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一种癌症类型特异的基因调控网络构建方法: 本发明提供的一种癌症类型特异的基因调控网络构建方法，依靠计算机高性能计算的特点，通过数据挖掘技术高效地进行转录因子与基因的相互作用预测，在考虑转录因子调控基因组线性近邻基因的同时，也考虑到染色质三维结构对调控的影响，将空...; 郭杏莉蒲明月卢亮王焜王炳波

一种基因调控网络的预测方法及预测系统: 本发明提供了一种基因调控网络的预测方法及预测系统，涉及定量预测的技术领域，该方法包括：获取转录因子‑目标靶点对数据作为第一数据，将第一数据进行数据增强处理得到第二数据；将第一数据与第二数据基于预定任务生成伪标签，并将生成...; 段然郭茂祖雒金旭

一种基于互信息的单样本基因调控网络构建方法: 本发明属于系统生物学领域，具体为一种基于互信息的单样本基因调控网络构建方法。本发明的方法包括：指定研究对象的背景群体和前景群体；基于互信息方法计算背景群体和前景群体的单样本基因调控网络；利用随机置换检验进行网络边的显著性...; 史际帆赵娟艾凇玮邹文葵柳家振孙毅杨伟林伟

一种利用基因调控网络信息识别细胞命运转变途径的方法: 本发明提供了一种利用基因调控网络信息识别细胞命运转变途径的方法，该方法包括：构建共表达基因网络；根据共表达基因网络计算细胞命运概率；根据细胞命运概率重建细胞命运转变的发展轨迹；根据共表达基因网络判断调控子的激活状态；根据...; 左永春龙春伸李寒霜代冰杰

一种基于有向图注意力网络的因果基因调控网络推断方法: 本发明公开一种基于有向图注意力网络的因果基因调控网络推断方法，属于图表示学习、系统生物学技术领域。本发明利用先验调控信息构建初始的有向因果图，并以表达数据作为图中节点的初始特征，然后，利用两个有向图注意力网络分别学习基因...; 唐明靖金魁

一种基于有向图注意力网络的因果基因调控网络推断方法: 本发明公开一种基于有向图注意力网络的因果基因调控网络推断方法，属于图表示学习、系统生物学技术领域。本发明利用先验调控信息构建初始的有向因果图，并以表达数据作为图中节点的初始特征，然后，利用两个有向图注意力网络分别学习基因...; 唐明靖金魁

一种基因调控网络的构建方法及相关装置: 本申请公开了一种基因调控网络的构建方法及相关装置，涉及基因调控网络构建技术领域，该方法包括：从SCREEN数据库中下载得到候选调控元件的位置数据，结合基因组注释文件和scATAC‑seq数据，对启动子和增强子进行精确定位...; 龙春伸左永春李寒霜黎择标胡鹏伟杨斯奇

基于自适应层数的GCN-LSTM重构时序基因调控网络: 本发明公开了一种基于自适应层数的GCN‑LSTM重构时序基因调控网络，包括：使用不同时间点的基因表达矩阵和先验的基因调控网络在自适应层数的GCN中提取到对应的不同时间点的基因特征；不同时间点的基因特征输入LSTM获取下一...; 郑春厚金怀婉魏丕静苏延森

一种基于图表示学习的基因调控网络推断方法及系统: 本发明涉及一种基于图表示学习的基因调控网络推断方法及系统，该方法包括：通过单细胞RNA测序数据构建基因调控网络数据集，将已知相互作用的基因对作为正样本，未知相互作用的基因对作为负样本，并随机划分为训练集、验证集和测试集；...; 王锴李宇龙周景文刘飞栾小丽王兴隆

面向基因调控网络的基因关联分析算法: 2025年; 基因调控网络是基于微阵列基因表达数据,对基因之间表达关系依赖程度的一种仿真或重建。从基因表达数据挖掘基因之间存在的一定程度因果关系,对重构基因调控网络具有十分重要的意义。提出一种基于频繁原子序列关联熵的基因关联分析算法,通过基因关联熵有效识别基因之间的因果关系,并采用启发式搜索策略构建基因关联贝叶斯调控网络(gene association based Bayesian regulatory,GABR)。与基因贝叶斯网络描述基因表达水平值之间依赖关系不同,GABR是一种基因序列贝叶斯网络,基因关联分析对象是生物组织样本的基因表达值排序并置换为基因列下标所形成的序列。算法的优势在于基因变量取值原子序列,该基因为原子序列的结果,基因关联熵以及条件概率分布的计算更符合基因表达数据分析的生物本质特征。ALARM网络模拟数据的实验结果表明,基因关联分析算法性能明显优于同类算法。在酵母菌微阵列基因数据GDS2267和小鼠胚胎基因GSE76118等GEO数据集进行实验,测试结果表明GABR方法重构的基因调控网络具有较高的有效性和鲁棒性。; 李志杰廖莎刘安丰李青蓝; 关键词：基因表达数据基因调控

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