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根虫瘟霉和相关种的分类地位研究及其ITS核苷酸序列分析: 2019年; 根虫瘟霉是最常见的一种虫霉,寄主广泛,世界广布。目前有学者认为该种是个复合种。本研究对世界不同地区和不同寄主的根虫瘟霉及其近缘类群总计19个菌株,进行3个靶位点(ITS、LSU rDNA、RPB2)的分子系统发育学分析。结果显示,根虫瘟霉ITS长度较为保守性,介于1321-1324bp之间,而所研究的虫霉亚门的其他类群的长度范围较大,为556-1654bp。本研究确认根虫瘟霉是单系种,同时西虫瘟霉、矛孢虫瘟霉和英吉利虫瘟霉具有明确种的分类地位。鬼笔状虫瘟霉种应该被视为西虫瘟霉的异名。; 陈名君林俨黄勃; 关键词：复合种系统发育学

新等位基因HLA-B＊13：01：06的核苷酸序列分析被引量：1: 2014年; 目的对1例HLA新等位基因进行确认并分析其核苷酸序列。方法采用Qiagen试剂盒提取样本DNA，PCR-测序分型技术获得HLA-A、HLAB、HLA-C、HLA-DRBl的核苷酸序列及HLA高分辨率分型结果，并分析HLA-B位点与HLA-B＊13：01：01等位基因序列的异同。结果HLA-B位点中发现1个与HLA-B＊13：01：01核苷酸序列高度相似的新等位基因，与HLA-B＊13：01：01相比，该等位基因第2外显子的219位碱基出现G→A点突变，49位密码子由GCG→GCA，两者编码的氨基酸相同。结论该基因序列为新的HLA等位基因，并被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B＊13：01：06。; 熊白玉谭茵黄颖烽杨劭宇罗宏图沈樑周泰成肖灿军; 关键词：等位基因 HLA 测序分型

甲型肝炎病毒Js-4株经人二倍体细胞传代后的核苷酸序列分析被引量：1: 2012年; 目的分析甲型肝炎病毒(Hepatitis A virus,HAV)Js-4株经人二倍体细胞MRC-5传代后的核苷酸序列变异情况。方法将HAV Js-4株经Vero细胞适应14代获得的原始株Js-4-V14经人二倍体细胞MRC-5于35℃连续适应培养15代,取其中8个适应株(Js-4-M2、Js-4-M3、Js-4-M4、Js-4-M5、Js-4-M10、Js-4-M12、Js-4-M14、Js-4-M15)及原始株,提取病毒基因组RNA,通过RT-PCR扩增病毒全基因组,采用生物信息学软件DNAstar Lasergene 7进行序列分析。结果 8个适应株全基因组与Js-4-V14株的核苷酸序列同源性在99.8%～100.0%之间;第5代适应株在5′-NCR(101～200 bp)发生较大变异,表现为105～157 bp缺失,之后该突变稳定遗传;第10、12、14、15代适应株在2A(3 012～3 210 bp)区段3 122位点发生点突变;8个适应株和Js-4-V14毒株与野毒株HM175为同一基因亚型,均为IB型;9个毒株的主要抗原位点与野生株HM175完全一致。结论 HAV Js-4-V14株在MRC-5细胞传代适应过程中,主要抗原位点未发生突变,其与细胞适应性和病毒增殖有关的基因在传代早期已经变异,传代后期这些变异保持相对稳定。; 胡艳灵陈统球黄明戚凤春崔燕萍潘翔; 关键词：连续传代

新等位基因HLA-B* 56:21的核苷酸序列分析: 目的确认HLA新等位基因HLA-B*56∶21并分析其有异常反应格局的核苷酸序列。方法标本DNA抽提采用美国Tiangen试剂盒,采用聚合酶链反应序列-特异寡核苷酸探针杂交技术(PCR-SSOP)进行HLA分型,发现1个...; 李鑫丁镌侯玲刘杰; 关键词：基因分型 SBT

新等位基因HLA-B＊56：21的核苷酸序列分析: 2012年; 目的确认HLA新等位基因HLA-B*56∶21并分析其有异常反应格局的核苷酸序列。方法标本DNA抽提采用美国Tiangen试剂盒,采用聚合酶链反应序列-特异寡核苷酸探针杂交技术(PCR-SSOP)进行HLA分型,发现1个与HLA-B*56相关的异常基因,使用DNA测序分型技术(PCR-SBT)直接测定其基因序列,并分析其与最接近的HLA-B*56∶05∶02和HLA-B*56∶07基因序列的差异。结果新基因与所有已知的HLA-B等位基因序列均不相同,与HLA-B*56∶05∶02基因序列相比在第2外显子有6个碱基发生替代,导致5个氨基酸发生改变;与HLA-B*56∶07相比,在第2外显子序列仅有2个碱基被替代,第3外显子序列有6个碱基被替代,也导致5个氨基酸发生改变。结论发现1个新的HLA-B等位基因,现已被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*56∶21,新等位基因HLA-B*56∶21与HLA-B*56∶05∶02、HLA-B*56∶07均有很高相似性。; 李鑫丁镌侯玲刘杰; 关键词：基因分型 SBT

