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发酵时间对迪庆火腿风味的影响研究
刘一诺
大型迪庆不同生长阶段背脂沉积差异基因及其调控通路分析
2023年
【目的】筛选大型迪庆不同生长阶段背脂沉积差异的关键基因并分析其调控途径。【方法】对体重长至40、80、120 kg的大型迪庆背脂组织进行转录组测序,测序数据进行拼接、比对、注释并进行功能富集分析、STEM趋势分析和互作网络分析。【结果】10~40 kg(S1阶段)与40~80 kg(S2阶段)、S2阶段与80~120 kg(S3阶段)比较分别筛选到845、558个显著差异表达基因(DEGs);差异表达基因STEM趋势分析显示,模块0、模块3和模块4的基因随大型迪庆体重增加而下调表达,模块14的基因先上调后轻微下调;显著差异基因互作网络显示,在模块0、模块3和模块4的基因互作网络中,PTGER3、CPT1B、LPIN3基因位于核心位置,PTGER3下调抑制脂肪分解、促进脂肪细胞增大,CPT1B下调降低脂肪酸氧化能力、导致甘油三酯增多,LPIN3下调维持脂质稳态;在模块14的基因互作网络中,AACS、SOCS3、AQP3、RPS6KA1位于核心位置,AACS上调促进脂肪细胞分化、脂肪细胞数量增多,SOCS3、RPS6KA1上调促进脂肪生成,AQP3上调促进脂肪细胞内甘油三酯增多,这与大型迪庆随体重增加背膘厚显著增加,但S1阶段与S2阶段背膘厚的增幅大于S2阶段与S3阶段的结果一致;对PTGER3、AACS等15个差异基因进行qPCR验证,定量结果与转录组结果一致。【结论】本研究筛选到15个调控大型迪庆背膘厚的潜在候选基因,可为迪庆的遗传改良提供参考。
王琳严达伟马黎张博王莉兴张浩董新星
关键词:RNA-SEQ调控通路
屠宰体重对大型迪庆产肉性能、肌肉品质及经济效益的影响被引量:2
2023年
为了研究屠宰体重对大型迪庆产肉性能、肌肉品质和经济效益的影响,试验选择胎次相同、出生日期相近的已去势并断奶的大型迪庆36头,随机分为1,2,3组进行育肥试验,分别在体重达40,80,120 kg左右时屠宰,测定育肥性能(平均日增重、料重比)、屠宰性能(屠宰体重、胴体重、胴体直长、胴体斜长、平均背膘厚、6~7肋间膘厚、皮厚、眼肌面积、屠宰率、板油率、皮率、骨率、瘦肉率、脂肪率)、肌肉品质(pH1值、肉色、大理石纹、失水率、熟肉率、滴水损失),计算母头均年提供肥数、肉(胴体)量,分析不同屠宰体重的大型迪庆经济效益。结果表明:试验2,3组全试验期平均日增重极显著高于试验1组(P<0.01);全试验期料重比随体重增加而增加;试验3组屠宰体重、胴体重、胴体直长、胴体斜长、平均背膘厚、6~7肋间膘厚、板油率极显著高于试验1,2组(P<0.01),试验2组极显著高于试验1组(P<0.01);试验3组皮厚极显著高于试验1组(P<0.01),显著高于试验2组(P<0.05);试验3组眼肌面积极显著或显著高于试验1,2组(P<0.01或P<0.05),试验2组显著高于试验1组(P<0.05);试验1组皮率、骨率极显著高于试验3组(P<0.01),显著高于试验2组(P<0.05);试验1组瘦肉率极显著高于试验2,3组(P<0.01);试验2,3组脂肪率、大理石纹极显著高于试验1组(P<0.01);试验1组失水率和滴水损失显著高于试验3组(P<0.05),与试验2组差异不显著(P>0.05);试验1组熟肉率极显著高于试验3组(P<0.01),试验2组显著高于试验3组(P<0.05)。试验场母头均年提供育肥数分别为12.11,11.98,12.05头,试验1,2,3组母头均年提供肉(胴体)量分别为317.59,689.06,1001.77 kg;试验1,2,3组全试验期头均毛利分别为210.67,310.27,294.11元,其中试验2组全试验期头均毛利最高。说明大型迪庆在80 kg左右时屠宰其肉品质和经济效益较好。
董新星李昕鹏聂靖茹刘诗意王莉兴徐红萍严达伟马黎
关键词:迪庆藏猪屠宰体重产肉性能肌肉品质平均日增重
大型迪庆不同生长阶段腹脂代谢功能基因筛选及其调控网络分析被引量:2
2023年
