国家自然科学基金(60803030)
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
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- 冷冻电镜三维重构在CPU-GPU系统中的并行性
- 2011年
- 为了有效地发掘和利用异构系统在应用和体系结构上的并行性,以冷冻电镜三维重构为例展示如何利用应用程序潜在的并行性.通过分析重构计算所有的并行性,实现了将动态自适应的划分算法用于任务在异构系统上高效的分发.在曙光星云系统的部分节点系统(32节点)上评估并行化的程序性能.实验证明:多层次的并行化是CPU与GPU异构系统上开发并行性的有效模式;CPU-GPU混合程序在给定问题规模上相对单纯CPU程序获得2.4倍加速比.
- 李兴建李临川谭光明张佩珩
- 关键词：冷冻电镜
- GPU机群系统上加速EMAN(英文)被引量：1
- 2010年
- 近年来,高质量的三维重构对计算机系统的计算能力提出越来越高的需求。EMAN是对冷冻电子显微镜拍摄出来的图像进行单颗粒三维重构的流行软件包。由于GPU显示出优于CPU的性能水平,在GPU机群系统上对EMAN进行加速将有可能取得较好的效果。首先,有必要调查EMAN在计算方面的特点,包括计算密度,访存情况和并行潜力。结果显示其在GPU体系结构上有获得较高性能的潜力。然后,根据此特点完成一款并行EMAN软件,使用CUDA和MPI对EMAN实施不同粒度的并行处理。在一个拥有16颗Intel6核处理器的机群系统上,用8颗FermiGPU加速后的EMAN(CUDA-EMAN)相比于仅使用CPU的并行EMAN程序获得了2.5倍的加速比,也就是1颗FermiGPU相比一个Intel6核处理器可对EMAN加速5倍。
- 李兴建谭光明郭子昱
- 关键词：GPUCUDA
