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广东紫珠matK基因的生物信息学分析: 2024年; 通过PCR扩增获得广东紫珠matK基因的完整核苷酸序列,利用生物信息学对matK基因进行开放阅读框、氨基酸组成、蛋白质跨膜结构区、亚细胞定位和结合区分析,预测信号肽、氨基酸亲/疏水性、氨基酸及高级结构预测,采用UPGMA算法对13种紫珠属植物构建系统进化树。结果表明,广东紫珠matK基因序列长度为1 524 bp,编码507个氨基酸,有10个开放阅读框;matK基因编码的成熟酶K蛋白含20种氨基酸,二级结构中α螺旋占49.11%、β转角4.45%、无规则卷曲28.21%,为不稳定亲水性蛋白;无信号肽、无跨膜结构,定位于叶绿体亚细胞器。系统进化聚类结果表明,广东紫珠与紫珠、Callicarpa mollis的亲缘关系较近。; 李家敏潘芝玲王灿张兵锋; 关键词：MATK序列生物信息学

15种蔷薇属matK基因的密码子偏好性分析被引量：1: 2023年; 基于15种蔷薇属叶绿体全基因组图谱,筛选其matK基因并对其密码子偏好性进行分析。结果表明:(1)GC1、GC_(2)、GC_(3)的平均值分别为39.09、31.75、27.98,密码子第1位的GC含量最高,第3位的GC含量最低,具有显著差异性;有效密码子数与第3位密码子的GC含量显著相关;(2)GC_(3)与GC_(12)的相关性不显著,且密码子的偏好性受自然选择的影响;(3)matK基因的有效密码子数低于预期值,位于标准曲线的下方,说明matK基因密码子的偏好性受到了选择的影响;(4)共计29个密码子的同义密码子相对使用度(RSCU)大于1,其中,有27个密码子均以A/U结尾,仅有2个密码子以G结尾,说明matK基因的密码子偏好以A或者U结尾。RSCU较高的3个密码子为UGA(3.00)、UCU(2.08)、ACU(1.98)。; 黄长兵沈萍侯哲; 关键词：MATK基因叶绿体基因组密码子偏好性

天人菊matK基因克隆及生物信息学分析被引量：1: 2022年; 为了完善天人菊的遗传信息,丰富菊科植物分子生物学分析数据.通过PCR扩增、基因克隆获得天人菊matK基因的完整核苷酸序列,采用生物信息学方法分析天人菊matK蛋白的结构及性质,并与其他12种matK氨基酸序列进行对比,构建系统进化树.结果表明,天人菊matK基因全长1296 bp,可编码432个氨基酸,二级结构以α-螺旋为主,无跨膜结构,无信号肽,是不稳定亲水性蛋白,存在于叶绿体中,matK氨基酸序列在不同的生物种类中具有高度的保守性.天人菊matK蛋白与遗传距离较近的菊科植物蛋白相比仅有15处氨基酸变异位点,而与遗传距离较远的加州玫瑰和北美黑莓对比存在138处氨基酸变异位点,且基因的5′端氨基酸变异频率低于3′端.基因本体论分析可知matK蛋白在13种不同的生物中可靠度为60%~70%,具有多种分子功能,并参与了众多的生物学过程.对天人菊matK基因进行了深入的分析,为天人菊的进一步研究提供了理论依据.; 徐丽娟熊勇; 关键词：天人菊 MATK基因生物信息学基因表达

乌药matK基因的生物信息学及多样性分析: 2022年; 对乌药[Lindera aggregate(Sims)Kosterm]叶绿体matK基因编码的蛋白序列进行了分析,并以11种山胡椒属植物构建了系统进化树。结果表明,matK基因全长为1628 bp,含有14个开放阅读框;亲水指数为-0.200,为亲水蛋白;乌药与桠乌药(Lindera obtusiloba)和三股筋香(Lindera thomsonii)的亲缘性比较近,与山胡椒(Lindera glauca)亲缘性最远。研究结果可为乌药种质资源鉴别、分类及多样性研究提供参考。; 袁莉霞王芙蓉刘姝孙妍楼天灵; 关键词：乌药 MATK基因

一种基于matK基因的未知植物物种识别数据库的构建方法及数据库: 一种基于matk基因的未知植物物种识别数据库的构建方法及数据库，所述方法包括步骤：获取含有matk基因的原始序列数据文件；提取所述原始序列数据文件中的物种注释信息；将所述物种注释信息整合至所述matK基因上，以得到mat...; 宁康白虹杨朋硕卢璟详邹欣桐李洪军; 文献传递

