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TRIM39.2过表达对鸡巨噬细胞转录表达的影响: 2025年; 旨在探究鸡主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex, MHC)定位的TRIM39.2过表达对鸡巨噬细胞转录表达谱的影响。本研究通过RT-qPCR构建鸡TRIM39.2基因组织表达谱,克隆鸡TRIM39.2基因并构建携带标签的重组表达载体。分别转染空载体和TRIM39.2真核表达载体至HD11细胞内,收获RNA制备文库并进行转录组测序及生物信息学分析。筛选差异表达基因,随后进行GO和KEGG富集分析,并用RT-qPCR方法进一步验证转录组测序结果。结果表明,与其他组织相比,脾脏中TRIM39.2的表达最高。成功克隆了鸡TRIM39.2基因,并构建了携带Myc标签的重组表达载体pCAGGS-Myc-TRIM39.2,并验证了重组载体成功在鸡HD11细胞中表达TRIM39.2重组蛋白。转录组测序分析获得了33个显著差异表达基因。GO分析主要富集于细胞因子的活性特性及其参与介导的信号传导途径。KEGG分析则主要富集于细胞因子与受体间的相互作用及RIG-I样受体信号等通路。鸡TRIM39.2基因在巨噬细胞介导的免疫应答和信号传导中具有重要的调控作用,尤其对RIG-I样受体介导的I型干扰素信号通路具有正调控作用,本研究为进一步丰富鸡RIG-I样受体信号通路调控网络奠定基础。; 吴双尹娜余莫涵平玉宇白皓陈世豪常国斌; 关键词：转录组 GO

双向启动子调控鸡胚性腺PRLR和SPEF 2的转录表达: 2025年; 旨在揭示鸡催乳素受体基因(PRLR)和精子鞭毛蛋白2基因(SPEF 2)在鸡胚性腺的双向转录调控特征。采集4个胚龄(E12.5、E16.5、E18.5、E21.5)180只大午金凤鸡胚左右侧性腺,每3个样品混池组成1个重复,除E21.5母鸡右侧卵巢完全退化,其他同胚龄同性别同侧性腺共14分组,利用RT-qPCR检测PRLR和SPEF 2的表达变化。利用cDNA末端快速扩增技术(5′RACE)和双荧光素酶报告基因系统(DLRA)分别鉴定PRLR和SPEF 2的转录起始位点(TSS)及其核心启动子区,利用亚硫酸氢盐测序技术(BSP)检测启动子区甲基化水平。结果发现,PRLR在E12.5~E21.5睾丸中的表达显著高于卵巢(P<0.05),而SPEF 2在E18.5~E21.5卵巢中的表达显著高于睾丸(P<0.05)。PRLR的10个TSS中5个具有启动子活性,SPEF 2的3个TSS全部具有启动子活性。PRLR的PA1启动子和SPEF 2的SC启动子活性最高(P<0.05),进一步检测发现二者的最高活性区域分别是长565 bp和478 bp的反向互补双向启动子区。478 bp的双向启动活性显著高于565 bp(P<0.05),且二者对PRLR的启动活性均显著高于SPEF2(P<0.05),这与E12.5~E21.5鸡胚性腺中PRLR的转录表达显著高于SPEF2(P<0.05)一致。E21.5卵巢双向启动子区443 bp的CpG岛甲基化水平显著高于睾丸(P<0.05),与睾丸PRLR表达显著高于卵巢一致;位于SPEF 2第1内含子区159 bp的CpG岛甲基化水平睾丸显著高于卵巢(P<0.05),与睾丸SPEF 2的表达显著低于卵巢一致。综上,478 bp的双向核心启动子区调控鸡胚性腺中PRLR和SPEF 2的转录表达,并且启动PRLR的转录活性高于SPEF2,PRLR的转录表达水平高于SPEF 2;甲基化参与双向启动子调控性腺PRLR的转录表达,E21.5卵巢甲基化水平高,PRLR在卵巢表达低于睾丸。这些研究结果为揭示PRLR和SPEF 2在鸡胚性腺发育中的转录调控机制研究提供理论依据。; 王涛王麒董娇娇王德贺李兰会; 关键词：PRLR 双向启动子

草鱼抗原加工相关转运蛋白TAP的系统进化及其响应细菌和病毒感染的转录表达分析: 2025年; 克隆了草鱼(Ctenopharyngodon idella)TAP1、TAP2a、TAP2t基因、分析了其在系统进化中的地位,发现草鱼TAP基因结构非常保守,与鲤科鱼类亲缘关系最近。通过对TAP蛋白的结构预测发现草鱼TAP蛋白含有多个跨膜区,并具有ATP结合盒式蛋白(ATP-binding cassette transporter, ABC)超家族的典型结构特征。草鱼TAP基因在脾脏和头肾组织中表达量较高;感染嗜水气单胞菌(Aeromonus hydrophila)72 h后,TAP1、TAP2a、TAP2t表达显著上调。植物血凝素(Phytohemagglutinin, PHA)和聚肌苷酸-聚胞苷酸(Polyinosinicpolycytidylic acid)均可诱导草鱼TAP1、TAP2a、TAP2t的表达。此外,分析了细胞因子对TAP基因表达的影响,结果显示,伽马干扰素(IFN-γ)和白介素1beta(IL-1β)上调TAP1和TAP2t的表达。EPC细胞在感染鲤春病毒血症病毒(Spring viraemia of carp virus, SVCV)12、24和36 h后TAP1的表达量显著升高,TAP2t表达在12 h得到上调,提示TAP1和TAP2t参与宿主应答SVCV的免疫反应。研究结果为阐明鱼类MHC I的抗原呈递机制奠定基础。; 雷文晶徐兢贾钊柳轶帆郭旭王俊亚邹钧; 关键词：草鱼病毒

