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HIV-1整合酶基因序列分析方法验证: 2024年; 目的验证实验室自建人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)整合酶基因序列分析方法。该方法可用于评估HIV-1整合酶区段基因型耐药水平。方法根据世界卫生组织自建基因序列分析方法验证的建议,从20份HIV-1阳性样本中提取RNA,扩增HIV-1整合酶区基因片段,并测序。通过与病毒质量保证(VQA)共识进行比对,评估实验室自建的HIV-1整合酶基因序列分析方案的准确性,通过扩增成功率评估其灵敏度,通过同一样本的重复检测结果评估其精密度和重现性。结果 20份样本与VQA共识的核苷酸一致率均>98%;10个高病毒载量(>10 000拷贝·mL^(-1))样本和5个低病毒载量(1 000~5 000拷贝·mL^(-1))样本的扩增成功率均为100%;4个样本的同批次5复孔和5个样本5次检测的结果均符合90%的样本配对比较核苷酸一致率>98%的要求。结论该HIV-1整合酶基因序列分析方法的准确性、灵敏度、精密度和重现性均符合要求,适用于HIV-1整合酶基因序列分析。; 王绪琴林倩茹冯琬清董原郁晓磊刘长河宁镇沈鑫潘启超林怡; 关键词：人类免疫缺陷病毒1型

检测HIV-1整合酶基因突变的引物组及其应用: 本发明属于生物技术领域，提供了一种检测HIV‑1整合酶基因突变的引物组，包括第一组引物组合和第二组引物组合；第一组引物组合和第二组引物组合均包括第一轮扩增引物、第二轮扩增引物和测序引物。本发明还提供了上述检测HIV‑1整...; 廖玲洁邢辉冯毅宋畅马鹏飞杨晓震郜培杰史亚伦邵一鸣

典型水环境介质中整合酶基因分布特征研究被引量：2: 2022年; 抗生素滥用及其引发的微生物耐药问题严重影响公众健康,也是国内外环境领域的研究热点。环境中抗生素的健康风险主要来自耐药菌及其携带的耐药基因(ARGs),而ARGs的水平转移是评估其健康风险的关键环节。整合子是诱发ARGs水平转移的重要遗传元件,也是导致多重耐药和产生超级细菌的关键元件,整合酶基因(intI)能捕获游离的ARGs并将其重组到基因盒中,帮助ARGs的水平转移并推动多重耐药细菌形成。采用基于DNA高通量测序的宏基因组学分析方法,比较了饮用水、生活污水、水产养殖废水和医疗废水4种典型水环境介质中intI的多样性、丰度差异性及其与ARGs的相关性,分析了intI的分布特征。结果表明,4种典型水环境中存在intI 1、intI 2、intI 3、intI 6和intI 9共5种已明确分类的intI,总丰度为:生活污水>水产养殖废水>饮用水,且医疗废水>饮用水;多样性为:医疗废水>生活污水>水产养殖废水>饮用水;均匀度为:医疗废水>水产养殖废水、生活污水>饮用水;生活污水与水产养殖废水中整合酶基因的相似性较高,且饮用水、水产养殖废水和医疗废水中整合酶基因的相似性较高;5种intI中,intI 1分布广、丰度高,且与5种抗生素耐药基因(磺胺类、大环内酯-林肯酰胺-链阳霉素、四环素类、氯霉素和甲氧苄氨嘧啶)的丰度具有显著相关性(r≥0.6,P<0.05)。; 李紫涵张徐祥任洪强; 关键词：水环境整合酶基因耐药基因高通量测序

