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国家自然科学基金(30901232)

作品数:4 被引量:29H指数:3
相关作者:赵杨陈峰胡志斌柏建岭荀鹏程更多>>
相关机构:南京医科大学江苏省人民医院更多>>
发文基金:国家自然科学基金江苏省高校自然科学研究项目江苏高校优势学科建设工程项目更多>>
相关领域:医药卫生更多>>

文献类型

  • 4篇中文期刊文章

领域

  • 4篇医药卫生

主题

  • 2篇全基因组
  • 2篇全基因组关联...
  • 2篇基因
  • 2篇基因组
  • 1篇胰腺
  • 1篇胰腺癌
  • 1篇荧光
  • 1篇荧光定量
  • 1篇实时荧光
  • 1篇实时荧光定量
  • 1篇实时荧光定量...
  • 1篇数据管理
  • 1篇统计分析
  • 1篇人工智能
  • 1篇肿瘤
  • 1篇主成分
  • 1篇主成分分析
  • 1篇腺癌
  • 1篇芯片
  • 1篇基因水平

机构

  • 4篇南京医科大学
  • 1篇江苏省人民医...

作者

  • 4篇赵杨
  • 3篇陈峰
  • 2篇胡志斌
  • 2篇柏建岭
  • 1篇沃红梅
  • 1篇荀鹏程
  • 1篇董静
  • 1篇陆凤
  • 1篇马士杰
  • 1篇施瑞华
  • 1篇曹维克
  • 1篇潘峰
  • 1篇闻洋
  • 1篇魏永越
  • 1篇易洪刚
  • 1篇张汝阳
  • 1篇朱晶晶

传媒

  • 2篇中华流行病学...
  • 1篇中华预防医学...
  • 1篇南京医科大学...

年份

  • 3篇2012
  • 1篇2011
4 条 记 录,以下是 1-4
排序方式:
基于基因水平主成分logistic回归模型在全基因组关联研究中的应用被引量:2
2012年
探讨基于基因水平的主成分logistic回归模型分析方法及其在全基因组关联研究中的应用。以全基因组关联研究基因型模拟数据为例,介绍基于主成分的logistic回归模型在基因水平检测遗传变异与复杂性疾病之间关联的分析策略。模拟结果表明致病位点所在基因假设检验的P值在所有基因检验结果中为最小。研究结果提示在全基因组关联研究中,采用基于基因水平的主成分logistic回归模型一方面能够降低检验的自由度,另一方面能够处理单核苷酸多态性之间相关性问题,在检测致病基因与疾病关联时具有一定的效能。
易洪刚沃红梅赵杨张汝阳柏建岭魏永越陈峰
关键词:主成分分析LOGISTIC回归模型全基因组关联研究
高维肺癌病例-对照研究资料的随机森林降维分析被引量:7
2012年
目的探讨随机森林算法在肺癌高维病例-对照资料分析中的应用效果。方法选取500例医院来源肺癌患者作为病例组,以517名社区来源对照人群作为对照组,每名研究对象均常规采集静脉抗凝血5ml,位点基因型通过GoldenGate定制芯片平台分型,经筛选获得399个SNP位点,先利用随机森林算法进行降维,再用传统的logistic回归对降维后的变量进行分析,并采用受试者工作特征曲线(ROC)曲线下面积(AUC)分析多个SNP位点与肺癌的遗传易感性。结果经随机森林算法筛得50个平均重要性得分最高且错误率最低的变量,其中环境变量(吸烟、年龄分组、性别)的重要性得分均位于前20,分别为4.05、3.12、1.16;在调整3个环境变量后,经阳性结果错误率(FDR)法进干亍多重性校正,结果仍有统计学意义的SNP位点有6个(FDR—P〈0.05),而如果直接采用传统logistic回归分析,则无法发现有统计学意义的SNP位点。对于2个ROC曲线(分别为只包含环境变量模型ROC曲线、包含环境变量和SNP位点模型的ROC曲线)AUC(分别为0.6491±0.0172、0.6811±0.0166)的似然比检验结果表明,6个SNP位点与肺癌的关联性有统计学意义(χ^2=43.82,P=3.6×10^-11)。结论利用随机森林算法先剔除高维数据的噪声位点,再利用logistic回归分析,可提高检验效能,优于直接利用logistic回归分析。
朱晶晶赵杨陆凤胡志斌陈峰
关键词:肺肿瘤人工智能
血浆miRNA表达谱与胰腺癌相关性的研究被引量:8
2012年
目的:探讨血浆miRNA的表达水平与胰腺癌发病的关联。方法:通过TLDA(TaqMan low density array)芯片系统筛选24例胰腺癌患者和24例健康对照间差异表达的miRNA,对差异表达miRNA采用实时荧光定量PCR法进行单个样本验证。结果:miR-451和miR-409-3p的表达水平在胰腺癌组和对照组中有显著的差别,P值分别为0.004 1和0.005 7。这2个miRNAs的组合以93.8%的受试工作者曲线下面积(area under the ROC curve,AUC)将健康对照组和胰腺癌患者组分开(灵敏度为95.8%,特异度为91.7%)。结论:血浆miR-451和miR-409-3p的表达水平可有效区分胰腺癌患者和健康个体。
潘峰闻洋马士杰曹维克董静赵杨胡志斌施瑞华
关键词:胰腺癌MIRNA实时荧光定量PCR
全基因组关联研究中的统计分析方法被引量:12
2011年
随着人类基因组计划的完成,疾病的全基因组关联研究成为可能。该类研究的数据特点是:高维、小样本。面对浩瀚的数据,传统分析方法受到严重挑战。文中介绍全基因组关联研究中的数据分析策略和步骤,包括质量控制、分析、结果表示等,并对全基冈组关联研究的局限性和目前统计分析方法的不足进行讨论。
陈峰柏建岭赵杨荀鹏程
关键词:全基因组关联研究数据管理统计分析
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