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GWASTool:A web pipeline for detecting SNP-phenotype associations: 2024年; The genome-wide association study(GWAS)aims to detect associations between individual single nucleotide polymorphisms(SNPs)or SNP interactions and phenotypes to decipher the genetic mechanism.Existing GWAS analysis tools have different focuses and advantages,but suffer a series of tedious and heterogeneous configurations for computation.It is inconvenient for researchers to simply choose and apply these tools,statistically and biologically analyze their results for different usages.To address these issues,we develop a user friendly web pipeline GWASTool for detecting associations,which includes simulation data generation,associated loci detection,result visualization,analysis and comparison.GWASTool provides a unified and plugin-able framework to encapsulate the heterogeneity of GWAS algorithms,simplifies the analysis steps and energizes GWAS tasks.GWASTool is implemented in Java and is freely available for public use at http://wwW.sdu-idea.cn/GWASTool.The website hosts a comprehensive collection of resources,including a user manual,description of integrated algorithms,data examples and standalone version for download.; Xin WangBeibei XinMaozu GuoGuoxian YuJun Wang

利用SNP标记鉴定青稞种质资源: 2024年; 近年来,青稞(Hordeum vulgare var.nudum Hook.f.)育种速度逐步加快,青稞品种的类别和数量日渐增多,形成了丰富的青稞品种资源。然而,在青稞资源的大量引种和品种资源交换过程中,造成了同名异物、同物异名的现象,因而建立高效、准确的青稞品种鉴定技术体系和数据系统迫在眉睫。为基于青稞品种基本信息实现青稞品种的快速和准确鉴定,本研究利用简化基因组(GBS)测序获得的青稞基因组高通量SNP基因分型数据,对314份青稞种质资源进行群体结构分析;根据SNP注释结果,筛选获得位于外显子区的SNP并计算其杂合率和遗传多态性指数;用Genstat的去冗余(IRREDUNDANT)指令通过顺序算法(sequential algorithm)获得能够区分参试青稞种质资源的核心SNP位点组合,并构建DNA指纹图谱,结合参试材料地理来源等基本信息构建青稞品种的分子身份证。结果表明,群体遗传结构分析可将314份参试青稞材料划分为3个类群,类群划分与其材料类型密切相关。从4954个位于外显子区域的高质量SNP位点中筛选出14个多态性高且能完全区分青稞种质资源的SNP位点,称其为核心SNP;由14个核心SNP组成青稞种质资源DNA指纹图谱,同时结合种质资源地理来源等的基本信息进行数字编码,最终构建了每份青稞品种资源由17位数字组成的具有唯一标识的分子身份证,并生成相应的条形码和二维码。本研究构建的青稞种质资源DNA指纹图谱和分子身份证,可为青稞品种真实性和纯度鉴定、种质管理及知识产权保护等提供参考。; 陈同睿王蕾王寒冬尤恩邓超边海燕沈裕虎徐金青; 关键词：青稞种质资源指纹图谱分子身份证

木荷SNP标记开发及遗传多样性分析: 2024年; 为了开发木荷(Schima superba)基因组的SNP位点,并基于SNP分子标记技术,从DNA分子水平上揭示木荷种质资源遗传多样性和变异规律。本研究选取广东、福建和江西三省的15个群体(种源)、共179个木荷单株为研究材料,采用限制性酶切位点关联DNA测序(RAD-seq)技术,最终获得SNP多态性位点16383个,并利用软件分析其遗传多样性和遗传结构。对179个木荷单株进行分析,观察杂合度(Ho)平均值为0.0741;期望杂合度(He)平均值为0.293。对15个木荷群体进行分析,观察杂合度(Ho)平均值为0.074;期望杂合度(He)平均值为0.247;群体间遗传距离(d)分布在0.298~0.396,平均值为0.350;平均多态性位点百分比(PPL)为57.93%;各群体的多态信息含量(PIC)分布范围在0.301~0.364,平均值为0.335,15个木荷群体均表现为中度多态性。通过对15个木荷群体进行遗传结构分析、主成分分析和聚类分析,将15个木荷种源大致分为四类。木荷基因组中SNP位点丰富,多态性呈中等偏上,具有较为丰富的遗传多样性,SNP分子标记在木荷的良种选育、增加遗传增益和缩短育种周期等各方面有潜在价值。; 吕欣欣冯志恒林艳许金文黄少伟; 关键词：木荷 SNP 分子标记开发