鸡粪模拟堆肥中多重耐药菌、耐药基因和整合酶基因的消减动力学解析被引量：4: 2022年; 为掌握多重耐药菌、耐药基因和整合酶基因在鸡粪堆肥过程中的消减动力学规律,试验外源添加多重耐药菌,并以其携带的磺胺类耐药基因(sul2)、多肽类耐药基因(mcr-1)、喹诺酮类基因(oqxB)和Ⅰ类整合酶基因(intI1)作为典型污染物,开展模拟堆肥试验.结果表明:可培养的多重耐药大肠杆菌数量在3 d的高温后得到完全灭活;堆肥10 d后,多重耐药菌总量下降了4~6个数量级.在高温堆肥过程中耐药基因的绝对丰度随着堆肥过程的进行而逐渐降低,耐药基因aadA、sul2、mcr-1、oqxB的消减率分别为89.39%、97.99%、99.89%、99.81%,intI1基因的消减率高于80%;大多数耐药基因的相对丰度表现出先降低后略微升高的趋势.基于基因绝对丰度的非线性回归分析表明,“独立”耐药基因(oqxB、mcr-1)的消减速率明显高于与Ⅰ类整合酶基因相连的基因(aadA),多重耐药大肠杆菌16S rRNA基因消减速率为0.128 d^(-1),半消减期为5.41 d.堆肥对耐药基因绝对丰度的消减速率高于相对丰度.研究显示,堆肥可以有效消减鸡粪中多重耐药菌,耐药基因消减规律符合一级动力学方程,与Ⅰ类整合酶基因相连耐药基因消减速率慢于“独立”耐药基因,4种耐药基因的半消减期为1.69~5.81 d.; 姜欣然李涛孙兴滨唐伟欣王旭明高浩泽仇天雷; 关键词：多重耐药菌耐药基因堆肥

阜新市HIV-1感染者和AIDS患者原发性整合酶基因耐药突变分析被引量：1: 2021年; 目的了解阜新市HIV感染者和AIDS患者整合酶基因的变异情况,分析阜新市原发性整合酶基因突变及相关耐药情况,为治疗提供参考依据。方法收集2018年-2019年阜新市102例HIV-1感染者和AIDS患者外周静脉血,分离血浆,-80℃冻存备用。采用反转录巢式聚合酶链式反应扩增病毒pol基因区并进行序列测定,分析IN区耐药突变位点及其耐药程度。结果在102例样本中,扩增并得到有效整合酶基因序列的共有72例。共发现4种基因亚型,其中CRF01_AE为主要亚型,占79.2%(57/72),其次是07BC亚型,占12.5%(9/72),其余3种亚型:B亚型3例、G亚型1例、65_CPX亚型2例。检出1例对整合酶抑制剂雷特格韦(raltegravir,RAL)和埃替格韦(elvitegravir,EVG)具有较低耐药能力,占1.39%(1/72),其耐药相关突变位点是E138A。不同CD4水平,不同治疗时间患者的整合酶基因变异率差异有统计学意义(P <0.01)。结论阜新市不同HIV-1基因亚型中,整合酶耐药突变现象和基因多态性具有相应的区别,需要对整合酶基因序列特征进行研究,掌握基线数据,从而为更好地开展抗病毒治疗提供科学依据。; 罗周正杜波田晓东李贺马玉霞刘文新

川西北高原牦牛和藏猪源大肠杆菌生物被膜表型、耐药基因、整合酶基因和毒力基因检测被引量：5: 2021年; 【目的】对329株采自川西北高原牦牛和藏猪源大肠杆菌进行生物被膜形成能力、抗生素耐药基因、整合酶基因、毒力基因和遗传谱系分型分析,以期了解其耐药现状、毒力特性和优势遗传谱系分布等生物学特征。【方法】利用麦康凯培养基和15e肠杆菌科细菌生化编码鉴定管对牦牛和藏猪粪便和胃肠道内容物样本进行大肠杆菌分离和鉴定;采用改良结晶紫半定量染色法和微量肉汤稀释法分别对分离菌株进行生物被膜形成能力鉴定及其对24种抗菌药物的敏感性试验;采用普通PCR或多重PCR方法对28个耐药基因、2个整合酶基因、15个毒力基因进行检测和遗传谱系分型分析。【结果】(1)从471份牦牛、藏猪粪便和胃肠道内容物样本分离鉴定329株大肠杆菌,分离率为78.9%。(2)329株大肠杆菌大多表现出弱或无生物被膜形成能力,仅2株为强成膜能力表型(其中牦牛和藏猪源各1株)。(3)329株大肠杆菌对24种抗菌药物多表现出一定的耐药性并呈现多重耐药现象,其中对磺胺甲唑、磺胺二甲嘧啶、链霉素、氯霉素、氨苄西林、利福平和土霉素耐药率较高,对氨基糖苷类(卡那霉素、阿米卡星和壮观霉素)、β-内酰胺类(头孢噻呋、头孢曲松、头孢唑啉)、喹诺酮类(萘啶酸、沙拉沙星、恩诺沙星、环丙沙星、达氟沙星、左氧氟沙星)和多黏菌素B等敏感。(4)除cat1、cat2、bla_(CMY-2)、bla_(SHV)、tetC、tetG、tetX等7个耐药基因外,其他21个耐药基因检测结果均为阳性,其中以aac(6')-Ib最为流行,其次是sul1和floR,检出率均在30%以上。藏猪源大肠杆菌对喹诺酮类抗生素耐药与qnrA相关,牦牛源大肠杆菌对β-内酰胺类耐药性与bla_(TEM)和bla_(DHA)相关。(5)整合酶基因intⅠ1和intⅠ2的检出率分别为30.09%(99/329)和4.56%(15/329),其中10株大肠杆菌(牦牛源2株,藏猪源8株)同时检测到intⅠ1和intⅠ2。(6)毒力基因agn43、sitA、om; 陈朝喜李宇涵谭敏汪露黄志宏; 关键词：大肠杆菌生物被膜整合酶基因

