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一种长期可靠的基因组信息低成本精准存储技术
本发明公开了一种长期可靠的基因组信息低成本精准存储技术,具体方案为根据已经测序装的DNA序列信息生成少量的ECC信息,然后将这些ECC信息通过DNA信息存储技术合成编码为大量的小片段DNA,这些小片段DNA可与提取的基...
宋理富孙际宾王美顾芮萌申杰王蓉幸
利用泛癌基因组信息的稀疏门控模型及预训练方法
本发明属于癌症分类预训练模型技术领域,特别涉及利用泛癌基因组信息的稀疏门控模型及预训练方法。Gene‑MOE模型利用混合专家层来进一步加深提取高维基因的深度相关特征的能力,利用混合注意力专家层来探索高维遗传特征之间的深层...
王珣宋弢孟祥宇
一种基于基因组信息进行畜禽选配的方法及其应用
本发明公开了一种基于基因组信息进行畜禽选配的方法及其应用。本发明利用基因组数据,基于数量遗传学的理论,并结合育种现场的实践育种操作,开发适合于不同育种模式下的畜禽基因组选配方法,从而最优利用遗传资源,达到最大化遗传进展或...
刘继强代微石少磊苏姗姗弥世荣
一种高灵敏度的检测染色质状态和基因组信息的方法
一种高灵敏度的检测染色质状态和基因组信息的方法,包括:染色质转座步骤,使用转座酶对一个或以上的细胞或细胞核的染色质进行转座从而获得基因组DNA片段,同时在片段两端加上标签;富集步骤,使用片段筛选或PCR扩增富集长度大于7...
汤富酬胡玉琼蒋振寰陈坷璇文路
一种基于限制性内切酶的检测基因组信息的方法
本发明公开了一种基于限制性内切酶的检测基因组信息的方法。该方法采用限制性内切酶对样本的基因组进行切割,获得不同长度的基因组DNA片段,然后对扩增或不扩增的DNA进行长片段富集,将富集后的长片段基因组DNA片段在长度长测序...
汤富酬文路王艳陈怡珺
整合mRNA转录本与基因组信息基因组选择方法研究
2024年
基因组预测已成为畜禽、作物遗传评估和人类疾病风险预测的主要技术,但经典的基因组预测方法在性状遗传调控机制等生物学先验信息的整合方面有一定的不足。本研究提出一种将mRNA转录本信息整合应用于复杂性状表型预测的方法。基于国际上广泛应用于数量遗传学研究的果蝇群体,对本研究提出的新方法进行准确性评估。结果显示,整合mRNA转录本,可有效提高部分性状基因组预测准确性,但对部分性状的表型预测准确性没有改善。与GBLUP相比,雄性果蝇D-香芹酮嗅觉反应(dCarvone)准确性由0.256提高到0.274,提高幅度7%。雄性果蝇咖啡因耐受反应(cafe)准确性由0.355提高到0.401,提高幅度13%。雄性果蝇百草枯耐受反应(survival_paraquat)准确性由0.101提高到0.138,提高幅度36%。雌性果蝇1-已醇嗅觉反应(1hexanol)准确性由0.147提高到0.210,提高幅度43%。综上所述,对于部分性状,通过整合mRNA转录本可有效提高基因组预测准确性(提高幅度为7%~43%)。对于部分性状,整合mRNA转录本并考虑互作效应可进一步提高预测准确性。
胡玉龙杨芳陈彦潼谌烁楷闫煜博张跃博吴晓林汪加明何俊高宁
机器学习方法在植物基因组信息预测中的研究现状
2024年
随着高通量测序技术的飞速发展,植物基因组学研究目前已经积累了海量多学数据。因此如何开发和改进相关处理软件工具,从而有效利用这些海量数据发掘有用的生物学信息,成为当下亟需解决的重要科学问题。其中机器学习方法凭借其显著的预测、分类、数据挖掘和集成能力,在此领域受到广泛关注。本文系统综述了不同类型机器学习方法的基本原理和流程,以及这些方法在植物基因组功能预测中的研究进展,重点总结了机器学习模型在植物分子相互作用预测、重要功能位点预测、功能注释、作物育种等方面的应用成果,并展望了该领域未来的发展方向和应用前景。本文有助于植物研究者快速了解和应用机器学习方法,从而推进植物遗传相关机制的研究和作物性状改良。
张兆旭管思彤林一鸣苏培森黄思罗孟宪勇柳平增颜君
关键词:蛋白质相互作用功能注释作物育种
基于基因组信息挖掘的内生细菌Kocuria rosea促进地黄生长的机制研究
2024年
