国家自然科学基金(30971480)
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- 基于Java3D的蛋白质相互作用网络成像软件
- 2011年
- 蛋白质-蛋白质相互作用网络三维呈现对于蛋白质组学的进一步研究有着重要的促进作用。本文利用Java6.0开发工具包,设计了一个蛋白质相互作用网络显示的软件(Protein-Protein Interaction Network Expandor,简称PINE)。PINE从目前三个常用的蛋白质相关数据库中提取信息,经整合后将蛋白质的综合信息呈现给用户。在二维相互作用网络图的基础上,利用Java3D绘制了三维蛋白质相互作用网络图。此外,PINE还引入三维立体双图,增强了网络图的立体层次感。
- 金鼎立答亮冯铁男王翼飞
- 利用提升小波的蛋白质相互作用特征提取
- 2011年
- 利用提升小波从蛋白质序列中提取出它们相互作用的频谱特征,经支持向量机训练学习后,用于预测蛋白质间的相互作用.模拟计算结果表明,在阳性数据和阴性数据平衡的前提下,利用提升小波获取的低维蛋白质相互作用特征向量可以得到较高预测精度.进一步阐述了不同物种的蛋白质相互作用网络有着不同特征,为了得到更准确的预测结果,需要利用不同的方法提取蛋白质相互作用的特征.
- 冯铁男答亮金鼎立王翼飞
- 关键词：提升小波蛋白质相互作用
- 基于提升小波的基因芯片数据的分类预测
- 2014年
- 针对肿瘤的早期诊断,提出了一种基于提升小波变换的特征提取的方法,对肿瘤数据样本进行分析鉴别.该方法利用提升小波变换对190例肝癌(包括对照)和107例肺癌(包括对照)基因表达谱芯片数据进行处理后,提取信号的低频信息,经支持向量机训练学习,构造分类器模型,用于癌和非癌样本的区分甄别.实验结果表明,经提升小波变换提取的特征基因,送入分类器中能得到较高的分类率,且在支持向量机中选取线性核函数或径向基函数都能达到较好的分类效果.通过随机选取的20例基因表改谱芯片样本,对所建立的模型进行了测试,获得了很好的效果,因此,本文提出的方法对肿瘤的诊断有一定的应用意义.
- 凌玲衣娜王翼飞
- 关键词：提升小波支持向量机核函数
- 生化反应系统的加速τ-Leap模拟算法
- 2011年
- 该文重新定义了临界反应,以更合理地界定可能出现负分子组分的反应.在此基础上提出了加速τ-leap算法,使系统中某些反应物数目较少时也可以采用τ-leap方法进行模拟,同时提高了模拟速度.以两个生化反应系统模型为例,分别用精确的随机模拟算法、修正τ-leap算法和加速τ-leap算法进行模拟运算,结果表明加速τ-leap算法在保证精度的同时能有效提高模拟速度.
- 衣娜庄刚王翼飞
- 关键词：随机模拟算法生化反应系统
- 多重时滞生化反应系统的MD-Leaping算法
- 2013年
- 针对多重时滞生化反应系统,提出MD-Leaping模拟算法,该算法能快速有效地刻画封闭系统中生化反应的进程和结果.相较于D-Leaping算法,针对单时滞反应建立以反应序列为主体的四元结构体,该算法通过对多重时滞反应系统建立以不同时滞时间为主体的四元结构体,使得在每一个跳跃时间步长内可以同时模拟多个生化反应,提高了模拟速度.该算法拓展D-Ieaping算法,并首次解决多重时滞生化反应系统的加速模拟问题.通过对2个具体生化反应系统的模拟表明,该算法可以广泛地应用于多重时滞生化反应系统,并且与已有的多重时滞系统非跳跃方法(multi-delay stochasticsimulation algorithm,MDSSA)相比,其运行效率有显著提高.
- 庄刚衣娜答亮王翼飞
- 关键词：随机模拟算法生化反应系统
- α-synuclein蛋白与A-β肽和β-synuclein蛋白相互作用位点的预测
- 2012年
- α-synuclein蛋白的异常聚集是引起帕金森病的重要因素.实验研究发现,α-synuclein蛋白能与多个蛋白相互作用.在相互作用的蛋白质中,有的可以促进α-synuclein的异常聚集,如A-β肽;有的可以抑制α-synuclein的异常聚集,如β-synuclein蛋白,但促进或抑制α-synuclein异常聚集的机理并不明确.利用SYBYL和AUTODOK软件模拟α-synuclein蛋白与A-β肽和β-synuclein的相互作用,找到其相互作用位点,为进一步研究α-synuclein蛋白的异常聚集提供理论依据.
- 王群群答亮王翼飞
- 关键词：同源建模分子对接活性位点
