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国家现代农业产业技术体系建设项目(CARS-45-KXJ7)

作品数：18 被引量：84H指数：7
相关作者：陈大福梁勤郭睿熊翠玲郑燕珍更多>>
相关机构：福建农林大学学研究院更多>>
发文基金：国家现代农业产业技术体系建设项目国家自然科学基金福建省自然科学基金更多>>
相关领域：农业科学生物学更多>>

文献类型

  • 18篇中文期刊文章

领域

  • 15篇农业科学
  • 5篇生物学

主题

  • 18篇蜜蜂
  • 8篇蜜蜂幼虫
  • 8篇肠道
  • 7篇意大利蜜蜂
  • 7篇基因
  • 7篇RNA-SE...
  • 6篇中华蜜蜂
  • 6篇转录
  • 5篇球囊
  • 5篇转录组
  • 5篇表达基因
  • 4篇幼虫
  • 4篇蜜蜂球囊菌
  • 4篇SSR分子
  • 3篇差异表达基因
  • 2篇荧光
  • 2篇荧光定量
  • 2篇荧光定量PC...
  • 2篇侵染
  • 2篇转录组学

机构

  • 18篇福建农林大学
  • 1篇学研究院

作者

  • 15篇陈大福
  • 13篇梁勤
  • 11篇熊翠玲
  • 11篇郭睿
  • 10篇郑燕珍
  • 9篇徐细建
  • 7篇张璐
  • 5篇李江红
  • 5篇侯志贤
  • 4篇付中民
  • 3篇梁庆环
  • 2篇黄少康
  • 2篇苏欣
  • 2篇刘敏
  • 1篇郑志阳
  • 1篇席伟军
  • 1篇杨文静
  • 1篇李晓燕
  • 1篇张琦
  • 1篇杜宇

传媒

  • 4篇昆虫学报
  • 4篇环境昆虫学报
  • 3篇中国农业科学
  • 2篇浙江农业学报
  • 2篇中国蜂业
  • 1篇微生物学报
  • 1篇江苏农业科学
  • 1篇福建农林大学...

