国家林业局948项目(2010-G12)
- 作品数：1 被引量：5H指数：1
- 相关作者：李胜杰白俊杰于凌云蔡磊景燕娟更多>>
- 相关机构：上海海洋大学中国水产科学研究院珠江水产研究所更多>>
- 发文基金：引进国际先进农业科技计划公益性行业(农业)科研专项国家科技支撑计划更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 大口黑鲈两个亚种EST数据库分析被引量：5
- 2012年
- 应用新一代高通量测序技术Roche 454对大口黑鲈(Micropterus salmoides)北方亚种和佛罗里达亚种进行转录组测序并建立ESTs数据库,结果得到北方亚种ESTs序列468 671条,佛罗里达亚种ESTs序列332 322条,两亚种ESTs序列的平均长度分别为306.5bp和304.4bp。将得到的高质量序列进行拼接,大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种共得到contig序列总数分别为42 056条和35 743条,平均长度分别为612.6bp和588.2bp。将大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种的数据库合并,通过与蛋白数据库比对后,共78 938条EST序列被注释,根据Gene Ontology(GO)信息,对序列按照分子功能、细胞组成、生物学过程进行分类。通过对大口黑鲈合并的EST库信息进行大通量SSR和SNP位点的发掘,发现了含SSRs和SNPs的序列分别为25 469和8 547条。从EST数据库中随机选取75条contigs进行北方亚种和佛罗里达亚种的序列比较,结果表明两个亚种EST序列同源性为99.2%。
- 景燕娟白俊杰李胜杰于凌云蔡磊
- 关键词：大口黑鲈表达序列标签