大肠杆菌外膜蛋白ompF基因与Ⅰ类整合酶基因在生物被膜状态下表达相关性的研究被引量：2: 2020年; 本试验拟研究生物被膜状态下外膜蛋白ompF基因与大肠杆菌Ⅰ类整合酶基因表达的相关性,初步探讨外膜蛋白对Ⅰ类整合酶基因的调控作用。利用Red同源重组系统构建大肠杆菌野生株的ompF基因缺失株和回复株,分别检测它们的生长曲线,并通过实时荧光定量PCR(RT-PCR)检测生物被膜状态下亲本株,ompF基因缺失株和回复株的Ⅰ类整合酶基因mRNA的表达水平,分析它们的表达相关性。生长曲线检测发现ompF基因虽然不是大肠杆菌生长繁殖所必需的功能性基因,敲除后不会导致大肠杆菌的死亡,但会对大肠杆菌的生长有一定的影响。生物被膜状态下ompF基因缺失株Ⅰ类整合酶基因的表达水平比野生株明显降低,回复株Ⅰ类整合酶基因的表达水平有所升高,但未回复到野生株的表达水平。初步确定在生物被膜状态下,ompF基因对大肠杆菌Ⅰ类整合酶基因的表达有影响,此结果可为进一步研究生物被膜状态下大肠杆菌的耐药机制开拓新的研究方向。; 王艺凝周建华马丽娜李学瑞刘永生; 关键词：耐药基因

某院4株携带Ⅰ类整合酶基因的铜绿假单胞菌对碳青霉烯类抗菌药物的耐药机制研究被引量：1: 2020年; 目的分析该院4株不同耐药程度的Ⅰ类整合酶基因(IntⅠ)阳性铜绿假单胞菌(PA)的相关耐药机制,从而进一步研究不同耐药机制之间的相互作用。方法采用qPCR检测头孢他啶(CAZ)、亚胺培南(IMP)诱导下的4株PA的IntⅠmRNA的相对表达水平;采用PCR检测4株PA的β-内酰胺酶(blaTEM、blaNDM-1、blaVIM、blaIMP)、主动外排系统(MexAB-OprM)、外膜蛋白(OprD2)的表达水平,并采用qPCR检测4株PA的OprM、OprD2的表达水平;采用1%结晶紫染色检测4株PA的生物膜形成能力。结果编号为PA01、PA02、PA04的菌株在CAZ、IMP诱导下,IntⅠmRNA的相对表达水平均较对照组高(P<0.05),PA01、PA02的IntⅠmRNA的相对表达水平高于PA04,组间两两比较,差异均有统计学意义(P<0.05),并且在一定浓度范围内,IntⅠmRNA的相对表达水平随着抗菌药物的浓度增加而增加。但PA03菌株的IntⅠmRNA的相对表达水平较PA01、PA02、PA04低,组间比较差异无统计学意义(P>0.05)。PA01、PA02检测到blaTEM,而blaNDM-1、blaVIM和blaIMP均未被检测到;PA01、PA02的外排泵相对表达水平高于PA03、PA04(P<0.05);PA01、PA02的OprD2 mRNA的相对表达水平低于PA03、PA04(P<0.05);PA01、PA02的生物膜形成能力弱于PA03、PA04,且PA03菌株的生物膜形成能力最强。结论PA01、PA02、PA04的IntⅠ在抗菌药物的选择性压力下表达增强,并且PA01、PA02对碳青霉烯类耐药主要由IntⅠ高表达、外排泵过表达及膜通透性降低介导,与β-内酰胺酶及生物膜形成关系不大。; 何蕾阴晴周亚玲吴瑶; 关键词：铜绿假单胞菌主动外排泵外膜蛋白

