上海市青年科技启明星计划(08QH14021)
- 作品数：9 被引量：56H指数：4
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- 相关机构：上海市农业科学院南京农业大学扬州大学更多>>
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- 一个新的葡萄抗逆转录因子VvERF2基因的In silico克隆及生物信息学分析
- 2008年
- ERF是植物所特有的一类重要的转录因子,广泛参与植物生长、发育以及多种生理生化反应的信号传导。本研究利用In silico克隆方法获得葡萄VvERF2基因,并利用生物信息学方法对该基因编码产物从氨基酸组成、理化性质、进化关系、二级及三级结构、功能等方面进行预测和分析。结果表明,VvERF2为亲水性蛋白,与其他物种的ERF在序列组成、结构及活性位点等方面均具有高度的一致性。
- 刘红锦高峰熊爱生彭日荷李贤蔡斌薛永付晓燕
- 关键词：ERF葡萄转录因子生物信息学
- 甘蓝型油菜沪油15中BnaRAV-2-HY15转录因子的克隆及表达分析被引量：7
- 2010年
- 基于拟南芥RAV类转录因子的序列,通过电子克隆的方法获得甘蓝型油菜的BnaRAV-2基因序列,再利用RT-PCR方法从甘蓝型油菜沪油15中扩增出编码RAV类转录因子基因BnaRAV-2-HY15,并进行了序列和进化分析。结果显示,该转录因子基因长1119 bp,编码372个氨基酸,含有相对保守的AP2结合域和B3结构域,具有典型的植物RAV类转录因子的结构特征。BnaRAV-2-HY15和AtRAV2具有相似的三维结构。采用半定量RT-PCR方法对基因表达水平进行分析,发现BnaRAV-2-HY15受到PEG、高盐和低温的诱导表达。BnaRAV-2-HY15基因在沪油15盛花和籽粒发育时期的根、茎、叶、花、蕾和荚中均检测不到明显的表达。
- 庄静Zhang Jian熊爱生周熙荣孙超才
- 关键词：转录因子克隆甘蓝型油菜
- 一个小麦AP2／ERF转录因子家族单独亚族基因的克隆及分析被引量：1
- 2009年
- AP2/ERF家族转录因子是植物中重要的一类转录因子,广泛参与植物各类生理过程。为了给该家族转录因子的深入研究提供基础,利用小麦EST数据库(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/UGOrg.cgi?TAXID=4565),以拟南芥AP2/ERF家族转录因子单独亚族成员AtAP2-Soloist的氨基酸序列为探针,搜索到一个小麦UniGene数据,经拼接得到1个全长cDNA序列(TaAP2-Solosit),通过RT-PCR方法从"扬麦15"的cDNA中克隆了该转录因子基因(YM15 AP2-Solosit)。克隆的转录因子核苷酸序列与电子克隆的序列只有1个碱基不同,两者编码氨基酸序列一致。从cDNA序列、氨基酸序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性/亲水性、进化树、功能域、二级和三级结构等方面进行了分析,结果显示"扬麦15"中的YM15 AP2-Solosit转录因子属于AP2/ERF家族中的单独亚族,是亲水性蛋白,在蛋白质的三级结构上与拟南芥的AtAP2-Soloist相似。EST丰度分析显示,YM15 AP2-Solosit在根、茎、叶和花中均有表达。
- 庄静陈建民彭日荷高峰朱波付晓燕ZHANG Jian熊爱生姚泉洪
- 关键词：小麦基因克隆
- 沪油15中两个AP2/ERF-B1亚族转录因子的克隆与分析被引量：16
- 2009年
- 利用油菜EST数据库,以拟南芥ERF-B1亚族转录因子序列为探针,电子克隆拼接得到2个cDNA序列(BnaERFB1-1和BnaERFB1-2),通过PCR和RT-PCR方法分别从甘蓝型油菜沪油15的DNA和cDNA中克隆了上述基因。克隆转录因子BnaERFB1-1-Hy15和BnaERFB1-2-Hy15与电子克隆的序列差异很小,分别只有2个和6个氨基酸位点不同,且都没有内含子。从cDNA序列、氨基酸序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性/亲水性、进化树、序列比对、功能域、二级和三级结构等方面进行了分析,结果显示,BnaERFB1-1-Hy15和BnaERFB1-2-Hy15转录因子属于AP2/ERF家族中的ERF-B1亚族,是亲水性蛋白,在蛋白质的三级结构上与拟南芥atERF7相似。EST丰度分析显示,BnaERFB1-1的表达主要集中在种子中,而BnaERFB1-2的表达则主要集中在分生组织中。
- 庄静彭日荷高峰付晓燕朱波金晓芬Jian Zhang熊爱生姚泉洪
- 关键词：转录因子克隆沪油15
- 八棱海棠中转录因子基因MrDREBA6的克隆及表达分析被引量：14
- 2009年
