国家自然科学基金(30800804)
- 作品数：3 被引量：7H指数：2
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- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划博士科研启动基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 家蚕27、28号染色体基因的生物信息学分析被引量：2
- 2009年
- 利用家蚕基因组精细图分析第27、28号染色体上的基因结构及其编码蛋白的功能结构域,可为在家蚕资源库中鉴定这两条染色体上的突变基因以及发现新的形态标记提供重要线索。基因预测及结构分析显示:家蚕第27和28号染色体是基因数目最少的两条染色体,预测基因数目分别是241个和288个,平均每个基因分别具有7.7和5.3个外显子;蛋白质全长编码区序列(CDS)长度主要分布于400-800 bp之间;CDS的GC含量分别是49.72%和46.54%。蛋白质功能结构域分析发现,家蚕第27、28号染色体上基因所编码的蛋白分别具有76和92种结构域,其中最多的3种结构域分别为Sugar_tr、MFS_1、zf-C2H2和UDPGT、DUF、Serpin。将家蚕第27、28号染色体上的预测基因与果蝇突变基因进行同源检索的结果显示,家蚕第27、28号染色体上分别有16和15个基因具有明显的可能突变表型。
- 段彪查幸福沈以红代方银夏庆友向仲怀
- 关键词：家蚕突变基因生物信息学
- 家蚕幼虫性腺表达序列标签分析(英文)被引量：3
- 2009年
- 分别以5龄幼虫的精巢和卵巢构建了2个家蚕cDNA文库。利用表达序列标签方法分析参与家蚕性腺发育的基因,通过测序获得16 737条ESTs(精巢8 407条,卵巢8 330条),拼接这些ESTs共得到2 107个重叠群(con-tig)和3 532个单拷贝(singlet)。将这些转录物与GenBank非冗余蛋白质库比较,结果显示约34.3%的基因与数据库中蛋白质具有相似性。功能注释表明蛋白质合成相关基因、精巢特异基因等在文库中大量存在。基因本体(gene ontology)功能分类显示精巢与卵巢基因表达谱差异较大。研究结果为理解家蚕性腺发育提供了信息。
- 查幸福郭靖怡张文姬夏庆友向仲怀
- 关键词：家蚕表达序列标签性腺性别差异表达谱
- 家蚕成虫雌雄差异的基因表达分析被引量：2
- 2010年
- 研究家蚕成虫雌雄差异的基因表达,可为探究家蚕以及鳞翅目昆虫雌雄差异的分子机制提供线索。利用家蚕全基因组芯片检测家蚕成虫雌雄差异基因表达谱,并采用聚类及功能注释对芯片检测结果进行分析。结果显示有11677个基因在家蚕成虫中表达,其中有3312个基因在雄性个体表达上调,4254个在雌性个体表达上调。雌雄个体中表达上调基因的GO分类比较显示这2类基因在分子伴侣调控、电子载体等功能方面差异较大。在雌雄差异基因的功能注释中发现了与性腺特异性、发育繁殖及选择拼接因子等相关的基因。家蚕成虫存在的与雌雄个体特异相关的差异表达基因,可作为家蚕雌雄个体性别相关的生物遗传学标志。
- 张文姬查幸福夏庆友向仲怀
- 关键词：家蚕雌雄差异基因芯片功能注释
