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- 落叶松-杨栅锈菌全基因组水平简单重复序列(SSRs)特征分析及新型SSR标记开发
- 2025年
- 由落叶松-杨栅锈菌(Melampsora larici-populina)侵染杨树叶片引起的杨树叶锈病是一种分布广泛且危害严重的杨树叶部病害。简单重复序列(Simple sequence repeats,SSRs)广泛分布于基因组中,不仅常作为遗传标记用于群体遗传学分析,也在基因和基因组的进化中发挥重要作用。本研究针对M.larici-populina在全基因组水平鉴定出10628个SSR位点,发现单核苷酸重复占比最大,为53.2%,并且A/T重复是最丰富的碱基类型。SSR位点频率和分布类型在基因组不同区域中各具特色,如3'转录非翻译区(3'UTR)的SSR频率最高,平均2.16 kb分布一个SSR位点,在基因编码区中三核苷酸重复是主要的类型。富集分析显示,与信号传递和细胞周期相关基因中出现SSR的几率更高。结合M.larici-populina全基因组InDel信息,预测出3126个具有潜在多态性的SSR位点,随机选取10个位点设计引物进行多态性验证,显示7个SSR标记具有较高多态信息含量及3个SSR标记具有一定多态信息含量。研究结果有助于从全基因组水平上了解M.larici-populina的SSR特征,同时为后续该锈菌群体遗传学研究提供新颖且高效的SSR标记。
- 周显臻王华曹支敏于丹
- 关键词:落叶松-杨栅锈菌SSR标记
- 依据生长性状和简单重复序列标记的红松二代优树联合选择
- 2025年
- 为了评选红松(Pinus koraiensis)二代优树,为营建红松二代种子园提供理论和材料支持,以辽宁地区1989年营建的红松优树半同胞子代测定林为研究对象,通过调查参试单株的树高和胸径,开展各性状的差异性分析,并估算遗传参数,采用选择指数法评选候选优树,结合简单重复序列分子标记技术,对该群体的遗传多样性和亲缘关系进行分析,通过不同的取样方法筛选出红松二代优树,进而构建指纹图谱。结果表明:生长性状在家系间、区组间的差异均达到显著或极显著水平,且存在较为丰富的变异,表型变异系数范围6.66%~29.80%。树高、胸径、单株材积的家系遗传力及单株遗传力分别为0.46、0.29、0.35和0.07、0.34、0.22,除树高的单株遗传力较低外,其余性状的2类遗传力均受中度遗传控制。采用选择指数法评选出51株候选优树,单株材积的平均遗传增益和现实增益分别为21.36%和97.08%。候选优树群体的遗传多样性水平较高,平均有效等位基因数、多态性信息含量、香农信息指数、观测杂合度、期望杂合度分别为2.397、0.455、0.978、0.484、0.511。该候选群体存在着不同程度的亲缘关系,通过聚类分析,可划分为8个组。采用Power Core version的不同方法对该候选群体进行取样,M策略的遗传参数水平较高,接近于候选群体,且材积增益高于候选群体,因此,最终入选的红松二代优树为17株,总入选率为4%。同时,在12对多态性引物中筛选出3对引物构建了17株红松二代优树的指纹图谱。
- 尚福强于璐马晓雨高源金鑫曹颖
- 关键词:生长性状分子标记亲缘关系
- 基于简单重复序列间标记分析寄主影响的广寄生遗传多样性
- 2024年
- 以寄生于不同寄主的广寄生[Taxillus chinensis(DC.)Danser]作为研究对象,运用简单重复序列间(Inter-simple sequence repeat,ISSR)分子标记技术对其进行遗传多样性分析。采用植物基因组DNA提取试剂盒对15个寄主的广寄生进行DNA提取,随后使用5个ISSR引物进行PCR扩增。对扩增出来的条带进行人工计数,借助POPGENE 3.2软件和NTSYS 2.10软件对15个寄主广寄生的遗传多样性进行分析。结果表明,共扩增出65条条带,均为多态性条带,多态性占比为100%。遗传相似系数在0.353 8~0.784 6,聚类图将15个样品分为6个类群,研究表明,15个寄主广寄生样品的遗传多样性存在差异,群体间具有遗传差异性。
- 谭小姚杨楚楚蓝婷婷李永华郭敏李斌汝梅
- 关键词:ISSR分子标记
- 简单重复序列标记荧光染料检测和银染显影技术的比较被引量:1
- 2023年
- 简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)标记具有数量丰富、多态性、共显性等优点,在遗传育种研究中被广泛应用。传统的SSR标记检测为聚丙烯酰胺凝胶电泳后进行银染显影,该方法操作步骤繁琐且对环境造成较大污染,已逐渐被淘汰。开发新的银染显影替代技术具有很好的实用价值。利用抗稻瘟病SSR标记Pi2检测48份水稻材料,分别采用荧光染料和银染显影技术显示SSR结果,基于相同的材料和引物对2种方法的检测结果进行比较,建立并优化了荧光染料检测技术。结果表明,与传统的银染显影法相比,荧光染料检测的灵敏度与银染显影法相当,但荧光染料检测技术克服了银染显影技术的不足,具有高效率、综合成本低、操作简便、可靠及环境友好等优点,减小了对人体、环境的毒害。与传统银染法相比,荧光染料检测技术在不危害人体健康,不威胁环境的情况下,应用更广泛。
