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国家高技术研究发展计划(2012AA020201): 作品数：16 被引量：36H指数：4; 相关作者：王赫杨俊涛朱云平胡彬赵娜更多>>; 相关机构：军事医学科学院北京蛋白质组研究中心国家工程研究中心更多>>; 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>; 相关领域：医药卫生生物学理学更多>>

Path PPI: an integrated dataset of human pathways and protein-protein interactions被引量：2: 2015年; Integration of pathway and protein-protein interaction(PPI) data can provide more information that could lead to new biological insights. PPIs are usually represented by a simple binary model, whereas pathways are represented by more complicated models. We developed a series of rules for transforming protein interactions from pathway to binary model, and the protein interactions from seven pathway databases, including PID, Bio Carta, Reactome, Net Path, INOH, SPIKE and KEGG, were transformed based on these rules. These pathway-derived binary protein interactions were integrated with PPIs from other five PPI databases including HPRD, Int Act, Bio GRID, MINT and DIP, to develop integrated dataset(named Path PPI). More detailed interaction type and modification information on protein interactions can be preserved in Path PPI than other existing datasets. Comparison analysis results indicate that most of the interaction overlaps values(OAB) among these pathway databases were less than 5%, and these databases must be used conjunctively. The Path PPI data was provided at http://proteomeview. hupo.org.cn/Path PPI/Path PPI.html.; TANG HaiLinZHONG FanLIU WeiHE FuChuXIE HongWei; 关键词：蛋白质相互作用 PI数据库二进制模式

基于质谱技术筛选差异表达蛋白的统计学策略研究进展: 2015年; 随着质谱技术的快速发展,蛋白质组学已成为继基因组学、转录组学之后的又一研究热点,寻找可靠的差异表达蛋白对于生物标记物的发现至关重要.因此,如何准确、灵敏地筛选出差异蛋白已成为基于质谱的定量蛋白质组学的主要研究内容之一.目前,针对该问题的研究方法众多,但这些方法策略的适用范围不尽相同.总体来说,基于质谱技术筛选差异蛋白的统计学策略可以分为3类:基于经典统计学派的策略、基于贝叶斯学派的统计检验策略和其他策略,这3类方法有各自的应用范围、特点及不足.此外,筛选过程还将产生部分假阳性结果,可以采用其他方法对差异表达蛋白的质量进行控制,以提高统计检验结果的可靠性.; 王锦霞常乘马洁吴松锋庄举娟朱云平; 关键词：质谱蛋白质组学差异表达蛋白

游离脂肪酸抑制TRAIL诱导的活化肝星状细胞凋亡被引量：2: 2014年; 目的鉴定游离脂肪酸(free fatty acids,FFA)对肝星状细胞(HSC)凋亡的影响。方法体外培养活化人HSC LX-2,加入FFA处理后,TRAIL诱导凋亡,通过流式细胞术检测细胞凋亡情况。通过caspase-3活性检测试剂盒检测细胞内caspase-3的活化情况,通过Q-PCR检测细胞内凋亡相关基因的表达情况。结果 FFA能够抑制TRAIL诱导的活化LX-2细胞凋亡,降低细胞内caspase-3的活性,Q-PCR的分析表明,FFA能够影响细胞内凋亡相关基因BAX的表达,下调死亡受体TRAIL-R2和FAS的表达。结论体外FFA处理,能够抑制活化HSC的凋亡。; 胡彬王赫徐会王钧毅王钧毅杨俊涛; 关键词：游离脂肪酸肝星形细胞肝纤维化

