国家自然科学基金(30360061)
- 作品数：18 被引量：207H指数：10
- 相关作者：李成云李进斌周晓罡杨静刘林更多>>
- 相关机构：云南省农业科学院云南农业大学中国农业科学院作物育种栽培研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金云南省自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学轻工技术与工程更多>>
- 稻瘟病菌阅读框架中SSR频率、分布及所在基因功能被引量：16
- 2005年
- 在对稻瘟病菌基因组中SSR分布进行了系统分析的基础上,对由1～6个碱基为重复单元的SSR在基因的蛋白质编码区中的分布进行了分析.结果表明,该病原菌的2 378个基因的编码区中共分布有3 240个SSR序列(标准是15bp以上,匹配值为80%).在已经有注释的4 732个基因中,861个基因的编码区中有SSR.编码区中的SSR以三碱基重复和六碱基重复为主,其他类型的SSR则很少在编码区中出现.SSR在这些基因中很少有保守性,表明这些基因的高度变异,或者起源是较晚的.含有SSR的基因多为转录蛋白、信号传导的细胞调节基因这一现象表明,SSR在物种形成过程中有重要作用.利用基因编码区中丰富的SSR序列信息及其变化带来的功能变化的信息,将可以在该菌功能基因组的研究中发挥十分重要的作用.
- 李成云李进斌周晓罡张绍松董爱荣许明辉
- 关键词：SSR稻瘟病菌蛋白质编码区物种形成基因功能功能基因组
- 粗糙脉孢菌基因组中的微卫星序列的组成和分布被引量：16
- 2004年
- 利用已经公布的粗糙脉孢菌基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(SSR)序列进行了系统分析。结果表明,在已经公布的38.0 Mb 的基因组序列中,共有14 788 个以1～6个核苷酸为基序的 SSR序列(长度大于15 bp,匹配值大于80%),其碱基总数占整个基因组碱基数的 0.95%,平均2.57 kb 就分布有一个大于15 bp的SSR。其中数量最多的三碱基 SSR,数量达到 4 729个,其次为六碱基 SSR (2 940个)和单碱基 SSR(2 489 个),这3 类SSR 总数达10 158 个,占 SSR总数的68.7%。数量最少的是二碱基SSR,只有691 个。在可读框(ORF)中的SSR总数为 4 094个,共分布于2 373个 ORF中,其中只有1 个SSR 的ORF为 1 056个。与其它生物内 SSR的分布类似,在基因编码区中,以三碱基SSR和六碱基SSR占绝对优势,分别为基因组中三碱基和六碱基SSR总数的54.1%和48.8%,由于ORFs和编码区的碱基总数分别为该菌基因组碱基总数的约46%和38.3%, 所以这两种长度的SSR在编码区中的密度高于基因组中的平均密度。ORF上下游300 bp调控区域内是各类SSR相对的富集区。尤其是上游区域中的五碱基SSR,为平均密度的3倍,二碱基SSR和四碱基SSR的密度也是基因组中平均密度的2倍多。在下游调控序列中,五碱基、四碱基、二碱基、单碱基 SSR的密度,也大大超过了在基因?
- 李成云李进斌周晓罡张绍松许明辉
- 关键词：粗糙脉孢菌基因组微卫星序列病原菌
- 稻瘟菌基因组规模分泌蛋白的预测分析被引量：15
- 2006年
- 利用信号肽分析软件SignalP v3．0，亚细胞器蛋白定位软件TargetP v1．01，GPI-锚定位点软件big—PI Predictor和跨膜螺旋结构软件THMM-2．0这4个软件分析预测稻瘟菌12595个蛋白序列中有1134个分泌蛋白。编码这些蛋白的可读框（ORF）最小值为78bp，最大值为7849bp，平均1231bp。引导它们的信号肽长度介于15—45个氨基酸之间，平均为21个氨基酸。435个分泌蛋白具有功能描述，主要是与代谢有关的酶类。分析了其中降解细胞壁组分和与致病相关的酶类，提示在稻瘟菌侵染水稻不同阶段产生的关键酶及基因的功能需进一步研究。
- 苏源李成云赵之伟周晓罡李进斌杨静刘林业艳芬
- 关键词：稻瘟菌基因组信号肽分泌蛋白
- 两套鉴别品种对云南稻瘟病菌株鉴别能力的比较被引量：9
- 2009年