- 孙祺张倩柳依梁芬邓译婷程丽莎汤文浩张毅
- 关键词:聚丙烯酰胺凝胶电泳
- 马口鱼全基因组简单重复序列特征分析与多态性标记开发
- 2023年
- 为开发马口鱼(Opsariichthys bidens)多态性简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)标记,利用微卫星识别工具(microsatellite identification tool,MISA)搜索统计马口鱼全基因组SSR,采用生物信息学方法对其分布特征进行比较分析;选取39个三核苷酸SSR位点设计引物进行多态性检测。结果显示:马口鱼全基因组中SSR总数量为304870个,占全基因组长度的0.10%;二核苷酸SSR为马口鱼基因组中的主要重复类型。5种重复类型SSR数量为二核苷酸SSR>四核苷酸SSR>三核苷酸SSR>六核苷酸SSR>五核苷酸SSR。内含子区SSR数量最多,为93380个;5′非翻译区SSR数量最少,为622个。各区域SSR数量分布情况为内含子区>基因间隔区>启动子区>3′非翻译区>编码区>5′非翻译区。编码区数量最多的是三核苷酸SSR,而其他5个区域最多的是二核苷酸SSR。各重复类型拷贝数分布范围为5~350,主要集中在5~30。通过筛选得到15对多态性引物,在野生群体马口鱼中共检测到106个等位基因,观测杂合度为0.125~0.813,期望杂合度为0.359~0.862,多态信息含量(PIC)为0.339~0.830,其中12对引物具有高度多态性(PIC>0.5)。这些微卫星标记为马口鱼的种群遗传多样性分析、亲缘关系鉴定等研究提供了基础数据。
- 葛健辉关文志任晋东牛宝龙胡金春王伟翁旭东楼宝于瑾许晓军
- 关键词:马口鱼全基因组简单重复序列多态性
- 大银鱼全基因组简单重复序列标记开发及在不同生态型群体中的检验被引量:1
- 2023年
- 利用Krait软件对2020年公布的拼接程度更高的大银鱼全基因组中完美型微卫星的分布特征进行分析,并据此开发具有多态性的微卫星DNA(又称简单重复序列)标记。结果显示:在大银鱼全基因组内共获得587 554个完美型微卫星位点,序列总长度为11 803 017 bp,占全基因组长度的2.53%;在6种重复类型的微卫星中,二核苷酸数量最多(401 585个,占比68.35%)。针对微卫星位点设计的99对引物中,有39对具有多态性,选择其中多态性较好的14个微卫星标记分别对大银鱼洄游型群体、陆封型群体及移植型群体中选择的1个具有代表性的群体进行检验,结果表明,多态性较好的14个微卫星标记在3个具有代表性的群体中均能进行有效扩增。对3个群体的遗传多样性和遗传结构进行分析发现,洄游型群体(崇明岛群体)遗传变异丰富(平均期望杂合度为0.614、平均多态信息含量为0.576),与淡水群体[太湖群体(陆封型)和连环湖群体(移植型)]分属于2个不同的遗传群组,两者间具有较大的遗传距离和极高的遗传分化水平(遗传分化指数高于0.25,P<0.05);淡水群体(太湖和连环湖群体)的遗传变异相对匮乏,2个群体间的遗传距离较小,虽存在显著的遗传分化,但遗传分化水平较低(遗传分化指数为0.102,P<0.05)。本研究结果表明,洄游型群体具有潜在的种质资源保护价值,可为后续大银鱼全基因组微卫星标记开发和遗传图谱构建等提供依据,并为后续更大范围的群体种质资源评估与管理提供参考。
- 唐雪梅周彦锋方弟安方弟安张敏莹张敏莹张希昭彭飞尤洋
- 关键词:大银鱼遗传分化
- 高良姜转录组简单重复序列位点分析被引量:5
- 2022年
- 目的明确中药高良姜转录组简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点信息特征。方法以高良姜转录组测序所得的147652条unigene为数据,采用MISA软件检索其中的SSR位点,并通过Primer 5.0软件对符合标准的SSR位点进行引物设计并随机挑选10条引物进行PCR验证。结果在高良姜转录组共搜索到13346个SSR位点,分布于11140条unigene中,出现频率为9.04%。三、二核苷酸重复是高良姜主要的SSR类型,分别占比41.99%和39.97%。AAG/CTT、AG/CT分别是三、二核苷酸重复的优势重复基序。设计筛选出30348条引物,随机挑选的10对引物中有8对可扩增出与预期相符的产物。结论高良姜转录组SSR位点出现频率高、类型丰富、多态性潜能较高,可为高良姜种质鉴别、分子标记辅助育种及种质资源保护等研究提供科学依据。
