公共文化服务平台

广西海洋生物技术重点实验室主任基金: 作品数：11 被引量：39H指数：4; 相关作者：宋忠魁聂振平王芳宇蔡小辉孙奉玉更多>>; 相关机构：广西海洋研究所衡阳师范学院钦州学院更多>>; 发文基金：广西壮族自治区科学研究与技术开发计划广西省自然科学基金广西壮族自治区自然科学基金更多>>; 相关领域：农业科学生物学环境科学与工程更多>>

一种新的获取海洋贝类基因组DNA的取样方法: 2010年; [目的]探讨一种新的获取海洋贝类基因组DNA的取样方法,为开展珍稀贝类的分子生物学研究提供参考。[方法]以文蛤、栉江瑶、翡翠贻贝、香港巨牡蛎、毛蚶为供试材料,以闭壳(合)肌全基因组DNA作为参考,采用常规酚-氯仿法抽提贝类贝腔液基因组DNA,使用生物光度计法、琼脂糖凝胶电泳、目的片段扩增测序验证其质量,并建立系统发育树检测其来源的真实可靠性。[结果]采用常规酚/氯仿基因组DNA提取方法获得的贝腔液DNA质量优于闭壳(合)肌DNA,蛋白质、多酚色素污染较少,完全满足目的片段扩增测序;系统发育进化树则证实了贝腔液并非外源污染。[结论]从贝腔液中获取基因组DNA是完全可行的,并可将其用于目的基因片段的扩增。; 彭银辉王芳宇蔡小辉宋忠魁; 关键词：基因组DNA 系统发育进化树

拟穴青蟹(Scylla paramamosain)微卫星位点开发-基于(AG)12探针杂交被引量：1: 2013年; 采用FIASCO(Fast Isolation by AFLP sequences containing repeats)技术和磁珠富集方法开发拟穴青蟹微卫星位点。结果表明,400bp以下长度的序列含微卫星的概率超过400bp以上长度的序列;从二碱基重复类型到五碱基重复类型,完美型微卫星的概率在增加。利用设计的28对引物扩增一个供试群体,其中12对引物能稳定扩增且片段大小基本符合理论长度,10个微卫星位点表现出高度多态性,9个微卫星位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),两组两两位点间存在连锁不平衡现象(P<0.0042,经Bonferroni法校正)。Micro-checker分析揭示其中的5个微卫星位点可能存在无效等位基因。排除混合微卫星位点的引物对以及扩增位点PIc值在0.5以下的引物对,8对引物能用于拟穴青蟹群体遗传学等研究。; 宋忠魁聂振平谢达王芳宇; 关键词：磁珠富集法拟穴青蟹微卫星

拟穴青蟹(CA)_n微卫星DNA多态性引物筛选被引量：2: 2013年; 利用FIASCO(Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats)技术建立拟穴青蟹Scylla paramamosain基因组文库,并与生物素标记的(CA)15寡核苷酸探针杂交,联合磁珠富集法构建拟穴青蟹微卫星富集文库。测序194个阳性菌落,分析其中的150条序列,结果表明:两碱基重复类型占90%以上,其中重复拷贝数在30以上的占27.45%;含微卫星座位189个,其中完美型146个、非完美型28个和复合型15个。设计125对引物扩增一个拟穴青蟹野生群体(含20个个体),其中的19对引物能稳定扩增且片段大小基本符合理论长度。遗传变异分析表明,17个位点表现出高度多态性,16个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05),4组两两位点间存在连锁不平衡现象(P<0.0026,经Bonferroni法校正),7个微卫星位点可能存在无效等位基因。若排除混合微卫星位点的引物对以及扩增位点PIC(polymorphism information content)值在0.5以下的引物对,则13对引物能用于拟穴青蟹群体遗传学等研究。; 宋忠魁聂振平王芳宇; 关键词：SEQUENCES 磁珠富集法

