宁波市科技局资助项目(2009C5008)
- 作品数：2 被引量：2H指数：1
- 相关作者：杨天池许国章顾文珍倪红霞易波更多>>
- 相关机构：宁波市疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：浙江省医药卫生科学研究基金宁波市科技局资助项目更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 宁波市肠道病毒71型分离株基因组特征研究
- 2011年
- 目的:了解2010年宁波市分离的肠道病毒71型的遗传进化来源。方法:设计八对引物用RT-PCR扩增、拼接得到EV71基因组序列,利用DNA-STAR对结构蛋白VP1-VP4和三个前体蛋白P1、P2及P3进行遗传进化分析。结果:宁波株NB10基因组核苷酸序列长度为7406 bp,与北京08年分离株FJ606448基因组间的同源性最高(高达99%),两者结构蛋白氨基酸序列完全相同。NB10与C4亚型的其他参考株,如:安徽株(GQ994988 FY08)、深圳株(FJ607337.1SHEZH08)、等核苷酸同源性均大于98%,而与标准株(BrCr)和(MS-7423-87)的核苷酸的进化关系较远,在P1、P2、P3区,NB10与C4亚型各代表株的同源性均为94%以上;而与北京09株(FJ606450.1)在P3区的核苷酸序列和推导的氨基酸序列之间同源性均较低,分别为87.9%和96.7%。结论:宁波株NB10与中国大陆北京、阜阳、深圳等毒株亲缘关系较近,而与北京株(FJ606450.1)有较大的差异,可能为不同的进化来源。
- 顾文珍倪红霞张姝易波杨天池贺天锋许国章
- 关键词：基因组进化树
- 宁波市肠道病毒71型分离株全基因序列对比分析被引量：2
- 2012年
- 目的探讨浙江宁波地区2010年分离的肠道病毒71型(EV71)中神经毒性相关位点。方法采集宁波地区2010年手足口病不同症状患者粪便标本,进行荧光聚合酶链反应检测,阳性标本病毒分离;分8个片段对EV71全基因序列和VP1区进行逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)、克隆、测序、拼接、同源性比较,用DNAstar推导其内含子编码的氨基酸序列并比对分析。结果 6株分离株基因全长均为7 406 bp,核苷酸同源性为97.9%～99.4%,其中3株死亡病例标本内部核糖体进入位点(IRES)中的124、272及408位,碱基分别为T、G、A,区别于其他3株手足口轻症患者分离株的A、A和G;3株死亡病例标本位于主要衣壳蛋白VP1区的第715位氨基酸和3C蛋白酶的第1 704位及1 706位的氨基酸分别为甲硫氨酸(met)、精氨酸(arg)及异亮氨酸(ile),区别于3株轻症病例的亮氨酸(leu)、赖氨酸(lys)及缬氨酸(val)。结论宁波地区2010年分离的EV71 IRES、VP1与3C位点变异与EV71神经毒性相关。
- 顾文珍董红军倪红霞张姝易波杨天池谢蕾许国章
- 关键词：全基因序列同源性