年份

  • 1篇2018
  • 10篇2017
  • 2篇2016
  • 3篇2014
  • 1篇2013
  • 1篇2012
共 18 条 记 录，以下是 1-10
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排序方式：
胁迫意大利蜜蜂幼虫肠道的球囊菌的转录组分析被引量：25
2017年
【目的】本研究旨在通过趋势分析对胁迫意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica(简称意蜂)幼虫肠道的球囊菌Ascosphaera apis的差异表达基因(DEGs)进行转录组分析。【方法】将纯化的球囊菌孢子配制为1×107孢子/m L的饲料饲喂意蜂3日龄幼虫,利用Illumina Hi Seq 2500平台对球囊菌胁迫的意蜂幼虫肠道c DNA进行测序,将过滤得到的有效读段(clean reads)映射(mapping)到核糖体数据库及意蜂参考基因组,最后将未映射上的reads映射到本课题组组装并注释的球囊菌参考转录组。利用STEM软件对DEGs进行趋势分析。利用WEGO软件对显著表达模式中的DEGs进行GO富集分析。利用Blastall对显著表达模式中的DEGs进行KEGG代谢通路富集分析。最后,通过对随机选取的6个DEGs进行RT-q PCR分析,对RNA-seq数据进行验证。【结果】球囊菌胁迫意蜂幼虫肠道样品的Illumina测序共得到球囊菌的25 454 076条原始读段(raw reads),经过滤得到24 909 820条clean reads,Q30均在93.46%以上。趋势分析结果显示,19 893个DEGs聚类为8个表达模式,其中有12 151个DEGs聚类为3个表现为显著上调趋势的表达模式。GO富集分析结果显示,表现上调趋势的DEGs富集在40个GO term,富集基因数最多的为细胞进程(cellular process)(2 601 unigenes),其次为代谢进程(metabolic process)(2 553 unigenes)和细胞(cell)(2 522unigenes)。KEGG代谢通路富集分析结果显示,上调趋势中的DEGs富集在119个代谢通路上,其中富集基因数最多的是核糖体(ribosome)(213 unigenes),其次为氨基酸生物合成(biosynthesis of amino acids)(154 unigenes)和内质网蛋白加工(protein processing in endoplasmic reticulum)(130unigenes)。共有48个DEGs富集在MAPK信号通路上,聚类分析结果显示,这些DEGs随着胁迫时间的延长表达水平逐渐增强。RT-q PCR结果显示,6个DEGs的表达水平变化趋势与RNA-seq数据一致,证明了本研究中的转录组数据真实可靠。【结论】本研�
陈大福郭睿熊翠玲梁勤郑燕珍徐细建黄枳腱张曌楠张璐李汶东童新宇席伟军
关键词：意大利蜜蜂RNA-SEQ差异表达基因
东方蜜蜂微孢子虫孢子冷冻保存后对意蜂工蜂的侵染性被引量：1
2014年
东方蜜蜂微孢子虫是成年蜜蜂的重要传染性病原真菌。试验对10%的甘油、乙二醇、二甲亚砜及水在-80℃低温下冷冻保存东方蜜蜂微孢子虫孢子5个月后,孢子对意蜂工蜂的侵染性进行了考查。每只初出房工蜂接种3×104个孢子,结果发现,接种后15天,各组的孢子量无显著差异(P>0.05),产孢量为3.05~4.13×107个/只。10%甘油和10%二甲亚砜2种保存孢子感染工蜂的22 d累计死亡率分别高达74%和68%,而水保存的累计死亡率仅12.5%。所以得出结论,10%甘油和10%二甲亚砜是比水更好的孢子冷冻保护剂。
游信毅叶坤婷应碧华苏欣梁勤黄少康
关键词：冷冻保护剂侵染工蜂意大利蜜蜂
意蜂群中不同日龄工蜂的东方蜜蜂微孢子虫感染差异比较
2014年
东方蜜蜂微孢子虫是蜜蜂中肠上皮细胞内专性寄生单细胞真菌,对蜜蜂健康有较大影响。2011年4-5月,对4群意大利蜂群中0日龄至30日龄工蜂中肠的微孢子虫感染情况进行了调查和比较,结果表明,5日龄以下工蜂中未检出,10日龄后,工蜂的感染率为13.8%,之后逐渐增加;20日龄后感染率极显著增加(P<0.01),平均感染率约70%,并持续维持在高感染水平。20及25日龄的感染蜂中,严重感染的工蜂比例极显著高于轻度感染的比例(P<0.01)。
游信毅叶坤婷苏欣应碧华陈沉思梁勤黄少康
关键词：意大利蜜蜂工蜂
蜜蜂球囊菌的参考转录组de novo组装及SSR分子标记开发被引量：25
2017年
