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国家教育部博士点基金(20050487037)

作品数:4 被引量:4H指数:2
相关作者:周艳红龙伟王升跃雷富民寇铮更多>>
相关机构:华中科技大学中国科学院更多>>
发文基金:国家教育部博士点基金国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
相关领域:农业科学医药卫生自动化与计算机技术更多>>

文献类型

  • 4篇期刊文章
  • 1篇会议论文

领域

  • 2篇自动化与计算...
  • 2篇农业科学
  • 1篇医药卫生

主题

  • 2篇禽流感
  • 2篇禽流感病
  • 2篇禽流感病毒
  • 2篇流感
  • 2篇聚类
  • 2篇基因
  • 2篇H5N1
  • 2篇病毒
  • 1篇支持向量
  • 1篇支持向量机
  • 1篇人类基因
  • 1篇生物信息
  • 1篇生物信息学
  • 1篇位点预测
  • 1篇向量
  • 1篇向量机
  • 1篇小波
  • 1篇小波包
  • 1篇小波包分解
  • 1篇类基因

机构

  • 3篇华中科技大学
  • 1篇中国科学院

作者

  • 3篇周艳红
  • 1篇李天宪
  • 1篇寇铮
  • 1篇段江波
  • 1篇雷富民
  • 1篇廖堃
  • 1篇王升跃
  • 1篇龙伟

传媒

  • 1篇科学通报
  • 1篇计算机学报
  • 1篇华中科技大学...
  • 1篇Scienc...

年份

  • 1篇2010
  • 1篇2009
  • 3篇2008
4 条 记 录,以下是 1-5
排序方式:
人类基因PolyA位点预测
2008年
mRNA 3′端的多聚腺苷酸化是真核细胞内mRNA转录后处理的三个最主要步骤之一.对DNA序列上发生多聚腺苷酸化的位置即PolyA位点的识别,对于理解mRNA的形成机制以及进行基因结构预测具有重要作用.本研究利用机器学习方法对PolyA位点进行预测,其实现过程分为以下三个步骤:特征的生成、特征的筛选、特征的综合分析聚类.首先,我们采取统计k阶核苷酸频率的方法来生成初始的特征;然后,通过信息学知识来对特征进行筛选;最后,使用SVM(Support Vector Machines,支持向量机)的方法进行特征的综合分析,确定参数,建立预测模型.在独立的测试数据集上进行测试,当敏感度(Sn)固定为60%时,在内含子水平和外显子水平上的特异性(Sp)分别为71.67%和80.77%,在内含子水平上的预测精度明显优于国际上的同类软件.
廖堃段江波周艳红
关键词:支持向量机
基于序列特征预测先天性糖基化紊乱疾病基因被引量:2
2009年
选取mRNA和protein序列的330个物化特征进行研究,发现某些特征在已知的先天性糖基化紊乱(CDG)疾病基因中具有共同显著性差异.基于这个特点设计了一种新的CDG疾病基因预测方法,留一法交叉验证结果表明该方法能够有效地从众多候选基因中预测出真实的CDG基因,效果略优于其他预测方法.本方法只需要知道mRNA和protein的序列数据,弥补了目前蛋白质功能、相互作用等数据不足或不可靠的缺陷.进一步对其他疾病基因的预测结果表明本方法具有一定的推广性.
龙伟周艳红
关键词:生物信息学
Molecular patterns of avian influenza A viruses
2008年
Avian influenza A viruses could get across the species barrier and be fatal to humans. Highly patho-genic avian influenza H5N1 virus was an example. The mechanism of interspecies transmission is not clear as yet. In this research,the protein sequences of 237 influenza A viruses with different subtypes were transformed into pseudo-signals. The energy features were extracted by the method of wavelet packet decomposition and used for virus classification by the method of hierarchical clustering. The clustering results showed that five patterns existed in avian influenza A viruses,which associated with the phenotype of interspecies transmission,and that avian viruses with patterns C and E could across species barrier and those with patterns A,B and D might not have the abilities. The results could be used to construct an early warning system to predict the transmissibility of avian influenza A viruses to humans.
KOU ZhengLEI FuMinWANG ShengYueZHOU YanHongLI TianXian
关键词:禽流感病毒H5N1聚类
A型禽流感病毒的分子模式被引量:2
2008年
A型禽流感病毒能跨越宿主屏障,引起人死亡.高致病性禽流感H5N1亚型病毒就是一个特例.跨宿主传播的分子机理目前仍不清楚.将不同亚型的237株流感病毒的内部蛋白序列转化为伪信号,采用小波包分解的方法提取能量特征.依据每株病毒的能量特征值,进行层次聚类.聚类结果显示,5种分子模式存在A型禽流感病毒中,并与跨宿主传播的表型相关联.分析结果同时显示,模式为C和E的病毒可以跨越宿主屏障,而模式为A,B和D的病毒缺乏此种能力.结果表明,可以用来构建一个早期预警系统,用来预测A型禽流感跨越宿主传播的可能性.
寇铮雷富民王升跃周艳红李天宪
关键词:H5N1小波包分解聚类
A Novel MPR Approach Based on Inverse-Traversing of Multi-Labeled Tree
<正>A novel Multi-Path Routing(MPR) approach based on inverse-traversing of Multi-Labeled Tree(MLT) is proposed...
Wenchao Jiang
关键词:COMPONENTMPRMLT
文献传递
共1页<1>
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