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基于线粒体全基因组的柴达木牛母系遗传多样性、群体结构及系统发育分析: 2025年; 【目的】从全线粒体基因组水平探究柴达木牛的母系遗传多样性、群体结构及与其他黄牛品种间的遗传关系。【方法】采用全基因组重测序技术对60头柴达木牛进行重测序,获取每个个体的线粒体全基因组全序列,并从GenBank下载已公布的我国5个北方黄牛品种(即蒙古牛、西藏牛、哈萨克牛、延边牛和安西牛)和2个国外培育品种(荷斯坦牛和日本和牛)的共129条线粒体全基因组相应序列进行综合分析,以揭示柴达木牛线粒体基因组遗传变异,明确其母系遗传多样性水平、群体遗传结构组成、母系遗传背景及与我国北方部分地方黄牛品种、国外培育品种间的遗传关系。【结果】①60头柴达木牛线粒体全基因组序列比对分析共发现346个多态位点,其中单一多态位点51个,简约信息位点295个;根据序列间核苷酸变异共确定37种单倍型(H1~H37)。遗传多样性分析显示,柴达木牛线粒体基因组单倍型多样度为(0.9810±0.0060),核苷酸多样度为(0.0033±0.0002),提示其拥有丰富的母系遗传多样性。②系统发育分析表明,柴达木牛拥有普通牛和瘤牛2大母系支系,且以普通牛T支系为主,拥有T1、T2、T3、T4、I1和I2共6种亚单倍型组,提示柴达木牛拥有普通牛和瘤牛血统,有两个母系起源。③群体遗传分化分析表明,柴达木牛与蒙古牛、西藏牛、哈萨克牛、延边牛、日本和牛遗传分化程度均很弱,而与安西牛、荷斯坦牛达到中等遗传分化程度。④聚类分析显示,柴达木牛与蒙古牛聚类关系最近,与西藏牛、哈萨克牛、安西牛、延边牛聚类关系相对较近,与日本和牛、荷斯坦牛聚类关系较远,其聚类结果与分化程度基本一致。【结论】柴达木牛拥有丰富的母系遗传多样性,由普通牛和瘤牛两个母系支系组成,含有T1、T2、T3、T4、I1和I2共6种亚单倍型组,推测其有2个母系起源。柴达木牛与蒙古牛亲缘关系�; 魏旭东刘瑞林李瑞哲张卫忠王启辉赵海明郭卫兴许正全尕藏当周韩赟雷初朝马志杰; 关键词：MTDNA 母系起源

新疆褐牛遗传多样性和母系遗传背景分析: 2025年; 为客观评价并挖掘新疆褐牛遗传资源和种质资源,开展了新疆褐牛及其杂交类群母系遗传背景和分子遗传特性研究。将新疆褐牛的mtDNA D-Loop区作为遗传标记位点,开展基因组DNA PCR扩增和测序;同时将5个引进品种和6个中国地方黄牛品种的mtDNA D-Loop区核苷酸序列作为对照,对核苷酸多态位点、单倍型数、核苷酸多样性等指标进行分析,构建系统发育树。结果显示,碱基A和T在新疆褐牛及其杂交类群mtDNA D-Loop区含量丰富,A、T、C、G的平均含量分别为32.75%、28.78%、24.65%和13.82%,C+G的平均含量(38.47%)显著低于A+T的平均含量(61.53%);检测到89处多态位点中有25处为单一多态位点,64处多态位点为简约信息位点;界定了55种单倍型;新疆褐牛及其杂交类群与欧洲普通牛、非洲瘤牛聚为一类。表明新疆褐牛及其杂交类群mtDNA D-Loop区核苷酸变异丰富,群体变异程度较高,新疆褐牛具有多元化的起源特点,兼具普通牛和瘤牛两个遗传背景。; 杜玮周振勇叶志兵崔繁荣马义诚袁理星李红波; 关键词：新疆褐牛系统发育

