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P53内含子3的16个碱基对重复多态性乳腺癌发生风险的影响:一项最新的荟萃分析
研究目的:探究与P53内含子3重复多态有关的乳腺癌风险,量化研究间的异质性和潜在的偏倚,并指导今后的临床工作。研究方法:检索PUBMED、WEB OF SCIENCE、EMBASE、CNKI和万方数据五个数据库且无语言限...
李尧
关键词:TP53P53乳腺癌
碰撞激活诱导的双势阱势能面可以实现9-甲基-8-氧鸟嘌呤-9-甲基腺嘌呤碱基对阳离子自由基的质子转移
2024年
8-氧鸟嘌呤(OG)是最常见的核碱基氧化损伤,它在复制过程中可以用Hoogsteen的模式与腺嘌呤(A)错误配.0G.A碱基对不仅可以诱发G·C→T·A的颠换突变,而且由于OG的电离势和氧化电位低于天然DNA碱基更容易受到电离辐射和单电子氧化的影响,本文报道了[9MOG·9MA]^(·+)碱華阳离子自由基的形成.和碰撞诱导解离,该碱基对利用9-甲基8-氧鸟嘌呤(9MOG)和9-甲基腺嘌呤(9MA)模拟相应的核苷酸.实验通过电喷雾产生Cu(Ⅱ)碱基复合物继之以氧化分离产生[9MOG·9MA]^(·+),并使用导向离子束串级质谱仪检测[9MOG·9MA]^(·+)的碰撞诱导解离、通过测量在不同碰撞能量下的解离产物和反应截面,可以得出[9MOG-H]+[9MA+H]^(+)(主要解离通道)和9MOG^(·+)+9MA(次要通道)的0 K解离阈能分别为1.8和1.65 eV.使用密度泛函理论[9MOG·9MA]^(·+)的结构计算发现其所有重要构象都发生了质子转移生成[9MOG-H]^(·)·[9MA+H]^(+).另一方面,9MOG^(·+)+9MA的解离通道却需要9MOG^(·+)9MA作为中间体.看似矛盾的结果可以用碰撞活化后反应势能面上出现的双重势阱和由此触发的激发态质子转移平衡([9MOG-H]^(·)·[9MA+H]^(+))^(*)→←(9MOG6(·+)·9MA)^(*)来解释.本文实验和理论研究揭示了这种生物学上重要的非规范碱基对如何在氧化和电离损伤时发生解离.
May Myat Moe刘剑波
关键词:碰撞诱导解离反应势能面电喷雾电离质谱
非天然碱基对组合物及使用方法
本文公开了用于增加包含一种或多种非天然氨基酸的多肽的产生的方法、细胞、工程化微生物和试剂盒。还提供了用于增加编码所述非天然氨基酸的非天然核酸在工程化细胞或半合成生物体中的保留的细胞、工程化微生物和试剂盒。
F·E·罗梅斯伯格M·P·莱德贝特R·J·卡拉狄玛
激发态DNA碱基对分子间相互作用的理论研究
2024年
[目的]利用本课题组发展的定量分析方法研究激发态DNA碱基对分子间相互作用的本质,以及不同类型的电子跃迁DNA碱基对分子间相互作用的影响.[方法]采用广义Kohn-Sham能量分解分析方法(generalized Kohn-Sham based energy decomposition analysis,GKS-EDA),两种Waston-Crick构型和两种stacked构型的DNA碱基对分子间相互作用本质进行理论研究.[结果]于Waston-Crick构型的碱基对,n→π^(*)跃迁削弱了轨道极化作用但加强了电子相关作用,激发态分子间相互作用由电子相关作用主导,而π→π^(*)跃迁分子间氢键影响较小;于stacked构型的碱基对,π→π^(*)跃迁削弱了静电相互作用但增强了电子相关作用.[结论]Waston-Crick构型碱基对分子间相互作用本质受电子激发跃迁影响较大,而电子激发跃迁基本不改变stacked构型碱基对分子间相互作用本质.
