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环形泰勒虫裂殖体转化细胞抑制性消减文库的构建及差异基因的鉴定
环形泰勒虫病(Tropical theileriasis)是由环形泰勒虫(Theileria annulata)寄生于牛淋巴细胞、巨噬细胞和红细胞内所引起的一种蜱传性血液原虫病。环形泰勒虫及同属的小泰勒虫(T.parva...
赵洪喜
关键词:环形泰勒虫抑制性消减杂交转化细胞
文献传递
环形泰勒虫感染细胞抑制性消减文库的构建及ESTs分析被引量:1
2015年
【目的】环形泰勒虫(Theileria annulata)可以感染牛B淋巴细胞、树突状细胞和巨噬细胞,并可使被感染细胞发生转化,体外培养时可获得类似肿瘤样细胞的无限增殖能力。本研究通过构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库,筛选环形泰勒虫裂殖体基因及转化细胞与宿主正常细胞之间的差异表达基因。【方法】以环形泰勒虫裂殖体转化细胞和非感染牛外周血单个核细胞(即非转化宿主细胞)为试验材料,提取总RNA和m RNA,反转录合成c DNA;然后分别作为tester和driver,进行抑制性消减杂交(SSH),构建环形泰勒虫转化和非转化宿主细胞抑制性消减文库;对随机挑取的阳性克隆进行测序及生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR对文库部分差异基因进行验证。【结果】通过对文库454个阳性克隆进行测序,共获得了有效表达序列标签(ESTs)364条,大小主要分布在350—1 200 bp之间;将这些ESTs序列在Gen Bank中进行BLASTn网上序列比对,其匹配于192条基因序列;其中包括环形泰勒虫序列60条(11条为虫体蛋白酶基因序列、10条为膜蛋白基因序列、7条为假设蛋白基因序列、5条为凋亡相关虫体蛋白基因序列、5条为核糖体蛋白基因序列、4条为细胞周期蛋白基因序列、4条为虫体抗原基因序列和虫体其它基因序列14条)、牛基因序列131条(其中19条为肿瘤相关蛋白基因序列)和1条未知序列;其中已有功能注释的ESTs 285条,再将已知功能的ESTs通过WEGO软件从生物学过程(biological process)、细胞组成(cellular component)和分子功能(molecular function)3个部分进行GO聚类分析,结果表明,宿主细胞差异基因主要集中在细胞、细胞进程、结合、催化、代谢进程、生物调节等功能方面。另外,通过对部分环形泰勒虫裂殖体转化宿主细胞差异基因进行荧光定量PCR分析,结果表明,肿瘤相关基因HCLS1和SENP5在转化宿主细�
赵洪喜刘军龙李有全杨聪山赵帅阳刘娟刘爱红谢俊仁田占成刘志杰刘光远殷宏关贵全罗建勋
关键词:环形泰勒虫抑制性消减杂交ESTS
杂交盘羊尾部抑制性消减文库的构建与转录组初步分析
绵羊生产中一直有为羔羊断尾的工作,不仅增加了工作量而且操作不当会使羔羊死亡,本实验室羊场有含75%血盘羊,其尾部短小,无需断尾。为探讨盘羊小尾形成的分子机制,本研究以含25%血杂交盘羊和含75%血杂交盘羊尾部组织为研究对...
张烨华
关键词:抑制性消减杂交转录组
文献传递
Construction and analysis of the c DNA subtraction library of yeast and mycelial phases of Sporothrix globosa isolated in China: identification of differentially expressed genes
2015年
Species included in the Sporothrix schenckii complex are temperature-dependent with dimorphic growth and cause sporotrichosis that is characterized by chronic and fatal lymphocutaneous lesions. The putative species included in the Sporothrix complex are S. brasiliensis, S. globosa, S. mexicana, S. pallida, S. schenckii, and S. lurei. S. globosa is the causal agent of sporotrichosis in China, and its pathogenicity appears to be closely related to the di- morphic transition, i.e. from the mycelial to the yeast phase, it adapts to changing environmental conditions. To determine the molecular mechanisms of the switching process that mediates the dimorphic transition of S. globosa, suppression subtractive hybridization (SSH) was used to prepare a complementary DNA (cDNA) subtraction library from the yeast and mycelial phases. Bioinformatics analysis was performed to profile the relationship between dif- ferently expressed genes and the dimorphic transition. Two genes that were expressed at higher levels by the yeast form were selected, and their differential expression levels were verified using a quantitative real-time reverse transcriptase polymerase chain reaction (qRT-PCR). It is believed that these differently expressed genes are involved in the pathogenesis of S. globosa infection in China.
Qing-bi HUYu HEXun ZHOU
关键词:DIMORPHISM
杜洛克与梅山猪大卵泡消减文库的构建被引量:1
2014年
为了鉴定杜洛克猪相对于梅山猪在大卵泡中高表达的基因,本研究应用抑制性消减杂交技术成功构建了以梅山大卵泡c DNA为driver,杜洛克大卵泡c DNA为tester的消减c DNA文库。结果显示:以G3PDH和β-actin为指标检测文库消减效率为25,从该文库中获取了350个有效的阳性克隆,PCR检测插入片段主要分布在150-750 bp。克隆测序得到74个有效的EST序列,GO分析表明主要与细胞信号、细胞结构、代谢、细胞分化、基因/蛋白质合成、细胞组织防护等功能相关。利用q PCR技术验证了ELTD1、Grb14、SNRPE、CSDE1、ALDH18A1、e IF4E、BMPR-IB等基因在梅山和杜洛克大卵泡中的表达模式。结果发现在两猪种的大卵泡间存在显著性差异。本研究有助于揭示影响猪卵泡发育和生殖数量控制的分子基础。
杨飞黄涛赵志超刘丽娟李大全王宵燕宋成义
关键词:杜洛克抑制性消减杂交CDNA文库
绵羊卵巢组织消减文库构建及基因的定量研究
功构建的非繁殖季节湖羊、繁殖季节中国美利奴羊和繁殖季节湖羊卵巢消减文库进行文库间差异基因的比较.结果发现:铁蛋白重链多肽1(Fth1)、翻译调节肿瘤蛋白1(Tpt1)、核糖体蛋白11(Rpl11)和核糖体蛋白27a(Rp...
