江苏省“六大人才高峰”高层次人才项目(NY-024)
- 作品数：21 被引量：65H指数：5
- 相关作者：张会永韩威苏一军殷建玫李国辉更多>>
- 相关机构：江苏省家禽科学研究所中国农业科学院家禽研究所江苏农林职业技术学院更多>>
- 发文基金：江苏省“六大人才高峰”高层次人才项目国家自然科学基金国家现代农业产业技术体系建设项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 鸡繁殖性能近交衰退相关CpG岛差异甲基化基因的筛选被引量：2
- 2021年
- 鸡繁殖性能近交衰退是地方鸡遗传资源活体保种过程中面临的重要问题之一,本研究旨在探讨全基因组CpG岛(CpG island, CGI)区DNA甲基化在鸡繁殖性能近交衰退中的作用。分别从狼山鸡高近交组和低近交组中各选取健康母鸡3只,即试验分2个组,每组3个重复,然后采用全基因组重亚硫酸盐测序(WGBS)技术,检测分析两组个体性腺轴组织(包括卵巢和下丘脑)全基因组DNA甲基化差异,筛选差异甲基化区域(DMRs),并对CpG岛区差异甲基化基因进行功能注释和富集分析。结果表明,狼山鸡高近交组和低近交组比较,其卵巢和下丘脑基因组整体甲基化水平均不存在显著差异(P>0.05);高、低近交组间差异甲基化区域检测发现,下丘脑和卵巢中分别检测到5 948和4 593个差异甲基化区域,其中1 798和995个差异甲基化区域位于基因组CpG岛区,分别注释到1 020和552个基因;下丘脑中,这些CpG岛区差异甲基化基因显著富集在信号转导、神经系统发育、生殖系统发育和卵母细胞成熟调控等繁殖相关的GO条目,以及转化生长因子β信号通路、乙型肝炎、脂肪酸代谢、胰岛素信号通路等19条KEGG信号通路(P<0.05);卵巢中,CpG岛区差异甲基化基因显著富集于12条信号通路(P<0.05),包括慢性骨髓白血病、流感A、精氨酸和脯氨酸代谢、粘着连接等,一些与卵子发育和性激素分泌相关的信号通路也被富集到,如黄体酮介导的卵母细胞成熟、卵母细胞减数分裂、GnRH信号通路、雌激素信号通路等,其中包含CDC27、ADCY8、AKT3等10个差异甲基化基因。因此,本研究在狼山鸡高、低近交组间检测到了大量差异甲基化区域,并发现大量差异甲基化基因与繁殖性状相关,推测这些基因CpG岛区DNA甲基化可能在狼山鸡繁殖性能近交衰退调控中发挥重要作用,研究结果为进一步深入探索鸡繁殖性能近交衰退调控机制奠定了基础,为物种资源保护�
- 薛倩李国辉殷建玫张会永周成浩朱云芬邢伟杰苏一军邹剑敏韩威
- 关键词：狼山鸡DNA甲基化繁殖性能近交衰退
- 基于RAD-seq简化基因组测序的地方鸡种遗传进化分析
- 引言我国家禽养殖历史悠久,在长期的选择和驯化过程中形成了丰富多样的遗传资源。现有地方鸡品种114个,这些鸡种具有鲜明的外貌特征和品种特性,是我国家禽库极其宝贵的遗传资源。简化基因组测序技术能鉴定出合适数量、广泛覆盖基因组...
- 韩威苏一军李国辉张会永殷建玫
- 双出风口四风道清选装置内部气流场仿真及试验被引量：6
- 2018年
- 针对传统水稻联合收获机普遍采用的单出风口三风道清选装置在收获喂入量8.0~9.0kg/s时存在清选损失率显著提高、籽粒含杂率增加、效率降低等难题,首先运用CFD软件对课题组研发的双出风口四风道清选装置和传统单出风口三风道清选装置进行了内部气流场数值模拟及对比分析,得出双出风口四风道清选装置内部气流场分布对收获喂入量8.0~9.0kg/s工作环境具有更好的适应性。在已搭建的试验台上布置了42个气流速度测点对双出风口四风道清选装置进行多因素正交内部气流场测量试验,结果表明:双出风口四风道清选装置的鱼鳞筛开度为18mm、分风板倾角Ⅰ为28°、分风板倾角Ⅱ为20°时,振动筛上方前、中部整体气流速度达到最大且后部气流速度回升幅度最大,有利于提高清选性能和效率。
- 李洋徐立章梁振伟
- 关键词：清选装置正交试验
- 不同培养条件对禽源沙门菌菌毛基因表达的影响被引量：5
- 2014年
