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液相杂交快速检测特异DNA: 2013年; 检测特异DNA片段的方法中,传统Southern blot技术由于其高度可重复性及能够显示条带大小的特性,一直是DNA检测的"黄金标准"。但是杂交时间长,步骤复杂,放射性污染等问题亟待解决。为了简化Southern blot,研究使用了一种液相杂交快速检测DNA的方法,即使用异硫氰酸荧光素(FITC)标记的dUTP掺入探针后,在溶液中与待检测DNA样本42℃下杂交,然后琼脂糖凝胶电泳检测荧光杂交信号。利用质粒为模板,优化了探针制作、杂交液组成、杂交时间和温度等参数。在FITC-dUTP:dTTP比例为1∶3、模板质粒浓度为50μg、1×杂交缓冲液(25mmol/LTris,10mmol/L EDTA,8mmol/L Nacl,PH=8.0)中95℃变性5～9 min和42℃杂交3h的实验条件下,可检出1.2μg的质粒,探针灵敏度为7.3ng/μl。这种方法不需要转膜,曝光,大大节约了时间,简化了操作,荧光检测也为该方法同时检测多色样本提供了可能,可广泛应用于核酸检测。; 詹诚毛强王胜华陈放; 关键词：SOUTHERN BLOT DNA检测

水稻miRNA3026启动子及硫氧还蛋白基因OsTxnDC9的克隆与分析被引量：2: 2016年; 硫氧还原蛋白基因OsTxnDC9是水稻miRNA3026的宿主基因。克隆出了水稻miRNA3026启动子,其总长度为1 477bp;构建出4个缺失片段,瞬时表达表明这个启动子为弱启动子。在此基础上克隆出水稻硫氧还原蛋白OsTxnDC9基因,其长度为480bp。生物信息学表明OsTxnDC9基因编码的氨基酸序列与二穗短柄草硫氧还原蛋白基因编码的氨基酸(XP_003573612.1)序列同源性最高。荧光定量PCR发现OsTxnDC9在水稻花粉一核中表达量最高,亚细胞定位表明其主要在细胞质中表达。这为探索miRNA3026启动子和宿主基因的关系奠定了基础。; 董娟李佛生罗枫雪夏芳朱淑华唐琳; 关键词：启动子荧光定量

快速简便的杂交检测DNA(英文)被引量：2: 2014年; Southern杂交作为黄金标准,已广泛运用于DNA的检测上。但是,经典的southern杂交和近年来一些DNA检测方法存在放射性污染,操作繁琐,耗时,对实验仪器设备要求高等问题。本文利用异硫氰酸荧光素(FITC)标记的dUTP合成DNA探针建立了快速检测DNA的液相杂交方法。该方法包括探针制备、液相杂交、电泳分离和信号检测四个步骤,并在此基础上对FITC-双链和FITC-单链探针的杂交效果作了比较。结果显示,使用FITC标记的两种探针都能取得良好的实验结果,但单链探针较双链的检测灵敏度高;双链DNA探针可以检测出0.8μg(3.64×10-13 mol)的质粒,而单链DNA探针可以检测出0.38μg(1.82×10-13 mol)的质粒DNA,在检出效率上是前者的2.1倍。整个检测过程操作简便,可在3h内完成,可较好地解决了其他DNA检测方法存在的费时费力的问题。; 毛强耿天龙王胜华; 关键词：SOUTHERN杂交 DNA检测荧光

小RNA高通量测序数据分析方法被引量：1: 2017年; 本文应用Perl语言和My SQL数据库构建了小RNA高通量测序数据分析平台,以4个水稻数据集为分析对象,详细介绍了小RNA高通量测序数据的处理方法和流程。我们以MSU 6.1水稻基因组为参考,构建了该版本的全基因组结构及已知nc RNAs位点信息数据库,结合Perl脚本可以实现小RNA在基因组上的详细定位与统计,同时我们从数据库中提取已知pre-mi RNAs表达特征,设计了一个新的mi RNAs挖掘方法,该方法可以筛选出大量的新mi RNAs,其中已知mi RNAs命中率可以达到98%。针对水稻小RNA种类的多样性,我们对mi RNAs和endo-si RNAs的鉴别也给予了探讨和说明。本文设计的高通量测序数据分析平台,方法简单高效,以数据库作为存储和查询媒介,能够实现多位点reads的分析,可以得到灵活多样的数据统计结果。依照本文的方法同样可以构建其他模式物种的小RNA数据分析平台,在高通量测序逐渐普及的将来,本文的方法对中小实验室建立自己的数据分析平台具有实践指导意义。; 彭骅李佛生王胜华

水稻雄配子体发育过程中tRNA片段的生物信息学分析: 2018年; tRNA片段(t RF)是t RNA通过非随机剪切产生的RNA片段,其产生和功能机制尚不明确;而在水稻(Oryza sativa)雄配子体发育过程中,人们对t RNA更是知之甚少。通过高通量测序,在水稻雄配子体发育过程中发现了长度范围较大的t RFs;进一步采用logo对t RFs两端的序列进行分析,发现了4个有序列特征(其中3个未见报道)和1个无序列特征的酶切位点;通过NCBI Blast预测了t RF靶基因,发现其大多靶向转座因子。研究结果对揭示t RF产生机制以及水稻雄配子体发育研究有一定的参考价值。; 刘魏童永鳌白洁; 关键词：水稻雄配子体生物信息学

水稻中Intronic MicroRNA与其宿主基因功能关系分析: 2012年; 根据已有的水稻基因组注释,对水稻中已知的437个pre-miRNAs的基因组背景加以分析,有98个(～22%)与蛋白编码基因相重叠,其中69个(～16%)位于蛋白编码基因的内含子区域,即intronic microRNAs(in-miRNAs).对这些in-miRNAs的靶基因进行Gene Ontology(GO)富集分析,结果显示in-miRNAs对蛋白质氨基酸磷酸化,DNA整合,蛋白质水解,恒温保持,防御响应等生物学过程中的基因有明显的调控作用.最后,对宿主基因及靶基因的功能进行整合分析发现有4个in-miRNAs所调控的靶基因与其宿主基因参与了相同的生物过程.我们推断,in-miRNAs可能会在这些生物过程中,通过下调靶基因的表达来协助或抑制其宿主基因的功能.; 童永鳌王胜华; 关键词：MICRORNA 水稻

根癌农杆菌介导的金发草遗传转化条件的优化被引量：2: 2013年; 金发草(Pogonatherum paniceum)是一种多年生岩生草本植物,在生态恢复和景观建设中起着重要的作用。利用根癌农杆菌介导转化金发草胚性愈伤组织,通过GUS(β-葡萄糖苷酸酶)瞬时表达率研究菌液浓度、浸染时间、乙酰丁香酮(AS)浓度、葡萄糖浓度、共培养时间等因素对金发草转化的影响,并利用确定的最佳条件将GUS基因转入金发草,获得稳定表达转化植株。结果表明:菌液浓度(OD600)为0.6,浸染时间为10min,添加20mg/L的乙酰丁香酮(AS)和10g/L的葡萄糖,共培养时间5d为最佳条件,GUS瞬时表达率最高。经过抗性筛选后最终获得阳性转基因植株频率为57%。再生植株经GUS染色和PCR检测证明,GUS基因已成功整合到金发草基因组中。此转化体系的建立为金发草的遗传改良及相关功能基因的研究奠定了基础。; 李美玉李锐于敏王胜华陈放; 关键词：金发草愈伤组织根癌农杆菌 GUS

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国家自然科学基金(31070276)