中国在翻译后修饰的生物信息学研究领域的进展与前瞻被引量：5: 2015年; 翻译后修饰在调控蛋白质构象变化、活性以及功能方面具有重要作用,并参与了几乎所有细胞通路和过程。蛋白质翻译后修饰的鉴定是阐明细胞内分子机理的基础。相对于劳动密集的、耗费时间的实验工作,利用各种生物信息学方法开展翻译后修饰预测,能够提供准确、简便和快速的研究方案,并产生有价值的信息为进一步实验研究提供参考。文章主要综述了中国生物信息学者在翻译后修饰生物信息学领域所取得的研究进展,包括修饰底物与位点预测的计算方法学设计与完善、在线或本地化工具的设计与维护、修饰相关数据库及数据资源的构建及基于修饰蛋白质组学数据的生物信息学分析。通过比较国内外的同类研究,发现优势和不足,并对未来的研究作出前瞻。; 刘泽先蔡煜东郭雪江李骜李婷婷邱建丁任间施绍萍宋江宁王明会谢鹭薛宇张子丁赵兴明; 关键词：翻译后修饰共价修饰磷酸化

小蘖碱抑制游离脂肪酸诱导小鼠肝实质细胞脂肪变性被引量：1: 2015年; 目的:探讨小蘖碱(Berberine)对游离脂肪酸(free fatty acids,FFAs)诱导的小鼠肝实质细胞脂肪变性的影响。方法:胶原酶灌注分离BALB/c小鼠原代肝实质细胞并体外培养。分对照组,高脂组,高脂加小蘖碱处理组。体外测定细胞内甘油三酯的含量。利用油红染色观察细胞的脂肪样变性。通过Western印迹法检测肝实质细胞内MAPK相关信号通路磷酸化的变化。实时定量PCR检测肝实质细胞中与脂肪化密切相关的mi R-122的表达和相关靶基因的表达改变。结果:与高脂组比较,小蘖碱处理组肝实质细胞内甘油三酯含量降低,脂肪颗粒减少,脂肪变性明显改善,并具有明显的剂量效应,小蘖碱能够抑制FFAs诱导的JNK通路磷酸化。Q-PCR结果表明小蘖碱能够促进肝实质细胞内mi R-122的表达,并降低脂肪化相关基因Dgat2的表达。结论:小蘖碱能够显著改善高脂诱发的肝脂肪变性,抑制JNK通路磷酸化,其机制可能同mi R-122通路相关。; 赵娜徐会王赫王钧毅齐社宁杨俊涛; 关键词：小蘖碱游离脂肪酸肝实质细胞脂肪变性

苦参碱抑制游离脂肪酸诱导小鼠肝实质细胞脂肪变性被引量：2: 2015年; 目的探讨苦参碱对游离脂肪酸(free fatty acids,FFA)诱导的小鼠肝实质细胞脂肪变性的影响。方法Ⅳ型胶原酶灌注分离BALB/c小鼠原代肝实质细胞并进行体外培养。实验分对照组(CG),高脂组(FG)及苦参碱组(MG)。通过体外测定细胞内三酰甘油的含量。用油红染色的方法观察肝实质细胞的脂肪样变性。Western印迹检测细胞内MAPK相关信号通路磷酸化的变化。实时定量PCR检测细胞中与脂肪化密切相关的miR-122的表达和相关靶基因的表达改变。结果与高脂组比较,苦参碱组肝实质细胞内三酰甘油含量显著降低,脂肪颗粒明显减少,脂肪变性得到改善,表明苦参碱能够抑制FFAs诱导的JNK、p38通路磷酸化。Q-PCR结果表明苦参碱能促进肝实质细胞内miR-122的表达,并降低脂肪化相关基因Fas、Acc1的表达。结论苦参碱能显著改善高脂诱发的肝细胞脂肪样变性,并抑制JNK、P38通路磷酸化,其机制可能同miR-122通路相关。; 赵娜王赫徐会王钧毅王钧毅杨俊涛; 关键词：苦参碱游离脂肪酸肝实质细胞脂肪变性 MAPK通路

人GIT1/2蛋白调控多种生理和病理进程被引量：1: 2012年; G蛋白偶联受体激酶相互作用蛋白1/2[G-protein-coupled receptor(GPCR)kinase interacting protein 1/2,GIT1/2]属于多结构域蛋白质。它们参与多种细胞生物学过程:(1)通过其ARF GTPase-激活蛋白(ARF GTPase-activating protein,ARF-GAP)活性调节细胞骨架动态变化;(2)参与G蛋白偶联受体的内化及细胞膜转运;(3)作为支架蛋白调控信号转导。GIT蛋白家族在骨代谢、血管稳态、神经发育以及肿瘤等生理或病理条件下发挥关键的调控作用。本文着重就近年来GIT蛋白家族在生理与病理方面的调控作用作一综述。; 韦超贺福初王建; 关键词：细胞骨架信号转导细胞运动

