Others、WRKY、C3H、bZIP等家族中。研究表明,嘎嘣脆枣中差异基因数量明显多于变异金丝小枣。对差异基因分析发现,与激素相关基因和聚集差异基因较多的转录因子家族均与胚发育密切联系。; 陈紫竹庆军格根塔娜白玉娥; 关键词：胚败育转录组测序差异基因胚发育激素

一种面向功能基因挖掘的动物多组学数据集: 2025年; 单一的组学数据难以全面揭示基因调控性状的复杂分子机制,整合不同类型和层次的生物组学数据对于理解生物体内复杂的分子网络具有重要的意义。本数据集提供了包含21个动物物种的61191个个体水平组学数据(WGS、RNA-Seq、ChIP-Seq和ATAC-Seq)和基因组注释信息,有效数据规模为2.8 TB。此外,本数据集还收录了基于深度学习算法得到的基因与表型实体识别数据。总的来说,该多组学数据集可用于农业重要性状的基因发掘和功能验证,能够为跨物种比较研究提供有价值的资源,也可更好地服务于动物经济性状关键基因识别模型构建以及算法研究。; 刘洪窦婧文王越廖勇刘小磊李新云赵书红赵书红

水稻穗粒数基因Gn1a的等位基因挖掘与育种应用: 2025年; 【目的】基于水稻功能基因组学的快速发展,通过全基因组关联分析和等位基因挖掘,鉴定出调控每穗粒数的关键基因Gn1a的优异等位变异,为现代水稻高产分子育种策略提供了理论依据与靶点资源。【方法】通过构建高世代回交自交系遗传群体开展QTL精细定位;基于近等基因系(NILs)验证目标QTL的遗传效应;结合目标基因的PCR扩增、高通量测序及多序列比对解析功能变异位点;进一步开发功能分子标记并应用于水稻种质资源的基因型精准鉴定。【结果】在中嘉早17、中早39(常规早籼主推品种)、华占、R173(杂交晚籼核心恢复系)4个背景与粳稻吉资1560构建的BC_(3)F_(3)群体中,1号染色体短臂Gn1a位点共同定位到控制穗粒数与二次枝梗数的QTL。Gn1a测序分析揭示,中嘉早17与中早39携带新型Gn1a等位变异(命名为Gn1a-i),与粳型等位基因Gn1a-j相比,在5'UTR区存在16-bp缺失。4套近等基因系的分析结果表明Gn1a-i增加每穗粒数和籽粒产量。基于该InDel位点开发的共显性功能标记ZC51,对9类39份水稻材料(涵盖常规早籼、常规晚籼、三系保持系、两系不育系、三系恢复系、北方粳稻、南方粳稻、农家品种及野生稻)进行Gn1a等位基因分型检测,结果显示:籼型群体(常规早/晚籼、三系保持系、两系不育系、三系恢复系)100%携带Gn1a-i等位基因;野生稻与农家品种携带Gn1a-j等位基因;粳稻群体(南/北方)携带Gn1a-i和Gn1a-j双等位基因。【结论】明确了Gn1a-i等位基因通过增加二次枝梗数和每穗粒数来提高籽粒产量,Gn1a-i有利等位基因在当前粳稻品种的改良中具有较大利用潜力,Gn1a功能基因标记ZC51能直接用于分子标记辅助选择育种。; 刘智超常龙学艾鑫金龙张丰勇李志永王以锋童晓红黄捷张健金健应杰政; 关键词：每穗粒数数量性状座位

谷子SiNF-YA亚家族基因的生物信息学分析与抗旱基因挖掘: 2025年; 为探究谷子(Setaria italica)SiNF-YA亚家族基因的功能,首先,利用多个在线网站对谷子10个SiNF-YA亚家族基因进行了相关的生物信息学分析;其次,利用Ubuntu系统和RStudio软件对谷子SiNF-YA基因进行单倍型分析;最后,通过对转录组数据的分析,探究谷子SiNF-YA5亚家族基因在干旱敏感品种、耐旱品种各组织中的表达量差异.结果表明,谷子SiNF-YA亚家族基因分布在4条染色体上,主要定位于细胞核和胞外分泌中,其启动子区含有与非生物胁迫响应相关的顺式作用元件.同时该基因亚家族成员与抗旱性具有很强的相关性,并且谷子SiNF-YA5亚家族基因在PEG处理前后,叶片和根部的表达量具有显著性差异.本研究为谷子抗旱品种的育种提供理论支持.; 王春芳张霈涵史慎奎杨佳怡王玉芳祁东梅; 关键词：谷子抗旱生物信息学分析单倍型分析

选择信号分析在牛重要性状关键候选基因挖掘中的研究进展: 2025年; 牛可以提供优质的奶、肉及皮革等,在人类社会生活中具有重要的作用,根据牛的肉乳性能和体型特征将其分为肉用型、乳用型和兼用型。选择信号是动物进化过程中遗留在其基因组上的遗传印记,可通过分析牛群体间的选择信号来鉴定重要性状关键候选基因,并应用于育种改良,加快育种进程。本文综述了选择信号主要的检测方法,总结了近年来利用选择信号分析鉴定牛重要性状关键候选基因的研究进展及其在牛中的应用,以期为研究牛的遗传改良工作提供参考依据。; 王涛刘冰李敏刘黎德耿名健张士勇卓孔儒赵珊珊丁召亮魏传禄陈勇郑艳玲江杰张友鑫王小伟于杰; 关键词：性状遗传印记

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