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2023年白银市200例新型冠状病毒全基因组测序与基因特性分析
2024年
目的分析2023年新冠病毒(SARS-CoV-2)变异株在甘肃省白银市的流行特点及其基因变异情况,为疫情防控和疫苗研发提供科学依据。方法选取2023年1—9月在甘肃省白银市医疗卫生机构就诊、住院和监测的新冠病毒感染(COVID-19)病例鼻(口)咽拭子样本200份,采用二代测序技术进行全基因组测序,利用MGI metargetCOVID软件进行序列组装分析、Pangolin平台分型,使用FREEBAYES检测变异位点、基于NIRVANA进行注释,使用MAFFT软件进行多序列比对和IQTREE构建系统进化树,并采用GGTREE和GGTREEEXTRA软件对进化树和相关的临床信息进行可视化分析。结果2023年1—9月白银市检出SARS-CoV-2均为Omicron变异株,其中第1季度(1—3月)为BA.5.2(32例,100.00%),第2季度(4—6月)主要为XBB(56例,62.92%)和FL(20例,22.47%)家族,第3季度(7—9月)主要由EG.5.1.1(52例,65.82%)主导;在中型病例中显著富集了42个突变位点,包括ORF1ab基因突变25个、S基因突变9个、ORF3a和ORF8基因突变各3个以及N基因突变2个。结论白银市流行的SARS-CoV-2基因组与武汉参考株处于不同分支,并与Pangolin分型谱系和输入时间基本一致,不同临床症状之间存在遗传关联,接种疫苗和既往感染与进化树的关联不显著。
王彦博马宏东杨雅倩张小梅宋丹李保娣
关键词:新型冠状病毒全基因组测序基因特性突变位点
2023-2024年流感监测季北京市乙型Victoria系流感病毒血凝素基因特性和抗原性分析
2024年
目的了解2023-2024年流感监测季北京市乙型Victoria系流感病毒(BV)的血凝素(hemagglutinin,HA)基因特性、抗原性及与流感疫苗组分株的匹配性。方法采集2023—2024年流感监测季流感样病例(influenza like-illness,ILI)咽拭子样本,经MDCK细胞或鸡胚培养分离流感病毒,提取病毒核酸后测序。应用Mega5.0进行病毒HA基因的核苷酸和氨基酸变异分析,采用maximum likelihood方法构建HA基因的遗传进化树,在线预测N-糖基化位点。SWISS-MODEL同源建模,建立BV毒株HA的蛋白质三维空间模拟图。通过血凝抑制(hemagglutination inhibition,HI)试验,进行毒株的抗原性分析。结果随机抽取本年度BV分离毒株54株,提取核酸后测序获得HA基因全长序列。与本年度的疫苗组分BV株(B/Austria/1359417/2021)HA基因相比较,这54株均有3个氨基酸序列替换,涉及2个不同的抗原决定簇。遗传进化树分析显示:所有毒株均位于Clade 1A.3a.2分支,与2023—2024年度疫苗组分BV株在同一分支。抗原性分析结果显示:54株均为疫苗组分BV株的类似株。结论2023—2024年流感监测季北京市人群中BV流行毒株以Clade 1A.3a.2进化分支为主要流行株。本监测季BV流行株与疫苗BV组分的抗原匹配性较高。
卢桂兰赵佳琛石伟先张莉刘医萌冯兆民孙瑛张代涛彭晓旻
关键词:乙型流感病毒血凝素基因抗原性分析
棘孢木霉Myb27转录因子基因特性分析、原核表达及产物纯化
2024年
以棘孢木霉CGMCC11653菌株菌丝体总RNA反转录的cDNA为模板,克隆全长717 bp转录因子Myb27基因编码序列,其编码238氨基酸组成的多肽。用生物信息学软件预测蛋白的理化性质、结构域并进行亚细胞定位、氨基酸多序列比对和进化关系分析,结果表明:其相对分子质量为27000,属于Myb-like DNAbinding结构域的蛋白,亚细胞定位在细胞核中。链格孢菌毒素诱导条件下Myb27的表达有显著变化,可能参与棘孢木霉抗链格孢菌毒素胁迫应答反应的正向调控。构建原核表达载体pMAL-Emyb27,转化大肠杆菌ER2523获得转化子ER2523-Emyb27,其成功诱导的最适条件为0.1 mmol/L IPTG 37℃连续诱导培养3 h;用PBS+10 mmol/L麦芽糖洗脱层析柱可得到与MBP标签融合的单一可溶性69500重组rMyb27蛋白。可见Myb27转录因子调控抗病基因的表达所结合的顺式作用元件提供体外重组蛋白,为调控棘孢木霉抗杨树叶枯病链格孢菌毒素胁迫的机理提供理论依据。
韩静安一博季世达田桢刘志华
关键词:链格孢菌特性分析原核表达
甲型H3N2亚型流感病毒重配疫苗株产量评估与基因特性研究
2024年
本研究基于我国流感监测数据,筛选2023年我国甲型H3N2亚型流感病毒代表株,利用经典重配方法构建鸡胚高产重配疫苗株(High growth reassortants,HGR),研究基因组成特性对疫苗产量的影响。结果显示利用筛选出的5株代表株(HA属于2a.3a.1分支)构建18株HGR,其HA滴度是野毒株(Wild type,WT)的1-32倍,HA蛋白产量是WT的1~15倍。18株重配株内部基因插入母本毒株内部基因的数量为1~6个片段。HGR表面基因和内部基因均影响病毒生长和复制,WT自身产量较高有利于获得较高HA产量的重配株。HGR的六个内部基因中,鸡胚高产母本毒株A/PR8/32(PR8)的M基因是甲型H3N2亚型流感病毒HGR的高频重配基因,对提高产量贡献最大。PR8的PB1基因与H3N2流感病毒表面HA和NA基因兼容性最差。HGR中来自母本毒株的内部基因数目与疫苗产量不成线性关系,存在随机性。本研究对于探究流感HGR产量与表面基因和内部基因的关系,筛选重配用WT和HGR具有重要意义。
白红岩李希妍黄维娟隗合江成艳辉唐静王大燕辛丽
关键词:流感病毒H3N2亚型基因特性
鄂州市流感样病例呼吸道病毒病原谱及人腺病毒基因特性分析
目的:1.了解湖北省鄂州市流感样病例(Influenza-like illness,ILI)的呼吸道病毒感染情况,分析病毒性病原谱构成特征,为该地区呼吸道感染疾病的早期干预及防控提供实验室依据。2.掌握湖北省鄂州市人腺病...
