公共文化服务平台

搜索到27049篇“ 转录组“的相关文章

一种空间转录组测序方法及应用: 本发明提供了空间转录组测序方法及其应用，所述方法包括：将待测样本用固定液固定；使用反转录引物在固定后的样本上进行原位反转录反应合成cDNA第一条链；在所述cDNA第一条链的尾端加上相应的捕获接头；以及将所述捕获接头与固相...; 廖原徐子叶

一种单细胞转录组测序方法及其应用: 本发明提供了单细胞转录组测序方法及其应用，所述方法包括：将待测细胞样本制备成单细胞悬液后用固定液固定；和使用反转录引物在固定后的单个细胞的RNA上进行原位反转录反应合成cDNA第一条链。; 王永成徐子叶王钰婷

一种TCR/BCR空间转录组测序的方法及其应用: 本发明属于生物技术领域，具体公开了一种TCR和/或BCR空间转录组测序方法。本发明的测序方法包括以下步骤：样本组织透化和捕获RNA；样本RNA反转录构建cDNA文库；使用特异性引物1多重PCR扩增富集TCR和/或BCR基...; 刘晓胡哲瑜郭丹妮王修远

不同马铃薯淀粉含量差异的转录组学解析: 2024年; 淀粉是马铃薯重要的品质性状之一,广泛应用于食品、医药、石油化工等行业,市场上对高淀粉马铃薯品种的需求逐年提高。为探究马铃薯块茎淀粉积累特性及调控的关键基因,本研究通过RNA测序分析,分别对高、低淀粉含量马铃薯品种大西洋(DXY)、定薯1号(DS1)的匍匐茎(a)、块茎膨大前期(b)、块茎膨大中期(c)、块茎膨大后期(d)及成熟期(e)进行转录组谱分析,5个时期共获得9494个差异表达基因(DEGs),结合功能注释发现差异基因主要富集在结合绑定和催化活性等分子功能中,代谢通路分析发现差异基因主要富集在碳水化合物途径中,其中有137个DEGs与淀粉和蔗糖代谢相关。筛选获得9个调控淀粉合成关键基因,其中蔗糖合酶基因PGSC0003DMG400013547在大西洋整个生育期表达量较高,且在各时期表达量均高于定薯1号;果糖激酶基因PGSC0003DMG400026916在a、b时期大西洋的表达量显著高于定薯1号;定薯1号中淀粉酶基因PGSC0003DMG400009891、PGSC0003DMG400001549和葡聚糖内切-1,3-β-葡萄糖苷酶基因PGSC0003DMG400024642、PGSC0003DMG400003181分别在c和e时期表达量显著高于高淀粉品种大西洋。上述基因可能是参与淀粉的合成与积累的关键调控基因。本研究为不同类型马铃薯品种块茎淀粉代谢调控机制研究提供参考。; 赵娜赵娜张朝澍石瑛; 关键词：马铃薯发育时期转录组测序

基于小鼠脾脏转录组测序探索脓毒症预后关键基因: 2024年; 目的:运用脾脏高通量测序结合生物信息学筛选脓毒症死亡小鼠的关键差异表达基因(DEGs)。方法:①腹腔注射脂多糖(LPS)建立小鼠脓毒症模型,绘制7 d生存曲线确定生存组、死亡组造模剂量。②ELISA验证对照组、生存组、死亡组小鼠外周血浆TNF-α、IL-1β、IL-6、IL-10表达。③使用脓毒症生存组和死亡组脾脏测序,结合生物信息学分析DEGs,筛选关键基因。④RT-PCR及Western blot验证关键基因及蛋白表达差异。结果:①脓毒症生存组造模剂量为15 mg/kg LPS(死亡率为30%),死亡组造模剂量为30 mg/kg LPS(死亡率为80%)。②脓毒症小鼠外周血IL-6、TNF-α、IL-1β表达量较对照组明显升高,IL-10表达水平降低(P<0.05);脓毒症模型组间进行比较,死亡组促炎因子水平较生存组升高,IL-10较生存组降低(P<0.05)。③共筛选出生存组和死亡组中2999个DEGs,其中1185个基因上调,1814个基因下调,筛选出“造血细胞谱系”“原发性免疫缺陷”“非洲锥虫病”“利什曼病”“B细胞受体信号通路”为排名前5的DEGs富集通路,Ifit1、Ifit3、Mx1为筛选出的3个关键基因。④与生存组相比,Ifit1、Ifit3、Mx1在死亡组脾脏组织中的基因及蛋白水平表达均下调(P<0.05)。结论:通过高通量测序与生物信息学筛选出与脓毒症死亡预后相关的关键基因为Ifit1、Ifit3和Mx1,其可能通过病毒感染相关免疫机制影响脓毒症预后。; 罗福龙张雨婷余亚义胡迎春陈睦虎钟武; 关键词：脓毒症脾脏转录组学预后关键基因