天祝白牦牛全线粒体基因组母系遗传多样性被引量：2: 2024年; 为从基因组水平上揭示天祝白牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构和母系遗传背景,本研究利用基因组重测序技术,测定42头天祝白牦牛的全基因组序列,获取其线粒体基因组全序列,并从GenBank中下载1条已公布的天祝白牦牛线粒体基因组全序列,对共计43条天祝白牦牛线粒体基因组全序列进行综合分析。结果表明:从43条天祝白牦牛线粒体基因组全序列中共识别出971个变异位点,包括25个单一多态位点和946个简约信息位点;通过序列间核苷酸变异确定了20种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.907和0.013,表明天祝白牦牛拥有较为丰富的母系遗传多样性。与野牦牛及环湖、雪多、玉树、青海高原、帕米尔等牦牛品种相比,天祝白牦牛母系遗传多样性相对较低。利用美洲野牛作为参考外群进行系统发育分析,20种单倍型分布于5种单倍型组(A、B、C、E和G)中,归属于3个母系遗传支系(Mt-Ⅰ、Mt-Ⅱ和Mt-Ⅲ),以Mt-Ⅰ支系为主,推测其有3个母系起源。; 曹萍徐宇辉刘瑞林陈生梅李瑞哲薛斌马志杰; 关键词：天祝白牦牛线粒体基因组系统发育

柴达木牛母系遗传多样性、分化及与我国北方黄牛品种间的遗传关系被引量：1: 2024年; 为从分子水平上探究柴达木牛的母系遗传多样性、群体结构、遗传背景及与我国北方其他黄牛品种间的遗传关系,本研究对265头柴达木牛个体mtDNA D-loop区全序列进行测定,并从GenBank下载了我国北方13个其他地方黄牛品种(群体)的206条相应序列,以雷州牛为参照对15个黄牛品种(群体)的480条mtDNAD-loop区序列进行综合分析。结果表明:柴达木牛mtDNAD-loop区核苷酸序列长度在909~916bp之间,排除插入/缺失后多序列比对分析共检测到86个核苷酸多态位点,包括15个单一多态位点和71个简约信息位点;依据序列间核苷酸变异在柴达木牛中共确定了56种单倍型。遗传多样性分析表明,柴达木牛具有丰富的母系遗传多样性,其单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.957 3±0.004 1和0.161 6±0.080 5;品种内大柴旦、茫崖、都兰3个群体相比乌兰、格尔木2个群体具有更高的遗传变异,母系遗传多样性水平更高。遗传分化分析表明,柴达木牛品种内群体间存在不同程度的遗传分化(FST=0.020 2~0.192 8),但各群体间分化程度整体水平较高,部分群体间达到中等及中等以上分化程度。系统发育分析表明,柴达木牛由2个母系支系组成,包含普通牛T1~T5和瘤牛I1 6种单倍型组,以T2和T3单倍型组为主,拥有普通牛和瘤牛混合血统,但受到约0.75%的牦牛基因渐渗影响。聚类分析显示,柴达木牛与蒙古牛、秦川牛遗传关系最近,与安西牛、延边牛、长白山牛、沿江牛、西藏牛品种(群体)间聚类关系较近,与哈萨克牛、阿尔泰牛、临夏牛、武威牛亲缘关系较远,而与阿沛甲咂牛、日喀则牛、雷州牛遗传关系最远。; 马志杰魏旭东盛欣吴志鹏陈生梅陈生梅晁生玉雷初朝; 关键词：分化系统发育