基于SNP芯片划分CIMMYT和广西玉米自交系杂种优势群被引量：1: 2024年; CIMMYT玉米自交系在广西具有较好的适应性,目前利用CIMMYT和广西玉米自交系杂交已成功选育出许多适合广西种植的玉米新品种。为了解CIMMYT和广西玉米自交系间的杂种优势关系,本研究以20份CIMMYT自交系和169份广西自交系为供试材料,以5份中国骨干自交系和4份广西骨干自交系作为参照系,利用10K玉米SNP芯片进行全基因组扫描,开展遗传相似性、系统进化树和主成分分析,划分参试材料的杂种优势群。研究结果表明,189份玉米自交系绝大多数杂合率均小于10%,纯合度较高。CIMMYT自交系相互间遗传相似性较高,与广西玉米自交系间遗传相似度较低。进化树和主成分分析将189份自交系分为PB群、SPT群、‘桂单162-0810’母本群、‘桂单162’父本群、‘桂单0810’父本群和其他类群,其中大部分CIMMYT玉米自交系属于SPT群,大部分广西玉米自交系属于‘桂单162-0810’母本群、‘桂单0810’父本群和其他类群。可见,CIMMYT与广西玉米自交系间遗传差异较大,大多属于不同杂种优势群,两类自交系进行杂交能够较大概率获得优良玉米品种。; 邹成林谭华黄开健翟瑞宁黄爱花莫润秀韦新兴杨萌吕巨智黄艳芬; 关键词：CIMMYT 玉米自交系杂种优势群

一种鉴别栽培柿品种SNP标记的新方法: 2024年; 【目的】为了鉴别栽培柿品种间的遗传差异,开发一种基于核糖体DNA内转录间隔区(nrDNA internally transcribed spacer)序列简单、高效的SNP分子标记新方法,为种质的收集、利用及推广应用提供参考。【方法】以18种六倍体栽培柿品种叶片为试材,对其ITS区进行扩增测序,并分析序列差异,最后用Sau96 I限制性内切酶对151处杂合位点进行酶切验证。【结果】18份柿品种ITS长度均为730 bp,共存在6个杂合位点,分别在151、168、205、278、279和622 bp处。六倍体柿杂合位点处碱基峰图面积比例存在一定的规律,即C∶T=2∶1、C∶T=1∶1、C∶T=1∶2和A∶G=1∶1,利用出现的杂合位点及其峰图面积比例规律差异将18份栽培柿品种分成11类。【结论】151处位点的酶切结果验证了酶切产物浓度与峰图面积比例一致。这种基于nrDNAITS序列SNP分子标记的新方法能将18份栽培柿品种分成11类。; 梁晋军朱溯远张宇琴张鹏飞温鹏飞杨运良; 关键词：SNP

SNP分型检测技术及其在大鼠遗传检测中的应用: 2024年; 单核苷酸多态性(SNP)是第三代分子遗传标记,由于其广泛性、遗传稳定性、二态性及易于自动化分型的特点,成为当前实验动物遗传检测领域中重要研究的遗传标记。本文概述了SNP概念及特点,重点阐述不同种类SNP分型技术,并对该技术在大鼠遗传检测研究中的应用进行回顾和展望。; 李欢岳秉飞

基于SNP和ROH的泰山黑猪群体遗传结构分析: 2024年; 旨在从分子水平解析泰山黑猪群体的遗传多样性与家系结构,为泰山黑猪选育和保护提供科学理论依据。本研究利用“中芯一号”SNP芯片对130头核心群泰山黑猪进行群体遗传结构分析。结果发现,泰山黑猪育种群体平均期望杂合度(He)为0.367,平均观察杂合度(HO)为0.397,有效群体含量(Ne)为5.0,泰山黑猪育种群体平均多态性信息含量(PIC)为0.285,IBS平均遗传距离为0.277,G矩阵结果与IBS矩阵一致,表明泰山黑猪群体之间亲缘关系中等。130头泰山黑猪共检测到2777条ROHs,单个ROH平均长度为6.21Mb,所有ROH范围在1.54M~187.61Mb,基于ROH的近交系数(F_(ROH))平均为0.054。将130头泰山黑猪划分为1~4个家系,母猪额外划分1个其他家系。上述结果表明,泰山黑猪群体内家系数量适中,个体亲缘关系呈中等程度,近交系数较低,群体的遗传多样性较高。个别家系公猪数量偏少,后期应注意后代的选育,避免造成血统流失;选择与母猪亲缘关系较远的个体交配的后代进行留种,逐渐降低群体近交系数。; 郭宝港王明凯于世浩张文娟申小冉曾勇庆陈伟; 关键词：多样性家系 SNP

