国家自然科学基金(20975113) 作品数:4 被引量:21 H指数:3 相关作者: 周国华 成思佳 初亚男 马寅姣 崔仑标 更多>> 相关机构: 中国药科大学 江苏省疾病预防控制中心 南京大学 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 江苏省科技支撑计划项目 中央高校基本科研业务费专项资金 更多>> 相关领域: 医药卫生 农业科学 生物学 更多>>
全血直接扩增结合焦磷酸测序法测定亚甲基四氢叶酸还原酶基因多态性 被引量:7 2012年 亚甲基四氢叶酸还原酶基因677C>T和1298A>C两个位点的多态性与临床常用抗肿瘤药物甲氨喋呤及氟尿嘧啶的作用密切相关,对这两个位点多态性的检测能指导临床合理用药。为进一步缩短检测时间,降低检测成本,本研究建立了基于全血直接PCR的焦测序检测方法,采用"HpH Buffer"直接扩增全血模板,仅需1μL全血样本即可对两个位点进行高效扩增。扩增产物经碱变性法制备单链模板后进行焦磷酸测序,经过条件优化,仅需5μL扩增产物和1μL微球即可完成高灵敏的焦测序反应。为验证方法的准确性,检测了12例临床样本,均能正确检测两个位点的基因多态性。本研究为临床基因多态性检测提供了一种操作简便,耗时短,成本低,准确度高的方法,本方法可用于指导甲氨喋呤和5-氟尿嘧啶的个体化用药。 刘云龙 陈之遥 武海萍 周国华关键词:亚甲基四氢叶酸还原酶基因 基因分型 焦磷酸测序 可视化等温扩增法快速筛查并分型禽流感病毒 被引量:4 2011年 目的:建立一种通用筛查禽流感病毒及其3种亚型的快速核酸检测方法。方法:对20例已知样本扩增禽流感病毒共有的M基因上的一段保守序列快速筛查并确定是否为禽流感病毒,扩增禽流感病毒(H5N1,H7N7,H9N2)3种亚型特异性HA基因上一段序列鉴定禽流感病毒的基因型。采用环介导等温扩增法检测核酸,用肉眼观察双链嵌合染料SYBR Green I荧光显色信号强度。结果:3种禽流感病毒亚型的检测灵敏度均为10拷贝/管,3组引物间无非特异性扩增。18例阴性,2例阳性,准确性及特异性均为100%。结论:建立的核酸检测方法适合现场快速检测禽流感病毒及其3种亚型。 初亚男 成思佳 梁超 周国华关键词:禽流感病毒 环介导等温扩增 H5N1亚型 H9N2亚型 重组大肠杆菌单链结合蛋白性质表征及其在提高焦磷酸测序准确性中的应用 被引量:1 2011年 利用基因工程手段表达了分子量约为24 kDa的重组大肠杆菌单链结合蛋白(r-SSBP),通过凝胶阻滞电泳与DNA熔解温度(Tm)影响实验表征了r-SSBP与单链DNA(ssDNA)结合的特性,结果表明,r-SSBP可以与ssDNA结合,并且能够降低DNA的Tm值,同时还能增大含有单个错配碱基的DNA与完全匹配的DNA的Tm值差异,这一特性在提高单核苷酸多态性检测的特异性方面具有潜在的应用价值。此外,将r-SSBP应用于本课题组开发的高灵敏度焦磷酸测序体系中测定已知序列ssDNA模板,结果表明,r-SSBP能够有效降低非特异信号,改善信号峰比例,提高焦测序的准确度,为完善高灵敏度焦磷酸测序体系奠定了基础。 王建平 邹秉杰 陈之遥 马寅姣 徐澍 周国华关键词:大肠杆菌 焦磷酸测序 单管高灵敏度等温扩增技术快速检测甲型H1N1流感病毒 被引量:11 2011年 建立了单管逆转录环介导等温扩增法(RT-LAMP)快速检测甲型H1N1流感病毒的方法。针对甲型H1N1流感病毒的M基因和HA基因的保守区,设计了两组特异性引物,分别用于筛选甲型流感病毒及鉴定甲型H1N1流感病毒。对反应体系中的关键因素进行优化,反应结果可直接通过浊度或者SYBR GreenⅠ荧光进行判定。本方法最低可检测到10拷贝/管的甲型H1N1流感病毒。为验证方法的可行性,对30例临床样本进行了检测,与美国疾病控制与预防中心(CDC)的TaqMan方法进行对比,检测的灵敏度和特异性分别为92%和100%。本方法实现了单管快速检测甲型H1N1流感病毒,为甲型H1N1流感病毒的现场检测提供了新方法。 成思佳 陈之遥 初亚男 崔仑标 史智扬 马寅姣 周国华关键词:甲型H1N1流感病毒 SYBR