基于mtDNA D-loop序列分析青海省果洛州牦牛遗传资源的母系遗传多样性及群体遗传结构被引量：1: 2024年; 为从分子水平上对青海省果洛藏族自治州牦牛遗传资源进行系统评估,分析其母系遗传多样性、群体遗传结构和群体遗传分化,本研究对甘德、班玛、久治和玛多牦牛群体共152头个体进行线粒体DNA(mtDNA)D-loop区测序,并从GenBank下载已公布的37条达日牦牛和32条玛沁牦牛的相应序列,对这6个牦牛群体mtDNA D-loop序列进行综合分析。结果表明:(1)221条牦牛mtDNA D-loop序列(636~638 bp)比对分析共检测出57个变异位点,包括8个单一多态位点和49个简约信息位点。根据D-loop序列间核苷酸变异共确定了45种单倍型,其中班玛、达日、甘德、久治、玛多、玛沁牦牛群体分别拥有1、6、5、4、7、6种特有单倍型。(2)6个牦牛群体总的单倍型多样度和核苷酸多样度为0.901和0.014,表明其母系遗传多样性丰富。其中,甘德牦牛的单倍型多样度最高(Hd=0.951),久治牦牛的单倍型多样度最低(Hd=0.818)。(3)遗传分化和基因流分析表明,除久治牦牛与班玛、甘德、玛沁牦牛群体间分化程度均呈中等遗传分化水平(0.05≤FST<0.15),基因交流相对贫乏外,其他牦牛群体间FST值较小(0母系遗传支系(即Mt-Ⅰ、Mt-Ⅱ和Mt-Ⅲ)组成外,其他群体均由Mt-Ⅰ和Mt-Ⅱ2个母系支系组成,推测果洛藏族自治州中久治牦牛群体有3个母系起源,其他牦牛群体均有2个母系起源。综上,青海省果洛藏族自治州6个牦牛群体均拥有特殊的母系遗传信息且母系遗传多样性较为丰富;各牦牛群体间遗传分化程度整体较弱;久治、甘德和班玛3个牦牛群体间亲缘关系较近,而玛多、玛沁和达日3个牦牛群体间亲缘关系较近;除久治牦牛群体有3个母系�; 曹萍梅萨陈生梅李鸿康郭卫兴李瑞哲达桑才加莫延新官却扎西忠尕李文浩刘书杰崔宏伟马志杰; 关键词：牦牛遗传分化

基于mtDNA Cyt b序列变异探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景被引量：3: 2023年; 为探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究随机选取柴达木黄牛5个主产区268个个体,通过PCR方法和直接测序技术得到其mtDNA Cyt b基因全序列,使用生物信息学软件分析其遗传多样性、分化及母系起源,进而在分子水平上揭示其母系遗传多样性水平、分化程度及母系遗传背景。结果表明:柴达木黄牛Cyt b基因核苷酸序列长度为1140 bp,比对分析共检测到29个核苷酸多态位点,其中单一多态位点4个,简约信息位点25个;依据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型,其中优势单倍型为H2,品种单倍型多样度为0.5882±0.0300,核苷酸多样度为0.0040±0.0022,表明柴达木黄牛具有较丰富的母系遗传多样性。柴达木黄牛品种内5个群体间分化指数Fst值在-0.0104~0.1618,提示品种内群体间分化程度存在差异,其中格尔木群体与乌兰群体间分化程度最大(Fst=0.1618),大柴旦群体和茫崖群体间的分化程度最小(Fst=-0.0104)。基于UPGMA法的品种内群体间聚类关系表明,柴达木黄牛品种内5个群体可聚为2类,其中格尔木群体与都兰群体最先聚在一起,大柴旦群体与茫崖群体也最先聚为一起,随后它们再聚为1类,而乌兰群体单独为另一类,2类最后聚为一大类。系统发育分析表明,柴达木黄牛由普通牛和瘤牛2个母系遗传支系组成,表明柴达木黄牛有普通牛和瘤牛2个母系起源且以普通牛起源为主。此外,研究发现,茫崖、乌兰、都兰各群体均有1个个体为牦牛mtDNA Cyt b单倍型序列类型,占总头数的1.12%,提示柴达木黄牛品种中存在一定程度的牦牛基因渗入。; 杨秋蕾魏旭东马志杰陈生梅晁生玉乌兰巴特尔; 关键词：柴达木黄牛 MTDNA 分化母系起源

贵州半细毛羊线粒体D-loop区母系遗传结构分析: 2022年; 贵州半细毛羊是贵州省培育出的绵羊品种,为贵州绵羊的育种保种和开发利用提供科学依据,对20只贵州半细毛羊的线粒体DNA D-loop序列进行PCR扩增测序与分析,探究贵州半细毛羊母系的遗传结构。结果表明:20只贵州半细毛羊个体的A、G、C、T平均含量分别为33.1%、14.4%、22.9%、29.7%,其中A+T为62.8%,G+C为37.3%,A+T含量明显高于G+C含量。20条序列中共发现多态位点84个,其中转换83个,颠换1个。通过构建遗传发育树发现贵州半细毛羊有两个母系起源。; 张继吴雪刘若余; 关键词：贵州半细毛羊母系