林杉田占伟古丽汗·阿不都热木陈磊张文祥赵宗胜
关键词:绵羊卵巢组织消减文库基因表达
绵羊卵巢组织消减文库构建及基因的定量研究
2014年
对成功构建的非繁殖季节湖羊、繁殖季节中国美利奴羊和繁殖季节湖羊卵巢消减文库进行文库间差异基因的比较。结果发现:铁蛋白重链多肽1(Fth1)、翻译调节肿瘤蛋白1(Tpt1)、核糖体蛋白11(Rpl11)和核糖体蛋白27a(Rps27a)在所构建的3个卵巢消减cDNA文库中均有表达。利用实时定量PCR对Fth1、Tpt1、Rpl11和Rps27a在卵巢组织中的表达进行验证,从而表明这些基因在上述发情期绵羊卵巢组织中的表达量显著高于乏情期。
林杉田占伟古丽汗.阿不都热木陈磊张文祥赵宗胜
关键词:绵羊抑制消减杂交卵巢发情差异表达基因
大豆花叶病毒侵染初期抑制消减文库构建及初步分析被引量:1
2014年
大豆花叶病毒病是危害大豆产量和品质的重要病害之一,通过分子手段研究SMV抗性相关基因可以辅助抗病育种工作。本研究以感病品系Sowonkong和它的抗病近等基因系(Near-isogenic line,NIL)Suwon243为材料,利用抑制差减杂交技术构建了一个大豆花叶病毒接种初期的cDNA文库。随机挑取50个阳性克隆测序,获得高质量的EST 37个。所得EST核苷酸长度分布在126~1 003bp。功能已知基因的EST涉及抗病与防御、能量和初级代谢、蛋白质合成和加工转录修饰、信号转导相关基因,其中:过氧化氢酶片段长度最长达1 003bp。
吴艳艳张学玲徐伟蔡春梅
关键词:大豆大豆花叶病毒抑制消减杂交
吉富罗非鱼YY超雄鱼和XY雄鱼消减文库的构建及差异基因分析被引量:1
2014年
以吉富罗非鱼YY超雄鱼和XY雄鱼的血液为试验材料,采用抑制性消减杂交技术(SSH)构建YY超雄罗非鱼和XY雄鱼的消减文库.采用PCR方法评价文库的质量后,通过DNA测序技术对204个克隆进行测序,经手动去除载体和引物序列后获得86条Contig,应用BLASTX和BioGPS程序对所获Contigs进行生物信息学分析.成功构建了吉富罗非鱼YY超雄鱼和XY雄鱼消减文库,文库库容量(CFU)为3860,库重组率为95%,所获得的DNA片段集中分布在400~ 650 bp之间.获得31条罗非鱼序列,19条非罗非鱼序列,36条序列未发现同源蛋白,可能为YY罗非鱼的新基因.对罗非鱼种属的25条差异序列进行BioGPS功能分类分析发现这些序列参与12个生物过程,可将其分为至少8个不同的分子功能群.所获序列中编码磷酸甘油酰基转移酶-4样蛋白和N-(-乙酰转移酶-10 X2同种型的基因可能与罗非鱼的性发生发育相关.进一步分析发现血红蛋白、促红细胞生成素受体样蛋白、热休克蛋白、谷光氨肽样蛋白和锌指蛋白Gfi-1B样蛋白可能在YY超雄罗非鱼抗环境温度和应激方面发挥重要作用.所构建的吉富罗非鱼YY超雄鱼和XY雄鱼消减文库质量较高,适合YY超雄罗非鱼与XY雄鱼差异基因的筛选,为今后开发YY超雄罗非鱼性别鉴定方法奠定了坚实基础.
陈明罗洪林朱佳杰王瑞甘西罗永巨李莉萍
关键词:吉富罗非鱼消减文库差异基因
黄鳝性腺抑制性消减文库的构建及分析
本研究以黄鳝为实验材料,利用组织学切片技术,选取Ⅳ期卵巢组织和Ⅳ期精巢组织作为材料,构建了双向消减文库。从文库中挑取阳性克隆进行EST测序,并进行生物信息学分析,试图筛选一些黄鳝性腺该发育时期差异表达的基因,以期为黄鳝性...
陈敏文
关键词:黄鳝性腺抑制性消减杂交文库表达序列标签
文献传递

相关作者

贺俐
作品数:36被引量:91H指数:5
供职机构:井冈山大学生命科学学院
研究主题:辣椒 疫霉 CDNA 消减文库 EST
吴杨
作品数:48被引量:138H指数:7
供职机构:井冈山大学生命科学学院
研究主题:甘蔗 疫霉 辣椒 消减文库 群落特征
段世华
作品数:48被引量:426H指数:12
供职机构:井冈山大学生命科学学院
研究主题:水稻 稻属 光响应 杂交水稻 SSR
黄涛
作品数:214被引量:471H指数:10
供职机构:石河子大学
研究主题:繁殖性能 基因多态性 大白猪 母猪 基因
林杉
作品数:19被引量:29H指数:5
供职机构:石河子大学生命科学学院
研究主题:绵羊 卵巢组织 乏情期 发情 非繁殖季节