基于转录组学筛选叶酸缺乏小鼠睾丸差异基因及通路: 2024年; 目的探索叶酸缺乏(Folate deficiency,FD)对小鼠睾丸发育和精子发生的影响,筛选叶酸影响精子发生中关键差异基因及信号通路。方法建立C57BL/6小鼠FD模型(从胚胎时期至成年期)。HE染色分析出生后不同阶段鼠龄睾丸组织及附睾组织结构,精子PAS染色进行形态学观察。利用转录组测序(RNA sequencing,RNA⁃Seq)技术筛选10周龄小鼠睾丸差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs)并利用GO数据库和KEGG数据库进行基因功能富集。结果与对照组比较,FD组生精小管细胞数量减少,减数分裂延迟,附睾管中精子稀少。精子计数结果显示,FD组精子密度显著低于对照组(P<0.05)。RNA⁃Seq分析共得到210个DEGs。差异基因主要富集在胰岛素样生长因子结合、胞外分泌、蛋白质酪氨酸/苏氨酸磷酸酶活性、细胞增殖调控、多糖生物合成等方面。KEGG富集分析提示差异基因主要富集于甲状腺激素信号通路、Toll样受体信号通路、甾类激素生物合成等。其中Fgf22、Lrrc31和Inmt等基因表达异常可能参与FD导致的生精功能障碍。结论FD影响生精小管的发育和精子发生,其潜在机制可能涉及多个差异表达基因及细胞增殖调控、多糖生物合成和甾类激素生物合成等通路。; 张鼎孙军培刘子睿汤乐敏梁猛廖亚平; 关键词：叶酸缺乏睾丸精子发生转录组测序

不同生长阶段伊拉兔骨骼肌转录组数据的挖掘分析: 2024年; 为了进一步挖掘伊拉兔骨骼肌转录组的数据,本研究运用生物信息学对3个生长阶段的伊拉兔腓肠肌转录组数据进行深入的综合分析。通过对可变剪切、新转录本及其转录因子的表达模式和分子功能进行可视化呈现,结果发现,在伊拉兔骨骼肌的生长过程中,外显子跳跃(skipping exon,SE)是最常见的剪切方式,发生可变剪切的基因主要富集于泛素化介导的蛋白水解过程。同时,挖掘出4个新转录本,其编号分别是Novel.10047、Novel.13070、Novel.16785和Novel.7389,均与骨骼肌的氧化-还原过程和线粒体功能相关。同属于zf-C2H2转录因子家族成员的转录因子PLAGL1、KLF15、IKZF2和ZNF566可能作为潜在靶点参与调控伊拉兔骨骼肌的生长过程。研究结果对伊拉兔基因组和转录组注释信息进行了补充,为进一步完善及解析伊拉兔骨骼肌生长过程中潜在的功能基因及作用提供了理论基础和依据。; 吴倩雯王露王文佳姬正伟路宏朝程佳; 关键词：转录本转录因子转录组

