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野生六棱大麦叶绿体基因组特征及系统发育分析: 2024年; 野生六棱大麦(Hordeum agriocrithon)广泛分布在青藏高原上,被认为是六棱栽培大麦的野生祖先。为揭示野生六棱大麦叶绿体基因组(chloroplast DNA,cpDNA)结构特征和系统发育关系,利用Illumina Hiseq 6000测序平台对其进行高通量测序,并以钝稃野大麦(H.spontaneum)叶绿体基因组为参考进行序列组装及质控;利用生物信息学手段,对野生六棱大麦的叶绿体基因组进行注释及特征分析;同时,以玉米(Zea mays)和禾本科(Gramineae)针茅属(Stipa)物种Stipa lipskyi为外类群,通过MEGA X软件构建最大似然法(maximum likelihood method,ML)系统发育树,分析野生六棱大麦系统发育关系。研究表明,野生六棱大麦叶绿体基因组总G+C含量为38.32%,全长136462 bp,包含1对长度为21582 bp的反向重复区(in⁃verted repeats region,IRs),1个长度为80597 bp的大单拷贝区(large single copy region,LSC)和1个长度为12701 bp的小单拷贝区(small single copy region,SSC),为典型的四分体结构。在野生六棱大麦叶绿体基因组中共检测到129个基因,分别是83个编码基因、38个tRNA基因和8个rRNA基因;另外,共检测到46个散在重复序列(dispersedrepeated sequences)和178个简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点,大部分SSR是由A/T组成的单碱基重复序列。密码子偏好性分析结果表明,野生六棱大麦有偏好性,且偏好使用以A/U结尾的密码子。结合IR边界分析和序列比较分析,结果表明,除碱大麦(Hordeum marinum)外,野生六棱大麦、栽培二棱大麦(Hordeum distichon)、钝稃野大麦和大麦(Hordeum vulgare)的叶绿体基因组结构具有较高保守性,且序列变异主要发生在LSC的非编码序列上。系统发育分析结果表明野生六棱大麦与大麦属(Hordeum)物种聚类在一起,且与大麦亲缘关系最近。本研究获得了野生六棱大麦的叶绿体基因组序列,明确了与小麦族(Triticeae)物种间的亲缘关系,为研究大麦属物种的系统进化及; 余鑫莲李新; 关键词：叶绿体基因组密码子偏好性系统发育关系

1株血液分离的油葫芦苍白杆菌的鉴定及系统发育分析: 2024年; 目的对临床血液标本分离的细菌7712(=CGMCC 1.17031=NBRC 113783=KCTC 15766)进行生物学特性和系统进化分析,明确其分类学地位。方法观察菌株的培养特性并进行形态学、生理生化鉴定、基质辅助激光解吸电离子飞行时间质谱鉴定和基因组测序鉴定,并构建基因组发育树以分析其分类学位置。采用在线毒力基因数据库和抗生素抗性数据库,分别对分离株及近缘菌株进行基于全基因组的毒力基因和耐药基因的比较分析。结果分离株7712为脲酶阳性的需氧革兰阴性非发酵菌,VITEK GN鉴定为人苍白杆菌。16S rRNA基因序列分析显示,分离株7712与苍白杆菌属及布鲁菌属均具有较高的序列一致性;而基于全基因系统发育分析显示,分离株7712与油葫芦苍白杆菌LCB8T和嗜血苍白杆菌CCUG 38531T聚类成一个分支,并与其他苍白杆菌属细菌和布鲁菌属聚类成一个大的分支。基因组亲缘性指数分析显示,分离株7712和油葫芦苍白杆菌LCB8T的平均核苷酸一致性为98.22%,高于原核生物物种的鉴定阈值95%。分离株7712携带多种毒力基因和耐药基因,其中OCH基因可能与头孢菌素耐药有关。结论确定了1例由油葫芦苍白杆菌引起的临床感染,丰富了苍白杆菌属生物多样性信息。; 刘健龙韩德兴李顺光刘雅宋春荣陈晓慰付敏胡琼屈平华; 关键词：苍白杆菌全基因组测序系统发育树

