上海市科委重大科技攻关项目(073205109)
- 作品数：2 被引量：2H指数：1
- 相关作者：陈晓武施志仪程千千更多>>
- 相关机构：上海海洋大学上海水产大学更多>>
- 发文基金：上海市科委重大科技攻关项目上海市教育委员会重点学科基金博士科研启动基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 中华鲟铁蛋白基因cDNA全长克隆与组织表达分析(英文)被引量：2
- 2009年
- 根据铁蛋白基因的保守序列,搜索GenBank数据库中华鲟的EST数据库得到一条同源序列。通过RT-PCR的方法对该序列进行扩增,修改其测序错误,获得中华鲟铁蛋白亚基 cDNA 全长,经过注释提交 GenBank 数据库,获取序列登录号 EU348782。该 cDNA 长度为 896bp,包含 531bp 的完整编码区,推测编码的蛋白质为 176aa,分子量为 20339.9Mr,理论等电点为 5.66。它和大西洋鲑鱼铁蛋白序列同源性最高,达到 82.9%。该基因在中华鲟肝脏、胰脏、肌肉、脑、心脏、鳃和胃粘膜等多种组织表达,在胰脏和心脏中表达量较高,在肌肉组织中表达较低。根据同源模建的方法得到该蛋白质三维结构,其包括 5 个α螺旋和 10 个转角结构,和人、蛙和细菌的铁蛋白均能很好的叠合,表现了很高的相似性,表明该蛋白结构和功能在基因进化中的高度保守性。
- 陈晓武施志仪程千千
- 关键词：中华鲟铁蛋白生物信息学
- 中华鲟YY肽基因电子克隆表达与生物信息学分析
- 2008年
- 以日本鳗鲡的PYY基因cDNA序列为信息探针,搜索中华鲟EST文库,得到中华鲟PYY的EST序列,经过生物信息学分析。结果表明,此cDNA序列包含完整的开放读码框,所编码的蛋白质包含97个氨基酸,前28个氨基酸为信号肽,分子量为11.03kD,理论等电点为5.54。该蛋白序列和牙鲆、河豚以及斑马鱼的PYY肽同源性较高。其中36个氨基酸构成PAH结构域,由一个α螺旋结构和一个无规则卷曲区组成。包含中华鲟PYY在内的139条真核生物神经肽Y蛋白质序列比对结果显示,有6个氨基酸位点高度保守,其中有5个氨基酸位于α螺旋上,另外1个脯氨酸位于无规则卷曲区,提示α螺旋也可能起到重要作用。
- 陈晓武施志仪
- 关键词：中华鲟生物信息学
