国家高技术研究发展计划(2006AA02Z325)
- 作品数：2 被引量：11H指数：1
- 相关作者：张学工李婷婷蒋博汪小我邵志敏更多>>
- 相关机构：清华大学复旦大学附属肿瘤医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划清华大学信息学院基础研究基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 转录因子结合位点的计算分析方法被引量：11
- 2008年
- 基因组上众多基因和非编码转录体按照特定的规律有序地表达是细胞正常生命活动的基础。转录调控是基因表达调控的关键步骤,转录因子结合在基因启动子序列中的转录因子结合位点,启动基因的转录和控制基因的转录效率。分析转录因子结合位点对研究基因调控系统有着重要意义,生物信息学在转录因子结合位点的研究中发挥着关键的作用。文章综述了分析蛋白质编码基因的转录因子结合位点的典型流程,总结了主要的算法、软件和资源,并简要评述了目前非编码RNA转录调控的研究现状。
- 李婷婷蒋博汪小我张学工
- 关键词：转录因子结合位点模体识别生物信息学
- 生物信息学研究揭示乳腺癌组织分化中可能的microRNA调控通路
- 2010年
- microRNA(miRNA)被广泛报道能参与乳腺癌的病理发生发展过程.但是,在这些病理过程中,miRNA通过哪些信号通路来参与这些过程还不甚清楚.例如,在乳腺癌的组织学分级分化过程中,人们对于miRNA如何与其靶标基因相互作用来调控乳腺癌的分化还知之甚少.本研究通过计算的方法研究miRNA在乳腺癌组织学分级分化过程中的作用.通过寻找miRNA靶标基因集合在基因芯片数据中乳腺癌Ⅰ级和Ⅲ级间显著差异表达,鉴定了15个候选miRNAs,其中9个关键的miRNAs通过调控差异表达的靶基因来参与6个重要的信号转导通路.在这些通路中,TGF-β信号通路中一个主要的抑制分子SMAD7蛋白被预测为上面几个关键miRNAs的靶标基因.SMAD7既能被miRNA直接调控又能被miRNA调控的信号通路调控,进而影响TGF-β信号通路在乳腺癌组织分化中的作用.因此,我们推测TGF-β信号通路作为一个核心通路在miRNA调控乳腺癌的组织分化过程中起重要作用.预测靶标基因在乳腺癌Ⅰ级和Ⅲ级的分类性能在另外3个独立的乳腺癌数据集上得到进一步验证.3个预测差异表达的关键miRNAs也通过实时荧光定量PCR在10个不同组织分级的乳腺癌病人样本中得到验证.
- 裴云飞王志敏费菲邵志敏黄薇张学工
- 关键词：MICRORNA乳腺癌
