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基于二维分子图的分子药性无监督预测方法及装置
本申请提出了一种基于二维分子图的分子药性无监督预测方法及装置,其中,该方法包括:首先,在大量包括和非分子的数据库ChEMBL上,通过原子掩码预测和化学键掩码预测的预训练任务训练教师模型,使其学到了和药性高度相...
苏劲松宋佳庄婉如林渝杰
甲基对苯醌的理化性质及药性预测研究
2024年
目的:测定甲基对苯醌的平衡溶解度以及油水分配系数,并分析其对不同肿瘤细胞的细胞毒活性。方法:采用摇瓶法-HPLC法测定甲基对苯醌在不同pH溶液中的平衡溶解度和油水分配系数。色谱条件:采用Ecosil-C18色谱柱(4.6 mm×250 mm,5μm),流动相为乙腈-0.1%甲酸水溶液(70:30),流速1.0 mL/min,检测波长250 nm,柱温30℃,进样量10μL。利用SwissADME和pkCSM预测物的药性,采用MTT法分析甲基对苯醌对HT29、CT26、Caco-2、Hela、HepG25株细胞的细胞毒活性。结果:甲基对苯醌在pH为1.2、2.0、5.0、6.7、7.0、7.4的溶液中,12 h的平衡溶解度分别为7.65、8.05、9.31、8.43、9.33、7.93 mg/mL,油水分配系数分别为0.78、0.80、0.83、0.82、0.77、0.82,SwissADME预测的溶解度和油水分配系数均与实验结果一致。同时预测结果发现,甲基对苯醌具有较好的药性以及较弱的血脑屏障透过性。甲基对苯醌对5株细胞的IC50依次为7.98、3.21、8.96、7.96、6.31μmol/L。结论:测定甲基对苯醌平衡溶解度和油水分配系数的摇瓶法-HPLC法简单可行,且在pH 5.0~7.0的溶液条件下能够适当增强甲基对苯醌的溶解度,同时物的ADME/T在线预测软件具有一定的可靠性,甲基对苯醌对HT29、CT26等多株细胞具有显著的抑制作用。
施正梅王琪陆西星曾虹萍肖怀张成桂刘衡
关键词:油水分配系数类药性平衡溶解度细胞毒性
数据标准化与多特征融合在小分子药性与剂量预测中的应用
物研发是一项庞大而复杂的任务,这个过程通常伴随着高昂的成本、漫长的时间周期和相对较低的成功率。传统上,这一领域高度依赖于行业专家的深厚知识和丰富经验。目前,随着人工智能(Artificial intelligence,...
李强
关键词:多特征融合
基于二维分子图的分子药性无监督预测方法及装置
本申请提出了一种基于二维分子图的分子药性无监督预测方法及装置,其中,该方法包括:首先,在大量包括和非分子的数据库ChEMBL上,通过原子掩码预测和化学键掩码预测的预训练任务训练教师模型,使其学到了和药性高度相...
苏劲松 宋佳 庄婉如 林渝杰
药性 概念结构设计与方法 原著第2版
本书为原著第二版,详尽介绍了物发现与开发中的重要背景信息和关键概念。通过翔实的背景知识介绍和成功的物研发实例,清晰阐述了如何克服物的代动力学、毒性和血脑屏障等技术障碍,以顺利发现可进入临床试验的新,节省创新物...