韩诗
关键词:流感样病例呼吸道病毒人腺病毒基因特征分析
基于转录组数据的家蚕追寄蝇抗药性基因筛选与羧酸酯酶基因特性分析
刘吉银
锂矿石基因特性及其对选矿的影响被引量:4
2024年
锂是重要的战略性新能源矿产,锂矿床主要有卤水型、伟晶岩型、花岗岩型、隐爆角砾岩型和黏土型等五种类型。对于后四类固体矿床来说,因成矿条件及过程的差异,其矿石基因特性具有明显不同。伟晶岩型锂矿Li2O品位高,锂矿物主要为锂辉石、透锂长石、磷锂铝石和锂云母等;花岗岩型锂矿Li2O品位通常较低,但矿床规模大,锂主要赋存于锂白云母、铁锂云母和锂云母中;隐爆角砾岩型锂矿Li2O品位也较高,矿石中的含锂矿物较单一,通常为锂云母;黏土型锂矿中的锂主要赋存在锂的独立矿物(锂绿泥石、羟硼硅钠锂石等)中,或以类质同象和/或吸附形式赋存于黏土矿物(高岭石、伊利石、蒙脱石等)和一水硬铝石中。矿石中锂的回收利用工艺与锂的赋存状态密切相关。花岗岩型锂矿和黏土型锂矿资源在我国广泛分布,随着提锂技术的发展,这两种类型的锂资源具有广阔的开发利用前景。
肖仪武王臻冯凯王明燕金建文叶小璐郜伟权鸿雁
关键词:锂矿赋存状态工艺矿物学
新疆某铜钴矿矿石基因特性及其对磨选的影响被引量:1
2024年
为查明新疆某铜钴矿的矿石基因特性,为后续选矿工艺设计提供理论指导,本文利用电子探针、矿物自动分析系统及X射线衍射仪等对该矿床矿石的基因特性进行了研究。研究结果表明:矿石中的金属矿物主要为黄铜矿、毒砂-辉砷钴矿系列矿物和黄铁矿;矿石中的Cu赋存于黄铜矿中,93.30%的Co赋存于毒砂-辉砷钴矿系列矿物中,其余6.70%赋存于黄铁矿中,黄铜矿和毒砂-辉砷钴矿系列矿物粒度均以中细粒为主(0.010~0.300 mm),在-0.074 mm占70%的磨矿细度下,目的矿物均有一定的解离,但仍有部分为连生体,为降低磨矿成本、保证回收率和精矿品质,建议采用在磨矿细度下进行全硫化物浮选,然后粗精矿再磨后进行Cu、Co分离的选矿工艺;Co的赋存状态特征指示,浮选过程中As与Co的走向相同,会造成钴精矿中As超标,且由于毒砂-辉砷钴矿系列矿物与黄铜矿嵌布关系密切,两者很难达到完全单体解离,易造成铜精矿中As也偏高。本文通过研究新疆某铜钴矿的矿石基因特性,指出了影响磨选的矿物学因素,对后续矿物加工具有理论指导意义。
高允肖仪武
关键词:工艺矿物学赋存状态铜钴矿
ZmKIL1/KIL2的玉米遗传材料创制及其基因特性的研究
刘宇星
柔嫩艾美耳球虫地克珠利耐药相关基因特性分析
鸡球虫病是由一种或多种艾美耳属球虫寄生于鸡肠道引起的寄生虫病,对鸡的健康构成严重威胁,给全球养鸡业造成重大损失。然而,由于广泛和不合理使用抗球虫药物,球虫对药物都产生了耐药性,但产生机制不明。为了深入探究鸡球虫耐药性形成...
张思诗
关键词:柔嫩艾美耳球虫地克珠利基因特性耐药分析

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舒跃龙
作品数:287被引量:2,008H指数:26
供职机构:中国疾病预防控制中心
研究主题:流感病毒 流感 禽流感病毒 H5N1 流感病毒A型
王大燕
作品数:206被引量:1,638H指数:24
供职机构:中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所
研究主题:流感病毒 流感 禽流感病毒 流感疫苗 B型流感病毒
李希妍
作品数:55被引量:348H指数:12
供职机构:中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所
研究主题:B型流感病毒 神经氨酸酶抑制剂 特性分析 基因特性 流感病毒
郭元吉
作品数:107被引量:1,611H指数:23
供职机构:中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所病毒基因工程国家重点实验室
研究主题:流感病毒 流感 流行性感冒 基因 流感病毒A型
卢亦愚
作品数:281被引量:1,411H指数:20
供职机构:浙江省疾病预防控制中心
研究主题:检测试剂盒 麻疹病毒 流感病毒 TAQMAN探针 麻疹