国家自然科学基金(30671610)
- 作品数：11 被引量：70H指数：6
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- 四带笛鲷线粒体基因组序列结构及进化
- 采用Long-PCR扩增线粒体全基因组方法得到了四带笛鲷线粒体基因组全序列,序列的分析结果表明,四带鲷线粒体基因组序列全长16514bp,共有13个编码蛋白质基因、个tRNA基因、22个rRNA基因和1个D-loop22...
- 谭围王中铎郭昱嵩刘楚吾刘丽
- 关键词：线粒体基因组系统进化
- 文献传递
- 勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)线粒体DNA全序列的测定与分析被引量：3
- 2008年
- 通过长距PCR法(long-PCR)测得勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)全长16505bp的mtDNA基因组全序列(GenBank序列号:EF514208).序列分析结果表明,南海海域勒氏笛鲷的mtDNA基因组全序列结构组成与其他硬骨鱼类的结果较为一致,由13个蛋白编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和非编码区组成.序列比对显示,勒氏笛鲷和蓝点笛鲷(L.rivulatus)所属的笛鲷科(Lutjanidae)与黑带鳞鳍梅鲷(Pterocaesiotile)所属的梅鲷科(Caesionidae)的亲缘关系密切.勒氏笛鲷全序列虚拟酶切结果证明了以往纯化mtDNA的限制性酶切长度多态性分析(mtDNA-RFLP)所得结果的可靠性;所开发的长距PCR引物能快速获取足量的mtDNA大片段进行限制性酶切长度多态性分析,可应用于物种辨别和群体分析.
- 郭昱嵩王中铎刘楚吾刘筠
- 关键词：笛鲷属线粒体DNA
- 两种体色画眉笛雕的遗传多样性及分子标记被引量：2
- 2008年
- 根据体侧纵带颜色差异,暂将画眉笛鲷(Lutjanus vitta)分为黄带画眉笛鲷和褐带画眉笛鲷,应用RAPD技术,选用22个引物对黄带画眉笛鲷与褐带画眉笛鲷进行遗传多样性及分子标记研究。结果表明,黄带画眉笛鲷与褐带画眉笛鲷的遗传距离为0.832 9,其多态位点比例(P)分别为66.99%和85.28%,遗传多样性指数(H)分别为0.161 7和0.289 3,种内遗传距离(D)分别为0.243 5和0.431 9,表明褐带画眉笛鲷的遗传多样性比黄带画眉笛鲷丰富。共得到OPP14-629bp和OPP14-674bp等11个特异性分子标记,可用于两种笛鲷的鉴定。
- 刘丽刘楚吾岳文
- 关键词：体色RAPD分子标记
- 南海海域4种笛鲷的微卫星DNA分析被引量：2
- 2007年
- 采用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,从20对西大西洋笛鲷(Lutjanus campechanus)的微卫星引物中筛选适用于红鳍笛鲷(L.erythopterus)、勒氏笛鲷(L.russellii)、紫红笛鲷(L.argentimaculatus)和约氏笛鲷(L.johnii)基因组分析的微卫星引物,分析4种笛鲷的遗传多样性及系统发生。经反应条件的优化,从20对引物中筛选出17对可稳定扩增出特异片段的引物。通过测序证实扩增产物含微卫星位点后,以该17对引物对4个种的群体进行遗传多样性分析。其中16对可在约氏笛鲷、勒氏笛鲷、紫红笛鲷基因组中扩增出重复性好的特异性条带,分别有65%、65%、60%呈现出种内多态;15对可在红鳍笛鲷中扩增出重复性好的特异性条带,并且全部呈现出种内多态。四种笛鲷中,红鳍笛鲷的多态性最高,高度多态基因座占检测座位的66.67%;勒氏笛鲷的多态性最低,低度多态基因座占43.75%。获得3个种间特异性分子标记。用DS和DA两种方法计算4种笛鲷的遗传距离,构建了系统发生树。
- 郭煜嵩刘楚吾
- 关键词：笛鲷微卫星引物筛选
- 不同保存条件下鱼类组织基因组DNA的提取效果分析被引量：4
- 2007年
- 对-20℃下冰冻,常温下酒精、甲醛溶液和Bouin氏液等保存条件下的鱼体组织(血液、肌肉、鳞片、鳍条)的DNA提取方法作了比较,并经琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度计检测及RAPD扩增结果验证。结果表明,除鳞片外,新鲜组织、-20℃冰冻组织以常规方法可提取出较高质量的DNA;保存于70%酒精或10%甲醛溶液中的组织,经预处理,亦可得高质量DNA;新鲜、冰冻、70%酒精或短时间10%甲醛固定的鳞片经适当预处理也可提取出较高质量的DNA。