基于SNP标记的玉米遗传多样性与杂优模式分析: 2024年; 为揭示我国玉米核心种质的遗传多样性和育种实践中所用的杂种优势模式,利用58个北方春玉米自交系的全基因组重测序数据,鉴定并筛选了2559400个高质量SNP用于解析供试材料的遗传特性。分析结果显示,核心自交系中的多态性信息含量在0.09~0.38之间,平均值仅为0.21,说明该群体的遗传多样性程度较低。玉米自交系间的亲缘关系系数范围在-0.21~1.75,其中自交系丹598与吉1037的亲缘关系系数最大,而自交系PH6WC与GS01的亲缘关系系数最小。聚类分析结果表明,供试群体明显地被划分为6个亚群,分别为SS、NSS、PA、兰卡斯特、塘四平头和旅大红骨。进一步对东北地区主要玉米品种的杂种优势模式进行分析得出,SS×NSS、NSS×PA、NSS×兰卡斯特及SS×塘四平头可作为东北地区主要推广的杂种优势模式。以上结果为自交系的改良创新及强优势玉米杂交种的组配提供了理论依据。; 代力强李天娇; 关键词：玉米 SNP 杂种优势模式

基于SNP标记的玉米散粉吐丝间隔期QTL定位: 2024年; 散粉吐丝间隔期(ASI)性状是玉米耐旱性的重要指标之一,短ASI有利于提高玉米受精成功率从而提高籽粒产量,挖掘玉米ASI主效QTL对于选育高产、耐旱型玉米品种有重要意义。选择ASI间隔期长的自交系ZHF141和ASI间隔期短的自交系GH701构建204份F_2、F_(2∶3)家系为试验材料,在试验田重复种植不同家系并调查每株ASI天数,获得群体表型数据。利用分布全基因组的10K玉米SNP分子标记筛选多态性获得4755个分子标记,过滤偏分离后得到2478个分子标记,采用2种软件构建遗传图谱,软件QTL IciMapping v 4.2去除冗余标记后得到1807个分子标记用于构建遗传图谱,软件JoinMap 4去除相似标记后得到2084个分子标记用于构建遗传图谱。采用2种软件检测ASI性状QTL位点,软件QTL IciMapping v4.2用1807个分子标记和表型数据共检测到4个QTL位点,分别位于第2、4、5、5染色体上,软件MapQTL用2084个分子标记和表型数据共检测到6个QTL位点,分别位于第2、2、4、5、6、6染色体上,2种软件检测到调控玉米ASI性状的主效QTL均在第2染色体上,有部分QTL置信区间是相同的。本试验结果认为玉米ASI性状主效QTL位于第2染色体上。; 陈坤刘亚利覃宏宇周锦国弓雪韦正乙钟昌松杨耀迥卢生乔张述宽; 关键词：玉米 QTL

应用低密度SNP芯片解析玉米遗传多样性: 2024年; 利用1K低密度SNP标记,对不同亚群的95份自交系材料进行群体遗传结构、遗传多样性和类群间遗传关系分析。结果表明,来自不同玉米亚群的95份自交系可划分为4个主要类群,符合血缘背景;主等位基因频率平均值为0.7607,基因多样性平均值为0.3178,杂合度观测值平均值为0.0734,PIC值平均值为0.2570。在1249个SNP标记中,多态性较好的占比72.06%。基于GenoBaits的基因型鉴定技术可低成本且高效地解析种质的遗传背景和亲缘关系,为专、特用玉米分子标记辅助育种提供了可靠的技术依托。; 高嵩张楠张楠何欢郑淑波周小辉周小辉代秀云黄威; 关键词：玉米 SNP 类群划分聚类分析

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