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一种糖肽表位预测方法、存储介质及终端设备: 本发明公开了一种糖肽表位预测方法、存储介质及终端设备，其中，方法包括步骤：基于天然主要组织相容性复合体数据，构建抗原呈递概率预测模型；从糖肽数据库中收集肽段糖基化位点信息及其对应的肽段序列，构建糖基化位点数据集；基于所述...; 毛家维王鹏

一种用于B细胞抗原表位预测的数据集构建方法: 一种用于B细胞抗原表位预测的数据集构建方法，所述发明是利用河北省自然科学基金做出的一项发明，基金的项目名称为“基于自学习机制的B细胞抗原表位预测研究。本发明包括以下步骤：a.建立表位样本集合、非表位样本集合和候选序列集合...; 羊红光白双艳成彬

结核分枝杆菌Phage蛋白的抗原表位预测及生物信息学分析: 2025年; 目的:应用生物信息学软件对结核分枝杆菌Rv1579c基因编码的Phage蛋白结构和功能进行预测分析。方法:从NCBI Gene数据库中获取Rv1579c编码的氨基酸序列;通过ProtParam、ProtScale、NetPhos、TMHMM、SOPMA、SWISS-MODEL在线网站分别对Phage蛋白的理化性质、亲疏水性、磷酸化位点、跨膜螺旋结构、二级结构以及三级结构建模进行预测分析;利用IEDB、ABCpred、SYFPEITHI等软件预测Phage蛋白的细胞抗原表位;使用NCBI中BLAST数据库、UniProt数据库、MEGA-X软件分析Phage蛋白同源性及进化树的构建;STRING数据库预测其相互作用蛋白。结果:Phage蛋白共含有104个氨基酸,分子式为C_(480)H_(750)N_(140)O_(164)S_(4),原子总数1538,为亲水性蛋白,第22、23位氨基酸疏水性得分最高为-1.433;第94位氨基酸亲水性得分最高为-2.511。该蛋白不稳定指数42.81,为不稳定蛋白;无糖基化位点,含有12个磷酸化位点,无跨膜螺旋结构。另外,Phage蛋白共获得多个优势细胞抗原表位。结论:生物信息学分析Phage蛋白为结核分枝杆菌胞膜亲水性不稳定蛋白,介导结核分枝杆菌焦亡和耐药的发生。同时,该蛋白的多个优势细胞抗原表位,可成为未来结核诊断治疗的新靶标。; 黄和明张娟李高驰周海金; 关键词：结核分枝杆菌 PHAGE 生物信息学

人乳头瘤病毒39型遗传变异分析及T细胞与B细胞抗原表位预测: 2025年; 目的分析人乳头瘤病毒(Human papillomavirus,HPV)39基因组遗传变异特征,并对病毒早期蛋白(E1、E2、E6、E7)和晚期蛋白(L1、L2)的T、B细胞优势抗原表位进行预测和筛选。方法从临床样本和NCBI数据库中共获取70条HPV39全长序列构建进化树、分析基因多态性,并对病毒蛋白理化性质进行预测;采用IEDB和ABCpred预测T、B细胞抗原表位,并结合表位所在区域的二级结构,以及肽段的柔韧性、亲水性、表面可及性、抗原性评分等参数进一步筛选潜在优势抗原表位;最后对潜在优势抗原表位与12种高危型HPV进行同源性分析。结果HPV39突变株可分为两个进化分支,分布于不同进化分支的毒株具有其特定的突变模式。在不同病毒基因中,E7突变率最高,而E1突变率最低,但这些碱基/氨基酸突变未对病毒的理化性质产生明显影响。经预测和筛选后,L1、L2各获得5、6条B细胞潜在优势抗原表位;E1、E2、E6、E7分别获得18、10、4及1条HLA-I类T细胞潜在优势抗原表位;E1、E2、E6获得7、3及2条HLA-II类T细胞潜在优势抗原表位。同源性分析发现E1、E2、E6区域的T细胞抗原表位,以及L2中的B细胞抗原表位与HPV68、HPV33、HPV45和HPV59具有较高的同源性(93%~100%)。结论HPV39突变株可分为A、B两个主要进化分支,各进化分支具有其特定突变模式。病毒蛋白中含有可供进一步研究的T、B细胞潜在优势抗原表位,为HPV39相关多肽形式的疫苗和药物开发提供了更多理论依据。; 张誉小杨一娟王丽蓝锶菡俞晶何洁张红平冯敏; 关键词：遗传变异分析 T细胞 B细胞抗原表位预测