- 黄琼林
- 关键词:高良姜转录组多态性
- 大花蕙兰种质资源的简单重复序列标记分析被引量:1
- 2022年
- 利用蕙兰(Cymbidium faberi)转录组数据设计了68对微卫星即简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)标记引物,从中筛选25对扩增稳定、多态性好的引物,并对41个大花蕙兰(C. hybridum)品种的遗传多样性进行了分析。结果显示:试验共扩增出187个条带,其中171条(占91.44%)为多态性条带,平均每对引物扩增多态性条带6.84条;平均每对SSR标记显示的多态性信息含量值和基因型数分别为0.770 3和12.88。41份大花蕙兰种质资源之间的遗传相似系数为0.57~0.99,平均值为0.72。利用非加权成对算术平均法建立了聚类图,在遗传相似系数0.71处可将供试材料分为5类,分类结果与植株大小、花枝类型及花色等性状相关。上述分析结果较好地揭示了大花蕙兰品种间的遗传多样性与亲缘关系,这些新开发的SSR标记可为大花蕙兰分子育种提供有用的工具。
- 沈竑哲李春楠傅巧娟崔海瑞
- 关键词:大花蕙兰简单重复序列聚类分析
- 沙鞭转录组简单重复序列(SSR)位点特征分析被引量:7
- 2022年
- 沙鞭是禾本科、沙鞭属的一种多年生大型根茎类草本植物,主要分布于青海柴达木盆地和内蒙古高原及其毗邻荒漠地区,具有较强的耐旱、耐寒、耐碱、抗风沙和抗病能力。本研究使用MISA(Microsatellite identification tool)软件对沙鞭全长转录组测序获得的184076条Unigenes的SSR位点进行搜索和特征分析,共获得3563个SSR重复序列,分布于56824条Unigenes上,SSR发生和出现频率分别为30.87%和50.83%;重复类型以单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复为主。单核苷酸重复中,(A/T)_(n)基元类型占总SSR位点的42.26%;二核苷酸重复优势基元类型为(AG/CT)_(n),占总SSR位点的9.29%。SSR数量随重复次数增加而降低;重复次数类型随基元序列长度增长而减少。此外,本研究还得到沙鞭29444条和10864条Unigenes的KOG和GO注释,其主要集中于翻译后修饰、蛋白质周转、催化活性和代谢过程。因此,本研究认为沙鞭转录组SSR序列呈现较高的多态性潜能,具有较大的开发价值,为今后沙鞭分子标记开发、辅助育种、种质资源评价提供了理论依据。
- 毛轩睿刘玉萍苏旭富贵陈金元郑长远刘涛吕婷张雨胡夏宇杨萍
- 关键词:禾本科转录组SSR微卫星
- 基于转录组数据的柞蚕简单重复序列特征分析与EST-SSR分子标记开发被引量:1
- 2022年
- 通过高通量测序获得柞蚕幼虫的转录组数据,利用MISA软件从该转录组数据中检索到分布于12846条UniGene的15568个符合筛选条件的SSR位点,SSR位点的出现频率为14.72%。这些SSR位点的优势重复基元为单、二碱基,分别占SSR位点总数的77.64%和14.92%。在全部SSR位点共搜索到41种重复基元,其中单碱基重复基元以A/T为主,占该类型的98.71%;而二、三碱基重复基元以AT/AT和AAT/ATT为主,占比分别为73.47%和39.75%。序列长度≥20 bp的SSR位点共有511个,占总SSR位点的3.28%,也以单碱基和二碱基重复基元为主,占比分别为33.66%和37.57%。在其中选取69对引物进行PCR验证,筛选到31对有效扩增引物。利用10个柞蚕品种的幼虫总DNA,对随机选择的14对引物进行多态性验证,筛选到12对稳定、可重复的多态性SSR引物。研究结果将有助于建立柞蚕分子标记技术体系和开展柞蚕分子标记辅助育种研究。
- 钟亮张博徐亮王凤成李喜升赵春山刘彦群谌苗苗
- 关键词:柞蚕转录组毛细管电泳
相关作者
- 刘海龙

- 作品数:253被引量:483H指数:12
- 供职机构:广西林业科学研究院
- 研究主题:组培 红锥 引物 遗传图谱构建 简单重复序列
- 何应会

- 作品数:113被引量:341H指数:12
- 供职机构:广西林业科学研究院
- 研究主题:江南油杉 引物 遗传图谱构建 红锥 简单重复序列
- 朱积余

- 作品数:164被引量:838H指数:19
- 供职机构:广西林业科学研究院
- 研究主题:红锥 珍贵树种 高效栽培技术 高效栽培 引物
- 蒋燚

- 作品数:294被引量:1,109H指数:21
- 供职机构:广西林业科学研究院
- 研究主题:江南油杉 红锥 人工林 桉树 引物
- 黄荣林

- 作品数:156被引量:382H指数:13
- 供职机构:广西林业科学研究院
- 研究主题:江南油杉 红锥 桉树 引物 人工林