- 刘丽刘楚吾张明辉汤恩埔
- 关键词：DNA提取
- 鲈形目线粒体DNA蛋白编码基因的适用性分析被引量：8
- 2009年
- [目的]对线粒体DNA 13种蛋白质编码基因的系统进化分析能力进行了评估。[方法]单个基因和基因拼接序列比较,综合考虑序列的信息量和邻位连接法构建系统进化树的置信度。[结果]按分类阶元不同将基因都分成不同的4等。在鲈形目的科间阶元,最好的为ND6和cox2;好的序列为ND5和ND4;ND4L、ND3和ATP8差;包括Cyt b、cox1在内的其余6种基因为中等;在属内种间阶元,最好的为ATP6和cox2;好的序列为ND2和cox1;ND6、ND3和ATP8差;包括Cyt b在内的其余6种基因为中等。另外,分析揭示序列长度的增加可以提高系统进化树的置信度,且属内物种间比较时序列长度的影响小于高级阶元。[结论]线粒体DNA蛋白质编码基因的信息分布具不均一性,需分类阶元选择最佳基因和组合。
- 郭昱嵩王中铎焦阳刘楚吾
- 关键词：鲈形目线粒体DNA蛋白编码基因系统进化
- 9种常见笛鲷微卫星位点筛选与遗传多样性分析被引量：8
- 2010年
- 利用从勒氏笛鲷Lutjanus russelli基因组文库中筛选得到37对微卫星引物对笛鲷属9个习见种红鳍笛鲷L.erythropterus、紫红笛鲷L.argentimaculatus、星点笛鲷L.stellatus、约氏笛鲷L.johnii、千年笛鲷L.sebae、金带笛鲷L.fulvus、金焰笛鲷L.fulviflamma、画眉笛鲷L.vitta与奥氏笛鲷L.ophuysenii的微卫星位点进行筛选和分析。9个种都能检测到的微卫星位点有10个,部分种能检测到的有13个。9种笛鲷Hardy–Weinberg平衡下的平均期望杂合度在0.730―1.000,平均观测杂合度在0.716―0.915,偏离指数(D)为-0.002―-0.214。微卫星位点杂合度的分析表明目前笛鲷属鱼类存在较高的遗传多样性水平。另发现9个种的笛鲷都出现了杂合子缺失的情况,缺失的原因有待于进一步的研究予以解释。
- 郭昱嵩王中铎刘楚吾陈志明刘筠
- 关键词：微卫星DNA
- 勒氏笛鲷微卫星位点的筛选及特征分析被引量：13
- 2007年
- 采用PCR法快速筛选勒氏笛鲷(Lutjanus russelli)基因组文库,以获得(CA)n微卫星位点。勒氏笛鲷基因组DNA经限制性内切酶HaeⅢ+DraⅠ双酶切后,连接T-载体克隆,构建基因组文库。以通用引物M13+/-与重复序列引物(CA)15对基因组文库进行筛选,二次筛选后得到121个可能含有微卫星位点的阳性克隆。进行序列测定,共获得53个CA(n≥7)重复序列,重复次数主要分布于7～15(80.77%)。在所得微卫星序列中,重复单元除CA外,还观察到单碱基、三碱基、四碱基、五碱基重复单元。根据侧翼序列设计48对引物,通过优化PCR反应条件,可获得清晰可重复的目的条带。研究旨在为勒氏笛鲷遗传多样性研究及遗传图谱的构建等奠定基础,为勒氏笛鲷资源的合理开发利用提供参考。
- 郭昱嵩王中铎刘楚吾刘筠
- 关键词：微卫星勒氏笛鲷PCR
- 勒氏笛鲷(Lutjanus russellii)线粒体DNA全序列的测定与分析
- 在众多的分子遗传标记中,线粒体 DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)是目前系统关系研究中应用最为广泛和有效的分子检测技术,而 mtDNA 全基因组序列分析已成为研究物种间系统发育关系的一个有效工具。例...
- 郭昱嵩王中铎刘楚吾陈志明刘筠
- 文献传递
- 孟加拉笛鲷线粒体基因组序列结构及其进化被引量：8
- 2009年
- 采用Long-PCR扩增线粒体全基因组方法得到了孟加拉笛鲷线粒体基因组全序列.序列分析结果表明,孟加拉笛鲷线粒体基因组序列全长16511bp,共有13个编码蛋白质基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个D-loop区.在编码蛋白质基因中,除COⅠ是以GTG作为起始密码子外,其它均是以ATG起始,NDⅠ、COⅡ、ND3以TAG作为终止密码子,而ND4、Cytb则以不完全的T为终止密码子,其余8个蛋白质基因的终止密码子均为TAA.孟加拉笛鲷线粒体基因组各基因长度、位置与典型的脊椎动物相似,其编码蛋白质基因和rRNA基因与其它硬骨鱼类具有很高的同源性.基于14种笛鲷线粒体区段COⅠ、COⅡ和Cytb基因的全序列合并成的一个组合数据集构建系统进化树,显示孟加拉笛鲷与四带笛鲷关系最为密切.
- 谭围王中铎郭昱嵩刘楚吾刘筠
- 关键词：线粒体基因组