囊谦青牦牛母系遗传多样性及遗传背景探析: 2022年; 为从分子水平上揭示青海省囊谦青牦牛的母系遗传多样性、群体结构及遗传背景,对31头囊谦青牦牛mtDNA D-loop区序列进行PCR扩增、测序和序列比对分析,确定序列变异位点和单倍型数目,计算单倍型多样度和核苷酸多样度大小,并进行系统发育分析。结果表明,在囊谦青牦牛618 bp D-loop区序列分析中,共检测到34个多态位点,包括8个单一多态位点和26个简约信息位点。根据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型,单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.846±0.055和0.011±0.005。与野牦牛及我国其他18个家牦牛品种相比,囊谦青牦牛群体核苷酸多样度和单倍型多样度值均较低,表明囊谦青牦牛母系遗传多样性水平较低。以美洲野牛为外群构建的系统发育树结果显示,囊谦青牦牛群体的12种单倍型分布在3种单倍型组A、C、D中,且聚为2个大的分支,提示囊谦青牦牛由2个母系支系组成,拥有2个母系起源。综上,囊谦青牦牛群体母系遗传多样性较低,由2个母系支系组成,推测其有2个母系起源。; 曹萍马志杰才仁扎西陈生梅陈生梅雷初朝刘书杰雷初朝刘书杰; 关键词：系统发育

青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性及支系组成被引量：6: 2022年; [目的]从分子水平上探究青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法]对49头格尔木牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行了测定,后使用DnaSP 5.10.01、Arlequin 3.11和MEGA 5.05等生物信息学软件确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度和单倍型多样度大小,并进行系统发育分析。[结果]在截取的618 bp格尔木牦牛D-loop区分析序列中,排除1处插入(缺失)后共检测到45处多态位点,包括10处单一多态位点和35处简约信息位点;根据序列间核苷酸变异共确定了18种单倍型,其中单倍型H4为优势单倍型,核苷酸多样度为0.015±0.008,单倍型多样度为0.911±0.022。与野牦牛及大通、天祝、金川等其他家牦牛品种相比,格尔木牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较高,表明该群体具有丰富的母系遗传多样性。以美洲野牛为外群,邻接法(即NJ法)构建的系统发育树结果显示:格尔木牦牛群体18种单倍型分布在A、B、C、D和G 5种单倍型组中,且聚为3个大的分支,提示格尔木牦牛由3个母系支系组成,拥有3个母系起源。[结论]格尔木牦牛群体具有丰富的母系遗传多样性,由3个母系支系组成,推测其有3个母系起源。; 白诗睿马志杰李广祯杨振菲陈生梅谢银禄郭东风陈立; 关键词：MTDNA D-LOOP区

唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性及遗传结构分析被引量：1: 2022年; [目的]旨在从分子水平上揭示并探究青海省唐古拉山牦牛群体的母系遗传多样性、群体结构及遗传背景。[方法]对52头唐古拉山牦牛个体mtDNA D-loop区序列进行PCR扩增、测序后,再进行序列比对分析并使用生物信息学软件确定其核苷酸变异位点和单倍型数目,计算单倍型多样度和核苷酸多样度值大小,并进行系统发育分析。[结果]在619 bp唐古拉山牦牛D-loop区序列分析中,排除2处插入(缺失)后,共检测到31个多态位点,其中包括5个单一多态位点和26个简约信息位点。根据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,核苷酸多样度和单倍型多样度分别为0.007±0.004和0.821±0.043。唐古拉山牦牛与我国其他18个家牦牛品种和野牦牛相比,唐古拉山牦牛群体核苷酸多样度和单倍型多样度值均较低,表明该群体遗传变异较为贫乏且母系遗传多样性水平较低。以美洲野牛为外群,邻接法(即NJ法)构建的系统发育树结果显示:唐古拉山牦牛群体13种单倍型分布在A、B、C、D和E 5种单倍型组中,且聚为2个大的母系分支(即I和II),支系Ⅰ占比为77%,提示唐古拉山牦牛由2个母系支系组成,拥有2个母系起源且以支系Ⅰ为主。[结论]唐古拉山牦牛母系遗传多样性水平较低,由2个母系支系组成,以支系Ⅰ为主,推测其有2个母系起源。; 马玉兰曹萍马志杰陈生梅陈生梅刘书杰郭东风

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