蜡蚧刺束梗孢(Akanthomyces lecanii)的线粒体基因组特征与系统发育分析: 2024年; 【背景】蜡蚧刺束梗孢(Akanthomyces lecanii)是重要的生防类虫生真菌,其线粒体基因组详细信息未见报道。【目的】系统研究蜡蚧刺束梗孢线粒体基因组信息,有助于明确该菌准确的系统发育地位,并为虫草科(Cordycipitaceae)真菌物种的系统发育、资源保护和开发利用提供分子依据。【方法】通过对蜡蚧刺束梗孢RCEF6920完整线粒体基因组进行测序,利用生物信息学分析其组成特征、序列重复、系统发育分析、共线性分析,以及与其他虫草科真菌线粒体基因组进行比较。【结果】菌株RCEF6920的环状线粒体基因组全长24577 bp,共编码43个基因,由15个蛋白质编码基因、2个rRNA基因和26个tRNA基因组成。仅鉴定出一个内含子,其阻断rnl基因并鉴定出编码核糖体蛋白S3(rps3)的开放阅读框(open reading frame,ORF)orf447。基因组核苷酸组成存在A+T偏移(72.89%)。26个tRNA基因可转运全部20种氨基酸,并表现为典型的三叶草结构。蛋白质编码基因中频率最高的密码子是AGA,其中精氨酸和亮氨酸出现频率最高,蛋氨酸和色氨酸出现频率最低。蛋白编码基因的系统发育关系显示,刺束梗孢属(Akanthomyces)和萨姆森虫草属(Samsoniella)互为姊妹属。与虫草科其他物种相比,蜡蚧刺束梗孢线粒体基因组较小,除部分虫草属(Cordyceps)物种外,在虫草科物种共线性较好。【结论】本研究获得了蜡蚧刺束梗孢的线粒体基因组全序列及相关信息。蛋白编码基因的系统发育分析支持了蜡蚧刺束梗孢的独立分类地位,也表明虫草科真菌线粒体基因组结构较保守。; 常晓云汪婷李增智陈名君; 关键词：线粒体基因组系统发育分析

紫菜薹叶绿体全基因组序列及其系统发育分析: 2024年; 紫菜薹(Brassica rapa var.purpuraria)是十字花科芸薹属白菜亚种中的一个变种,通过Illumina高通量测序平台,对其叶绿体基因组进行测序、组装和注释。结果表明,紫菜薹叶绿体基因组为典型的四分环状结构,大小为153483 bp,GC含量为36.36%,由长度为83282 bp的大单拷贝区(LSC)、17775 bp的小单拷贝区(SSC)和1对各26213 bp的反向重复区(IRa/IRb)组成。基因组注释共得到132个基因,包括:87个蛋白编码基因,37个tRNA和8个rRNA。共鉴定到313个简单重复序列(SSR)和37个散在重复序列。密码子偏好性分析发现存在偏好使用A/U碱基结尾的现象。边界分析和序列变异分析显示,芸薹属叶绿体基因组非常保守,其中SSC区差异性最大,变异程度最高,IR区差异性最小,最为保守。基于叶绿体基因组序列的系统发育分析表明,紫菜薹在分类上与白菜的其他变种在一个小分支中。研究结果可为芸薹属植物,特别是白菜种的分类学、系统学和生物地理学研究提供参考。; 王传之周贤玉李扬眉肖婉钰王雨凤任海龙; 关键词：白菜紫菜薹叶绿体基因组系统发育分析

二倍体紫苏线粒体基因组特征及其系统发育分析: 2024年; [目的]通过注释和组装二倍体紫苏线粒体基因组,旨在丰富其组学数据,为紫苏的种质鉴评和品种选育提供参考。[方法]利用Illumina和PacBio数据的组合,对二倍体紫苏的整个线粒体基因组进行了测序、注释和组装。[结果]组装得到的二倍体紫苏线粒体基因组长301156 bp,具有典型的环状结构。基因组的GC含量为45.23%,共鉴定出59个独特基因,包括37个编码蛋白质的基因、20个tRNA基因和2个rRNA基因,其中8个编码蛋白质的基因含有18个内含子。二倍体紫苏线粒体基因组的密码子显示出明显的A/T偏好。检测到180个分散重复序列、78个简单序列重复和6个串联重复序列。此外,70个序列片段(12680 bp)已从叶绿体转移到线粒体基因组,占整个线粒体基因组的4.23%。系统发育分析显示,在唇形科植物中,二倍体紫苏与丹参和Platostoma chinense最为密切相关。种间Ka/Ks比较表明,28个编码蛋白质的基因的Ka/Ks<1。[结论]本研究充实了二倍体紫苏线粒体基因组数据,可为其种质资源鉴评、新品种选育等研究提供理论依据。; 王茹罗永坚邱道寿; 关键词：系统发育分析 RNA编辑线粒体