- 旨在研究不同血清型禽源沙门菌菌毛基因分布特征及不同培养条件下菌毛基因的表达差异。通过PCR方法对鸡白痢沙门菌、鸡伤寒沙门菌、鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌的17种沙门菌菌毛操纵子基因进行检测。同时,应用RT-PCR方法对肉汤静置、肉汤震荡与平板静置3种培养条件下菌毛基因的表达情况进行检测。研究结果显示,被检测的4种血清型禽源沙门菌菌株的菌毛基因型各不相同,其中10种菌毛基因为保守基因,而其它7种存在差异性分布。RT-PCR检测发现,不同血清型菌株在3种培养条件下菌毛基因的表达存在一定差异,其中鸡白痢沙门菌和肠炎沙门菌在肉汤静置培养条件下表达的菌毛基因数量显著高于其它2种培养条件(P<0.05),而鸡伤寒沙门菌和鼠伤寒沙门菌在3种培养条件下表达的菌毛基因数量差异较小(P>0.05)。结果提示:4种血清型禽源沙门菌菌株具有不同的菌毛基因类型,鸡白痢沙门菌与肠炎沙门菌的菌毛基因表达数量与其培养方式存在相关性。
- 龚建森王鑫韩先干朱春红俞燕刘学贤徐步
- 关键词：血清型细菌培养
- 基于RNA-Seq筛选ALV-J感染汶上芦花鸡肝差异表达致病相关基因
- 2020年
- 为挖掘感染ALV-J汶上芦花鸡的肝差异表达致病相关基因。本研究以汶上芦花鸡为试验素材,分别在42和300日龄进行ALV血液病毒分离检测筛选ALV阴性和阳性个体,对ALV阳性个体有病理变化的肝组织和阴性个体肝组织进行PCR检测,分别选取3只ALV阳性(G1组)和阴性(G2组)个体的肝组织,并对G1组PCR产物测序、聚类分析确定ALV亚型,利用RNA-Seq测序技术筛选差异表达基因,并进行功能分析,利用荧光定量qRT-PCR对部分差异表达基因进行验证。结果表明,G1组样品经PCR检测、PCR扩增产物测序和聚类分析确定ALV为J亚型,转录组分析发现,共有42个差异基因在GO和KEGG中富集,其中,上调基因18个,下调基因24个。随机选取的5个差异表达基因qRT-PCR验证结果与RNA-Seq测序结果相一致。GO分析显示,差异表达基因主要涉及细胞过程、代谢过程、对刺激的反应、免疫系统等;KEGG分析显示,差异表达基因主要富集在细胞过程、信号传导、疾病、新陈代谢等信号通路。本研究通过转录组分析发现了影响ALV-J致病性的多个基因和关键信号通路,为深入了解ALV-J致病的分子机制提供了思路。
- 张会永吴井生杨剑波俞燕薛倩殷建玫朱云芬朱静苏一军李国辉韩威
- 关键词：汶上芦花鸡J亚群白血病病毒转录组测序
- 基于RAD-seq技术分析北京油鸡的遗传进化被引量：2
- 2020年
- 为分析地方鸡种北京油鸡保种群的遗传多样性和遗传进化机制,本研究对北京油鸡和其他20个不同品种鸡进行简化基因组测序,鉴定其SNP标记,计算遗传统计量,分析北京油鸡的遗传结构和遗传多样性,筛选受到强烈选择的前200个基因并进行功能注释分析。结果显示:北京油鸡保种群体共鉴定出295 849个SNP标记,核苷酸多样度为0.205 9、保种群体的平均观察杂合度为0.200 4、近交系数为0.026 5,在21个品种中近交水平最低;连锁不平衡分析表明北京油鸡群体各等位基因不存在连锁不平衡现象;利用MEGA模型进行聚类分析,结果表明北京油鸡形成一个独立的分支,这与北京油鸡的历史背景相符;通过GO和KEGG对前200个受到强烈选择的基因进行功能注释分析,发现这些差异基因主要富集在细胞形态发生分化、分泌系统、脉管系统、心血管系统、蛋白质磷酸化等信号通路。本研究从分子水平对北京油鸡的种质特性进行了评价,为北京油鸡的品种保护及开发利用提供了分子理论依据。
- 张会永李国辉殷建玫薛倩朱云芬苏一军朱静沈海玉窦新红韩威
- 关键词：北京油鸡遗传进化
- LAMP技术在禽源病原菌快速检测中的应用被引量：4
- 2013年
- 环介导等温扩增(Loop-mediated isothermal amplification,LAMP)技术是一种新型恒温核酸扩增技术,在病原微生物的检测中具有特异性强、灵敏度高、设备简单、方便高效等优点。目前该技术已被成功应用于各类病原微生物的检测。本文综述了LAMP技术在几种主要禽源病原菌检测中的应用,并展望LAMP技术的应用前景。
- 庄林林唐梦君俞燕龚建森戴有理徐步王成明刘学贤
- 关键词：LAMP
- 基于RAD-seq简化基因组测序的河南斗鸡遗传进化研究被引量：4
- 2020年