- DREB类基因是植物中重要的一类转录因子基因,其编码的产物广泛参与生长发育和各类生理过程。根据拟南芥和水稻DREB类基因序列,设计2个兼并引物,利用RACE法从八棱海棠cDNA文库中扩增出一编码DREB类转录因子的cDNA序列,命名为MrDREBA6。从cDNA序列、推测的氨基酸序列、进化树、功能域和分子结构模型进行预测和较为全面的分析,表明MrDREBA6属于DREB类转录因子的A6亚族,蛋白质三级结构与AtRAP2.4和AtERF1相似。荧光定量PCR分析MrDREBA6在各种处理下表达水平显示,MrDREBA6受到PEG、ABA、高盐和低温的诱导表达。另外,组织表达特异性检测表明,正常生长条件下MrDREBA6基因在叶中表达较高,在根和茎中的表达量略低。
- 付晓燕彭日荷章镇乔玉山周军朱波高峰田永生赵伟熊爱生姚泉洪
- 关键词：八棱海棠转录因子RACE荧光定量PCR
- 巨峰葡萄查尔酮合成酶基因4的克隆及表达特性的RT-PCR分析被引量：12
- 2010年
- 克隆了葡萄查尔酮合成酶基因4(CHS4),并采用半定量RT-PCR技术,以actin为内参,分析了CHS4在巨峰葡萄果实发育阶段不同组织的表达。对CHS4的序列分析表明:CHS4含有1个内含子,2个外显子;与CHS1、CHS2、CHS3在核苷酸水平的同源性分别为99.3%、92.6%和76.0%。半定量RT-PCR分析结果表明:CHS4在果皮、果肉、种子、叶片和根系中均有表达,在花后30d的果皮中表达强烈,随后迅速降低,到花后70d表达又增强;CHS4在花后30～45d的果肉中表达强烈,随后迅速降低;在花后45d的种子中也表达强烈,随果实发育,其表达逐渐下降。高温处理抑制CHS4在巨峰葡萄幼叶中的表达,但诱导CHS4在幼根的表达。
- 周军陶建敏彭日荷熊爱生蔡斌徐锦涛金晓芬张斌高峰高建杰章镇姚泉洪
- 关键词：巨峰葡萄克隆RT-PCR
- 油菜AP2／ERF家族转录因子的分离及其生物学功能被引量：4
- 2009年
- 油菜的生长发育受病害、干旱、高盐和低温等逆境胁迫的影响较大。油菜植株中很多被上述胁迫诱导而表达的基因,如产物能直接增强油菜对逆境抗性的功能基因,和产物为转录因子而作为信号转导调控其它基因的表达而间接提高抗性的调控基因。很多转录因子涉及到油菜逆境抗性,AP2/ERF是其中重要的一个家族。目前通过不同方法从不同种类的油菜中共克隆了24个AP2/ERF家族转录因子,属于ERF和DREB/CBF亚族。这些基因分别能够被低温、干旱、高盐、乙烯、ABA和茉莉酮酸酯诱导,并启动油菜中一些相关下游基因的表达,从而增强油菜的抗逆性能。本文综述了油菜中AP2/ERF家族转录因子的克隆、进化关系分析、空间结构及生物学功能。
- 庄静熊爱生彭日荷陈建民Jian Zhang朱波高峰付晓燕姚泉洪
- 关键词：转录因子基因克隆系统进化空间结构生物学功能油菜
- 巨峰葡萄VvHSP101基因的克隆与表达分析
- 巨峰葡萄在长江中下游地区由于受高温多雨影响,果实着色差、风味淡。HSP101基因属于HSP100基因家族,调节植物的生长发育,使植物获得耐热性。克隆并研究HSP101基因在巨峰葡萄中的表达,为今后开展葡萄抗高温育种具有重...
- 周军彭日荷熊爱生蔡斌陶建敏章镇姚泉洪
- 关键词：葡萄基因克隆半定量RT-PCR
- 文献传递
- 巨峰葡萄查尔酮异构酶(CHI)基因的克隆及表达特性的半定量RT-PCR分析
- 试验从一年生巨峰扦插苗中克隆了CHI基因,并采用半定量RT-PCR技术,以actin基因为内参,分析了CHI基因在巨峰葡萄果实不同发育阶段及组织的表达。对CHI基因的序列分析表明:CHI基因序列中含有3内含子,4个外显子...
- 周军彭日荷熊爱生蔡斌徐锦涛金晓芬陶建敏章镇姚泉洪
- 关键词：克隆半定量RT-PCR生物信息学巨峰葡萄
- 文献传递
- 油菜AP2/ERF-B4类转录因子克隆及表达载体的构建被引量：2
- 2008年
- 利用油菜UniGene数据库,以拟南芥转录因子保守序列为探针,通过电子克隆方法分离得到一个UniGene库Bna.17538,进一步序列拼接得到一个油菜AP2/ERF-B4亚族的转录因子BnaERFB4-1,长度为672 bp,并进行了相关的生物信息学分析.结果显示BnaERFB4-1是亲水性蛋白,蛋白质三级结构与拟南芥RAP2.6L非常相似,蛋白质无序化程度大于拟南芥RAP2.6L.设计引物通过PCR和RT-PCR方法分别从甘蓝型油菜沪油15幼苗的DNA和cDNA中分离了BnaERFB4-1基因,命名为BnaERFB4-1-Hy15.序列测定和分析显示,来源于沪油15的BnaERFB4-1-Hy15基因与电子克隆的基因序列差异很小,有3个氨基酸位点不同,存在一个内含子.将BnaERFB4-1-Hy15基因通过BamHⅠ和SacⅠ酶切后分别插入酵母表达载体YK3302和植物双元表达载体pYF1404的相应位置,构建了BnaERFB4-1-Hy15基因的酵母体内结合和植物转化载体,为深入研究该基因在油菜抗逆调控中的作用奠定了基础.
- 庄静熊爱生乔玉山章镇姚泉洪
- 关键词：转录因子RT-PCR生物信息学甘蓝型油菜沪油15