(美)邸力
3-乙基-6-甲氧基苯并[d]异噁唑-5-胺的合成及药性评价
2020年
以2,4-二甲氧基苯胺为原料,经酰胺化、傅克酰基化、肟化、环合及水解5步反应,合成了新骨架3-乙基-6-甲氧基苯并[d]异噁唑-5-胺(1)。对关键步骤的反应机理进行分析,筛选合成方法,优化后处理操作工艺。该方法原料易得,操作简单,且收率较高。目标化合物经1H NMR、13C NMR、 MS和IR确证。此外,分子对接及药性计算表明,化合物1可有效结合到BRD4溴结构域口袋,也具有良好的药性
张茂风张悦程新宇刘竺云
关键词:类药性
整合药性和网络靶标分析当归补血加味汤防治糖尿病视网膜病变的潜在分子机制被引量:4
2020年
目的整合药性和网络靶标对当归补血加味汤(DBJD)防治糖尿病视网膜病变(DR)的靶标和通路进行初步的预测和探讨。方法利用超高效液相色谱仪联用四级杆串联飞行时间高分辨率质谱(UPLC-Q-TOF/HRMSE)分析技术鉴定该汤中的化学成分,并基于相关网站对所鉴定的成分进行药性筛选。在此基础上,在PharmMapper网站对所筛选成分进行靶标预测,并利用CTD、TTD、GeneCards网站寻找DR的作用靶标。将成分靶标与疾病靶标网络进行整合并基于大网络的DC、CC、BC值进行核心靶标群筛选,在核心靶标群的基础上进行间接靶标的筛查,建立潜在作用靶标的相关网络并确立关键靶标。将关键靶标与所筛成分进行反向分子对接验证,并对所有潜在作用靶标进行基因本体(GO)生物分析、京都基因和基因组百科全书数据库(KEGG)通路分析和Reactome通路分析,最终获得"方剂-材-成分-直接靶标-间接靶标-通路"的整合大网络。结果基于UPLC-Q-TOF/HRMSE分析技术共鉴定出55个化学成分,药性筛选后获得33个成分。核心靶标群由36个靶标构成,以此钓取了20个间接靶标,通过比较degree值最终确定了AKT1、MAPK3、VEGFA、INS、MAPK1和CASP3共6个关键靶标。分子对接显示关键靶标与丹参酮Ⅰ、丹酚酸B、人参皂苷Rg1、三七皂苷R1、丹参酮ⅡA等多个质控成分结合活性良好。通路分析结果提示,DBJD可能通过调节氧化应激、炎症因子、糖代谢等对DR进行干预。结论基于药性和网络靶标对复杂中成分作用机制进行精准预测有利于改善既往研究过程的盲目性并加快中的现代化研究进程。本研究进行了DBJD防治DR分子机制的初步探讨,对今后的深入研究具有一定的参考价值。
周佳丽袁付丽韩霜何涛王文鑫姚柯男崔曦兮刘传鑫
关键词:类药性分子机制
基于深度学习的药性分子生成模型优化研究
统计表明,一款新从设计到上市的研发周期平均需要十三年的时间和多达几十亿美元的研发成本。其中,生成药性分子候选库是物合成的关键步骤。通过有效的算法快速得到准确的药性分子候选库是加速新研发的重要手段,因此尝试使用深...
董佳旭
基于分子描述符的中草化合物药性预测及应用研究
目前,中草已经在世界范围内得到了广泛的关注。中草的治病机制与西的治病机制在分子水平上比较起来,大多数中草的治病机制却尚不清晰。如何让中草与现代医学接轨,中草的计算机辅助现代化研究就显得尤为重要。虚拟筛选、效...
张磊
关键词:中草药化学成分生物信息学
基于"药性"和"有效性"的藏红景天质量标志物(Q-marker)预测分析
目的:基于"药性"和"有效性"特性,预测红景天材质量标志物(Q-marker),为其质量评价提供科学依据.方法:通过文献整理、TCMID数据库收集并构建红景天的化学成分库,利用FAFDrugs4网站计算各个成分的AD...
范芳芳张雯余羊羊杨露孟宪丽张艺
关键词:藏药红景天网络药理学类药性有效性

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刘艾林
作品数:204被引量:993H指数:16
供职机构:中国医学科学院北京协和医学院药物研究所
研究主题:神经氨酸酶抑制剂 流感病毒 直链 阿尔茨海默病 亚氨基
杜冠华
作品数:1,400被引量:8,193H指数:40
供职机构:中国医学科学院北京协和医学院药物研究所
研究主题:药物组合物 晶型 药物活性 高通量筛选 共晶
王喆
作品数:47被引量:110H指数:7
供职机构:中国医学科学院北京协和医学院药物研究所
研究主题:网络药理学 阿尔茨海默病 高效液相色谱 高分辨质谱 药理学研究
田盛
作品数:21被引量:20H指数:2
供职机构:苏州大学
研究主题:半乳糖醛酸 小胶质细胞活化 小分子化合物 类药性 阿拉伯糖
康德
作品数:10被引量:44H指数:4
供职机构:中国医学科学院北京协和医学院药物研究所
研究主题:药理学研究 网络药理学 阿尔茨海默病 中药有效成分 中药方剂