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国家自然科学基金(30871621)

作品数:2 被引量:57H指数:1
相关作者:罗玲张乐邱丽娟金龙国董志敏更多>>
相关机构:中国农业科学院作物科学研究所中国科学院遗传与发育生物学研究所更多>>
发文基金:国家自然科学基金国家高技术研究发展计划国家科技重大专项更多>>
相关领域:农业科学生物学金属学及工艺更多>>

文献类型

  • 2篇中文期刊文章

领域

  • 1篇生物学
  • 1篇金属学及工艺
  • 1篇农业科学

主题

  • 2篇基因
  • 1篇转录
  • 1篇转录组
  • 1篇小RNA
  • 1篇密码子
  • 1篇密码子使用
  • 1篇基因组
  • 1篇核基因
  • 1篇靶基因
  • 1篇NORTHE...
  • 1篇BLOT分析
  • 1篇大豆
  • 1篇SOYBEA...
  • 1篇RACE

机构

  • 1篇中国科学院遗...
  • 1篇中国农业科学...

作者

  • 1篇孙守红
  • 1篇王跃平
  • 1篇董志敏
  • 1篇金龙国
  • 1篇邱丽娟
  • 1篇张乐
  • 1篇罗玲

传媒

  • 1篇作物学报
  • 1篇Scienc...

年份

  • 1篇2012
  • 1篇2011
2 条 记 录,以下是 1-2
排序方式:
大豆基因组和转录组的核基因密码子使用偏好性分析被引量:57
2011年
研究大豆核基因密码子的使用模式,探讨影响其密码子组成和编码特点的因素,为运用基因工程技术提高改良大豆提供理论依据。以大豆基因组的46430个高置信编码基因和2071条大豆全长转录本序列为数据来源,应用CodonW软件对大豆全基因组密码子组成、同义密码子使用频率和全长转录组编码区密码子使用各项参数的计算和统计分析发现,基因的表达水平与编码区G+C和GC3s含量均呈极显著正相关,且G+C和GC3s含量越高的基因密码子使用偏好性越高,并确定了UCC和GCC为大豆最优密码子。编码区长度分组分析表明,密码子使用偏好性随编码区长度的增加而降低,编码区较长的基因则趋向于随机使用密码子,且在转录组数据范围内,编码区长度介于400~600bp的基因表达水平最高。大豆叶片和种子中特异表达基因的密码子使用偏好性和基因表达水平较为接近,但种子特异表达基因的G+C和GC3s含量均显著高于叶片特异表达基因,而其芳香族氨基酸含量则极显著低于叶片特异表达基因。
张乐金龙国罗玲王跃平董志敏孙守红邱丽娟
关键词:大豆基因组转录组密码子
MiR1511 co-regulates with miR1511* to cleave the GmRPL4a gene in soybean
2012年
MicroRNA1511(miR1511) is a small RNA with unknown function identified in several plants by deep sequencing.In this study,we showed that this small RNA is an authentic miRNA by analyzing the structure of the precursor stem-loop containing the newly identified miR1511 * sequence.We confirmed this result by Northern blotting analysis.We used 5'RACE to identify one of the target genes(GmRPL4a) cleaved by both miR1511 and miR1511 *.The site cleaved by miR1511 * was located in the first exon of GmRPL4a,and the site cleaved by miR1511 was located in the second exon.The expression level of miR1511/1511 * was higher in leaves than in roots and stems.In contrast,the lowest level of GmRPL4a expression was in the leaves and the highest in the root.These results indicate that an miRNA can co-regulate with an miRNA * to cleave the same target gene in plants,and that the level of GmRPL4a mRNA is regulated by miR1511/1511 *.
LUO ZhongQinJIN LongGuoQIU LiJuan
关键词:靶基因NORTHERNBLOT分析小RNARACE
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