[目的]筛选大型迪庆不同生长阶段腹脂代谢差异的功能基因并解析其调控网络。[方法]选择胎次相同、出生日期及体质量相近的大型迪庆36头,随机分为3组进行育肥试验,分别在体质量达40、80和120 kg屠宰,每组采集3头的腹脂进行转录组测序,测序数据经短时间序列表达模式(STEM)趋势分析、功能富集分析和互作网络分析。[结果]40 kg vs 80 kg、80 kg vs 120 kg和40 kg vs 120 kg分别筛选到1517、486和1752个显著差异基因;差异基因STEM分析显示:模块4和1的基因先显著下调后基本不变,模块15、12和11的基因随体质量增加而显著上调,模块0的基因随体质量增加而显著下调;WNT10B、CPT1B和C5AR2位于模块4和1的基因网络核心,PLA2G7、WWTR1、SPP1、SERPINE1和PTPN11位于模块15、12和11的基因网络核心,ADIPOQ、CH25H和IL10位于模块0的基因网络核心;WNT10B和CPT1B等11个基因的qPCR验证结果与转录组测序结果一致。[结论]WNT10B和PTPN11等11个核心基因以协作方式参与大型迪庆腹膜脂肪代谢调控,结果可为迪庆的遗传改良提供参考。
董新星王琳刘金桥严达伟张博邓俊张浩马黎
关键词:迪庆藏猪调控网络
大型迪庆不同生长阶段背脂与腹脂脂质代谢差异基因及调控网络分析被引量:3
2023年
旨在筛选大型迪庆不同生长阶段、不同部位脂质代谢差异的关键基因。本研究选择胎次相同、出生日期相近、体重10 kg左右的大型迪庆36头,随机分为3组,相同条件育肥,分别在平均体重达40、80和120 kg时屠宰,测定胴体性能,每组采集3头的背脂和腹脂进行高通量转录组测序,测序数据经拼接、比对,筛选与脂质代谢相关的显著差异基因并进行GO、KEGG分析、基因互作网络分析。结果表明,40、80和120 kg大型迪庆腹脂vs.背脂分别筛到486、765和339个差异表达显著基因,随机挑选的EGR2、SOD3等5个差异表达显著基因的qPCR结果与转录组测序结果一致,差异表达显著基因主要富集在肌肉收缩、细胞黏附、间充质细胞增殖正调节等GO条目,心肌收缩、PI3K-Akt信号通路、Hippo信号通路等KEGG通路;40 kg组EGR2、RARRES2、TMOD4和SFRP2基因位于网络核心,EGR2、RARRES2、SFRP2在腹脂上调,TMOD4下调;80 kg组THBS1、PPARA、NRIP1和LPL基因位于网络核心,4个核心基因均在腹脂上调;120 kg组HTRA1、TSHR、LRRK2、STC2、SHOX2和SOD3基因位于网络核心,LRRK2、TSHR在腹脂上调,SHOX2、SOD3、STC2、HTRA1下调。结果提示,EGR2、THBS1、TSHR等14个基因作为核心基因精细调控大型迪庆不同生长阶段背脂与腹脂脂质代谢,10~40 kg,EGR2等4个基因位于核心,促进脂肪细胞分化、增殖的基因在腹脂上调,脂肪合成的开关基因下调;40~80 kg,THBS1等4个基因位于核心,促进甘油三酯合成、胆固醇形成、脂质积累的基因在腹脂上调;80~120 kg,LRRK2等6个基因位于核心,促进甘油三酯积累、脂肪酸氧化的基因在腹脂上调,抑制脂肪分解、脂滴形成的基因下调。本试验结果可为解析地方不同部位脂质差异性沉积的调控机制提供基础数据,为迪庆的靶向选育提供参考。
王琳马黎张博邓俊张浩欧阳晓芳严达伟董新星
关键词:迪庆藏猪功能基因
迪庆生态健康养殖技术探究被引量:2
2022年
迪庆体型小,嘴筒长、直,呈锥形,额面窄,额部皱纹少,耳小向两侧平伸,转动灵活,鬃毛长而密,具有耐高寒、耐粗饲、抗病能力强、抗逆性强、肉质细嫩味美,营养丰富等优点,迪庆往往生活在海拔3,000~4,000m的地区,以天然野生可食性的植物为食。成年群的平均体重不超过100kg。云南省迪庆州香格里拉市有着悠久的养殖历史,当地的自然生态环境十分适合的生长。但近年来随着规模化养殖产业不断向前发展,传统高污染高消耗的养殖模式对生态环境造成了严重污染,同时也不利于的健康生长,危及到群的身体健康。针对这一现状,就需要在基层地区积极推广应用生态健康养殖技术,转变传统的养殖理念,推动养殖产业的健康可持续发展。本次研究探讨了生态健康养殖技术要点,希望对广大同行有所帮助。
简方全
关键词:迪庆藏猪生态健康养殖技术
生长期迪庆肌纤维组成及其肌肉转录组学分析
肉是人类动物蛋白质的主要来源之一,人工选育方式、遗传背景的差异,导致肉品质存在很大不同。其中肌纤维类型是影响肉品质的重要因素之一,肌肉纤维类型的组成会随生理阶段的变化而变化,影响后期肉品质。迪庆(TP)是我...