明确地黄内生细菌玫瑰色考克菌Kocuria rosea对地黄生长的促进效应及机制,为研发绿色生态菌肥提供科学依据。以地黄“金九”为试验材料,经K.rosea处理后每隔15 d测定地上部参数(叶长、叶宽、株幅、茎粗),120 d后收获地上部及根系,测定根系指标(块根数、根长、根粗、根鲜重、根干重、根体积、根系活力)和次生代谢产物(梓醇、地黄苷A、地黄苷D、毛蕊花糖苷、益母草苷)。通过K.rosea对地黄和根际土壤中营养元素及其基因组分析探讨了K.rosea促进地黄生长的机制。施用K.rosea菌悬液后地黄叶长、叶宽、株幅和茎粗增幅最大分别为35.67%(60 d)、25.39%(45 d)、40.17%(60 d)、113.85%(45 d);块根数、根长、根粗、根体积、根鲜重、根干重和根系活力增加分别为41.71%、45.10%、48.61%、94.34%、101.55%、147.61%、42.08%;块根中地黄苷A和毛蕊花糖苷含量分别提高了76.67%、69.54%。K.rosea能够促进根际土壤中氮(N)、磷(P)、钾(K)向有效态转化,处理速效氮(54.60 mg·kg^(-1))、速效磷(1.83μmol·g^(-1))、速效钾(83.75 mg·kg^(-1))的含量分别提高了138.78%、44.89%、14.34%,处理N、P、K元素的含量在地黄根中分别提高了293.22%、202.63%、23.80%,叶中提高了23.60%、107.23%、134.53%。通过对K.rosea基因组分析发现,K.rosea中有与定殖相关的基因(rbsB、efp、bcsA、gmhC),与N、P、K代谢相关的基因(narG、narH、narI、nasA、nasB、GDH2、pyk、aceB、ackA、CS、ppa、ppk、ppk2、pstS、pstA、pstB、pstC),同时也含有与吲哚乙酸、玉米素合成相关的基因(iaaH、miaA),进一步研究发现K.rosea可定殖于地黄根系并分泌吲哚乙酸(3.85μg·mL^(-1))、玉米素(0.10μg·mL^(-1))。综上所述,K.rosea通过促进地黄植株的营养吸收促进地黄生长,可为研制促生微生物菌剂产品提供理论依据。
王林林腊贵晓苏秀红杨林林初雷霞郭军旗练从龙张宝张宝董诚明王春艳
关键词:地黄促生效应互作机制
基于全基因组信息的“柑”“橘”定义、分类与演化被引量:2
2024年
柑橘是全球广泛种植的经济作物之一.柑橘种间甚至属间可以杂交,且无性系变异普遍,形成多样性高、遗传关系复杂的物种群.柑橘的分类也成为植物科学难点.本研究收集迄今为止种类最全面的柑橘全基因组数据,对各种柑橘类型的特点、遗传成分与比例进行精确的分析,把橘、柚及其杂种分成5个类型,并进行定义.以“沃柑”和“红美人”两个品种为例解析柑橘杂交历程和遗传分变化,并推测橘从驯化之后的传播路线.本文对柑橘物种分类和起源地、“柑”和“橘”的遗传异同、以及橘的传播与演化进行讨论.研究结果基于全基因组信息提出一个比较客观的柑橘分类,为种质资源的利用提供框架.
徐强黄跃邓秀新
关键词:柑橘基因组
基因组信息指导的沙雷氏菌中非核糖体肽的发现
丘浩霖

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罗辽复
作品数:227被引量:404H指数:11
供职机构:内蒙古大学物理科学与技术学院
研究主题:蛋白质 核酸序列 核酸 DNA 蛋白质二级结构
方治伟
作品数:199被引量:6H指数:1
供职机构:江汉大学
研究主题:试剂盒 引物 MNP 标记位点 组合物
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作品数:74被引量:188H指数:9
供职机构:汕头大学
研究主题:拟穴青蟹 饲料 蓝子鱼 HUFA 配合饲料
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作品数:49被引量:219H指数:9
供职机构:中国农业科学院作物科学研究所
研究主题:水稻 分子标记 聚合育种 QTL 分子标记方法
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作品数:130被引量:655H指数:12
供职机构:中国科学院生物物理研究所
研究主题:非编码RNA 基因组 生物信息学 大数据 RNA