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蛋白质的二级结构和mRNA的二级结构的相关性研究被引量：3: 2004年; 利用置信度为95的特征字研究了蛋白质二级结构以及其对应mRNA二级结构,发现蛋白质二级结构和mRNA二级结构有明显的相关性.规则二级结构α-螺旋,β-折叠以及包含有Turn的边界明显倾向于mRNA二级结构的茎区,而避免出现在环区.; 贾孟文罗辽复刘次全; 关键词：蛋白质二级结构 MRNA二级结构置信度

基因组信息、密码进化、折叠动力学和熵产生——理论生物学的几个基本问题: 2010年; 以信息为主线论述了生命科学的理性化途径,着重总结了作者及其研究小组在理论生物学领域的工作,包括基因组序列识别码的形成和构建,基因组的进化方向和最大信息原理,遗传密码的适应性进化,基于量子跃迁的蛋白质折叠动力学,细胞开关相变和熵产生.; 罗辽复; 关键词：基因组信息折叠动力学熵产生

线粒体密码表的进化关系被引量：1: 2006年; 提出一个理论模型,由此推导出标准密码表与10个物种线粒体非标准密码表之间的进化关系,得到这些表的进化关系和真核总界中物种的三界分类正相吻合,同时发现氨基酸与终止密码间的无义突变和其逆过程是重建进化树的关键因素.; 孙咏萍罗辽复; 关键词：进化树相似度

同源α-螺旋结构蛋白质Im7和Im9的变性及折叠特性的研究: 2003年; Im7和Im9是具有相似三维空间结构的同源蛋白质分子,这两种蛋白质的一级序列中有60%的残基成分相同.研究结果显示,Im7和Im9分子具有不同的稳定性和经历不同的折叠途径.为解释有关的实验事实,利用吸附反应动力学方法,分析了Im7和Im9两种蛋白质的变性过程和重折叠过程.结合Im7蛋白质和Im9蛋白质所具有的空间结构特性,对Im7和Im9蛋白质具有不同稳定特性和折叠途径存在差异的原因做了进一步的讨论和解释.; 萨楚尔夫罗辽复; 关键词：同源蛋白质构象稳定性空间结构

多样性指标用于基因中剪切位点的识别被引量：11: 2004年; 根据基因剪切位点处的碱基保守性特征 ,和附近位点的碱基组成和关联特征 ,应用多样性指标和二次判别分析 ,对几类模式生物的基因结构进行统一的分析和预测 ,能够较好地识别外显子和内含子及其边界 .计算结果表明 ,对于 4类物种 ,线虫 (C .elegans) ,拟南芥 (A .thaliana ) ,果蝇 (D .melanogaster)和人类 (human) ,核苷酸水平的识别精度为 92 5 %～ 97 1 % ,外显子水平的识别敏感性为 83 7%～ 94 5 % ,特异性为 87 8%～97 1 % .; 张利绒罗辽复; 关键词：剪切位点外显子内含子基因

关于定点突变型蛋白质K49E HPr结构稳定性的研究: 2003年; 利用吸附反应动力学方法,对K49EHPr和wtHPr两种蛋白质变性过程进行了系统分析.结合K49EHPr蛋白质和wtHPr蛋白质所具有的空间结构特性,对K49EHPr蛋白质具有较强稳定性的原因做了进一步的讨论和解释.; 萨楚尔夫罗辽复; 关键词：蛋白质变性

基因组信息、密码进化、折叠动力学和熵产生——理论生物学的几个基本问题被引量：5: 2010年; 数千个基因组的测序完成，海量资料数据呼唤着生命科学的理性和实证性更完美地结合。基因组信息学是理论生物学的龙头。本文遵循生命信息运行的密码—序列—结构—功能的主线，论述了生命科学的理性化途径，讨论了若干基因组生物学的基本问题。着重总结了理论生物学领域的部分工作，包括：① 基因组序列识别码的形成和构建，一组描述碱基分布和碱基关联的统计量集合可作为基因组的识别码；② 基因组的进化方向和最大信息原理，提出基因组序列的编码信息量在进化中随时间增长的规律，指出DNA序列局部片段遵循最大信息原理；③ 遗传密码的适应性进化，证明普适标准密码表是突变危险性的适应性极小码，论证了遗传密码既具有稳定性，又具有可进化性；④ 基于量子跃迁的蛋白质折叠动力学，用量子跃迁的观点和理论研究如何处理从序列到结构，导出蛋白质折叠速率公式，解释了现有各种速率实验；⑤ 细胞开关相变和熵产生，研究了最简单生命噬菌体的溶原态/裂解态转变动力学，得到了此类细胞开关中熵产生的特异性规律。; 罗辽复; 关键词：基因组信息遗传密码蛋白质折叠熵产生

线粒体非标准密码表的进化稳定性被引量：5: 2006年; 根据突变危险性极小化的方法,导出各物种线粒体非标准遗传密码表的总体突变危险性极小表,证明了各非标准遗传密码表是在一些约束条件下的总体突变危险性极小表,体现了分子进化遵循稳定性原理,并受冻结偶然性制约.; 孙咏萍罗辽复

基因组“k字”频数普适关系的研究: 2006年; 寻找物种基因组中k-m er频数分布的特征,对几个典型物种的基因组序列进行了统计分析.区分“字”域和“频数”域,运用两种求信息熵的方法Shannon信息熵和F isher信息熵,定义了五种k-m er频数的泛函.发现对于每一物种,由Shannon信息熵定义的四种泛函与k之间都具有很好的线性关系,并且这种线性关系在所研究的物种间具有普适性.; 李培芳贾晓超李宏罗辽复; 关键词：基因组频数信息熵

同义密码子的反常蛋白质二级结构偏好性被引量：4: 2003年; 统计分析了 119种人蛋白质和 92种大肠杆菌蛋白质的mRNA序列和蛋白质二级结构的关系 .从二肽频数出发 ,研究了同义密码子使用对蛋白质二级结构的影响 ,证明其影响在 10 %到 2 0 %的量级 .对于人和大肠杆菌 ,在 90 %置信水平上 ,4 0 0对二肽中分别有 79对和 6 0对 ,在 95 %置信水平上 ,分别有 4 5对和 36对二肽的相应密码子二联体具有不同于氨基酸的反常二级结构偏好性。; 李晓琴罗辽复刘次全; 关键词：同义密码子 MRNA序列

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