芦家凯
关键词:迪庆藏猪背最长肌肌纤维RNA-SEQ
迪庆ADFP基因第一外显子多态性位点遗传分析
2022年
研究通过测序技术对迪庆脂肪分化蛋白基因(ADFP)部分启动子区域和外显子1进行了多态位点遗传分析。结果发现,迪庆在ADFP基因启动子区域存在2个SNPs,外显子1上存在6个SNPs;各SNPs均处于Hardy-Weinberg平衡,多态信息含量和杂合度均小于0.5。研究了解了迪庆ADFP基因的变异情况及群体遗传特征,为下一步开展脂肪沉积基因的遗传育种奠定了理论基础。
相德才张斌刘韶娜吴国权
关键词:迪庆藏猪SNPS
大型迪庆不同生长阶段肌肉生长差异基因及其调控通路分析被引量:3
2022年
为筛选大型迪庆不同生长阶段肌肉生长差异的关键基因并分析其调控途径,以40、80和120kg的大型迪庆为对象,基于RNA-seq技术对背最长肌组织进行转录组测序,对获得的测序数据进行拼接、比对、注释和差异分析,筛选与肌肉生长相关的差异基因进行STEM趋势分析、功能分析并构建差异基因互作网络。结果表明:1)10~40kg阶段与40~80kg阶段、40~80kg阶段与80~120kg阶段比较共检测到730个、981个基因显著差异表达;2)差异表达基因STEM趋势分析显示,共有4个差异显著模块,模块11和14的差异基因先上调表达后轻微下调;模块9和10的差异基因先上调后下调表达;3)差异基因互作网络显示,10~40kg vs 40~80kg,FOS基因位于调控网络核心,与EGRs、CCL2和NOR-1等基因有互作关系,NOR-1基因上调导致肌肉生长速度加快,FOS基因下调抑制肌源性分化,EGRs基因下调导致胶原纤维束减少,CCL2基因下调导致肌肉再生受损;40~80kg vs 80~120kg,FOXO1、PDK4和PPARD等基因位于网络中心,SFRPs基因上调阻止成肌细胞终末分化,FZD7基因下调减缓肌纤维肥大速度,FOXO1下调导致肌生长抑制素mRNA下降减缓肌肉萎缩进程,PPARD与FOXO1均降低PDK4含量从而使肌肉丙酮酸脱氢酶复合物活性增强,对碳水化合物氧化和葡萄糖摄取增加,肌纤维变粗,与大型迪庆40至80kg生长速度显著快于10至40kg阶段,而80kg之后缓慢下降的规律吻合;4)挑选了12个差异基因进行qPCR验证,EGR1、SFRP1和FOXO1等12个基因定量验证结果与转录组测序结果一致。综上,本研究利用RNA-seq技术筛选出12个影响大型迪庆不同生长阶段肌肉生长的差异基因,可为解析地方肌肉生长的遗传调控机制、应用分子标记辅助选择提高迪庆瘦肉产量提供参考。
聂靖茹张博马黎张浩李国美严达伟董新星
关键词:RNA-SEQ肌肉生长
大型迪庆不同生长阶段肌内脂肪沉积差异表达基因及其调控通路分析被引量:2
2022年
【目的】筛选大型迪庆不同生长阶段肌内脂肪含量差异的关键基因并分析其调控途径。【方法】选择胎次相同、出生日期及体重相近的大型迪庆36头,随机分为3组,在相同条件下进行育肥试验,分别在体重达40、80及120 kg左右时屠宰,每组采集3头的背最长肌,采用RNA-Seq技术进行转录组测序,测序数据进行拼接、比对和注释,筛选与脂肪沉积相关的差异显著基因进行功能富集、STEM分析,构建基因互作网络,并进行实时荧光定量PCR验证。【结果】40 kg vs 80 kg、80 kg vs 120 kg与40 kg vs 120 kg阶段分别检测到730、981及735个基因差异显著表达;STEM分析共有4个差异显著模块,模块11、14的基因集先显著上调后轻微下调;模块9、10的基因集先显著上调后显著下调。差异基因互作网络显示,40 kg vs 80 kg阶段,EGR1、EGR2、PRKAG2、NOR-1和ATF3基因位于网络核心,EGR1和EGR2基因表达下调,PRKAG2、NOR-1和ATF3基因表达上调;80 kg vs 120 kg阶段,FOXO1、PDK4、PPARD、PPARGC-1、LIPE、ATF3和STAT1基因位于网络核心,FOXO1、PPARD、PPARGC-1基因表达下调,PPARG基因通过级联调控引起STAT1基因表达下调,LIPE和ATF3基因表达上调;40 kg vs 120 kg阶段,ATF3、NOR-1、EGR1、EGR2和STAT1基因位于网络核心,EGR1、EGR2和STAT1基因表达下调,ATF3和NOR-1基因表达上调。ATF3、FOXO1等10个基因的实时荧光定量PCR验证结果与转录组测序结果一致。【结论】EGR1、FOXO1等基因作为核心基因参与大型迪庆肌内脂肪调控,不同生长阶段参与调控的核心基因并不完全相同,结果可丰富中国地方肌内脂肪调控基础数据,为大型迪庆肌内脂肪含量的遗传改良提供参考。
聂靖茹马黎严达伟邓俊张浩张博刘金桥董新星
关键词:RNA-SEQ肌内脂肪沉积差异表达基因

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严达伟
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