土库曼蝗线粒体基因组特征及其系统发育分析: 2024年; 土库曼蝗(Ramburiella turcomana)是新疆草原常见的危害蝗虫。本研究基于二代测序技术获得土库曼蝗线粒体全基因组序列,并对其进行注释及特征分析。采用近邻相接法(neighbor joining method,NJ)和贝叶斯法(bayesian inference meth-od,BI)构建网翅蝗科(Arcypteridae)系统发育树。结果表明,土库曼蝗线粒体基因为双链环状DNA,全长15670 bp,具有明显AT偏好(72.21%),共编码37个基因,包括13个蛋白编码基因、22个tRNA编码基因、2个rRNA编码基因,以及1个非编码控制区域(D-loop区)。土库曼蝗线粒体基因组发生了蝗亚目(Locustodea)普遍存在的DK重排(DK rearrangement)现象。基于网翅蝗科已报道物种线粒体全基因组构建的NJ树和BI树具有相同的拓扑结构,其中土库曼蝗与16种网翅蝗亚科(Arcypterinae)蝗虫聚为一支,并位于网翅蝗亚科最基部,其余6种竹蝗亚科(Ceracrinae)蝗虫聚为一支,暗示土库曼蝗是网翅蝗亚科中较古老的物种。本研究公布的土库曼蝗线粒体全基因组为土库曼蝗属(Ramburiella)中首次报道,为挖掘土库曼蝗属其他物种线粒体全基因组提供了分子生物学参考。; 马钰洁兰世强蒲雪季荣袁亮; 关键词：网翅蝗科线粒体基因组系统发育分析

牛茄子叶绿体全基因组特征及系统发育分析: 2024年; 目的以牛茄子Solanum capsicoides新鲜叶片为材料,对叶绿体基因组序列进行组装、注释和分析,探究牛茄子的序列特征和同属其他物种的系统发育关系。方法基于Illumina HiSeq高通量测序,获得牛茄子完整叶绿体基因组序列,利用生物信息学方法进一步对其功能及特征、密码子偏好性、IR区域边界、核苷酸多样性、系统发育关系进行分析。结果牛茄子叶绿体基因组全长为155465 bp,为典型的四分体结构,总GC含量为37.85%,其中大单拷贝区、小单拷贝区和反向重复序列的长度分别为88265、18462、24369 bp;共编码131个基因,包括86个蛋白编码基因、37个tRNA基因、8个rRNA基因。简单重复序列检测表明,叶绿体基因组包括51个SSR位点,其中以A和T组成的单核苷酸重复次数最多,占45.1%。密码子偏好性分析表明,亮氨酸是使用频率最高的氨基酸,AUU是使用次数最多的密码子,密码子偏向使用A/U结尾。属内叶绿体基因组比较分析显示,IR边界区域相对保守,但仍存在部分基因扩张和收缩等现象;核苷酸多样性分析获得了4个高突变热点:trnQ-psbK、psbF-psbE、clpP、ycf1,可作为物种鉴定和遗传多样性研究的潜在特征。系统发育分析显示牛茄子和喀西茄的亲缘关系更近,存在姐妹关系。结论牛茄子叶绿体基因组的组装和系统发育分析,为茄属植物的分类和群体间遗传多样性的研究提供理论依据。; 龚秋怡董姝洁许琴葛宇清; 关键词：茄属叶绿体基因组密码子偏好性系统发育分析

螺旋果苜蓿组叶绿体基因组进化和系统发育分析: 2024年; 本文采用Illumina NovaSeq 6000平台对螺旋果苜蓿组3个国审品种进行叶绿体基因组测序、组装和注释,并与南苜蓿(Medicago polymorpha)、天蓝苜蓿(M.lupulina)和小苜蓿(M.minima)进行比较分析。结果表明:‘楚雄’南苜蓿(M.polymorpha‘Chuxiong’)、‘淮阴’南苜蓿(M.polymorpha‘Huaiyin’)和‘陇东’天蓝苜蓿(M.lupulina‘Longdong’)叶绿体基因组长分别为123472 bp,124229 bp和124107 bp,总GC含量分别为:34.2%,34.1%和34.2%,共编码110~111个基因。首次发现‘陇东’天蓝苜蓿具有一个226 bp的IR(Inverted repeat lacking clade)区特征序列(含rps12基因)。‘楚雄’南苜蓿和‘淮阴’南苜蓿各有17个内含子,但‘陇东’天蓝苜蓿只有14个内含子。在6个材料基因组中,在替换率加快的accD和ycf1中检测到简单重复序列,替换率加快可能与简单重复序列插入有关。系统进化树表明,‘楚雄’南苜蓿和‘淮阴’南苜蓿与南苜蓿亲缘关系较近,‘陇东’天蓝苜蓿与天蓝苜蓿亲缘关系最近。本研究为螺旋果苜蓿组分类和叶绿体基因组反向重复区研究提供理论依据。; 邓鸟絮罗中元孙志轩孟静赵雁; 关键词：系统发育