柯萨奇病毒A组6型VP1的主要特性及表位预测分析: 2025年; 运用生物信息学方法预测分析襄阳地区分离的柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6, CV-A6)病毒蛋白(Viral protein, VP)中VP1的主要特性及表位。应用ProtParam, SOPMA,Phyre 2,DNAstar v8.1.3,Mega11,ABCpred, ElliPro, NetMHCpan-4.1,NetMHCIIpan-4.0等软件和在线网站预测分析CV-A6 VP1包括理化性质、结构特征、序列特点,亲缘关系在内的主要特性及B,T细胞抗原表位。结果发现该分离株VP1为碱性、不稳定的亲水性蛋白,其二级结构以无规则卷曲为主,核苷酸(氨基酸)同源性不一,有12个氨基酸突变位点,属于D3a亚型。该蛋白还存在多个潜在及优势B,T细胞抗原表位。CV-A6襄阳分离株与国内广西、广东地区CV-A6共进化共循环,具有一定的免疫潜能,可为分子流行病学监测以及多价疫苗的研制提供科学依据与参考。; 刘益文张晓雯高邦婷项钦戈张晨阳左成杨欢汪大巍张高博; 关键词：VP1 生物信息学表位

B细胞表位预测方法及装置: 本发明提供了一种B细胞表位预测方法及装置。涉及机器学习技术领域。本发明提供的一种B细胞表位预测方法及装置，通过对蛋白质序列进行滑窗分割转换为多肽序列并对多肽序列进行编码处理，使蛋白质序列能够转换为适合机器学习模型的输入格...; 张靖樊瑜波邰呈正

抗原表位预测工具的研究与发展现状: 2024年; 适应性免疫在抗原识别和人体免疫过程中起到十分重要的作用。本文综述了抗原表位预测工具的研究进展及其在疫苗设计和免疫治疗策略中的应用,突出了其重要性。通过分析B细胞和T细胞抗原表位的识别机制,本文阐释了表位的种类及其在免疫反应中的作用。进一步详细讨论了B细胞和T细胞抗原表位的预测工具,特别是它们如何利用支持向量机、随机森林、深度学习等不同算法来解析表位信息,并介绍了当前该领域的最新发展现状。最后,本文对抗原表位预测技术的未来发展趋势进行了展望。; 李梓豪汪源毛甜甜曹志伟裘天颐; 关键词：抗原表位预测适应性免疫 B细胞 T细胞

抗原表位预测方法、装置、设备及存储介质: 本申请涉及一种抗原表位预测方法、装置、设备及存储介质。该方法包括：获取待预测抗原和待预测抗体；对待预测抗原和待预测抗体进行预处理，得到待预测抗原‑抗体片段复合物；将待预测抗原‑抗体片段复合物输入抗原表位预测模型，由抗原表...; 王天元范学哲龚朝辉黄小鲁

HPV51全长序列分析、抗原表位预测及转录活性研究: 蓝锶菡

一种基于抗原蛋白动态空间结构的表位预测方法及装置: 本发明公开了一种基于抗原蛋白动态空间结构的表位预测方法及装置，所述方法采用常规或拉伸分子动力学模拟，得到抗原蛋白在天然态或特定中间态的运动轨迹，从轨迹中提取动态空间结构，通过动态空间结构计算溶剂可及面积、电荷分布和均方根...; 李静何建锋梁国龍樊欣迎刘月峰闻亚磊

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