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分子动力学模拟研究结构金属镁离子在GSK-3β激酶磷酸化中的作用(英文)被引量：4: 2011年; 糖原合成酶激酶-3β(GSK-3β)是一种丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,调节糖原合成酶的活性,并在生物体内的多条信号通路中发挥作用.GSK-3β是糖尿病,肿瘤,急性炎症,早老性痴呆等多种复杂疾病的药物作用靶标.Mg2+是GSK-3β激酶的保守结构金属离子,与三磷酸腺苷(ATP)分子作用,在激酶的磷酸化中扮演重要的角色,本文阐明了两个Mg2+离子(Mg2I+,Mg2II+)在激酶磷酸化中的作用:Mg2+稳定GSK-3β与ATP的构象.缺乏Mg2+离子,GSK-3β结构的柔性增强,同时ATP的构象发生改变,相对Mg2II+离子而言,Mg2I+离子在磷酸化反应中的作用更突出,但Mg2II+离子也是必不可少的,如果没有Mg2II+离子,Lys183无法独立稳定ATP的合适构象.当两个Mg2+离子都不存在时,ATP形成分子内的氢键,成为一种折叠的构象.; 孙浩蒋勇军俞庆森高慧; 关键词：磷酸化分子动力学模拟

α-咔啉类GSK-3β抑制剂的合成、活性评价和分子对接研究被引量：1: 2012年; 糖原合成酶激酶3β(GSK-3β)是神经退化性疾病如早老性痴呆、II型糖尿病、癌症等多种重复杂性疾病的药物靶标,α-咔啉类化合物具有多种生物活性.以GSK-3β为作用靶点,利用Graebe-Ullmann反应合成了α-咔啉,并采用Buchwald-Hartwig偶联反应合成了9个4位取代的α-咔啉胺类衍生物.体外的GSK-3β激酶酶抑制活性测试表明其中4个化合物具有一定的抑制活性,其中化合物3c的IC50值达到了5.1μmol L-1.同时采用了分子对接方法分别研究了化合物2,3c与大分子蛋白的作用模式,初步探讨了影响抑制活性的原因,为进一步的研究提供了依据.; 王媛蒋勇军张美青沈银; 关键词：分子对接

洋刀豆脲酶与抑制剂相互作用的分子对接和分子动力学研究被引量：7: 2011年; 通过洋刀豆脲酶抑制剂的筛选实验得到具有较好抑制活性的化合物2-乙酰基-γ-丁内酯(COM),其半数抑制浓度在微摩尔浓度级别(IC50=375μmol·L-l).在此基础上,使用分子对接和分子动力学(MD)模拟的方法研究洋刀豆脲酶与抑制剂乙酰氧肟酸(AHA)及活性化合物COM之间的相互作用.用Gold3.0程序将两个小分子与洋刀豆脲酶的晶体结构进行对接,对接得到的复合物模型使用Amber程序进行MD模拟研究.模拟过程中,脲酶结构中的双核镍离子活性中心选用non-bonded模型.研究结果显示:AHA与洋刀豆脲酶结合时,Ni(1)和Ni(2)均为五配位;COM与洋刀豆脲酶结合时Ni(1)为五配位,Ni(2)为六配位的结合模型更加合理.这些研究为了解洋刀豆脲酶与抑制剂之间的相互作用提供了重要的参考信息.; 吕婧蒋勇军俞庆森邹建卫; 关键词：分子对接分子动力学模拟镍离子

GSK-3抑制剂药效团模型的构建: 2012年; 选择活性跨越0.08～100 000nmol.L-1的8类共30个GSK-3竞争性抑制剂小分子作为训练集,其余490个不同结构和活性的小分子作为测试集.采用Accelrys Discovery Stutio Client 2.5软件,筛选得到由1个氢键受体、1个氢键供体、1个疏水中心、1个环芳香性和1个排除体积组成的最佳模型(Correl=0.900,Config=13.962,Δcost=90.725),采用测试集与分子对接方法对模型进行评价,表明该模型具有较强的预测能力,为进一步的数据库搜索及寻找新型GSK-3抑制剂先导物提供了依据.; 吕杨蒋勇军潘善飞代娜罗海彬; 关键词：药效团分子对接

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宁波市自然科学基金(2010A610024)