- 研究旨在基因组水平上揭示河南斗鸡的遗传进化机制。利用RAD-seq简化基因组测序鉴定河南斗鸡与其他18个地方鸡种、2个引入肉鸡品种的SNP标记,计算遗传统计量,分析河南斗鸡的遗传多样性和遗传结构,鉴定受选择基因。结果表明,在河南斗鸡中鉴定出SNP标记259,412个。与其他18个地方鸡种相比,河南斗鸡的观察杂合度Ho(0.1560)和核苷酸多样度Pi(0.1752)均为最低,近交系数Fis为0.1099,遗传多样性相对匮乏;河南斗鸡的平均遗传分化系数Fst最高(0.2187),平均基因流Nm最低(0.9017),在以引入品种为外群的系统发育树中形成一个独立的分支。通过Fst和θπ检验,在河南斗鸡中鉴定出24个受选择区域、129个受选择基因。GO和KEGG分析表明这些受选择基因主要富集在能量代谢、神经系统发育、运动行为、微管细胞骨架等生物学通路。
- 殷建玫朱云芬薛倩李国辉张会永苏一军韩威
- 关键词：遗传进化
- 基于RAD-seq简化基因组测序的19个地方鸡种遗传进化研究被引量：14
- 2020年
- 旨在基因组水平上揭示地方鸡种的遗传进化,发掘重要种质特性基因。本研究利用简化基因组RAD-seq测序鉴定19个地方鸡种(每个品种按照家系选取30个个体,10公、20母)基因组SNP标记,计算观察杂合度(Ho)、核苷酸多样度(Pi)、近交系数(Fis)、遗传分化系数(Fst)和基因流(Nm)等遗传统计量指标,分析地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,并通过选择信号检测鉴定基因组受选择基因。结果表明,在19个地方鸡种中鉴定出400562个SNPs标记。瓢鸡(PJ)和文昌鸡(WC)的遗传多样性最为丰富,观察杂合度(Ho)分别为0.2468、0.2430,核苷酸多样度(Pi)分别为0.2781、0.2655;河南斗鸡(DJ)的遗传多样性相对匮乏,Ho为0.1560,Pi为0.1752;东乡绿壳蛋鸡(DX)和边鸡(BJ)的近交系数最高(Fis>0.1600)。瓢鸡与文昌鸡、惠阳胡须鸡(HX)、藏鸡(ZZ)、大围山微型鸡(WX),惠阳胡须鸡与文昌鸡,藏鸡与茶花鸡(CH)间的遗传分化最低(Fst<0.1000),对应的基因流最高(Nm>0.2400)。河南斗鸡与其它品种间的遗传分化均处于较高水平,与其中15个品种间的Fst>0.2000、Nm<1.0000。遗传聚类分析(2个引入品种做外群)将地方鸡种总体上分为5类,与品种形成历史和地理分布基本吻合。通过选择信号分析,在19个地方鸡种合并群体中检测出9个常染色体上的26个区域受到选择作用,包含31个受选择基因。这些受选择基因广泛参与免疫系统调节、生殖机能调控、应激响应、代谢等生物学过程。利用基因组SNP标记能更全面准确地揭示地方鸡种的遗传多样性和遗传结构,选择作用主要体现在对地方鸡种抗逆抗病特性、配子活力及行为等方面的塑造。
- 韩威朱云芬殷建玫李国辉薛倩张会永沈海玉苏一军窦新红王克华邹剑敏
- 关键词：地方鸡种遗传进化
- 狼山鸡下丘脑和卵巢组织全基因组DNA甲基化分析
- 2021年
- 为了获得狼山鸡性腺轴组织基因组DNA甲基化水平和模式等表观遗传信息,试验采用全基因组重亚硫酸盐测序(whole genome bisulfite sequencing,WGBS)技术检测狼山鸡下丘脑和卵巢组织基因组DNA甲基化状态,分析两组织DNA甲基化水平及特异甲基化模式。结果表明,狼山鸡下丘脑和卵巢基因组整体甲基化水平分别为4.35%和3.48%,差异显著(P<0.05);下丘脑和卵巢中分别检测到6150000和10320000个甲基化胞嘧啶(mC)位点,其中mCG类型位点分别占69.99%和87.88%,下丘脑中非mCG位点占比约为卵巢中的2.5倍;与各染色体不同,两组织线粒体基因组中mCHH位点占比最高,其次是mCHG位点;卵巢基因组启动子区DNA甲基化水平极显著低于内含子和外显子区(P<0.01),极显著高于基因间区(P<0.01);下丘脑基因组启动子区DNA甲基化水平与内含子和外显子区相比差异不显著(P>0.05),却显著高于基因间区(P<0.05);下丘脑基因组各功能元件DNA甲基化水平均显著或极显著高于卵巢基因组(P<0.05;P<0.01)。综上,狼山鸡下丘脑和卵巢组织具有不同的DNA甲基化模式和特征,下丘脑中较高的非mCG位点比例可能在中枢神经系统发育中发挥重要作用,本研究结果为进一步分析鸡卵巢和下丘脑基因组DNA甲基化对其繁殖性能调控机制提供参考依据。
- 薛倩李国辉张会永殷建玫周成浩朱云芬邢伟杰苏一军邹剑敏韩威
- 关键词：狼山鸡DNA甲基化卵巢下丘脑
