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青花菜抗病防卫基因BoSGT1的克隆、序列分析与诱导表达被引量：4: 2015年; SGT1参与了细胞周期、逆境反应、蛋白质泛素化和信号转导等过程,在植物抗病反应中起着重要作用.以青花菜（Brassica oleracea var.italica）为材料,克隆到SGT1基因,命名为BoSGT1,其基因组DNA和编码区全长分别为2 007和1 068bp,具有9个内含子;BoSGT1编码了355个氨基酸,编码蛋白含3个TPR、1个CS和1个SGS结构域.BoSGT1与14个SGT1的序列相似性为60%-87%,其中与拟南芥SGT1b的相似性最高;SGT1间的遗传距离为0.003-0.486,BoSGT1与血红老鹳草SGT1、拟南芥SGT1a及SGT1b聚为一组,与其他物种SGT1的关系相对较远,在进化树上处于不同分支.BoSGT1的表达受霜霉菌（Hyaloperonospora parasitica）和核盘菌（Sclerotinia sclerotiorum）的诱导,在霜霉菌侵染下,6,12和24h的表达量增加;在核盘菌诱导下,6,12,24和36h的表达量增加,暗示BoSGT1的表达与霜霉病及菌核病的抗病反应有关.BoSGT1的克隆和表达分析为进一步研究其功能奠定了基础。; 蒋明张志仙潘小翠管铭; 关键词：青花菜抗病基因克隆基因表达

大白菜WRKY转录因子的全基因组鉴定与分析被引量：5: 2013年; WRKY转录因子是一类重的调控分子，在高等植物中以基因家族的形式存在。试验以大白菜基因组数据为材料，利用生物信息学手段对WRKY转录因子进行了全基因组鉴定与分析。结果表明，大白菜至少有134个WRKY转录因子，蛋白序列长度为143～1082；基因组DNA全长880—9099bp，具1～15个内含子。染色体定位结果表明，10条染色体上均有WRKY转录因子基因的分布，A3染色体上最多（26），A10染色体分布最少（4）。大白菜WRKY转录因子可分为3大类，I类、Ⅱ类和Ⅲ类的数量分别为27，83和24，它们处于进化树的不同分支。除保守的WRKYGQK和常见变异序列WRKYGKK外，新发现WRKDGQK，WRKNGQK和WMKYGQK等3种WRKY结构域类型。; 蒋明苗立祥张豫超管铭潘小翠; 关键词：大白菜 WRKY转录因子全基因组

青花菜转录因子基因BoWRKY2的克隆与表达分析被引量：2: 2015年; 以青花菜为材料,克隆到1个WRKY转录因子基因Bo WRKY2,在序列分析的基础上,利用反转录聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)检测其在核盘菌和霜霉菌侵染下的表达模式.结果表明:Bo WRKY2的基因组全长为1 507 bp,具有2个内含子,编码区全长为987 bp;Bo WRKY2编码328个氨基酸,具有1个WRKYGQK残基和C-X5-C-X23-H-X1-H锌指结构,WRKY结构域与甘蓝型油菜的最为相似,仅存在1个氨基酸残基的差异.进化分析结果表明,Bo WRKY2与同为十字花科的甘蓝型油菜、拟南芥、深山南芥、荠菜和盐芥聚为一组,支持率达97%.RT-PCR结果表明,Bo WRKY2的表达受霜霉菌和核盘菌的诱导,二者的表达模式相似,在6 h和12 h时表达量增加,但在24 h后下降,暗示Bo WRKY2与2种病菌的早期抗性反应相关.; 蒋明陈贝贝管铭李金枝黄笑梅顾云吉; 关键词：青花菜 WRKY转录因子克隆基因表达抗病

二穗短柄草WRKY基因家族成员的鉴定和分析被引量：2: 2012年; WRKY转录因子以基因家族形式存在,在植物生长、发育和逆境反应中起着重要作用。二穗短柄草是大麦、小麦和禾本科牧草的模式植物,为了给基因表达和功能鉴定奠定基础,本研究利用生物信息学方法鉴定和分析其WRKY转录因子。结果表明,二穗短柄草有76个WRKY基因,它们具有0～6个内含子,编码区全长396～2 847 bp,基因分布在5条染色体上;进化分析结果表明,二穗短柄草WRKY在系统发生树上聚为3组,分属于I、II和III类转录因子;核心序列除WRKYGQK外,还有WKKYGQK、WRKYGKK、WRKY-GEK、WRKYGQT和WKKYGPK等多种变异类型;锌指模体也存在多种变异,它们是C-X4-C-X21-H-X1-H、C-X3-C-X22-H-X1-H、C-X7-C-X28-H-X1-C、C-X7-C-X24-H-X1-C、C-X7-C-X26-H-X1-C、C-X6-C-X24-H-X1-C、C-X7-C-X33-H-X1-C、C-X6-C-X32-H-X1-C和C-X7-C-X32-H-X1-C。; 蒋明尹龙飞张志仙余沁欣罗礼礼; 关键词：二穗短柄草 WRKY 基因家族