三叶崖爬藤matK基因编码区全序列测定及编码产物研究被引量：1: 2021年; 以三叶崖爬藤(Tetrastigma hemsleyanum)matK基因为研究对象,利用生信分析其matK基因编码区的全序列及其产物的氨基酸序列特征,并构建14种爬藤属植物的分子系统进化树。结果表明,三叶崖爬藤的matK基因的大小为969 bp,共有6个开放阅读框;为亲水性蛋白;信号肽剪切位点预测处于64~65位氨基酸;亚细胞定位蛋白只存在于叶绿体中;三叶崖爬藤与毛枝崖爬藤(Tetrastigma obovatum)亲缘关系最近,与崖爬藤(Tetrastigma obtectum)的亲缘关系最远。; 吴浩周磊袁莉霞孙崇鲁; 关键词：MATK基因进化树分子鉴定

石榴种质资源的matK基因序列分析被引量：11: 2020年; 本研究以60个石榴品种为材料,PCR扩增获得石榴品种的matK基因片段,分析石榴资源的matK基因序列的碱基组成、序列间碱基变异频率和转换/颠换比率;计算品种间遗传距离(K-2P),构建遗传关系分类图,研究matK基因序列对石榴品种鉴定的效果。结果表明,石榴物种的matK基因片段容易获得,PCR扩增成功率为98.3%,测序成功率为100%,59个石榴品种matK基因片段最长为897 bp,最短为820 bp。石榴的matK序列保守性为95.8%,G+C含量相对稳定,平均含量为33.3%,A+T平均含量高达66.7%,密码子偏好A和T;序列碱基存在转换/颠换比率为1.003,核苷酸多样性为0.000 8,每位点核苷酸多态性指数Theta值为0.000 54。K-2P遗传距离在0.000~0.024之间,平均遗传距离为0.007,邻接法(NJ)构建59个品种遗传关系聚类图,59个品种被分为6大类,分类结果与形态学和品种地理来源分类没有明显相关性。; 马丽周玉亮郝兆祥丁城实侯乐峰康美玲罗华; 关键词：MATK基因石榴品种 DNA条形码

安康市花魔芋matK基因的克隆及分析: 2020年; 以安康市花魔芋(Amorphophallus konjac)为材料提取基因组,对matK基因序列进行扩增,扩增产物经凝胶电泳分析后送生物技术公司测序,并对测序结果进行分析。结果表明,安康市花魔芋matK基因全长1 551 bp,预测编码516个氨基酸;系统进化树结果显示,花魔芋与Amorphophallus maxwellii、田阳魔芋(Amorphophallus corrugatus)和西盟魔芋(Amorphophallus krausei)的亲缘关系最近。; 周晓帆李静王瑞李锐王瑞娴; 关键词：MATK基因

基于叶绿体matK基因序列的两份安康野生桑遗传特征分析被引量：2: 2020年; 对陕西省安康市黄石滩、八仙镇2份野生桑叶绿体基因组进行PCR扩增,获得matK编码基因及其侧翼序列,扩增长度为1715 bp,ORF长度为1518 bp,2份序列仅存在1处单碱基差异。利用matK序列分析7份桑树(Morus alba L.)之间的遗传多样性,结果表明,不同品种桑树matK序列相似度较高,仅存在6个单位点碱基差异,定义3种单倍体,单倍型多样度为0.714,核苷酸多样度为0.00132,平均核苷酸差异为2.000。遗传距离分析表明,八仙镇桑树与印度桑(M.indica)、鲁桑(M.multicaulis)的遗传距离最近,黄石滩桑树与蒙桑(M.mongolica)、华桑(M.cathayana)的遗传距离最近。聚类分析将7份桑树聚为1支,且桑树品种之间的进化支长要明显短于其他科属之间的长度,表明桑树品种间的遗传多样性较低,经历较少进化事件。; 王瑞娴楚渠彭云武孟刚梁嘉俊周晓帆; 关键词：进化分析叶绿体 MATK

40种蕨类植物matK基因的系统分类及分子进化研究被引量：4: 2020年; 采用“放松分子钟”模型、氨基酸位点正选择模型和分子内共进化网络估算方法,对蕨类植物Ⅱ型内含子成熟酶蛋白K(Maturase K,MATK)编码基因matK的进化趋势进行研究。结果显示:matK基因在蕨类植物系统学研究中具有一定的应用价值,与rbcL基因和psaA基因联合后能显著提升系统发育树的可信度;蕨类植物MATK蛋白中存在少数曾经历正选择的位点;MATK蛋白内部有多对氨基酸位点共同构成共进化网络。在被子植物兴起环境改变后,MATK蛋白部分位点发生适应性进化,通过位点间共进化网络协同作用方式提升蕨类植物对新光合环境的适应能力。; 熊哲铭高一波任慧莹徐波吴思婉彭圆森林; 关键词：蕨类植物 MATK基因适应性进化

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