【目的】通过RNA seq技术对纯培养的蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis孢子和球囊菌侵染的蜜蜂幼虫肠道组织进行测序,de novo组装球囊菌的参考转录组,并对其进行功能与代谢通路注释,进而基于该转录组数据开发球囊菌的SSR分子标记。【方法】首先通过差速离心获得活化的球囊菌孢子,配制含1×107孢子/m L的饲料饲喂4,5和6日龄的意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica幼虫和中华蜜蜂Apis cerana cerana幼虫,通过Illumina Hi SeqTM2500平台同时对上述蜜蜂幼虫肠道及纯化球囊菌孢子进行深度测序,原始数据过滤后通过Trinity软件组装得到unigenes,进而通过BLASTX比对NCBI Nr,Swiss-Prot,KOG和KEGG数据库对unigenes进行功能与代谢通路注释。利用MISA软件对所有unigenes进行SSR搜索,并利用Primer Premier 5软件设计SSR特异性引物,通过PCR对不同来源的球囊菌SSR位点进行扩增。【结果】本研究共获得146 135 308条高质量reads,de novo组装得到42 609个unigenes。BLASTX比对结果显示,29 316个unigenes在上述公共数据库中具有功能和代谢通路注释。注释到法夫酵母Xanthophyllomyces dendrorhous上的unigenes最多,达6 050个。KEGG注释结果显示,unigenes可注释到117个代谢通路,其中富集在核糖体(ribosome)上的unigenes数量最多(529)。所有unigenes中共预测到7 968个SSRs,通过PCR开发出5个球囊菌SSR分子标记。【结论】本研究成功组装球囊菌的参考转录组,并进行了功能与代谢通路注释,可为在分子水平深入研究球囊菌提供重要的参考信息。基于该转录组信息开发的5个SSR分子标记可推动菌株鉴定、基因图谱构建及基因定位等研究。
张曌楠熊翠玲徐细建黄枳腱郑燕珍骆群刘敏李汶东童新宇张琦梁勤郭睿陈大福
关键词：蜜蜂球囊菌RNASSR
基于RNA-seq数据大规模开发中华蜜蜂幼虫的SSR分子标记被引量：15
2017年
中华蜜蜂是东方蜜蜂的一个亚种,也是我国的特有蜂种。本研究基于已获得的中华蜜蜂幼虫肠道转录组数据预测SSR分子标记,并进行SSR位点的信息分析和SSR引物的发掘。利用MISA软件对幼虫肠道转录组中数据组装得到的43557条unigenes进行搜索,共预测出13448个SSR位点,它们分布于7763条unigene中,其中最主要的重复类型为二核苷酸重复(58.03%),其次为三核苷酸重复(28.23%)和四核苷酸重复(9.72%)。二核苷酸重复中的基序主要是AT/AT(占总量的30.4%)。对于所有的SSR位点,利用Primer Premier 5软件成功设计出21627对引物,随机选取48对引物对5个不同来源的中华蜜蜂幼虫肠道样品进行SSR位点扩增,共有15对成功扩增出符合预期的目的片段。研究结果表明利用转录组数据大规模开发中华蜜蜂幼虫的SSR引物是可行的,本研究开发出的SSR引物为研究中华蜜蜂分子遗传学奠定了基础。
熊翠玲张璐付中民王鸿权侯志贤童新宇李汶东郑燕珍陈大福郭睿
关键词：RNA-SEQ中华蜜蜂SSR分子标记
意大利蜜蜂6日龄幼虫肠道内球囊菌的差异表达基因分析被引量：5
2017年
为检测蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis)在胁迫意大利蜜蜂(Apis mellifera ligustica,简称意蜂)幼虫后期的基因表达谱,利用RNA-seq技术对纯培养的球囊菌孢子及球囊菌胁迫的意蜂6日龄幼虫肠道进行深度测序。通过比较处理组和对照组得到21 361个差异表达基因(DEGs),包括15 306个上调基因和6 055个下调基因。GO富集分析结果显示,上调基因富集于39个GO条目(term),基因富集数最多的为细胞进程(2 416unigenes)、细胞(2 408 unigenes)和细胞组件(2 408 unigenes);下调基因富集于38个GO term,基因富集数最多的为代谢进程(1 227 unigenes)、细胞进程(1 185 unigenes)和细胞(1 131 unigenes)。KEGG代谢通路富集分析结果显示,上调基因富集在119个通路,其中基因富集数最多的是核糖体(221 unigenes),其次为内质网中蛋白加工(190 unigenes)和内吞作用(177 unigenes);下调基因富集在113个通路上,基因富集数最多的是核糖体(144 unigenes),其次为RNA转运(113 unigenes)和氨基酸生物合成(108 unigenes)。进一步分析发现,富集在MAPK信号通路上的64个基因上调表达,说明该通路在球囊菌胁迫后期被激活。研究结果不仅为揭示球囊菌在胁迫意蜂幼虫后期的病原-宿主互作提供了重要信息,也为阐明球囊菌致病的分子机制奠定了基础。
杜宇熊翠玲史秀丽郑燕珍付中民徐细建陈大福郭睿
关键词：意大利蜜蜂差异表达基因RNA-SEQ
影响蜜蜂球囊菌侵染蜜蜂幼虫的因素及侵染过程观察被引量：20
2012年
为探究蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis只侵染封盖前后蜜蜂幼虫的原因及相关侵染机制,本研究利用实验室饲养的意大利蜜蜂Apis mellifera ligustica幼虫,给其接种球囊菌孢子,探究不同接种量(0,1.0×102,1.0×103,1.0×104,1.0×105和1.0×106孢子/mL)、接种时期(3,4,5和6龄幼虫)以及28℃低温处理6h对蜜蜂球囊菌侵染的影响。同时对处于不同侵染阶段的蜜蜂幼虫做病理学切片,探究球囊菌侵染的过程。结果显示:球囊菌孢子接种量与蜜蜂的发病率密切相关(r=0.9883),蜜蜂幼虫对低于1.0×103孢子/mL的侵染有抗性,与不接孢子的对照组差异不显著(P>0.05)。蜜蜂不同龄期接种发病率的差异是因不同龄幼虫食量不同导致的摄入孢子剂量的不同引起的,28℃低温处理能够显著提高处于幼虫到蛹转化期蜜蜂的发病率(P<0.05),而对取食阶段的蜜蜂幼虫没有影响。病理学研究表明,在整个幼虫期,摄入的孢子因中肠没有氧气不生长,对幼虫没有致病性,幼虫的取食和发育过程正常,至幼虫期结束进入蛹期后,蜜蜂的中后肠接通,摄入的孢子伴随蜜蜂的蛹便进入后肠并在此迅速萌发生长,在1～2d内菌丝即突破体表,导致蜜蜂死亡。蜜蜂球囊菌选择营养物质储存最多而防御能力较低的幼虫到蛹转化期侵染,降低了侵染成本,提高成功率。该研究阐明了蜜蜂球囊菌侵染蜜蜂的机制,丰富了昆虫与病原菌之间相互作用的内容。
