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一种基于打分函数优化的虚拟筛选方法,用于PAK4抑制剂的高效筛选
本发明提供了一种基于打分函数优化的虚拟筛选方法,用于高效筛选PAK4抑制剂。该方法结合分子对接、打分函数优化、机器学习和分子动力学模拟,通过多层次筛选策略提高筛选效率和准确性。首先,利用分子相似性算法筛选数据库中的候选化...
张筱萱邓萍李奕昊张美乐
DOX_X_SP:一种基于DOX方法和半经验熵效应校正的新型打分函数构建和研究
如何准确的评估蛋白-配体结合亲和力是理论计算在药物设计领域的一大重要问题。近年来,已有大量各类方法在该领域的应用见于文献报道,并已取得了一定的成果,但也存在一定的问题。例如DOX_X系列方法结合了第一性原理密度泛函理论和...
邵旭波
关键词:计算机辅助药物设计打分函数半经验方法
一种基于共进化信息优化蛋白质-蛋白质对接打分函数的系统和方法
本发明公开了一种基于共进化信息优化蛋白质‑蛋白质对接打分函数的系统和方法,系统,包括:蛋白质对接预测模块、蛋白间距离矩阵处理模块、共进化矩阵处理模块、接触对与共进化残基对整合模块、打分函数优化模块。本发明通过将共进化信息...
李红春范志昌於邱黎阳钟继锐楚云猛杨合
基于迭代的蛋白质设计打分函数开发研究
任涵龙
基于图卷积的面向ErbB靶向蛋白家族的打分函数构建方法
本发明的基于图卷积的面向ErbB靶向蛋白家族的打分函数构建方法,包括:a).构建ErbB靶向蛋白数据,对于ErbB包含的4个受体酪氨酸激酶ErbB‑1、ErbB‑2、ErbB‑3和ErbB‑4均构建靶向蛋白数据集;b)....
杨帅王卓亚王小红赵志刚窦方坤曹皓伟魏志强刘昊杨金波
基于X-Score打分函数的优化及其在SARS-CoV-2 3CL蛋白酶中的应用
新药研发是医药领域持续创新发展的关键,对国家的经济发展和医疗技术水平的提高有重要意义。计算机辅助药物设计(Computer Aided Drug Design,CADD)是新药研发的重要工具,能有效提升药物研发效率和成功...
李闯
关键词:打分函数多项式药物设计
靶标打分函数优化方法及系统
本发明涉及一种靶标打分函数优化方法,包括:a.选择相应的有机小分子类型及其数量,进行混合溶剂分子动力学模拟;b.根据混合溶剂分子动力学模拟结果,构建对应靶标的靶标‑配体复合物结构与结合自由能数据库;c.使用构建好的数据库...
杨合李红春陈显翀
一种语义检索的打分函数构建方法及相关装置
本申请实施例提供了一种语义检索的打分函数构建方法及相关装置。通过获取文本库文本和查询文本;对所述文本库文本和所述查询文本进行分词获得第一词语集合和第二词语集合,获取所述第一词语集合中每个词语的权重值;将所述第一词语集合和...
柳林张浩宇宋彦方四安吴飞
基于混合溶剂模拟和图神经网络优化打分函数的算法设计与应用
杨合
基于深度卷积神经网络的RNA三维结构打分函数
2022年
非编码RNA的三维结构对于人们理解和干预其生物功能具有重要的意义,从计算的角度发展RNA结构预测方法可以加速结构获取过程,对三维结构进行评分是进行结构预测的关键步骤.近年来,基于机器学习的方法,如AlphaFold2,已在分子结构预测领域取得了革命性的进展.基于深度卷积神经网络,建立了一个对RNA三维结构进行评估的方法 .为了训练这一网络,建立了一个非冗余的含有422个RNA以及126600个decoys结构的数据集.训练得到的模型在RNA-Puzzles数据集上进行了测试,结果表明,在28个RNA中,网络从众多decoys中挑选出实验结构的正确率约为71.4%,这一结果比之前有所提高.另外,还对网络的工作机制进行了分析,发现神经网络对结构评分的倾向性和已知的物理化学知识相一致.
杜渊洋邓成伟张建
关键词:打分函数卷积神经网络

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王存新
作品数:187被引量:257H指数:9
供职机构:北京工业大学生命科学与生物工程学院
研究主题:HIV-1整合酶 整合酶 HIV-1 蛋白质 分子对接
李春华
作品数:115被引量:97H指数:6
供职机构:北京工业大学
研究主题:蛋白质 HIV-1整合酶 RNA 打分函数 整合酶
常珊
作品数:111被引量:79H指数:5
供职机构:江苏理工学院
研究主题:分子对接 抑制剂 蛋白质 脑电信号 打分函数
陈慰祖
作品数:114被引量:155H指数:7
供职机构:北京工业大学生命科学与生物工程学院
研究主题:HIV-1 HIV-1整合酶 分子对接 整合酶 蛋白质
王任小
作品数:65被引量:91H指数:5
供职机构:中国科学院上海有机化学研究所
研究主题:药物组合物 新型抗肿瘤药物 类化合物 抗肿瘤药物 打分函数