菜心叶片响应高温胁迫的转录组分析及转录因子筛选被引量：1: 2024年; 为探索菜心响应高温胁迫的分子机制,挖掘高温胁迫相关基因。利用转录组测序技术,对热敏DH系CX7-3和耐热DH系CX1-7高温胁迫处理前后叶片中的转录情况进行分析,建立差异表达基因库,并从中筛选高温胁迫转录因子。结果表明,转录组测序共获得32.25 Gb的样本数据和46 204条unigene,在9个功能数据库中有76.76%的unigene得到注释。比较高温胁迫前后样本,获得3 803个差异表达基因。GO功能分类可将DEG富集到生物过程、细胞组分和分子功能3个方面,KEGG功能富集数量居于前三位的为植物-病原相互作用、植物激素信号转导和植物MAPK信号通路。从差异表达基因库中鉴定得到275个转录因子,主要涉及MYB、AP2、C3H、NAC、C2H2、bHLH、bZIP、HSF和WRKY等34类转录因子家族,且受高温诱导呈现多种表达模式。进一步筛选获得15个共表达、4个特有表达、1个非特有表达转录因子基因。挑选12个转录因子基因进行RT-qPCR验证,基因表达趋势与RNA-seq分析结果一致。本研究结果为今后开展菜心耐热分子机制和耐热新品种的选育提供理论参考。; 庞强强孙晓东周曼蔡兴来陈贻诵王亚强; 关键词：菜心高温胁迫转录组差异表达基因转录因子

禽腺病毒血清4型Hexon蛋白的转录组学功能分析: 2024年; 禽腺病毒血清4型(FAdV-4)是引起禽肝炎-心包积液综合征的重要病原,严重危害我国养禽业的发展。研究表明,FAdV-4六邻体(Hexon)蛋白是决定病毒毒力和致病性的重要因素之一。为了进一步探究Hexon蛋白在FAdV-4感染中的重要作用,本试验以鸡肝癌细胞(LMH)为研究模型,利用转录组测序技术对外源表达Hexon所诱导的差异表达基因进行筛选。结果显示,与对照组相比,外源表达Hexon试验组共筛选到445个差异基因表达上调,36个差异基因表达下调。其中,BAG3、JUN、IL8L1、CCL4和THBS1等基因之前已被报道与FAdV-4感染相关,但HSPB9、HSP90AA1、HSPA8、HSPA2、DCN、ELOVL3和SBK2等基因在FAdV-4感染中的作用还未被揭示。GO富集分析结果显示,下调的差异基因主要与早期内体和蛋白酶体附属复合体相关,而上调的差异基因主要与质膜、细胞外表面区域和超分子纤维相关。KEGG通路富集分析结果显示,差异表达基因主要富集在MAPK、Wnt和VEGF等信号通路。此外,通过蛋白质相互作用网络分析发现,HSP90AA1、HSPA8、JUN和DCN等多个关键蛋白位于整个网络中心且已被报道与多种病毒复制密切相关。综上所述,本研究通过转录组测序筛选出一系列由外源表达Hexon诱导的差异表达基因,为控制FAdV-4感染提供了新的靶点和理论依据。; 冯慧霞刘梦渊王晨阳李炜孙子龙席义博张鼎杨勃; 关键词：转录组测序

利用差异转录组定位Paraburkholderia caffeinilytica CF1咖啡因降解功能基因: 2024年; 实验室前期从茶园土壤中筛选到一株高效咖啡因降解菌CF1。为了寻找菌株CF1降解咖啡因的功能基因,对有无咖啡因添加条件下菌株CF1的转录组进行测序,并进行了差异转录组分析。结果显示,共得到4 871条Unigene序列,以菌株CF1的全基因组为模板,96.96%的序列可得到注释。组间差异基因分析结果显示,添加咖啡因条件下上调基因为123条,而下调基因为2 669条。在上调基因中,112条基因编码在染色体上,11条基因编码在巨型质粒上。通过Blast比对和关键酶酶活测定,证明了这11条编码在质粒上的基因与咖啡因降解功能直接相关,且聚集排布形成一条咖啡因降解基因簇。; 陈森高婕王剑桥高子晴; 关键词：转录组测序

加载更多 ∨

相关作者

用户反馈

相关作者

用户登录

用户反馈