- 【目的】比较日本鉴别品种和国际水稻研究所(IRRI)以中国普感品种丽江新团黑谷为回交亲本选育的水稻近等基因品系的鉴别能力。【方法】应用云南省3个稻作区27个县(市)采集、分离的418个稻瘟病菌分生孢子单孢菌株,分析两套水稻鉴别品种的鉴别能力,两套材料各由9个携带不同主效抗稻瘟病基因的品种组成,一套为日本鉴别品种,另一套为2个日本鉴别品种和7个以普感品种丽江新团黑谷为背景的近等基因系(IRBL鉴别品系)组成。【结果】以普感品种丽江新团黑谷为回交亲本选育的IRBL鉴别品系有较高的鉴别能力。IRBL鉴别品系可鉴定出126个小种,而日本鉴别品种鉴定出的小种数仅为95个。【结论】使用遗传背景一致,主效抗病基因不同的鉴别品种是较为理想的,有较高的鉴别能力。
- 李进斌李成云张庆陈艳雷财林凌忠专
- 关键词：稻瘟病菌生理小种单基因系
- 酿酒酵母分泌蛋白组的计算机分析被引量：28
- 2005年
- 结合计算机技术和生物信息学的方法,采用组合的信号肽分析软件 SignalP v3.0、TargetP v1.01、Big-PI predictor 和 TMHMM v2.0 对已公布的 6 700 个酿酒酵母(Saccaromyces cerevieiae)基因的 N-端氨基酸序列进行信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构。结果表明,在 6 700 个酿酒酵母蛋白中,163 个为Sec-信号肽分泌蛋白,经 Sec 途径分泌。在 163 个分泌蛋白中,有 47 个的信号肽没有典型的 N-区,仅有 H-区和C-区,其余 116 个分泌蛋白的信号肽包含完整的 3 个区,即 N-区、H-区和 C-区。比较了酿酒酵母与白假丝酵母菌(Candida albicans)分泌蛋白信号肽的氨基酸组成顺序,表明酿酒酵母与白假丝酵母菌的信号肽的氨基酸组成和顺序差异很大,两者信号肽长度分布范围、氨基酸种类及其出现频率大体一致。在酿酒酵母分泌蛋白中出现了少数氨基酸组成完全一致的信号肽,为进一步确认具有相同信号肽的分泌蛋白是否具有同源性,分别采用 BLAST 2SEQUENECES 和 CLUSTAL W 对具有相同信号肽的分泌蛋白进行了序列比对。结果表明具有相同信号肽的分泌蛋白同源性非常高,氨基酸组成也非常保守。由此可以推断,编码这些分泌蛋白的基因属于旁系同源基因(paralogous)。酿酒酵母作为一种模式生物,以其诸多的优点,被认为是表达?
- 杨静李成云王云月朱有勇李进斌何霞红刘林业艳芬周晓罡唐萍
- 关键词：分泌蛋白信号肽白假丝酵母菌酿酒酵母外源蛋白
- 灰盖鬼伞基因组中微卫星序列的组成被引量：16
- 2006年
- 本研究利用已公布的灰盖鬼伞基因组测序结果,对该真菌基因组中的微卫星(microsatellite)或简单重复序列(simplesequence repeats,SSRs)进行了系统分析。结果表明,在已公布的36.2 Mb的基因组序列中,共有7 859个SSR序列(长度大于15bp,匹配值大于80%)。SSR的碱基总数达143 kb,约占整个基因组碱基数的0.40%,平均4.61 kb中就有1个大于15 bp的SSR序列。其中数量最多的是3碱基SSR,数量达到3 033个,其次为6碱基重复序列(2 121个)、5碱基重复序列(1 820个),这3种SSR总数达6 974个,占SSR总数的84.9%,单碱基重复序列数量最少,仅有285个。与子囊菌中的稻瘟病菌和粗糙脉孢菌相比,灰盖鬼伞菌基因组中每百万碱基中的SSR数量和密度都较小。这些研究结果可为该担子菌基因组的特征描述、注释及分子标记的筛选提供基础信息。
- 刘林李成云杨静业艳芬李进斌周晓罡王云月朱有勇
- 关键词：分子标记
- 二十二个抗稻瘟病基因在云南的利用价值评价被引量：44
- 2005年
- 为了明确22个抗稻瘟菌基因在云南省的抗性水平及其利用价值,将采集、分离自云南省3个稻区的282个稻瘟病菌单孢菌株,接种于以丽江新团黑谷为轮回亲本培育而成的含有22个垂直抗性基因的水稻单基因系上。根据各稻区采集的菌株在水稻单基因系上的侵染率,分析出各垂直抗性基因在云南省各稻区的利用价值。