上海市科学技术发展基金(03JC14070)
- 作品数：2 被引量：6H指数：2
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- 水溶液分子对赖氨酸电子结构的等效势被引量：3
- 2006年
- 要可靠计算在水溶液中的蛋白质分子的电子结构,需要构造水溶液分子对蛋白质分子电子结构的等效势.赖氨酸属于亲水的氨基酸,在中性水溶液中带正电荷(Lys+).通过基于密度泛函理论的第一性原理、全电子、从头计算,构造了水溶液分子对赖氨酸(Lys+)电子结构的等效势.首先用“自由团簇计算法”计算了一个含赖氨酸和水分子系统的电子结构,通过调节水分子的空间位置,求得能量最低的赖氨酸与水分子的相对空间构型.然后以此空间构型为基础,用“团簇埋入自洽计算法”计算赖氨酸在以水分子为外势条件下的电子结构.最后再用“团簇埋入自洽计算法”计算赖氨酸在用偶极子代替水分子时的电子结构,调节偶极子的极矩和位置,使得以偶极子为外势和以水分子为外势的赖氨酸的电子结构尽量接近,即得到了用偶极子势模拟的水溶液分子对赖氨酸(Lys+)的等效势.计算结果显示,水溶液分子对赖氨酸电子结构的主要影响是使各能级整体上移了约0.5032eV,并使Fermi面上的能隙增大了89%.简单的偶极子势可以模拟水溶液分子对赖氨酸电子结构的影响.
- 李春杰郑浩平王雪梅
- 关键词：赖氨酸电子结构水分子
- 水溶液势对丙氨酸电子结构影响的模拟被引量：5
- 2008年
- 使用基于密度泛涵理论的第一性原理计算方法,模拟了水溶液对丙氨酸电子结构的影响并构造了偶极子等效势.计算过程分为三步:首先用"自由团簇计算法"计算了丙氨酸和水分子系统总能量最低的几何位形;然后基于这一位形,再由"团簇埋入自洽计算法"得到了水分子外势下丙氨酸的电子结构;最后用偶极子代替水分子,并重新计算了丙氨酸的电子结构.在第三步工作中通过调节偶极子使得丙氨酸电子结构与第二步中水分子外势下的电子结构尽可能地接近.计算结果表明,水溶液对丙氨酸电子结构的影响主要是使来自甲基的电子态升高了约0.14Ry,使其余各电子态升高了约0.059Ry,并使费米面上能隙变宽25%.偶极子势较好地模拟了水溶液对丙氨酸电子结构的影响.这将会有效地减少以后的计算量.
- 闫述郑浩平张甜
- 关键词：丙氨酸电子结构水溶液
