广东省自然科学基金(031616)
- 作品数：4 被引量：8H指数：2
- 相关作者：张尚宏李继东何淼黄亚志林瀚更多>>
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- 相关领域：生物学自动化与计算机技术更多>>
- 真核生物内含子数据库统计规律研究被引量：3
- 2005年
- 根据GenBank的序列数据,构建了真核生物内含子数据库(EID).对EID统计规律的研究表明,数据库共有103 848个基因,478 484个内含子,582 332个外显子,平均每个基因有4.61个内含子,5.61个外显子,内含子长度为40～120个核苷酸的最多.对人、大鼠、小鼠、鸡、果蝇、线虫、拟南芥、玉米和裂殖酵母等9种模式生物的数据的统计分析表明,在真核生物中,并不是生物越高等,基因中的内含子数或外显子数就越大.进一步,对各种模式生物的基因组大小与内含子比例及内含子密度的关系、内含子相位、内含子剪接位点等特征进行了统计研究.
- 何淼李继东张尚宏
- 关键词：真核生物内含子数据库
- 基因组寡聚核苷酸频率组分差异的进化信息被引量：1
- 2008年
- 利用不同基因组全序列中寡聚核苷酸频率组分差异信息构建系统树,并与传统方法的建树结果比较,分析以寡聚核苷酸频率组分差异信息构建系统树的可行性及适用范围。在获得194种原核生物基因组全序列寡聚核苷酸频率数据的基础上,依据寡聚核苷酸组分的保守性构建权重矩阵,对寡聚核苷酸组分差异加权,并尝试用绝对值距离、Lance距离、欧氏距离三种方法计算距离矩阵,再用距离法构建系统树。结果显示,该方法对科以下分类单位的建树与传统方法的建树基本一致,而对科以上的分类单位较难区分。首次利用寡聚核苷酸频率保守性进行加权,通过非比对的算法用基因组全序列建树。
- 熊远妍王军鹏蓝一杰文明张尚宏
- 关键词：基因组全序列寡聚核苷酸系统树数据发掘生物信息学
- 不同生活习性下原核生物基因组大小与GC含量的关系研究被引量：2
- 2011年
- 对原核生物基因组的研究显示,基因组GC含量与基因组大小和氧气偏好性等因素存在着一定的相关性。为了探索基因组大小与GC含量的相关性是否受原核生物生活习性的影响,选取了有代表性的411种原核生物(包括古细菌与真细菌),分别从最适生长温度、氧气偏好性、运动特性、水生特性和寄生特性等因素进行分析,发现基因组大小与GC含量的相关性确实受这些因素的影响,而寄生原核生物中显示出最好的相关性。
- 林瀚黄亚志张尚宏
- 关键词：原核生物基因组大小GC含量生活习性
- 真核生物内含子数据库构建被引量：3
- 2004年
- 通过下载国际一级序列数据库GenBank的序列数据,开发研制了真核生物基因内含子数据库EID,该数据库由一个主数据库和多个子数据库组成,子数据库包括细胞核内含子数据库、细胞器内含子数据库,以及植物、无脊椎动物、灵长类、啮齿类、其他哺乳类和其他脊椎动物等不同类型生物内含子数据库。文中详细介绍了数据的获取和筛选方法,主数据库中dEID,pEID,hEID的文件格式和结构,EID数据库构建程序,以及EID的查询方式,提供的分析工具等。EID将建设成为研究内含子功能和进化起源的生物信息学平台。
- 何淼李继东张尚宏
- 关键词：真核生物内含子数据库