北部湾拟穴青蟹(Scylla paramamosain)群体遗传结构及其扩张分析被引量：5: 2012年; 利用线粒体16SrRNA基因片段分析北部湾拟穴青蟹群体遗传结构及其扩张历史。结果表明,16SrRNA基因片段长度在521—523bp之间,6个拟穴青蟹群体具21种单倍型。群体总体水平的单倍型多样性(h)和核甘酸多样性(π)分别为0.6259和0.001851。群体间遗传距离与地理距离之间无相关性。群体间遗传分化系数(Gst)在0.02008—0.04362之间,基因流(Nm)值在5.48—12.20之间。AMOVA分析表明,群体间遗传变异占0.1%,群体内遗传变异占99.9%。群体间固定指数(Fst)的绝对值在0.00026—0.02977之间,暗示群体间没有产生遗传分化。单倍型邻接树和单倍型中介网络图显示,单倍型没有按采样地形成谱系分支。中性检验和错配分析揭示,北部湾拟穴青蟹群体在历史上经历过群体扩张。群体扩张时间大致在更新世晚期的0.04698—0.01879MY前或0.04520—0.01808MY前。; 宋忠魁李梦芸聂振平孙奉玉赵鹏苏琼; 关键词：拟穴青蟹 RRNA基因

广西茅尾海常见牡蛎的分子鉴定被引量：9: 2010年; 应用COⅠ条形码技术鉴定广西茅尾海的3种常见牡蛎,其俗名分别是"白眼蚝"、"红眼蚝"和"蚝砺"。研究结果表明,茅尾海3种牡蛎应归属牡蛎科(Ostreidae)、巨蛎属(Crassostrea),其中"白眼蚝"是香港巨牡蛎(C.hongkongensis)、"红眼蚝"是有明巨牡蛎(C.ariakensis)、"蚝砺"是Kumamoto牡蛎(C.sikamea)。研究验证了已开发的多重PCR技术能对3种牡蛎进行快速鉴定,并揭示香港巨牡蛎是茅尾海优势种,基本上澄清了与"近江牡蛎"相关的俗名问题。; 宋忠魁蔡小辉童潼杨家林; 关键词：牡蛎 CO 分子鉴定

广西沿海及其邻近海区拟穴青蟹群体遗传多样性的RAPD分析被引量：5: 2012年; 采用随机扩增多态DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)技术检测广西沿海及其邻近海区拟穴青蟹(Scylla paramamosain)6个地理群体的遗传变异和遗传结构,8条10 bp寡核苷酸随机引物扩增99个个体,分析其中的44个位点,31个位点表现出多态性,在种水平的多态位点百分率为70.45%。POPGENE分析结果显示,6个群体的多态位点百分率为29.55%～54.55%,平均为36.97%;群体的遗传多样性自高至低排列为钦州湾群体>党江群体>珍珠湾群体>闸口群体>清化群体>流沙湾群体;群体内的遗传变异大于群体间的遗传变异,群体间的遗传分化程度较大。AMOVA分析显示,群体内遗传变异占87.03%,群体间遗传变异占12.97%,群体间发生中等程度遗传分化。Mantel检测结果表明,拟穴青蟹6个群体间的遗传距离与地理距离之间的相关性不显著。聚类分析表明,群体间聚类无明显的地域性分布格局。; 孙奉玉宋忠魁赵鹏聂振平苏琼王芳宇; 关键词：拟穴青蟹 RAPD 遗传分化

广西茅尾海2种养殖牡蛎重金属含量评价被引量：11: 2011年; [目的]监测广西茅尾海2种养殖牡蛎重金属含量,评价其食用安全程度和养殖环境质量。[方法]以微波消解法消解样品,联合使用等离子体质谱仪和等离子体发射光谱仪测定广西茅尾海的有明巨牡蛎(Crassostrea ariakensis)和香港巨牡蛎(C.hongkongensis)的Cu、Zn、Cd、Cr、Hg、As、Se和Pb共8种重金属的含量。使用5类评价标准并结合采用单项质量指数法和综合质量指数法进行评价。[结果]茅尾海2种牡蛎重金属污染严重,食用价值受到严重威胁。[结论]当前无公害海水养殖用水水质评估和海洋生物质量评估标准有待修订。; 宋忠魁; 关键词：牡蛎重金属