李江红郑志阳陈大福梁勤
关键词：蜜蜂蜜蜂球囊菌意大利蜜蜂侵染
基于RNA-seq数据大规模挖掘蜜蜂球囊菌的SSR分子标记被引量：5
2017年
基于已获得的球囊菌转录组数据预测微卫星标记(SSR),并进行SSR位点的信息分析和SSR引物的挖掘.利用软件MISA对球囊菌转录组中42610条unigenes进行搜索,共预测出7968个SSRs,分布于5233条unigenes中,其中最主要的重复类型为三核苷酸重复(53.15%),其次为二核苷酸重复(32.32%)和四核苷酸重复(8.46%).二核苷酸重复中的基序主要是AG/CT(占总量的15.8%).针对所有的SSR位点,利用Primer Premier 5软件设计出6956对SSR特异性引物,随机选取20对引物对两个不同来源的球囊菌样品进行SSR位点扩增,共有6对引物成功扩增出符合预期的目的片段.研究结果表明,利用球囊菌转录组数据开发SSR引物是可行的.
李汶东熊翠玲王鸿权侯志贤童新宇张璐付中民郑燕珍陈大福郭睿
关键词：蜜蜂球囊菌微卫星标记转录组RNA-SEQ
王浆主蛋白MRJP7基因在意大利蜜蜂体内的表达被引量：3
2016年
王浆蛋白是蜂王浆生物功能的物质基础,是由王浆蛋白基因家族(mrjps)编码合成的。但部分家族成员如MRJP7在王浆中的含量极少甚至检测不到。基因功能与其在生物体内的时空表达特性相关,为探究mrjp7的生物学功能,本研究利用荧光定量PCR技术对mrjp7在不同发育时期的工蜂和成年工蜂、雄蜂和蜂王的不同组织部位的表达进行定量检测。结果显示mrjp7在成年雄蜂体内的表达水平最低,成年蜂王次之,且在它们的各不同组织部位之间的表达量差异较小。该基因在工蜂幼虫和蛹期的表达同样较低,但在羽化后9日龄前后的哺育蜂王浆腺和头部特异性高表达,这与哺育蜂分泌蜂王浆哺育幼虫和蜂王的功能是相适应的,该结果在转录水平上证实了mrjp7的营养功能,为进一步的研究和应用打下了理论基础。
李晓燕梁庆环杨文静梁勤李江红
关键词：蜜蜂转录表达荧光定量PCR
中华蜜蜂幼虫肠道参考转录组的de novo组装及SSR分子标记鉴定被引量：12
2017年
【目的】利用RNA seq技术对中华蜜蜂(Apis cerana cerana,简称中蜂)幼虫肠道参考转录组进行de novo组装,并进行功能及代谢通路注释,进而利用该转录组数据进行中蜂幼虫的SSR分子标记鉴定。【方法】实验室条件下饲养中蜂幼虫,将纯化的蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)孢子饲喂3日龄幼虫,剖取4、5和6日龄幼虫肠道,液氮速冻。将健康幼虫肠道与感染球囊菌的幼虫肠道同时进行Illumina测序。通过对raw reads的过滤得到clean reads,利用Trinity软件组装得到unigenes。通过BLASTx(E-value<10-5)比对NCBI Nr、Swiss-Prot、KOG和KEGG数据库,对unigenes进行功能和代谢通路注释。利用MISA软件对所有unigenes进行SSR搜索,并利用Primer Premier 5软件设计特异性SSR引物,通过常规PCR对来源于北京、辽宁兴城和四川成都的中蜂幼虫肠道样本进行SSR位点鉴定。【结果】中蜂幼虫肠道的RNA seq共得到35 670 000条reads,de novo组装得到43 557个unigenes,平均长度为898 nt。共有18 225个unigenes可被注释到上述公共蛋白数据库,单独注释到NCBI Nr、Swiss-Prot、KOG和KEGG数据库的unigenes数分别为3 899、443、37和10个。KOG注释结果显示,11 442条unigenes分布于25个基因家族,其中注释到RNA加工和修饰家族的基因数最多,达1 249个。9 679个unigenes的GO分类结果显示,在生物学进程分类中,注释到细胞进程的基因最多,达4 201个,在分子功能和细胞组分类中,注释到结合与细胞的基因数最多,分别为4 935和2 900个。4 517个unigenes可注释到KEGG数据库中的216个代谢通路,注释到核糖体的基因数最多,达385个。利用MISA软件,可在7 763个unigenes搜索到13 448个SSR位点,随机选取20对SSR引物对国内3个不同来源的中蜂幼虫肠道样本的SSR位点进行扩增,有6对引物可鉴定出SSR分子标记。【结论】成功组装并注释了中蜂幼虫肠道参考转录组,可为中蜂及其幼虫的分子生物学及组学
徐细建郭睿骆群熊翠玲梁勤张串联郑燕珍张曌楠黄枳腱张璐李汶东陈大福
关键词：中华蜜蜂UNIGENESSR
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