蚕豆萎蔫病毒2的分子鉴定及RNA1组分5′末端核苷酸序列分析被引量：4: 2012年; 用蚕豆病毒属(Fabavirus)的兼并引物Fab5′R1F和Fab5R′1R对自然感病的4株加工番茄、1株辣椒和2株一串红病株进行RT-PCR,将扩增到的长约400bp的片段进行克隆和测序。结果发现:来自7个病株的9个病毒分离物均为蚕豆萎蔫病毒2(BBWV-2)基因组RNA1组分5′末端的353～392个核苷酸;同源性比较表明,9个序列之间的同源性为90.4%～99.2%,与已报道的BBWV2的同源性为89.5%～95.9%。序列比对发现,BBWV2基因组RNA1组分5′末端非编码区包含了由11个碱基(AAACAGCUUUC)组成的重复序列,而分别来自加工番茄分离物XJ14-1b和一串红的分离物S12在重复序列区段内比其它所有分离物缺少了包括2个重复序列在内的36个碱基。; 刘炜炜许文博刘升学黄家风; 关键词：分子鉴定

多浪羊IFN-γ基因克隆及核苷酸序列分析被引量：1: 2011年; 为了分析新疆多浪羊的IFN-γ基因,根据GenBank中NM_001009803的mRNA序列设计引物,以新疆多浪羊淋巴细胞的总RNA为模板,用RT-PCR扩增多浪羊IFN-γ基因序列。测序结果表明I,FN-γ基因序列包含了一个582 bp的开放阅读框,通过GenBank中的Blastn序列比较分析,多浪羊的IFN-γ基因与普通绵羊的同源性高达99.82%,为多浪羊IFN-γ的功能研究及多浪羊免疫应答基因的筛选奠定基础。; 左文斌潘辉李莲瑞; 关键词：多浪羊 IFN-Γ 基因克隆核苷酸序列分析

新疆卡拉库尔羊Fas基因的克隆及核苷酸序列分析被引量：1: 2011年; 为了分析新疆卡拉库尔羊的Fas基因,根据普通绵羊的碱基序列和相关文献设计引物,用RT-PCR扩增并测定了卡拉库尔羊Fas基因的cDNA序列。结果表明,Fas基因cDNA序列包含了一个750 bp的开放阅读框,通过GenBank中的Blastn序列比较分析,卡拉库尔羊的Fas基因与普通绵羊的同源性高达99.69%。这为将来制备卡拉库尔羊Fas基因探针及卡拉库尔羊分子免疫学的发展提供了理论依据。; 潘辉贺艳艳李莲瑞; 关键词：FAS基因核苷酸序列分析

新疆卡拉库尔羊TNF-α基因的克隆及核苷酸序列分析: 2011年; 根据普通绵羊的碱基序列和相关文献设计引物,用RT-PCR扩增并测定了卡拉库尔羊肿瘤坏死因子-α基因的cDNA序列。结果表明,TNF-αcDNA序列包含了一个705 bp的开放阅读框,通过GenBank中的Blastn序列比较分析,卡拉库尔羊的TNF-α基因与普通绵羊的同源性高达99.86%。这为将来制备卡拉库尔羊TNF-α基因探针及卡拉库尔羊分子免疫学的发展提供了理论依据。; 贺艳艳潘辉刘书东左文斌李莲瑞; 关键词：肿瘤坏死因子-Α 核苷酸序列分析

福建省肠道病毒71型分离株(2010FJLY008)全基因组核苷酸序列分析被引量：6: 2011年; 目的了解肠道病毒71型在福建省的遗传背景,追踪EV71流行过程中可能发生的变异。方法对2010年福建1例手足口病患儿标本中分离到的1株肠道病毒71型分离株(2010FJLY008)进行全基因组核苷酸序列测定,并对基因组序列进行同源性比较及遗传进化分析。结果 2010FJLY008株全长7 403bp,核苷酸及编码氨基酸序列同源性比较,均与08年阜阳流行株Fuyang17.08-2同源性最高,整个基因组核苷酸同源性为98.2%,氨基酸同源性为99.5%;全长基因组核苷酸序列遗传进化分析及VP1区基因遗传进化分析,与Fuyang17.08-2株进化关系较为接近,同属于C4a基因亚型。结论 2010年福建省EV71型病毒流行株(2010FJLY008)在病毒基因组结构、基因组核苷酸同源性比较、编码氨基酸同源性比较、全长基因组核苷酸序列遗传进化分析及VP1区基因遗传进化分析等方面,均与2008年阜阳流行株(Fuyang17.08-2)关系密切,未产生明显的抗原漂移及变异。; 陈炜周朝晖沈晓娜张拥军谢剑锋吴冰珊王金章翁育伟郑奎城严延生; 关键词：肠道病毒71型全基因组核苷酸序列分析

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