国家重点基础研究发展计划(001CB510205)
- 作品数：8 被引量：33H指数：3
- 相关作者：刘银坤崔杰峰王翼飞张予孙瑞霞更多>>
- 相关机构：复旦大学上海大学军事医学科学院更多>>
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- 蛋白质组学研究的支撑技术-双向凝胶电泳被引量：9
- 2003年
- 双向凝胶电泳 (two dimensionalelectrophoresis ,2-DE)技术由于在蛋白质组学研究中的重要作用近些年备受关注 ,本文拟对该技术的建立发展、现状、存在问题及未来进行综述。
- 崔杰峰刘银坤
- 关键词：双向凝胶电泳蛋白质组学
- 转移潜能不同人肝癌细胞系差异蛋白S100A4的再验证及功能分析被引量：3
- 2005年
- 目的解析比较蛋白质组学筛出的差异蛋白S100A4的生物学功能,验证其是否在肝癌转移复发中发挥作用。方法用逆转录聚合酶链反应(RTPCR)、蛋白免疫印迹(WB)及细胞免疫化学法分别对差异蛋白S100A4在转移潜能不同人肝癌细胞系中的表达情况进行再验证;然后,用构建S100A4反义表达质粒,转染高转移潜能人肝癌细胞系MHCC97H,通过系列与侵袭转移有关的检测,观察S100A4表达降低对MHCC97H细胞生物学行为的影响。结果验证结果均证实,S100A4在有转移潜能人肝癌细胞系MHCC97L、MHCC97H中呈高表达。转染S100A4反义重组表达质粒后的侵袭试验显示,穿过人工基底膜细胞数分别是:5.0±1.4[MHCC97H/pcDNA3.1(+)ASS100A4],16.4±1.6[MHCC97H/pcDNA3.1(+)],16.9±1.5(MHCC97H);运动试验穿过上室底膜的细胞数为:11.1±3.3[MHCC97H/pcDNA3.1(+)ASS100A4],18.9±2.0[MHCC97H/pcDNA3.1(+)],21.9±3.4(MHCC97H);细胞培养上清液中MMP9的定量结果依次为18.2[MHCC97H/pcDNA3.1(+)ASS100A4]、28.0[MHCC97H/pcDNA3.1(+)]、31.9ng/ml(MHCC97H);MMP2定量结果依次为29.8[MHCC97H/pcDNA3.1(+)ASS100A4]、26.4[MHCC97H/pcDNA3.1(+)]、26.5ng/ml(MHCC97H)。明胶酶谱分析细胞培养上清液基质金属蛋白酶(MMP)显示,S100A4表达降低的MHCC97H细胞分泌的MMP9活性明显弱于对照组。结论pcDNA3.1(+)ASS100A4转染MHCC97H细胞后,细胞的运动与侵袭潜能均明显降低。细胞MMP9分泌量也显著降低。而细胞分泌MMP2的量则变化不明显。提示差异蛋白S100A4通过增强肝癌细胞的运动侵袭能力和上调MMP的分泌参与肝癌细胞的侵袭转移过程。
- 崔杰峰刘银坤申华丽张丽君张予孙瑞霞陈洁代智宋海燕
- 关键词：S100A4人肝癌细胞系差异蛋白PCDNA3细胞培养上清液逆转录聚合酶链反应
- 不同转移潜能人肝癌细胞系的差异表达蛋白质组分析及意义被引量：11
- 2004年
- 目的 比较研究转移性肝癌细胞系中蛋白质表达谱的改变 ,筛查在转移中起重要作用的关键蛋白质分子。方法 用双向电泳 (2 DE)及液相色谱 电喷雾 串联质谱 (LC ESI MS/MS)对 3种不同转移潜能人肝癌细胞系Hep3B、MHCC97L、MHCC97H的差异蛋白质组进行分析。结果 Hep3B、MHCC9TL和MHCC9TH分别平均检测到 976± 112个蛋白点 (n =3)、10 92± 4 0个蛋白点 (n =3) ,和 888± 15个蛋白点 (n =3) ,以其中MHCC97L图谱为参考胶 ,Hep3B、MHCC9TL和MHCC9TH分别与其匹配的平均匹配点数为 6 37± 37个 (n =3)、771± 16个 (n =2 )和 5 89± 5 1个 (n =3) ,平均匹配率分别为6 5 7% ,72 1% ,6 6 2 %。不同胶间蛋白质斑点的位置偏差 [等电聚焦 (IEF) ]方向为 (2 95± 0 95 )mm ,聚丙烯酰胺凝胶电泳方向为 (2 87± 0 88)mm。Hep3B、MHCC97L、MHCC97H中有 35 9个蛋白质点匹配。与Hep3B比 ,MHCC97L有 10 3个点未匹配 ,相差 10倍以上的上调点和下调点分别为 5 7个和 4 9个 ;MHCC97H有 113个点未匹配 ,相差 10倍以上的上调点有 4 7个 ,相差 10倍以上的下调点有 5 2个。质谱可鉴定出S10 0A4 ,S10 0A6 ,S10 0A11,Annexin1等 2 6种胶内差异蛋白质。结论 与不转移肝癌细胞相比 ,转移性肝癌细胞有明显的差异性蛋白表达谱?