持有 Pi9、Piz^5、Pil、Pita^2、Piz、Pik^h、Piz^t7个垂直抗性基因的单基因系的侵染率分别为1.22％、2.40％、3.21％、4.82％、5.95％、7.23％、9.04％,可在籼稻区种植或作抗源使用;持有 Pi9、Piz^5、Pil、Pita^2、Piz、Pik^h、Piz^t、Pil2、Pita、Pib10个垂直抗性基因的单基因系的侵染率分别为0.93％、16.67％、10.19％、5.09％、15.74％、15.74％、12.04％、9.26％、19.29％、11.11％,可在粳稻区种植或作抗源使用;持有 Pi9、Piz^5、Pil、Pita^24个垂直抗性基因的单基因系的侵染率分别为8.60％、13.83％、10.93％、18.04％,可在籼粳交错区种植或作抗源使用。同时用联合致病性系数和联合抗病性系数分析了病菌和单基因系的群体互作以及抗瘟组合的利用价值,结果表明:品种两两搭配后的 RAC 值大于0.80的组合有 Pi9与 Pita^2、Piz^t、Pil、Piz,说明以上4种组合的抗病性最强,应用价值最大。
- 李进斌李成云陈艳雷财林凌忠专
- 关键词：抗稻瘟病基因稻瘟病菌毒力频率
- 22个垂抗稻瘟病基因在云南的利用价值评价被引量：5
- 2008年
- 为了明确22个抗稻瘟菌基因在云南省的抗性水平及其利用价值,将采集、分离自云南省3个稻作区的282个稻瘟病菌单孢菌株,接种于以丽江新团黑谷为轮回亲本培育而成的含有22个垂直抗性基因的水稻单基因系上,根据各稻作区采集的菌株在水稻单基因系上的侵染率,分析出各垂直抗性基因在云南省各稻作区的利用价值:持有Pi9,Piz5,Pi1,Pita2,Piz,Pikh,Pizt7个垂直抗性基因的单基因系的侵染率分别为1.22%,2.40%,3.21%,4.82%,5.95%,7.23%,9.04%,可在籼稻区种植或作抗源使用;持有Pi9,Piz5,Pi1,Pita2,Piz,Pikh,Pizt,Pi12,Pita,Pib10个垂直抗性基因的单基因系的侵染率分别为0.93%,16.67%,10.19%,5.09%,15.74%,15.74%,12.04%,9.26%,19.29%,11.11%,可在粳稻区种植或作抗源使用;持有Pi9,Piz5,Pi1,Pita24个垂直抗性基因的单基因系的侵染率分别为8.60%,13.83%,10.93%,18.04%,可在籼粳交错区种植或作抗源使用.同时用联合致病性系数和联合抗病性系数分析了病菌和单基因系的群体互作以及抗瘟组合的利用价值,结果表明:品种两两搭配后的RAC值大于0.80的组合有:Pi9与Pita2,Pizt,Pi1,Piz,说明以上4种组合的抗病性最强,应用价值最大.
- 李进斌李成云张庆陈艳雷才林凌忠专
- 关键词：稻瘟病菌毒力频率
- 稻瘟病菌基因组中微卫星序列的频率和分布被引量：28
- 2004年
- 利用已经公布的稻瘟病菌基因组测序结果 ,对该植物病原真菌基因组中的微卫星 (SSR)的类型、大小及分布进行了系统分析。在已经公布的 37.89Mb的基因组序列中 ,共有 16 398个由 1～ 6个核苷酸为基序的SSR序列 (匹配值为80 % ) ,其总长度占整个基因组碱基数的 0 .87% ,平均 2 .31kb碱基中就分布有 1个大于 15bp的SSR。其中数量最多的是单碱基重复 ,达到 4 392个 ,其次为三碱基重复序列 (35 86个 ) ,五碱基重复序列 (344 2个 ) ,这 3种SSR总数达 114 2 0个 ,占SSR的 6 9.7%。数量最少的是二碱基重复序列 ,只有 6 80个。在整个基因组中的主要基序有A ,AG ,AC ,ACG ,AGC ,AAG ,GGC ,ACCT ,ATCC ,AAAG ,AAAAG ,AAAAT ,AAAAC ,AAAAAG ,AAAAAT和AACTAG。有的基序类型则完全没有出现。对不同超级连锁群的分析结果表明 ,各连锁群之间的SSR分布有一定差异 ,但总体上仍是较为均衡的。这些结果为稻瘟病菌的基因标记、群体结构研究、非编码区DNA序列的结构及功能研究提供了一个较好的基础。
- 李成云李进斌周晓罡董爱荣许明辉
- 关键词：稻瘟病菌基因组微卫星序列水稻
- 稻瘟病菌阅读框架中微卫星序列的分布及所在基因功能(英文)
- 在对稻瘟病菌基因组中SSR分布进行了系统分析的基础上,对由1-6个碱基为重复单元的SSR在基因的蛋白质编码区中的分布进行了分析。结果表明,该病原菌的2,378个基因的编码区中共分布有3,240个SSR序列(标准是15 b...
- 李成云李进斌周晓罡张绍松董爱荣许明辉
- 关键词：稻瘟病菌基因组微卫星序列功能基因组
- 文献传递
