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用深度学习区分福尔马林固定石蜡包埋样本生成的DNA测序数据中的体细胞突变和人工突变的方法和设备
本发明提供了一种提供关于人工突变或体细胞突变预测的信息的方法和提供关于人工突变或体细胞突变预测的信息的设备,其中,提供关于人工突变或体细胞突变预测的信息的方法由处理器实现,其包括以下步骤:接收从个体生物样本获得的数据或医...
白淳明洪晟宜许东赫金仁永H·西金圣光金旼志朴智仁朴弘实
纳米孔靶向测序技术对福尔马林固定石蜡包埋组织中肉芽肿性疾病的诊断价值
2025年
目的:评估纳米孔靶向测序技术(nanopore-targeted sequencing,NTS)对福尔马林固定石蜡包埋(formalin fixation and paraffin embedding,FFPE)组织中肉芽肿性疾病的检测能力。方法:参照入组标准收集2023年1—6月河南省胸科医院收治的因治疗需要行肺叶切除、淋巴结切除、骨关节手术治疗,且术后组织传统病理学结果提示为肉芽肿性炎的82例患者临床资料(包括传统病理学检测结果等),应用NTS技术检测术后病灶组织的FFPE标本,以最终临床诊断为参照评估NTS技术和传统病理学方法对肉芽肿性疾病的诊断价值。结果:82例患者中,组织病理学报告疑似结核病73例(89.0%)、结核分枝杆菌合并曲霉菌感染4例(4.9%)、隐球菌感染3例(3.7%)、肉芽肿性炎2例(2.4%);NTS检出菌种分别为结核分枝杆菌31例(37.8%)、真菌14例(17.1%)、非结核分枝杆菌9例(11.0%)、诺卡菌5例(6.1%)、布鲁杆菌和结核分枝杆菌合并黑曲霉各2例(2.4%)、未检出病原体16例(19.5%),以及结核分枝杆菌合并耶氏肺孢子菌、合并聚多曲霉、合并鸟分枝杆菌各1例(1.2%);最终临床诊断为结核病43例(52.4%)、真菌病13例(15.9%)、非结核分枝杆菌病9例(11.0%)、诺卡菌病和结核分枝杆菌合并真菌感染各5例(6.1%)、布鲁杆菌病2例(2.4%)、结核分枝杆菌合并非结核分枝杆菌1例(1.2%),4例(4.9%)患者诊断未明。以最终临床诊断为参照,病理学诊断对感染性肉芽肿的检测敏感度为60.3%(47/78),Kappa值为0.129;NTS检测感染性肉芽肿的敏感度为83.3%(65/78),Kappa值为0.328;组织病理学联合NTS技术检测感染性肉芽肿的敏感度为97.4%(76/78),Kappa值为0.788;三者特异度均为4/4。结论:NTS技术可检测肉芽肿性疾病到菌种水平,联合传统组织病理学可明显提高诊断感染性疾病病因学的效能,推荐作为传统组织病理学的补充方法。
孙晓柯孙晓柯魏金星张春艳梁瑞霞史慧敏阮祥林
关键词:石蜡包埋分子诊断技术
福尔马林固定、石蜡包埋的组织进行脱蜡的方法
一种在离心微流控生物芯片(10)中对福尔马林固定、石蜡包埋的组织(FFPE)进行脱蜡的方法,所述离心微流控生物芯片(10)具有包含多个腔室(20)的流体系统,所述方法的特征在于以下步骤:a.将福尔马林固定、石蜡包埋的组织...
N·鲍斯特K·多曼斯F·施伦克尔L·韦伯S·艾力驰N·加佐兹-斯塔克
一种基于CRISPR技术降低福尔马林固定石蜡包埋样本中宿主核酸占比的方法及其试剂盒
本发明公开了一种基于CRISPR技术降低福尔马林固定石蜡包埋样本中宿主核酸占比的方法及其试剂盒,所述方法特异性高、不受样本细胞状态的影响且不具有微生物偏好性,可减少微生物核酸的损失,进而提高样本微生物检出能力,能够更加真...
邓涛周龙溪向波高俊张晓丽曹学敏王真侯婉如孙立超简爽邢婉丽
一种基于CRISPR技术降低福尔马林固定石蜡包埋样本中宿主核酸占比的方法及其试剂盒
本发明公开了一种基于CRISPR技术降低福尔马林固定石蜡包埋样本中宿主核酸占比的方法及其试剂盒,所述方法特异性高、不受样本细胞状态的影响且不具有微生物偏好性,可减少微生物核酸的损失,进而提高样本微生物检出能力,能够更加真...
邓涛周龙溪向波高俊张晓丽曹学敏王真侯婉如孙立超简爽邢婉丽
福尔马林固定女性尸体腹盆腔泌尿生殖筋膜的应用解剖研究
背景:目前女性腹盆腔内筋膜结构的描述较为混乱且缺乏统一的命名。容易造成理解上的困难甚至是错误的认识,以往有关泌尿生殖筋膜(urogenital fascia,UGF)的解剖研究均围绕男性展开,缺乏对女性腹膜外UGF分布的...
周哲琦
关键词:子宫阔韧带子宫圆韧带
分子体外诊断检验 福尔马林固定及石蜡包埋组织检验前过程的规范 第4部分:原位检测技术
本文件提供了在进行分子分析之前的检验前阶段,用于原位检测的福尔马林固定及石蜡包埋(FFPE)组织标本处理、记录、贮存及取材的指南。本文件适用于分子体外诊断检验,包括医学实验室和分子病理学实验室进行的实验室自建检测项目;本...
肖飞钟定荣邹丽辉赵晓涛代蕾颖陈皇张淑正张爱龙马慧宁
一种处理福尔马林固定石蜡包埋样本的空间蛋白质组学的方法及其应用
一种处理福尔马林固定石蜡包埋样本的空间蛋白质组学的方法及其应用本发明属于蛋白质组学分析技术领域,具体涉及一种处理经石蜡包埋样本的基于激光显微切割技术的空间分辨蛋白质组学方法。本发明的方法是采用热水解交联蛋白质前处理,然后...
陈蔚然陈浩陈浩伟任艳张兴贤
一种从福尔马林固定石蜡包埋样本提取蛋白质的方法
本发明属于生化分析技术领域,具体涉及一种从福尔马林固定石蜡包埋样本提取蛋白质的方法,包括以下步骤:将福尔马林固定石蜡包埋样本在弱碱性pH值下在90‑100℃的温度下加热处理一段时间;向所得的加热处理液加入蛋白酶,在蛋白酶...
李琪丹訾金
二代测序建库中福尔马林固定石蜡包埋标本DNA超声波打断的方法
2023年
二代测序(next generation sequencing,NGS)可以利用少量样本获得多基因多位点的突变信息,为患者选择合适的靶向治疗^([1])。目前比较多试剂盒使用的杂交捕获法建库流程首先需要将待测序的DNA分子用超声波打碎成200~500 bp长的片段,短的DNA片段有利于进行DNA分子快速杂交和高灵敏目标基因检测。本实验应用Covaris M220超声波打断仪对福尔马林固定石蜡包埋标本(formalin-fixed paraffin-embedded,FFPE)DNA进行破碎,得到比较满意的结果,现介绍如下。
廖集琴黄伟业朱小兰张科平赵盼盼崔倩许洁
关键词:福尔马林石蜡包埋

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作品数:29被引量:109H指数:6
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