XAP5和XAP5L在精子发生过程中对纤毛基因转录表达的影响和机制研究: 纤毛是突出于细胞表面的毛发状细胞器,在信号传导、细胞运动以及维持组织稳态等多种生理活动中发挥重要功能,当纤毛结构和功能存在缺陷时将会引发纤毛相关疾病,称为“纤毛病”。纤毛的发生在发育和细胞周期中受到动态调控,但关键的转录...; 张熙琪; 关键词：精子发生纤毛转录调控

一种基于乳腺癌病理图像的空间转录表达预测方法: 本发明公开了一种基于乳腺癌病理图像的空间转录表达预测方法，其先将H&E图像中的点分割成斑块。然后，使用预先训练的ResNet模型将这些斑块编码为特征向量。最后，通过对k个最近邻居的加权表达值求和来预测目标点的表达...; 陈沾衡郭镇豪邹最李密曹海荣徐冰郭德志杨朔袁裕翔

灰葡萄孢菌BcGLS基因的克隆、生物信息学分析及逆境胁迫下转录表达分析: 2024年; β-1,3-葡聚糖合成酶(β-1,3-glucan synthase,GLS)催化合成的细胞壁核心组分β-1,3-葡聚糖对真菌的生存和毒力至关重要,该酶是研发抗菌药物的重要作用靶点。为了了解β-1,3-葡聚糖合成酶基因(BcGLS)在灰葡萄孢菌生存和侵染进程中的功能,该研究通过克隆获得BcGLS全长序列,序列全长7137 bp,编码1932个氨基酸,生物信息学分析结果显示,其编码蛋白(BcGLSp)理论相对分子质量为220.05 kDa,理论等电点为7.97;亚细胞预测其定位于细胞膜,存在17个跨膜结构,不存在信号肽,为非分泌蛋白;含有176个磷酸化位点,为亲水性蛋白。保守结构域分析结果表明,BcGLSp含有一个β-1,3-葡聚糖合成酶结构域和一个β-1,3-葡聚糖合成酶亚基FKS1,属于葡聚糖合成酶超家族。系统进化分析表明,灰葡萄孢菌BcGLS与植物致病菌如山茶叶杯菌、景天白粉菌等的葡聚糖合成酶亲缘关系近。不同逆境胁迫条件(氯化钠、十二烷基硫酸钠、过氧化氢)显著抑制灰葡萄孢菌菌丝生长,实时定量PCR进一步分析显示BcGLS在不同非生物胁迫条件下均上调表达,表明BcGLS基因的转录表达与环境压力密切相关。该研究为深入探讨BcGLS在灰葡萄孢菌生存和侵染进程中的基因功能和灰葡萄孢菌的新型防治策略提供理论材料和实践依据。; 孟利娟昝新艺杨雨蒙张子盈崔凤杰田贞乐; 关键词：灰葡萄孢菌生物信息学逆境胁迫转录表达

偏肿革裥菌GMC基因家族在木质条件下转录表达分析: 2024年; 为揭示偏肿革裥菌(Lenzites gibbosa)在分解木材过程中葡萄糖-甲醇-胆碱氧化还原酶(Glucosemethanol-choline oxidoreductases,GMCs)基因的功能,采用高通量测序技术对L.gibbosa分解木屑过程中0,3,5,7,11 d的菌丝体进行转录组测序,以Count值与校正后的FPKM值为表达量进行基因筛选。分析基因表达量变化情况及在eggNOG,COG,GO,KEGG,NR,SwissProt和Pfam等数据库中的功能注释结果,通过qPCR验证基因表达量。根据基因注释结果共筛选到23个GMCs基因,表达量变化表明其中有9个是差异基因。功能注释及富集结果表明,L.gibbosa的GMCs至少有6种,分别为纤维二糖脱氢酶、葡萄糖氧化酶、吡喃糖脱氢酶、L-山梨糖1-脱氢酶、醇氧化酶、吡喃糖氧化酶,属于CAZy-AA3家族下的4个亚家族,在木材木质素与综纤维素的降解过程中,它们主要参与能量转运和代谢有关的碳代谢、甲烷代谢、氨基酸代谢和脂质代谢;GMCs与木质素降解过程中H_(2)O_(2)的形成有特定关系,可与FAD结合,将初级醇基氧化形成醛并释放H_(2)O_(2),为过氧化物酶提供恒定反应底物。由于能在木质素和纤维素的降解过程中发挥重要的辅助作用,GMCs属于与木材降解相关的重要辅助酶系,为白腐菌中GMC家族在木材降解过程中的功能研究提供了依据。; 池玉杰陈欣妍杨旭欣郝雅昕赵予璐贾子烨苏文浩; 关键词：木质素降解差异表达基因

