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烟草ovate同源基因的全长cDNA克隆与序列分析被引量：4: 2007年; 根据番茄中控制果实形状的主效数量性状基因ovate的序列,用生物信息学方法从茄科植物烟草中获得直系同源ovate基因(NTovate)的特异片段,经鉴定,此基因在烟草中至少有2个拷贝。在此基础上用cDNA末端快速扩增(RACE)方法,获得其中1个拷贝的1059bpNTovate全长cDNA序列。序列分析表明,NTovate cDNA序列编码352个氨基酸,其蛋白序列与番茄ovate蛋白序列和拟南芥ovate蛋白家族AtOFP7蛋白分别为70%和36%的序列一致率,而与此家族中其他蛋白以及水稻ovate蛋白仅在保守的ovate结构域有较低的同源性。此基因已在GenBank中登录(EU043369)。; 桂蓓王瑛; 关键词：烟草全长CDNA

新型定点重组酶系统在植物基因转化和基因叠加中的应用前景被引量：2: 2008年; 定点重组转基因技术是调节外源基因表达,提高转基因效率的重要手段之一。核苷酸的重组反应介导基因之间的易位、倒位、删除和整合,从而影响基因在不同组织器官和不同发育阶段的表达。将位点特异性重组系统应用在转基因技术中,不仅可以用来在短时间内获得大量结构正常,表达稳定的转化植株,提供育种新资源,还可用于高效鉴定新基因的功能。基于定点重组的基因叠加技术使转基因作物向复合型性状聚合体的方向发展,加快了新品系的研发进程,将为我国转基因作物的研发提供新的技术思路。; 周银王跃驹王瑛; 关键词：转基因

检测番茄BAC序列中paralogs的blastn参数研究: 2009年; 并系同源(paralog)和直系同源(ortholog)是物种进化过程中产生的两种基本的同源序列类型。目前判断ortholog的方法已经基本确立,而paralog的判断却还没有统一的标准。番茄全基因组测序正在进行中,利用Gen-Bank中已有的番茄BAC序列进行一系列不同参数下的比对(blastn),根据比对结果确定了paralog预测的最佳参数,分别是E值为10-40,匹配序列长度为200bp,序列一致率为80%。这些参数值的确定为以后在番茄BAC序列中进行paralog预测提供了适用的参数。; 葛静宋驰卢辰王瑛; 关键词：基因复制番茄

茄子SmU2AF^65基因的可变剪接被引量：2: 2008年; U2AF(U2 snRNP auxiliary factor)是参与前体mRNA剪接的重要辅助因子,在进化上具有较高保守性。文章根据茄子BAC 77N19(GenBank登录号:EF517791)的基因组序列信息和烟草NpU2AF65a和NpU2AF65b基因的全长cDNA序列,设计特异引物,经cDNA末端快速扩增法(RACE)获得了1986bp的茄子同源基因(SmU2AF65)全长cDNA,GenBank登录号为EU543263。序列分析表明该序列包含1665bp的可阅读框,编码554个氨基酸,在氨基酸序列的C末端有3个保守的RNA识别结构域RRM。RT-PCR分析表明,SmU2AF65基因在不同组织中均有表达,但是该基因通过可变剪接至少能够产生两个转录本,在根中产生与其他组织中不同的剪切子。; 罗艳王瑛; 关键词：茄子全长CDNA 可变剪接

番茄和桃基因组的微同线性研究被引量：2: 2010年; 番茄和桃是茄科和蔷薇科的重要模式植物。近年来,随着它们基因组测序工作的展开,相关基因组序列快速累积,为番茄和桃遗传图谱和物理图谱的比较分析及深入了解其进化关系提供了可能。文章对番茄和桃的基因组进行了比较,通过番茄遗传图谱与桃物理图谱、番茄物理图谱与桃遗传图谱以及番茄物理图谱与桃物理图谱等3个层面的数据比对分析,结果揭示在这两个基因组间存在着大量的微同线性片段。这些同线性片段中所包含的保守同源基因对的数目较少(总计297个同线性片段中仅有36个片段包含有两个以上的同源基因对)。这些同线性片段都是小范围的,并且有部分微同线性片段在不同的染色体或者BACcontig之间构成了一个相互关联的网络结构。通过与番茄的EST文库比对,发现了9个与果实发育和成熟相关的微同线性基因。这些微同线性基因的发现对于进一步研究这两个亲缘关系比较远的物种在果实发育与成熟方面的共性提供了线索。; 宋驰王瑛; 关键词：番茄

Whole Genome Duplication of Intra- and Inter-chromosomes in the Tomato Genome: 2012年; 整个染色体复制(WGD ) 事件被证明了大多数被子植物的进化历史上发生。西红柿被认为 Solanaceae 家庭的模型种。在这研究，我们由检测 collinearity 块并且由联合二个不同方法在生活的树上标明日期 WGD 事件描述西红柿染色体的进化过程的细节：同义的替换率(K ) 和种系发生的树。总共， 593 collinearity 块从构造的 12 伪染色体被发现。染色体 2 经历了一个 intra-chromosomal 复制事件，是明显的。主要 inter-chromosomal 复制发生在所有伪染色体之中。我们计算了这些 collinearity 块的 K 价值。K 分发的二座山峰被发现，相应于约 36.82 亿年以前发生的二个 WGD 事件(MYA ) 和 148205 MYA。另外，种系发生的树的结果建议更最近的 WGD 事件可能发生在 rosid 海盘车 clade 的分叉以后，但是在在 Solanaceae 的主要多样化前。更旧的 WGD 事件被显示发生在 rosid 海盘车 clade 并且在 rice-Arabidopsis (monocot-dicot ) 的分叉以后的分叉前。; Chi SongJuan GuoWei SunYing Wang; 关键词：系统进化树茄科植物单子叶植物

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国家自然科学基金(30570172)