“近江牡蛎”富集茅尾海重金属被引量：2: 2010年; 香港巨牡蛎和有明巨牡蛎曾一度被误认为是"近江牡蛎"。联合使用ICP-MS和ICP-AES方法测定香港巨牡蛎与有明巨牡蛎的Cr、Hg、As、Se、Pb、Cu、Zn、Cd等8种重金属含量。结果表明:除As以外,香港巨牡蛎与有明巨牡蛎累积重金属的量不呈显著性差异,香港巨牡蛎金属污染指数略高于有明巨牡蛎;考虑时间尺度,香港巨牡蛎在自然条件下积累Zn、Hg、Cu,但不积累Cr、As、Se、Pb、Cd等重金属。; 宋忠魁谢涛董兰芳蒋天成龙智翔; 关键词：近江牡蛎重金属

北部湾6个拟穴青蟹群体遗传多样性的ISSR分析被引量：3: 2012年; 应用ISSR标记技术分析来自北部湾的拟穴青蟹6个地理群体(清化、党江、钦州湾、流沙湾、珍珠湾、闸口)的遗传变异和遗传结构,8条ISSR引物扩增111个个体,分析其中的66个位点,56个位点表现出多态性,表明拟穴青蟹在物种水平上的多态位点百分率是84.85%。拟穴青蟹6个群体的多态位点百分率为51.52%～63.64%,平均为57.58%。群体的遗传多样性按自高至低顺序排列为清化群体>党江群体>钦州湾群体>流沙湾群体>珍珠湾群体>闸口群体。拟穴青蟹在种水平或群体水平上的多态位点百分率和Shannon信息指数表明,拟穴青蟹遗传多样性在甲壳类动物中处于较高层次,但比甲壳类以外的几类经济海产动物遗传多样性低。总的遗传分化系数GST值为0.1841,表明,总遗传变异的绝大部分存在于群体内,群体间的遗传分化程度较大。但是,绝大部分两两群体间的遗传分化系数值在0.0689～0.1276,为中等程度的遗传分化。AMOVA分析表明,群体内遗传变异占87.97%,群体间遗传变异占12.03%,群体间遗传分化程度中等但分化显著。Manteltest结果表明,拟穴青蟹6个群体间的遗传距离与地理距离之间的相关性不显著。聚类分析表明,来自广西沿海的4个群体聚成一支。; 宋忠魁孙奉玉李梦芸赵鹏聂振平苏琼; 关键词：拟穴青蟹 ISSR 遗传分化

一种新的获取海洋贝类基因组DNA的取样方法(摘要)(英文)被引量：1: 2010年; [目的]探讨一种新的获取海洋贝类基因组DNA的取样方法,为开展珍稀贝类的分子生物学研究提供参考。[方法]以文蛤、栉江瑶、翡翠贻贝、香港巨牡蛎、毛蚶为供试材料,以闭壳(合)肌全基因组DNA作为参考,采用常规酚-氯仿法抽提贝类贝腔液基因组DNA,使用生物光度计法、琼脂糖凝胶电泳、目的片段扩增测序验证其质量,并建立系统发育树检测其来源的真实可靠性。[结果]采用常规酚/氯仿基因组DNA提取方法获得的贝腔液DNA质量优于闭壳(合)肌DNA,蛋白质、多酚色素污染较少,完全满足目的片段扩增测序;系统发育进化树则证实了贝腔液并非外源污染。[结论]从贝腔液中获取基因组DNA是完全可行的,并可将其用于目的基因片段的扩增。; 蔡小辉宋忠魁彭银辉王芳宇; 关键词：基因组DNA 系统发育进化树

广西海洋生物技术重点实验室主任基金

文献类型

领域

主题

机构

作者

传媒

年份

用户反馈

广西海洋生物技术重点实验室主任基金

文献类型

领域

主题

机构

作者

传媒

年份

用户登录

用户反馈