- 崔杰峰刘银坤宋海燕张予孙瑞霞陈洁冯钜涛于雁灵申华莉杨芃原
- 关键词：肝细胞癌细胞系
- HBV转基因小鼠研究进展被引量：1
- 2005年
- 流行病学研究证实,作为全世界第五位最常见的恶性肿瘤,肝细胞癌(HCC)的发生与人乙型肝炎病毒(HBV)有直接关联,我国尤甚.HBV是影响人类生存最重要的病毒之一,全世界至少有3.5亿人感染,它是一种部分双链的环状DNA病毒,具有随机整合入宿主基因组中的能力.通常认为,乙肝病毒表面抗原(HBsAg)和转录反式激活蛋白(HBx)是HBV病毒基因组中比较重要的致病因素,但二者的功能却有很大差异[1].由于HBV作用的靶分子目前还不清楚,HBsAg和HBx是通过直接还是间接的作用导致HCC及其作用的分子机制仍旧在争论中.
- 仇玮祎王友亮杨晓
- 关键词：HBV转基因小鼠乙肝病毒表面抗原病毒基因组流行病学研究DNA病毒
- MiRdetector:一个预测与搜寻miRNA基因的计算工具被引量：2
- 2006年
- MicroRNA（miRNA）是一类内源性的长约21～24nucleotide（nt）的非编码小分子RNA，能够调节其它基因的表达活性，在生物体的发育过程中发挥重要的作用．每种生物体中miRNA的基因总数还未知，生物信息学分析手段为发现新的miRNA基因提供了有效的方法．作者开发了一个预测与搜寻miRNA基因的完全自动化系统“MiRdetector”．MiRdetector系统是基于计算机比对和miRNA前体茎环结构判断的．用水稻miRNA基因对系统的预测精度进行了检验。系统正确识别了155个样本中的140个，预测精度达到90．32％，并且搜寻到了95个可能的水稻miRNA基因。由于系统的假阳性率较低，因此能够为进一步证实miRNA基因的实验研究提供高质量的数据集．
- 张冬宁刘阳王翼飞
- 关键词：生物基因组茎环结构
- 人肝癌细胞转移相关蛋白膜联蛋白Ⅱ的筛查与分析被引量：6
- 2007年
- 目的应用糖组学方法筛查肝癌转移相关的异常核心岩藻糖基化蛋白,分析膜联蛋白Ⅱ（annexinⅡ）与肝癌细胞转移的关系。方法双向电泳（2-DE）、凝集素亲和印迹及沉淀联合质谱筛查并验证肝癌转移相关核心岩藻糖基化蛋白；实时荧光定量PCR、细胞免疫荧光和Western blot测定annexinⅡ基因和蛋白表达。结果不同转移潜能人肝癌细胞有核心岩藻糖基化蛋白差异表达,鉴定并验证annexinⅡ岩藻糖基化与肝癌转移相关；它分布于细胞质,在MHCC97-L和MHCC97-H中基因和蛋白质表达较Hep3B高。结论AnnexinⅡ转录、翻译水平和核心岩藻糖基化增加可能与肝癌转移潜能相关。
- 代智周俭李雪飞刘银坤樊嘉
- 关键词：肝细胞肿瘤转移
- 基于序列剖面和可及表面积的蛋白质相互作用位点的预测被引量：1
- 2006年
- 蛋白质相互作用位点的预测对于突变设计和蛋白质相互作用网络的重构都是至关重要的.由于实验确定的蛋白质复合物和蛋白质配体复合物的结构依然相当少,预测蛋白质相互作用位点的计算方法就显得十分重要.该文提出了一种以支持向量机为分类器,以邻近残基的序列剖面和可及表面积为输入数据来预测蛋白质相互作用位点的方法.计算结果显示,界面残基和非界面残基被识别的准确率为75.12%,假阳性率为28.04%.与输入数据仅有序列剖面的方法相比,界面残基和非界面残基被识别的准确率提高了4.34%,假阳性率降低了4.63%.
- 刘阳张冬宁邵建林沈称意汤正诠王翼飞
- 关键词：支持向量机剖面
- 基因调控网络中的延滞动力学被引量：1
- 2007年
- 由于基因调控网络中生物化学反应的时间多尺度性,如DNA与蛋白质结合以及蛋白质聚合等快速反应、转录翻译和降解等慢速反应,延滞现象在基因调控网络中普遍存在.文中提出一种延滞基因调控网络的随机模型,并且从矩方程和改进的Gillespie算法对模型进行探讨.还分别考虑了单基因延滞自调控网络和双基因延滞调控网络的例子,计算机模拟计算结果表明,基因调控网络中的延滞可以诱发调控产物浓度的随机振荡,这与实验结果相当吻合.
- 张家军蔡传政王翼飞
- 关键词：基因调控网络主方程