原核生物蛋白质基因组学研究进展被引量：3: 2014年; 随着基因组测序技术的不断发展,大量微生物基因组序列可以在短时间内得以准确鉴定。为了进一步探究基因组的结构与功能,基于序列特征与同源特征的基因组注释算法广泛应用于新测序物种。然而受基因组测序质量以及算法本身准确性偏低等问题的影响,现有的基因组注释存在着相当比例的假基因以及注释错误,尤其是蛋白质N端的注释错误。为了弥补基因组注释的不足,以基因芯片或RNA-seq为核心的转录组测序技术和以串联质谱为核心的蛋白质组测序技术可以高通量地对基因的转录和翻译产物进行精确测定,进而实现预测基因结构的实验验证。然而,原核生物细胞中存在的大量非编码RNA给转录组测序技术引入了污染数据,限制了其对基因组注释的应用。相对而言,以串联质谱技术为核心的蛋白质组学测序可以在短时间内鉴定到生物体内大量的蛋白质,实现注释基因的验证甚至校准。已成为基因组注释和重注释的重要依据,并因而衍生了"蛋白质基因组学"的新研究方向。文中首先介绍传统的基于序列预测和同源比对的基因组注释算法,指出其中存在的不足。在此基础上,结合转录组学与蛋白质组学的技术特点,分析蛋白质组学对于原核生物基因组注释的优势,总结现阶段大规模蛋白质基因组学研究的进展情况。最后从信息学角度指出当前蛋白质组数据进行基因组重注释存在的问题与相应的解决方案,进而探讨未来蛋白质基因组学的发展方向。; 张成普徐平朱云平; 关键词：原核生物基因组注释质谱

小激活RNA(saRNA)--肿瘤治疗新途径被引量：1: 2014年; 在基因的表达调控过程中,一系列非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)发挥着广泛作用.然而,作为其重要成员的小激活RNA(small activating RNA,saRNA)却没有得到足够的认识和关注.本篇综述旨在介绍saRNA的机制与功能,并评估它的应用前景.文中归纳该领域的最新进展,特别是有关肿瘤治疗的研究.saRNA能识别基因启动子上特定序列、诱导相应基因的转录,从而实现基因激活.这不仅与siRNA(small interfering RNA)的抑制作用相反,而且有其独特的动力学特征.目前,saRNA研究主要集中于肿瘤领域,并发现它对某些肿瘤的生长和转移具有抑制作用,因而有望开辟肿瘤治疗的新途径.本文结尾简要探讨了saRNA在开发新抗癌药物等方面的应用潜力.; 王运黄文华孙军; 关键词：非编码RNA 基因激活肿瘤

高脂培养抑制LPS诱导的HSC-T6细胞活化: 2014年; 目的:鉴定高脂培养对肝星形细胞活化的影响。方法:培养HSC-T6细胞系,加入含有游离脂肪酸的高脂培养基处理,利用LPS处理活化,通过检测α-SMA的表达分析星形细胞的活化程度,通过Q-PCR分析HSCs细胞胶原的表达,通过Q-PCR实验分析LPS相关通路靶基因表达情况情况。结果:高脂培养能够抑制LPS诱导的HSC-T6细胞增殖,降低HSC-T6细胞α-SMA和胶原I和TIMP-1表达的水平,Q-PCR的分析表明,高脂培养能够抑制HSCs活化后的NF-κB通路下游靶基因MCP-1和IL-6的表达。结论:在体外培养实验中,高脂培养能够抑制LPS诱导的HSC-T6细胞活化。; 胡彬王赫晏贤春蒋芳王清明杨俊涛; 关键词：游离脂肪酸肝星形细胞

国家高技术研究发展计划(2012AA020201)

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