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高通量单细胞DNA测序的纳米机器人系统
用于对放置在载玻片上的DNA链进行单细胞DNA测序的纳米级机器人系统,该系统利用原子力显微镜(AFM),其末端执行器为带尖端的探针形式。AFM使其探针尖端扫描DNA链的碱基对。尖端的一对间隔开的电极与DNA链的两端接触,...
席宁王松刘澎涛孙智涌董立新侯超剑陈冬蕾张文琪
一种基于高通量环境DNA测序的水生态损害评估鉴定方法
本申请公开了一种基于高通量环境DNA测序的水生态损害评估鉴定方法,属于环境损害调查鉴定技术领域,包括整理目标区域的物种名录,搜索并下载物种序列信息,构建本地数据库,通过标本测序补全本地数据库信息;收集多个目标区域样点的底...
张又邢鹏陈辉辉蔡永久李宽意
基于微生物DNA测序的长时间井间注采连通性判别方法
本发明公开了油水井连通性检测技术领域的基于微生物DNA测序的长时间井间注采连通性判别方法,包括以下步骤:从注水井和生产井分别按照设定时间间隔和流通时间取样,并对样品预处理后进行DNA提取与DNA测序,基于注水井产液样品和...
杨海彤王硕亮陈文滨李聪聪王俊强国力文
一种荧光标记的ddNTP及其合成方法和应用及一种DNA测序试剂盒及其制备方法
本发明提供了一种荧光标记的ddNTP及其合成方法和应用及一种DNA测序试剂盒及其制备方法,所述荧光标记的ddNTP具有式Ⅰ或式Ⅱ的结构,所述荧光标记的ddNTP的合成方法包括将罗丹明供体染料、二氯罗丹明受体染料和连接有L...
马石金程宣卢晋华王长兴张阳
用深度学习区分福尔马林固定石蜡包埋样本生成的DNA测序数据中的体细胞突变和人工突变的方法和设备
本发明提供了一种提供关于人工突变或体细胞突变预测的信息的方法和提供关于人工突变或体细胞突变预测的信息的设备,其中,提供关于人工突变或体细胞突变预测的信息的方法由处理器实现,其包括以下步骤:接收从个体生物样本获得的数据或医...
白淳明洪晟宜许东赫金仁永H·西金圣光金旼志朴智仁朴弘实
一种基于微生物DNA测序诊断的产液剖面动态解释方法
本发明公开了石油勘探开采技术领域的一种基于微生物DNA测序诊断的产液剖面动态解释方法,通过对不同井型产液与岩屑取样和DNA测序,得到不同地层高分辨率特征的地层微生物基线,通过比较朴素贝叶斯、随机森林、bp神经网络三种聚类...
陈文滨王硕亮杨海彤王硕桢王俊强孟令文
一种DNA测序
本实用新型公开了一种DNA测序仪,涉及DNA测序技术领域,具体为一种DNA测序仪,包括测序仪本体,所述测序仪本体的外表面设置有支撑轴杆,支撑轴杆的外表面转动连接有传动齿轮,传动齿轮的外表面设置有连接板,连接板远离传动齿轮...
王帅锋李倩高留欢
DNA测序首段信号数据特别处理方法研究
2024年
针对荧光标记毛细管电泳DNA测序开始一段序列的信号杂乱特性以及不同碱基通道信号间的相对偏移问题,提出了一种用于首段信号特别处理的电泳迁移率自适应校正方法。分析设计基于四通道首段信号间峰重叠程度估计的运筹决策目标函数,通过目标函数动态寻优计算确定不同碱基通道信号的相对偏移系数,从而实现DNA测序首段信号的相对偏移校正,为提高首段信号碱基的合理判读及后续DNA精准排序提供了可靠的过程数据。
贾二惠张欣欣管桦李明
关键词:DNA测序毛细管电泳数据处理目标函数动态寻优
抗体修饰DNA测序酶的开发及其应用
2024年
【目的】开发一种新型DNA测序酶,解决一代测序技术应对复杂DNA结构模板所面临的主要挑战,如测序信号中断或测序信号快速衰减。【方法】从NCBI数据库中挖掘到了Taq DNA聚合酶和单链结合蛋白SSB基因信息,利用遗传融合、定点突变及基因设计技术获得了一种新型的测序酶Sso-Sequenase。利用亲和层析和离子交换层析,获得了纯化的测序酶。利用抗体修饰技术改良了Sso-Sequenase的性能,并且利用STR技术对其热启动性能进行了表征。选取多组不同类型的复杂模板,采用一代技术对比分析了Sso-Sequenase测序酶试剂盒和传统BigDye测序试剂盒的测序表现。【结果】Sso-Sequenase在大肠杆菌中稳定表达,纯度达到95%以上,产量高达10.5 mg/L。当温度低于35℃时,Sso-Sequenase表现出热启动活性。在复杂模板的一代测序反应中,如重复序列、高GC和发夹结构等样本,Sso-Sequenase测序酶成功完成了所有样本的测序,序列的平均碱基质量QV大于20。相比而言,BigDye测序试剂盒在处理这些复杂样本时,多数样本测序信号出现了显著衰减或中断。【结论】开发了一种纯度好、产量高,兼具热启动活性的DNA测序酶Sso-Sequenase及测序试剂盒,显著提高了复杂DNA结构模板(重复序列、高GC和发夹结构)测序成功率。
宋辉曹文刚肖晓文杜军
关键词:测序
一种生物样本的批量化DNA测序方法及应用
本发明公开了一种生物样本的批量化DNA测序方法及应用,属于基因测序技术领域,包括:为每一个生物样本均分配一个对应的标引序列对,记为第一标引序列和第二标引序列;各生物样本所对应的标引序列对均不相同;在每一个生物样本溶液中加...
栗茂腾何坚杰陈望张礼斌尹永泰付春华周惟贤

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研究主题:荧光素 核苷酸 Β-榄香烯 DNA测序 化合物合成
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作品数:93被引量:8H指数:2
供职机构:上海交通大学
研究主题:荧光素 DNA测序 化合物合成 可逆 核苷酸
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供职机构:上海交通大学
研究主题:荧光素 DNA测序 核苷酸 可逆 单分子
任鲁风
作品数:44被引量:64H指数:3
供职机构:中国科学院半导体研究所
研究主题:DNA测序仪 芯片 光纤面板 缓冲液 反应池
李小卫
作品数:59被引量:8H指数:2
供职机构:上海交通大学
研究主题:荧光素 DNA测序 核苷酸 可逆 荧光标记