海南省福寿螺系统发育分析及种群遗传学研究: 2024年; 目的对海南省福寿螺进行分子鉴定,完成遗传多样性和亲缘关系研究,为识别和防控福寿螺的持续扩散提供依据。方法基于线粒体细胞色素c氧化酶I(COI)和16S核糖体脱氧核糖核酸(16S rDNA)基因,对海南省18个县市61个采样点采集的福寿螺样本,进行系统发育分析及种群遗传学研究。采集1050只福寿螺,随机对其中632只和577只进行COI和16S rDNA基因测序。从GenBank数据库下载序列构建数据库,COI和16S rDNA数据库分别有1465和641条序列。使用MEGA X和DnaSP软件进行系统发育和遗传多样性分析。结果小管福寿螺为海南省优势种(79.9%)。小管福寿螺和隐秘福寿螺在海南17个市县同时存在。基于COI基因,小管福寿螺分为A支(与来自日本和中国福寿螺亲缘关系密切)、B支(与来自日本、菲律宾、马来西亚和中国福寿螺亲缘关系接近)和C支(与来自马来西亚、日本、阿根廷、巴布亚新几内亚、缅甸、智利和中国福寿螺亲缘关系近)。基于16S rDNA基因,小管福寿螺分为A支和B支系(与来自马来西亚、阿根廷、菲律宾、美国和中国福寿螺亲缘关系较近)。单倍型网络分析表明,基于小管福寿螺的COI和16S rDNA基因,分别有4个和3个单倍型。隐秘福寿螺只表现出单一的COI单倍型。保亭黎族苗族自治县的福寿螺样本单倍型和核苷酸多样性最高(Hd=0.679,π=0.053),而琼海市和屯昌县之间的种群分化最大(F_(ST)=0.63)。小管福寿螺和隐秘福寿螺的遗传多样性较低。结论海南省小管福寿螺的COI和16S rDNA序列具有多态性。福寿螺可能被多次引入海南,其中隐秘福寿螺在海南省首次得到确认,尚未记录到斑点福寿螺的分布。海南省小管福寿螺和隐秘福寿螺的遗传多样性较低。; 吕鑫Jitrawadee Intirach黄萍黄萍张帆焦惠生舒畅周云飞吕志跃; 关键词：系统发育分析单倍型福寿螺

酸模叶蓼叶绿体基因组特征及系统发育分析: 2024年; 为探究酸模叶蓼(Persicaria lapathifolia)的叶绿体基因组特征及其系统位置,本研究采用Illumina平台对酸模叶蓼的叶绿体全基因组进行测序。结果表明,酸模叶蓼叶绿体基因组由4部分组成,总长度为159 052 bp,其中,大单拷贝区(LSC)长度为83 621 bp,小单拷贝区(SSC)长度为13 149 bp, 2个反向重复区长度均为31 141 bp。基因组序列总的鸟嘌呤(G)和胞嘧啶(C)含量为38%,共注释得到128个独特基因,包含83个蛋白质编码基因、8个rRNA基因和37个tRNA基因。酸模叶蓼叶绿体基因组相对同义密码子使用度大于1.00的密码子共有32个,其中,有29个以A/U结尾,有3个以G结尾。在酸模叶蓼叶绿体基因组中共检测209个符合条件的SSR位点,以单核苷酸重复占绝对优势,主要是A/T碱基。系统发育分析表明,酸模叶蓼与香蓼(Persicaria viscosa)的亲缘关系最近。本研究可为蓼科(Polygonaceae)叶绿体基因组及系统发育分析提供基础参考资料。; 杨贤均旷娟全志鑫谢金雨肖佳伟欧龙艳黎颖惠; 关键词：酸模叶蓼叶绿体基因组密码子偏好性系统发育分析

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