邵博孝吴玮苏培峰
关键词:激发态分子间相互作用
邻近碱基对增强型脱氧核酶和生物传感及生物传感器的应用
本发明公开了一种邻近碱基对增强型脱氧核酶和生物传感器及生物传感器的应用,增强型脱氧核酶的核苷酸序列G4‑AA、G4‑AG、G4‑A‑MdA、G4‑A‑AP、G4‑A‑dI中的一种;生物传感器包括增强型脱氧核酶、互补DNA...
李旺苏志鹏任佳丽
外力作用下碱基对的热力学与动力学
RNA可根据细胞环境的特定条件自适应地折叠成不同的三维结构,从而发挥多种生物学功能。许多RNA通过构象重排调节基因表达,并且生物学相关结构的形成通常受到动力学控制。细胞中RNA受解旋酶和核酶作用而去折叠过程与核酸受外力去...
余婷
关键词:碱基对热力学动力学分子动力学模拟
人工碱基对中氢键作用的密度泛函理论研究
2023年
在DSD-PBEP86/def2-TZVPP水平上研究了人工碱基对的结构、能量、红外光谱特性,并借助原子理论(AIM)、非共价相互作用(NCI)和独立梯度模型(IGM)分析了分子间相互作用的性质。结果表明,在所有碱基对中存在3种不同类型的氢键,氢键的供体类型有氨基、亚氨基,氢键的受体类型为氧原子和氮原子。最强的氢键是碱基对S-B中的N2-H^(S)…O^(B)和dS-B中的N1-H^(dS)…O^(B)。研究发现人工碱基对与自然碱基对的相互作用性质相似。通过能量分析发现人工碱基对的稳定性比自然碱基对的稳定性高。
刘兰钠陈宇宇黄正国
关键词:氢键作用密度泛函理论
最大堆叠碱基对的线性规划--取整相关算法的研究
钟长朔
发卡RNA的分子动力学模拟及其碱基对的构象动态研究
生物分子的结构决定功能,RNA发挥功能离不开碱基对的构象动态变化。如RNA在折叠时碱基对会动态形成和去除,转录后的残基修饰需要碱基对具有一定的动态性,核糖开关在发挥功能时,也涉及到碱基对构象的动态变化。因此,研究碱基对的...
范英旭
关键词:分子动力学模拟水模型主成分分析
一种可用于摇摆型碱基对等位基因分型精准测定的比率型DNA电化学传感器
本发明公开一种可用于摇摆型碱基对等位基因分型的比率型DNA电化学传感器,特点是创新性地利用非特异性扩增策略(连接酶链式反应,LCR),以及与摇摆型碱基对(GT、AC)相比,沃克森碱基对(GC、AT)具有更高扩增效率且在L...
刘周杰陈锦元许艳芳黄晨梁钰琪杨良永蓝瑞隆

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林月霞
作品数:22被引量:19H指数:2
供职机构:西南交通大学物理科学与技术学院
研究主题:质子转移 碱基对 GC 共振拉曼光谱 银团簇
王红艳
作品数:135被引量:460H指数:14
供职机构:四川大学
研究主题:势能函数 密度泛函理论 团簇 密度泛函 分子结构
吴颖曦
作品数:10被引量:6H指数:2
供职机构:西南交通大学物理科学与技术学院
研究主题:碱基对 质子转移 GC 密度泛函理论 水化
高思敏
作品数:18被引量:15H指数:2
供职机构:西南交通大学物理科学与技术学院
研究主题:表面增强拉曼散射 共振拉曼光谱 银团簇 质子转移 碱基对
刘翠
作品数:43被引量:70H指数:6
供职机构:辽宁师范大学化学化工学院
研究主题:ABEEM ABEEMΣΠ/MM 氢键 结合能 ABEEM/MM