曾文锋
作品数: 32被引量:11H指数:2
  • 所属机构:中国科学院计算技术研究所
  • 所在地区:北京市
  • 研究方向:生物学
  • 发文基金:国家自然科学基金

相关作者

贺思敏
作品数:114被引量:112H指数:6
供职机构:中国科学院计算技术研究所
研究主题:蛋白质鉴定 质谱 肽段 串联质谱 肽谱
迟浩
作品数:73被引量:48H指数:4
供职机构:中国科学院计算技术研究所
研究主题:蛋白质鉴定 肽段 质谱 肽谱 蛋白质序列
刘超
作品数:43被引量:32H指数:4
供职机构:中国科学院计算技术研究所
研究主题:肽段 蛋白质组学 蛋白质鉴定 质谱 蛋白质
孙瑞祥
作品数:77被引量:95H指数:6
供职机构:中国科学院计算技术研究所
研究主题:蛋白质鉴定 质谱 串联质谱 肽谱 蛋白质组学
张昆
作品数:9被引量:20H指数:3
供职机构:中国科学院计算技术研究所
研究主题:蛋白质组学 质谱 谱图 搜索引擎 质谱技术
一种基于离子索引的整体蛋白质鉴定方法与系统
本发明涉及一种基于离子索引的整体蛋白质鉴定方法与系统,包括统计碎裂位点,挖掘碎裂模式。在待测蛋白质样品的完整数据集鉴定结果中统计强度最高多根谱峰匹配到的氨基酸位点,用于离子索引表的创建。对C端碎裂的位点和N端碎裂的位点处...
王瑞敏孙瑞祥迟浩曾文锋刘超贺思敏
代谢标记数据在蛋白质鉴定结果可靠性评估中的应用
基于质谱技术的蛋白质鉴定是蛋白质组学研究的基础内容,而对定性结果进行质控是必不可少的关键环节。现在常用的质控方法是目标诱饵法(Target Decoy Approach,TDA)[1]。该方法通过统计来自诱饵库的鉴定结果...
刘超迟浩曾文锋杨皓周文婧孙瑞祥贺思敏
关键词:蛋白质组学质谱质控
文献传递
一种基于正则表达式的N糖结构库构建方法与系统
本发明涉及一种基于正则表达式的N糖结构库构建方法与系统,包括:将五糖核心中每个单糖作为一个节点,为各节点进行编号以明确节点所代表的单糖类别,根据各节点间的连接关系和编号,计算五糖核心中每个节点的正则表达式,并将所有正则表...
张晓今曾文锋吴建强孙瑞祥贺思敏
文献传递
蛋白质组学肽段鉴定可信度评价方法
2023年
蛋白质组学基于质谱数据鉴定肽段和蛋白质,从而给出基因表达的直接证据,帮助解析蛋白质的结构和功能,研究蛋白质与疾病的关系,提供靶向治疗方案,而这些都取决于鉴定的肽段和蛋白质的准确性。蛋白质组学常采用目标-诱饵库方法 (target-decoy approach,TDA)对鉴定的肽段和蛋白质进行质量控制,并对其进行改进演化后应用到子类肽段(比如突变肽段和修饰肽段等)和交联肽段等特殊鉴定结果的可信度评价中。然而,TDA存在两个局限,即错误率估计值不够准确以及不能评价单个鉴定结果的可信度,经过TDA质量控制后的结果还需要进一步检验,因此领域内也提出了一系列其他方法 (本文统称为Beyond-TDA方法),协同加强肽段的可信度评价。本文对数据依赖模式下采集的质谱数据肽段层面的TDA常规方法和特殊方法进行了综述,对Beyond-TDA方法进行了分类阐述,并总结了各种方法的优势与不足。
周文婧曾文锋迟浩贺思敏
关键词:蛋白质组学质谱分析
pTop:整体蛋白质上的规模化鉴定算法
目前,蛋白质鉴定广泛采用的方法是基于酶切肽段的串联质谱技术;最近五年多,高效的整体蛋白质分离技术和高分辨率的质谱技术的快速发展,使得研究人员开始采用基于整体蛋白质的串联质谱技术来鉴定蛋白质及其翻译后修饰[1,2]。相比于...
孙瑞祥罗兰邬龙曾文锋迟浩刘超贺思敏
关键词:TOP-DOWN搜索引擎
文献传递
一种从头测序方法
本发明提一种从头测序方法,该方法包括:在通过酶切产生的两个数据集中查找镜像肽段对应的镜像谱图;从所述镜像谱图中检测高可信谱峰和普通谱峰;根据所述高可信谱峰和普通谱峰构建有向无环图,其中,所述高可信谱峰对应的结点是高可信结...
杨皓迟浩曾文锋周文婧刘超贺思敏
串联质谱数据母离子检测模型训练方法及母离子检测方法
本发明提供一种串联质谱母离子检测模型训练方法,包括下列步骤:1)获取母离子已知的谱图数据集,对于其中每张二级谱图,确定该二级谱图的候选母离子;2)提取每个二级谱图-候选母离子组合的特征向量,并根据二级谱图和候选母离子配对...
邬龙曾文锋袁作飞刘超孟佳明贺思敏
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肽段-谱图匹配可信度检验方法、系统、存储介质及装置
本发明提出一种肽段‑谱图匹配可信度检验方法、系统、存储介质及装置,包括:将待检测结果中图谱数据输入至开放式搜索引擎,得到待检测结果的鉴定结果;获取限定式搜索引擎对待检测结果的打分,得到第一分值,同时提取第一分值排前n名候...
周文婧杨皓曾文锋张昆迟浩贺思敏
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氨基酸可信度和修饰位点定位的评估方法
本发明提供了一种氨基酸可信度评估模型训练方法。该方法包括:根据包含待训练氨基酸的训练肽段产生所述待训练氨基酸的背景肽段集合;从所述训练肽段和所述待训练氨基酸提取多个特征;以所提取的多个特征作为输入向量,以所述待训练氨基酸...
杨皓迟浩曾文锋周文婧王钊伟王瑞敏牛秀南陈振霖刘超贺思敏
一种串联质谱谱图鉴定方法
本发明提供一种串联质谱谱图鉴定方法,其特征在于,包括下列步骤:1)对于待鉴定谱图数据集中的每张谱图,分别在全局序列库中进行限制性搜索,获得各谱图的匹配肽段;2)根据步骤1)所得各谱图的匹配肽段,构建局部序列库,对于待鉴定...
何昆曾文锋付岩迟浩贺思敏
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