青花菜种质资源遗传多样性的ISSR分析被引量：8: 2014年; 利用ISSR分子标记技术,对来自国内外的33个青花菜(Brassica oleracea var.italica)材料进行遗传多样性研究。从100条通用ISSR引物中筛选出15条用于PCR扩增,共得到可重复的211条清晰谱带,其中多态性谱带180条,多态性条带比率(PPB)为85.31%,平均Nei's基因多样性指数与Shannon's信息指数为0.332 7和0.487 7;材料间遗传距离范围为0.09～0.45,平均0.28;聚类分析表明,33份青花菜种质可分为4组,没有明显的地域分布规律。结果表明,ISSR标记可用于青花菜种质的分子鉴定;青花菜供试材料具有一定的遗传多样性。; 王岚朱熠鹏蒋明楼潇潇赵罗鹏朱柯柯管铭; 关键词：青花菜种质资源

二穗短柄草CCCH型锌指蛋白基因家族成员的鉴定和分析被引量：1: 2013年; CCCH型锌指蛋白基因以基因家族的形式存在，在信号转导调控、形态发生和逆境应答等诸多生物学过程中起着重要作用。为给该基因的克隆及功能研究提供参考信息，本研究针对二穗短柄草的基因组序列，运用多种生物信息学方法在全基因组范围对CCCH型锌指蛋白基因进行了鉴定分析。结果表明，二穗短柄草共有61个含CCCH基序的蛋白质，它们的基因 DNA序列全长825~13 288 bp，内含子数量0~13个，编码区全长498~4 944 bp，编码165~1 007个氨基酸；共检测到145个CCCH基序，以C X8 C X5 C X3 H和C X7 C X5 C X3 H最为常见；基因不均等地分布在5条染色体上，其中2号染色体分布最多，有21个，5号染色体分布最少，仅4个；系统发育分析表明，61个成员可分为8组。; 蒋明余沁欣李金枝柯世省陈珂珺; 关键词：二穗短柄草基因家族

核盘菌和灰葡萄孢菌CCCH锌指蛋白基因的鉴定和比较分析被引量：1: 2013年; CCCH锌指蛋白(zinc finger proteins)广泛分布于动物、植物和微生物之中,在RNA代谢过程中起着重要作用,通过鉴定核盘菌和灰葡萄孢菌Zf基因,为基因克隆、表达分析和功能研究奠定基础。本研究以核盘菌和灰葡萄孢菌全基因组序列为材料,运用生物信息学的手段开展Zf基因的全基因组鉴定和分析。经分析,核盘菌和灰葡萄孢菌各有11个Zf基因,它们的开放性阅读框全长分别为633～3741bp和633～3486bp;共检测到55个CCCH锌指基序,以C-X7-C-X5-C-X3-H(22个)和C-X8-C-X5-C-X3-H(21个)最为常见,其中C-X8-C-X6-C-X3-H和C-X7-C-X6-C-X3-H为2种新发现的基序类型;进化分析结果表明,22个Zf基因聚为4组,除SS1G_13631、SS1G_09360、BC1T_00310和BC1T_05217外,核盘菌和灰葡萄孢菌的Zf基因分别位于不同的小分支,该结果与Zf基因的基因结构、基序数量和分布情况一致。; 蒋明管铭潘小翠张金国胡佳渭; 关键词：核盘菌灰葡萄孢菌基因组

结球白菜和拟南芥防御素基因的鉴定与比较分析被引量：3: 2013年; 植物防御素是一类富含半胱氨酸的小分子蛋白,在抗病反应中起着重要作用。本研究以结球白菜和拟南芥基因组序列为材料,利用生物信息学手段进行基因鉴定、染色体定位和进化分析。结果表明,结球白菜有11个防御素基因成员,数量少于拟南芥(15个),基因组DNA全长183～637 bp,开放阅读框全长183～363 bp;除结球白菜Bra029208序列外,其余防御素基因均有1个内含子;基因定位结果表明,一些基因成簇分布,推测由串联重复所致,拟南芥的3号、结球白菜的1、4、5和10号染色体均没有防御素基因的分布;进化分析结果表明,26个防御素成员可分为三大类,Ⅰ类有10条序列,Ⅱ类13条,Ⅲ类最少,仅3条。; 蒋明张志仙钱宝英李金枝; 关键词：结球白菜防御素基因染色体定位进化分析

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浙江省公益性技术应用研究计划项目(2012C32011)

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