过表达GATA2对鸡前脂肪细胞转录表达的调控作用及机制: 2024年; 目的阐明过表达GATA2对鸡前脂肪细胞转录表达的影响。方法培养鸡前脂肪细胞ICP1,转染pCMV-myc-GATA2或pCMV-myc质粒,Western blot验证细胞中GATA2过表达情况,RNA-seq研究过表达GATA2对细胞转录组表达变化,ChIP-seq研究GATA2在基因组的结合情况,Real-time PCR验证部分差异表达基因、ChIP-PCR验证GATA2对TAF3基因的集合情况。结果转染pCMV-myc-GATA2可以在ICP1细胞过表达GATA2蛋白,过表达GATA2后,ICP1细胞中942个基因表达上调,840个基因表达下调(P<0.05),富集分析显示差异表达基因与核糖体和线粒体的结构和功能相关(P<0.01);GESA分析显示,过表达GATA2的ICP1细胞中RNA聚合酶Ⅱ转录起始复合物、核糖体生物生成、丙酸代谢和氧化磷酸化相关基因集表达上调;组蛋白赖氨酸N甲基转移酶、核转录抑制复合体形成、脂肪因子和钙离子等信号通路相关基因集表达下调。ICP1细胞中ChIP-seq鉴定出2833个GATA2结合的基因组峰,涉及2018个基因。Motif分析显示GATA2结合(T/A)GATA模序;富集分析显示这些基因参与胚胎发育、信号传导、细胞代谢和细胞间相互作用。差异表达基因和GATA2结合基因取交集获得105个基因,富集分析显示这些基因与转录、转录后调控、细胞间相互作用、信号传导和细胞周期相关(P<0.001)。结论GATA2可以与鸡前脂肪细胞的基因组结合调节其转录组表达模式。; 王英军张停停王小沛周心北陈月婵张志威; 关键词：前脂肪细胞 RNA-SEQ CHIP-SEQ

基于转录组学棘胸蛙主要干扰素刺激基因(ISG)的筛选与转录表达分析: 袁鸿

盐碱胁迫对罗氏沼虾存活、酶活性及转录表达的影响: 2024年; 盐碱水中的高碳酸盐碱度是影响水生甲壳动物生存的重要因素之一。为探讨盐碱胁迫对罗氏沼虾(Macrobrachiumrosenbergii)存活、酶活性及基因表达的影响,本研究摸索了盐度和碳酸盐碱度对罗氏沼虾苗的半致死浓度(LC_(50))以及最低有影响浓度(LOEC),探究了盐碱胁迫对罗氏沼虾幼苗鳃和肝胰腺中渗透调节和抗氧化相关酶活性以及基因表达的影响。结果显示,盐度对罗氏沼虾虾苗的96 h-LC_(50)为27.1,96 h-LOEC为16.5;碱度对罗氏沼虾虾苗的96 h-LC_(50)为230.7 mg/L,96 h-LOEC为96.6 mg/L;并且盐碱交互作用表现出协同效应。罗氏沼虾幼苗鳃和肝胰腺中碱性磷酸酶(AKP)和钠钾腺苷三磷酸酶(Na^(+)-K^(+)-ATPase)活性随胁迫时间延长呈先降后升的趋势,鳃中钙腺苷三磷酸酶(Ca^(2+)-ATPase)则呈现相反的变化趋势;肝胰腺中超氧化物歧化酶(SOD)活性在胁迫中期(72h和120h)达到最低水平,而过氧化氢酶(CAT)和谷胱甘肽S转移酶(GST)活性增加,碳酸酐酶(CA)活性在胁迫过程中呈现先降后升的趋势,但盐碱胁迫程度所产生的影响差异不显著;转录组分析揭示鳃和肝胰腺对盐碱胁迫的响应不同,鳃组织中涉及细胞外空间/区域(如四次跨膜蛋白)、细胞对外源刺激响应(脂肪醛脱氢酶)、次级活性跨膜转运蛋白如相关基因在盐碱胁迫下表达上调;盐碱胁迫抑制了肝胰腺的细胞外空间/区域相关基因表达,但促进了碳水化合物跨膜转运蛋白[如类脂质运载蛋白]相关基因表达上调,这表明罗氏沼虾可能通过协同的渗透压调节策略(包括增强鳃的离子转运和提高肝胰腺的碳水化合物跨膜转运)来适应盐碱环境。本研究结果可为揭示罗氏沼虾在盐碱环境中的适应机制提供科学依据。; 章鑫邹松保高强周聃倪蒙倪蒙刘梅采克俊采克俊; 关键词：罗氏沼虾盐碱胁迫酶活性渗透压调节离子转运

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