双重RT-RPA法快速检测沙门氏菌及其1类整合酶基因被引量：7: 2019年; 以重组酶聚合酶扩增法(recombinase polymerase amplification, RPA)为技术基础,建立了一种能单管同时快速鉴定沙门氏菌及其耐药相关1类整合酶基因的双重荧光定量重组酶聚合酶扩增(duplex real-time recombinase polymerase amplification, RT-RPA)方法。该方法以沙门氏菌特异毒力基因fimY和细菌耐药相关1类整合酶基因intI1为靶标序列,设计特异性RPA引物与exo探针,建立双重RT-RPA方法。结果显示,在fimY引物终浓度320 nmol·L^(-1),intI1引物终浓度400 nmol·L^(-1),fimY探针终浓度60 nmol·L^(-1),intI1探针终浓度100 nmol·L^(-1),反应温度37℃,反应20 min时,双重RT-RPA扩增效率最高,且特异性好。灵敏度试验显示,沙门氏菌检测灵敏度为1.29×10~1 CFU·mL^(-1),intI1检测灵敏度为1.60×10~1 CFU·mL^(-1)。实际样品检测试验中,前期从生猪养殖场、屠宰场、超市和农贸市场筛选到61株沙门氏菌(2株携带intI1基因)、555株大肠埃希菌(均携带intI1基因),用建立的双重RT-RPA方法对上述菌株进行检测,可以同时鉴定出沙门氏菌及intI1基因。该方法与传统培养方法和聚合酶链式反应(polymerase chain reaction, PCR)法相比,具有特异性强、灵敏度高、速度快(检测时间20 min)等优点,为快速鉴定携带耐药相关整合酶基因intI1的沙门氏菌提供了准确有效的方法,可为耐药有害微生物的快速鉴定奠定基础。; 程辉梁奕俞圣韬叶仲杜蒋晗朱诚; 关键词：沙门氏菌

云南省HIV/AIDS病人原发性整合酶基因耐药突变情况被引量：19: 2019年; 目的分析云南省原发性整合酶基因突变及相关耐药情况,为治疗提供参考依据。方法采集2015—2016年云南省14个地州(市)未接受过含整合酶抑制剂(INIs)抗病毒治疗的531例HIV-1感染者外周静脉血,分离血浆,-80℃冻存备用。所有感染者均进行个案流行病学调查并签署知情同意书。采用反转录/巢式聚合酶链式反应扩增病毒pol基因区并进行序列测定,分析IN区耐药突变位点及其耐药程度。结果 531例未经INIs抗病毒治疗的病人血浆扩增成功513例,5.7%(29/513)存在原发IN基因突变,其中9例病人表现出对INIs原发性耐药。全部INIs耐药毒株均属于交叉耐药,包括5例部分交叉耐药和4例完全交叉耐药。共检出10个IN区主要突变位点,其中T66A、E92A/G、G118R、 E138A/K、 G140A、Y143S、 P145S和Q148H等8种主要突变类型引起INIs不同程度耐药;共检出8个IN次要突变位点,A128T出现频率最高,引起INIs耐药的次要突变位点是S153F和G163R。结论云南省存在原发性INIs基因突变且变异位点具有多样性和特异性,应加强IN区耐药监测,合理调整INIs的用药方案。; 邓雪媚刘家法张米李健健杨壁珲舒远路董兴齐; 关键词：艾滋病病毒整合酶抑制剂原发耐药

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